为研究云南马铃薯A病毒(PVA)分布及其外壳蛋白的分子变异,2007年至2011年分别从云南滇西北、滇东北、滇中及滇南马铃薯种植区采集381份马铃薯样品,进行马铃薯A病毒DAS-ELISA检测,结果表明,PVA阳性样品共43份,其中滇西北22份,滇中17份,滇东北4份,滇南未检出。对带有PVA的部分样品进行电镜负染色观察,电镜下观察到长约750 nm、直径约15 nm的线状粒子。根据已报道的PVA外壳蛋白基因(cp基因)序列设计合成特异性引物,以带毒样品总RNA为模板,RT-PCR扩增得到807 bp目的片段,克隆测序并对其推导的外壳蛋白(CP)氨基酸序列进行同源性分析,并比较分析了不同地区P...

【目的】了解马铃薯A病毒在云南省的发生分布情况,明确云南省分离物变异情况。【方法】用DAS-ELSIA的方法,检测云南省19个种植马铃薯县(市)的389个样品;对5个地区的阳性样品用RT-PCR扩增马铃薯A病毒P3蛋白基因,克隆测序,使用DNAMAN及DNAStar等软件分析序列,采用MEGA 6.0邻接法(Neighbor-Joining,NJ)构建系统进化树。【结果】DAS-ELISA检测389个样品,PVA的检出率为20.82%。用P3蛋白基因特异性引物从云南5个不同地区的PVA阳性样品中扩增得到1041bp的目的片段;比较分析了云南省5个地区马铃薯A病毒分离物之间,及与国内外13个分离物的P3蛋白和PIPO蛋白同源性,发现云南省5个地区PVA分离物之间P3蛋白和PIPO蛋白氨基酸序列同源性分别为98.8%～99.7%和97.6%～100.0%;与国内外13个分离物P3蛋白和PIPO蛋白的氨基酸序列同源性分别为90.8%～99.1%和90.5%～100.0%。系统进化树显示,云南省5个分离物与湖南省分离物(KF977085)亲缘关系最近;PVA马铃薯分离物和新西兰树番茄分离物之间亲缘关系较远。【结论】PVA在云南省发生普遍;云南省马铃薯A病毒存在一定程度的变异;PVA存在一定的寄主适应性。

从云南弥勒县采集典型病株接种蔓陀萝植斑分离，经免疫电镜（ＩＥＭ）鉴定为ＴＭＶ；在烤烟品种红花大金元上以ＴＭＶ普通株作对照进行致病率测定，确定为强毒株系。以烟草花叶病毒（ＴＭＶ）云南强毒株系ＲＮＡ为模板，根据国外研究结果，自行设计、合成寡核苷酸为引物，通过ＰＴ－ＰＣＲ体外扩增，得到约５００ｂｐ的ＤＮＡ片段，将其克隆到Ｅ．ｃｏｌｉＤＨ５α上，并进行了序列分析。分析表明，该其因含４７７个核苷酸，编码１５９个氨基酸，与国外发表的Ｕ１株系比较，核苷酸同源率为９８．１％，氨基酸同源率为９７．５％。获得了云南烟草ＴＭＶ外壳蛋白全基因片段。

根据已报道的建兰花叶病毒 (Cymbidiummosaicvirus,CyMV)基因组序列设计PCR引物 ,采集广东省顺德等地墨兰 (Cymbidiumsinensevar.margicoloratum)和文心兰 (Oncidiumsp .)表现病毒病症状的兰株 ,抽提病叶组织总RNA ,经RT PCR反应在约 70 %的样品中获得预期大小的DNA扩增产物 ,并对其中来自不同品种的 3个扩增产物进行克隆和序列分析。结果表明所获得的核苷酸序列与世界各地已报道的CyMV外壳蛋白 (CP)基因序列高度同源 ,据此将RT PCR反应呈阳性的病样病原鉴定为CyMV。通过对CyMVCP基因序列进行进化树分...

采集昆明地区花卉基地和公园的269份菊花样品,调查并分析侵染菊花的番茄不孕病毒(Tomatoaspermy virus,TAV)和菊花B病毒(Chrysanthemum virus B,CVB)的发病状况。ELISA和RT-PCR检测结果表明,TAV和CVB在菊花植株上的发病率分别为4.62%和16.70%。对3个TAV分离物和8个CVB分离物的外壳蛋白(coat protein,CP)基因的部分序列进行测定,并分别与GenBank登录的TAV和CVB序列进行比对和系统进化分析,结果显示各TAV分离物的CP基因核苷酸序列同源性为85.04%～98.02%。在系统进化树中聚集的2个簇中,昆明分离...

