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[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
许若娴 曹福祥 彭继庆 司书斌
以云南萝芙木叶片为材料,通过RT-PCR方法首次克隆了云南萝芙木萜类吲哚生物碱(terpenoid indole alkaloids,TIAs)次生代谢的合成途径中重要的限速酶——异胡豆苷合成酶(strictosidine synthase,STR)的基因并进行了生物信息学分析。生物信息学分析表明,该基因的编码区长度为1 038 bp,编码345个氨基酸的多肽,等电点为5.06,N-端有一长度为27个氨基酸参与分泌的信号肽。二级结构预测指出,延伸链和不规则盘绕是STR蛋白质最大量的结构元件,而α-螺旋和β-转角则散布于整个蛋白质。同源性分析则表明,云南萝芙木中的STR和其它植物来源的STR同源...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
周棋赢 李娅菲 郭文利 张馨月 葛鑫 方志贞 孙洁 王仪佳 陈尚
【目的】探明茶树（Camellia sinensis）STR基因（CsSTR）的分子特征及其表达调控模式，为其功能研究以及茶叶药用价值的挖掘奠定基础。【方法】利用RACE克隆技术对茶树CsSTR1基因进行克隆，利用信息学分析方法对其理化性质、蛋白质结构、亚细胞定位以及系统进化关系进行分析，通过qPCR技术检测其表达模式。【结果】CsSTR1基因cDNA全长1382 bp，其中5ˊ UTR长92 bp，3ˊ UTR长159 bp，CDS 长1131 bp，编码376个氨基酸，分子量为41.5 kD，理论等电点为 6.36，不稳定指数为29.74，脂肪族氨基酸指数为88.94，亲水性平均系数为–0.077。CsSTR1定位于液泡，其二级结构中无规卷曲，延伸链，α螺旋和β转角占比分别为42.82%，29.79%，16.76%，10.64%，其三维结构呈六叶β-螺旋浆状。系统发育树分析显示，CsSTR1与水稻OsSTRL2蛋白具有较近的亲缘关系。CsSTR1基因在茶树不同组织器官中均有表达，其中在芽和第一，二，三叶中表达量较高，在花和果中表达量较低。低温、PEG模拟干旱胁迫以及MeJA和SA处理均诱导CsSTR1基因上调表达；ABA处理后24 ～ 48 h，CsSTR1基因呈现下调表达。【结论】 CsSTR1在茶树芽叶发育以及逆境防御反应中具有重要作用，植物激素MeJA，SA和ABA能调控CsSTR1基因表达。
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
庞景 童再康 黄华宏 林二培 刘琼瑶
通过逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)结合c DNA末端快速扩增(RACE)技术,从杉木Cunninghamia lanceolata中克隆到2个全长为3 235 bp和3 876 bp的纤维素合成酶基因c DNA序列,被分别命名为Cl Ces A1和Cl Ces A2,Gen Bank登录号分别为JQ844574和JQ844575。相应编码蛋白分别包含992和1 092个氨基酸残基,推测分子量为111 845.3 D和123 105.7 D,等电点为6.04和6.65。氨基酸序列分析发现,它们具有植物纤维素合成酶基因相应的结构特征——锌指结构,2个易变区CSRI和CSRII,2个保守区CR...
[期刊] 华北农学报
[作者]
冯睿杰 侯丽霞 郭扬 马倩 刘新
为了研究葡萄肌醇半乳糖苷合成酶基因家族的特性,以抗低温品种左优红组培苗为材料,通过同源克隆技术,获得VvGolS2、VvGolS3和VvGolS4全长CDS,对其序列进行了生物信息学分析,同时利用实时定量PCR技术探究了3个基因的组织表达特性和响应逆境因子及相关信号分子的特性。结果显示:3个基因c DNA大小分别为954,978,1 011 bp,分别编码317,325,336个氨基酸序列;3个蛋白分子量分别为36.65,36.97,38.12 k Da;等电点分别为5.12,5.33和5.16,且均在C
[期刊] 华北农学报
[作者]
何美敬 刘立峰 穆国俊 侯名语 陈焕英 崔顺立
蔗糖合成酶(Sucrose Synthase,SuSy)是蔗糖代谢途径中的关键酶,在植物生长、发育和渗透调节过程中起着重要作用。为揭示蔗糖合成酶基因在花生中的抗逆机理,以花生基因组DNA为模板,利用染色体步移技术(GenomeWalking)中的TAIL-PCR技术扩增花生SuSy基因组序列和启动子区域,得到基因组序列6 189 bp,启动子预测分析表明,该序列包含约800 bp的启动子上游调控序列,13个外显子,12个内含子。启动子元件分析显示,该片段含有典型的TATA-box、CAAT-box,并存在低温响应元件LTR、GA响应元件、干旱响应MYB结合位点、厌氧诱导必要的顺式作用元件ARE...
[期刊] 华北农学报
[作者]
张帅 张明 寇天舒 马俊莲 唐霞 张子德
为进一步利用基因工程手段调控无花果乙烯的合成,以无花果果肉为材料提取基因组DNA,根据已报道的无花果ACC合成酶基因序列设计引物,采用PCR技术扩增得到一条约600 bp的特异片段,将该片段克隆到pGM-Teasy vector上经PCR、酶切和测序鉴定。序列分析结果表明,基因全长590 bp,编码196个氨基酸,该序列与GenBank上已登陆的Masui Dauphine-ACS1的cDNA序列同源性达99%,氨基酸同源性达98%。结果表明,成功克隆到了无花果ACS基因片段。
关键词：
无花果 ACC合成酶 基因克隆 序列分析
[期刊] 中国水产科学
[作者]
易乐飞 王萍 周向红 刘楚吾
从网络共享的条斑紫菜(Porph yrayezoensis Ueda)表达序列标签(expressed sequencetag,EST)数据库检索出与拟南芥(Arabidopsis thaliana)半胱氨酸合成酶(cysteine synthase,CSase)基因高度相似的EST序列,构建EST叠连群(contig),并依据contig设计引物。提取条斑紫菜叶状体总RNA,采用RT-PCR方法,扩增得到了条斑紫菜半胱氨酸合成酶基因(PyCSase-B)的cDNA序列(GenBank accession:FJ232911)。该cDNA序列含有长1152nt的完整开放阅读框,编码产物(PyCS...
[期刊] 华北农学报
[作者]
邓晓云 戴洪义 梁美霞
以柱型苹果茎尖为试材,采用同源克隆的方法克隆得到赤霉素合成代谢关键酶内根-贝壳杉烯合成酶的cDNA全长序列,命名为MdKS。MdKS的开放阅读框(ORF)全长2 214 bp,编码737个氨基酸。KS属于萜类合成酶亚家族,具有DDXXD保守结构域。氨基酸聚类分析表明,MdKS与梨同源性最高,为98%,其次是板栗,为73%;实时荧光定量PCR分析表明,在苹果的生长季节,MdKS基因在柱型和普通型苹果中均能表达。在苹果的生长初期,普通型苹果MdKS基因的表达量均明显高于柱型苹果,而在6月初,其表达量却略低于柱型苹果。
[期刊] 华北农学报
[作者]
赵福永 高震 严寒 田志宏
根据GenBank中脂肪酸延长酶基因fae1序列(AY 888037)设计了PCR扩增引物,以野芥总DNA为模板进行扩增得到了特异扩增条带。测序结果表明,该片段长1651 bp,序列分析表明其氨基酸编码区为55~1575 bp,不含内含子序列,共编码506个氨基酸。该基因序列已提交GenBank,登录号为FJ870905。BLASTn分析结果表明,野芥中fae1基因与其他芸薹属品系的fae1基因核苷酸同源性为76%~98%;BLASTp分析结果表明,野芥中的FAE1与油菜中FAE1存在32个位点差异,其中部分差异可能导致了芥酸含量的不同。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
徐凤凤 向娟 李双桃 石锦 李殿波 连蔚然 赵冰 郭仰东
为研究甘蓝纤维素合成酶ＢｏＣｅｓＡ基因在干旱胁迫下的表达模式，通过同源克隆得到甘蓝纤维素合成酶基因的ＣＤＮＡ全长，利用生物信息学软件分析该基因的特征；构建含ＢｏＣｅｓＡ和ＧＦＰ的融合表达载体，通过基因枪转化洋葱表皮细胞试验对该基因进行亚细胞定位；利用荧光定量ＰＣＲ分析基因在不同组织中的表达情况及干旱胁迫下的表达模式。甘蓝纤维素合成酶ＢｏＣｅｓＡ基因的ＣＤＮＡ全长为２ ７２１ＢＰ，编码９０６个氨基酸，在Ｎ端含有锌指结构域和２个跨膜区，Ｃ端含有６个跨膜区，除包含植物纤维素合成酶基因共有的保守区外，还包含２个高突变区。通过氨基酸序列比对分析，发现甘蓝的该基因与拟南芥的ＡｔＣｅｓＡ３基因同源性较高。亚．．．
[期刊] 中国农业科学
[作者]
周晓卉 黄丽华 蒋向 李育强 张学文