【目的】了解中国CTLV分离物外壳蛋白(CP)基因的变异情况。【方法】对来源于中国不同地区、不同寄主品种的18个柑橘碎叶病毒(CTLV)分离物进行RT-PCR、克隆、测序,应用DNAMAN软件进行序列分析。【结果】18个分离物的CP基因全长714nt,推导的CP含237个氨基酸。CP核苷酸序列及推导的氨基酸序列最大相似性分别为88.5%～99.9%和91.1%～99.6%。与核苷酸序列G289→A或C、A409→C和G414→T的单碱基突变相对应,CTLV外壳蛋白第97、137、138位氨基酸在强、弱毒分离物之间存在差异,多数弱毒分离物为Q97或K97、Q137、H138,而多数强毒分离物为E...

从患病毒性神经坏死病的斜带石斑鱼(Epinepheluscoioids)的头部提取总RNA,根据已发表的神经坏死病毒外壳蛋白基因设计引物进行RT PCR扩增,得到预期大小的基因片段。将此基因片段转入pET载体进行序列测定和分析,结果表明:编码斜带石斑神经坏死病毒(Orange spottedgroupernervousnecrosisvirus,OGNNV)外壳蛋白基因的阅读框核苷酸数为1017bp,编码338个氨基酸;基因的核苷酸序列与野田村病毒科(Nodaviridae)的几种病毒的外壳蛋白基因序列比较结果显示,该病毒与β野田村病毒属(Betanodavirus)中的赤点石斑神经坏死病毒(...

2008年5月,湛江市某网箱养殖场的卵形鲳鲹(Trachinotus ovatus)幼鱼发生大规模死亡,调查发现病鱼呈现体色发黑、反应迟钝、呈螺旋状或旋转游动等典型的病毒性神经坏死症症状,在鱼体没有发现寄生虫或细菌感染,PCR检测发现病鱼感染了鱼类神经坏死病毒(NNV)。利用已经发表的NNV核酸序列设计引物,克隆外壳蛋白基因并测序,根据同源性比较和系统进化分析,该病毒与斜带石斑神经坏死病毒(ECNNV)碱基相似率达99.2%,属于赤点石斑鱼神经坏死病毒基因型(RGNNV)。同时进行人工感染试验,采用4种方法感染该病毒,累计死亡率均达100%,并对感染样品进行克隆测序鉴定,证明导致此次湛江卵形鲳...

采用PCR扩增菊花B病毒(CVB)外壳蛋白基因的开放阅读框,构建酵母双杂交系统所需的诱饵表达载体pGBKT7-CVBCP,测序验证后转化Y2HGold酵母菌。将酵母菌Y187/pGADT7-cDNA与酵母菌Y2HGold/pGBKT7-CVBCP进行交配转化,在SD/-Trp/-Leu/-His/-Ade/X-α-Gal平板上筛选蓝色阳性克隆并测序pGADT7-cDNA的插入片段。结果表明:诱饵载体表达产物对酵母无毒性作用,且对报告基因无自激活作用。筛选菊花cDNA文库初步得到了与CVB外壳蛋白相互作用的E3泛素连接酶ARIADNE-like蛋白和ATP结合蛋白,为进一步研究CVB外壳蛋白与寄...

【目的】查明马铃薯Y病毒(Potato virus Y,PVY)病在中国的发生情况,及时、准确地鉴定出PVY并对其分子变异进行分析。【方法】采用ELISA方法对采自中国14个省(直辖市)马铃薯种植区疑似受PVY感染的样品进行了检测,并对其中的部分材料镜检验证,然后根据CP基因序列设计1对简并引物针对随机选择感染PVY的14个省(直辖市)代表样品进行CP基因扩增克隆,将测序得到的序列进行分子变异分析,并使用贝叶斯法(Bayesian inference,BI)重建系统发育关系。【结果】ELISA检测结果表明,691份样品中220个样品与PVY抗体呈阳性反应,其余呈阴性反应;ELISA检测的阳性材...

通过调研云南省马铃薯种植区域分布和周年生产情况,对数据进行统计分析,其结果显示,马铃薯是云南省主要的优势农作物之一,分布在16个州市的128个县市区,总种植面积48.58万hm2,总产量950.8万t。以曲靖市、昆明市和昭通市为主产区,3个主产市的生产面积和产量分别是34.78万hm2和762.1万t,占全省的71.6%和76.4%。全省10大马铃薯主产县生产面积为25.92万hm2,总产量547.6万t,分别占全省的53.4%和57.6%。从周年分布状态来分析,大春马铃薯主要集中在宣威市、会泽县、镇雄县和昭阳区等县(市)种植,种植面积和产量分别占全省的66.1%和66.3%;小春马铃薯主要集...

利用11个分别含有单抗性基因R1~R11及1个不含抗性基因的1套鉴别寄主,对2003~2005年采自云南省10个县市26个采集点的117个马铃薯晚疫病菌的菌株进行生理小种鉴定。结果表明:共鉴定出26个菌株的生理小种,其中优势小种为3.4.6.8.10.11,占所测菌株的28.69%,主要分布在寻甸、丽江、昆明;其次是3.4.10,发生频率为13.11%,主要分布在镇雄;然后是3.10,发生频率为10.66%,主要分布在宣威。

抗原表位是抗体识别并结合抗原的部位。抗原表位的预测有助于重组抗原的设计、快速筛选和高活性抗原的快速制备。通过ＤＮＡＳｔＡｒ、Ｅｘ ＰＡＳｙ、ｔＭＨＭＭ ＳＥｖＥｒ２．０和ＩＥＤＢ等软件对草莓轻型黄边病毒的外壳蛋白的二级结构、理化及生物学性质进行了分析。分析结果显示，草莓轻型黄边病毒的外壳蛋白中不存在跨膜区域；平均亲水性为－０．２５２，属于可溶性蛋白；潜在的抗原表位有５个，平均抗原指数为０．０２６ ５～０．０７７ ３。预测的上述５个抗原表位是否有抗原活性及其活性强弱仍有待于相应的试验论证。

【目的】明确云南省马铃薯病毒的优势种及马铃薯新病毒的发生变化,为马铃薯种苗、种薯的生产提供早期预警监测,并为防止新的病毒病害暴发流行提供依据。【方法】采用随机五点取样法,从云南马铃薯春作区和冬作区的不同田块采集各地主栽马铃薯品种的叶片,共采集到510份植株叶片,采用酶联免疫吸附测定(ELISA)方法中的双抗体夹心ELISA(DAS-ELISA)和间接ELISA(I-ELISA)两种方法进行病毒检测。进行蓟马采集时,同样采用随机五点取样法,从云南马铃薯春作区和冬作区采集各地主栽马铃薯品种的花和叶片,将样品放入采集罐后带回实验室,对罐中的蓟马进行整理,共采集到8 953头蓟马。将蓟马制作为临时玻片标本,参考中国蓟马属蓟马检索表及Oz Thrips(http://www.ozthrips.org/),通过形态学特征对蓟马进行种类鉴定。【结果】从510份马铃薯样品中,共检测出6种常见病毒和2种新兴病毒。马铃薯病毒的优势种为马铃薯S病毒(Potato virus S,PVS),检出率高达63.53%,其次是马铃薯X病毒(Potato virus X,PVX)和马铃薯卷叶病毒(Potato leafroll virus,PLRV);检测出2种新兴病毒番茄斑萎病毒(Tomato spotted wilt virus,TSWV)和番茄环纹斑点病毒(Tomato zonate spot virus,TZSV),检出率分别为5.10%和15.10%。本次调查共鉴定了3科,5属,13种蓟马。蓟马科(Thripidae)共鉴定出3个属11个种,分别为蓟马属(Thrips)的八节黄蓟马(T.flavidulus)、黄蓟马(T.flavus)、棕榈蓟马(T.palmi)、烟蓟马(T.tabaci)、黄胸蓟马(T.hawaiiensis)、色蓟马(T.coloratus)、暗足蓟马(T.obscuripes)和葱韭蓟马(T.alliorum);花蓟马属(Frankliniella)的西花蓟马(F.occidentalis)、花蓟马(F.intonsa);带蓟马属(Taeniothrips)的大带蓟马(Ta.major);管蓟马科(Phlaeothripidae)简管蓟马属(Haplothrips)的简管蓟马(Haplothrips sp.)和纹蓟马科(Aeolothripidae)纹蓟马属(Aeolothrips)的纹蓟马(Aeolothrips sp.)。检测出的8种病毒中TSWV和TZSV是蓟马传播的病毒,其中,西花蓟马是潜在传毒蓟马群体中的优势种,占潜在传毒蓟马群体总数的69.47%。【结论】目前,PVS是云南马铃薯主要病毒优势种,2种侵染马铃薯的新兴病毒的发生率也在增加。西花蓟马是潜在传毒蓟马群体中的优势种。

应用RT-PCR方法检测了采自北京市怀柔区的樱桃叶片,将此PCR扩增产物连接到pMD18-T载体上,通过转化大肠杆菌DH5α感受态细胞,克隆了含有目的片段的重组质粒,并进行序列测定和分析。序列分析结果表明,认为该分离物外壳蛋白基因片断与李属坏死环斑病毒的NRSiz8株系的同源性最高,为98%,与德国分离物Ring17的同源性达99%;通过进化关系分析,认为该分离物属于引起温和症状的group,认为该分离物的第5,62,81和126位氨基酸也与CH9血清型引起温和症状的保守的替换相同。