【目的】揭示棉田杂草薤白(Allium macrostemon Bunge)抗草甘膦的分子机理,开发利用其草甘膦抗性特性。【方法】运用RT-PCR结合RACE技术,分离克隆了薤白中草甘膦作用的靶酶EPSP合成酶(EPSPs)基因cDNA,并将其构建成原核表达载体在大肠杆菌中诱导表达和鉴定其抗性。【结果】薤白EPSP合成酶基因cDNA序列全长1821bp,编码一段522个氨基酸的推导蛋白质。经BLAST及蛋白质结构预测,蛋白具有EPSPs的特征序列,并与已报道的EPSPs序列有高同源性,确认克隆的cDNA序列即是薤白EPSPs基因序列,命名为EPSPsA。将该cDNA与原核表达载体pRSET-A...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
胡朝阳 周友凤 龚一富 金思 王何瑜 赵群芬
【目的】从紫色马铃薯中克隆CHS的cDNA全长序列,并分析其组织表达水平以及诱导剂处理后基因的表达与花青素含量积累之间的关系。【方法】采用RT-PCR和RACE方法克隆紫色马铃薯CHS的cDNA全长序列,通过在线软件进行核苷酸序列和氨基酸序列分析,半定量RT-PCR检测StCHS在紫色马铃薯组织中的表达特异性以及蔗糖和赤霉素处理后StCHS的表达。采用分光光度计法测定紫色马铃薯花青素含量。【结果】克隆获得紫色马铃薯CHS的cDNA全长1 490 bp,包含1 170 bp的ORF,该基因编码389个氨基酸。推测StCHS蛋白含有Cys164、Phe215、His303和Asn3364个活性位点...
[期刊] 林业科学
[作者]
唐丽 唐芳 段经华 刘友全 钟秋平
以金桂的花器官为试材,设计芳樟醇合成酶基因简并引物,通过逆转录PCR、快速扩增cDNA末端技术和Blastn分析等,获得金桂芳樟醇合成酶基因的全长cDNA序列,命名为OfLis(Osmanthus fragransvar.thunbergii linalool synthase,GenBank登录号FJ645727)。OfLis基因全长cDNA长度为2003bp,包含1个1731bp的开放阅读框,编码576个氨基酸。序列分析表明:OfLis具有单萜烯类合成酶基因典型的保守结构域,即DDXXD和(N,D)D(L,I,V)X(S,T)XXXE;具有多数单萜烯类合成酶活性必需的RR(X)8W功能基团...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
张阳 李锐 杨千叶 赵琦
【目的】MEP途径是合成生物碱、萜类物质前体的重要途径之一,1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase (DXS)是MEP途径中的第1个限速酶。为了解卷叶贝母DXS的结构和功能特点,本研究利用分子生物学手段对其进行分析,以期为贝母生物碱合成途径研究打下基础。【方法】采用PCR技术克隆卷叶贝母FcDXS基因开放阅读框(Open Reading Frame,ORF)序列,运用生物信息学方法对其进行序列分析,预测其潜在的功能。通过荧光定量PCR(qRT-PCR)技术检测FcDXS基因在野生状态(根、茎、叶、鳞茎)和组培诱导物(愈伤组织)中的表达情况。【结果】获得了2151 bp FcDXS基因ORF片段,编码716个氨基酸,并与NCBI公布的砂仁等植物DXS蛋白相似性达80%以上;在Fc DXS蛋白的二级、三级结构预测中,得出Fc DXS蛋白主要由α螺旋构成; qRTPCR检测结果表明FcDXS基因在野生状态下鳞茎表达量最高,激素诱导状态的愈伤组织表达量则是野生鳞茎的5倍。【结论】Fc DXS蛋白质特征区及同源性等生物信息学分析表明该蛋白的结构域较保守,结合荧光定量分析结果证明,Fc DXS是一个有生物学功能且受激素诱导表达的蛋白质。本研究为后续利用基因工程手段提高卷叶贝母生物碱含量奠定了理论基础。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
母德锦 陈林 许玉兰 蔡年辉 冯玲 陈诗 唐军荣
【目的】研究云南松肉桂醇脱氢酶的表达特性及其在木质素生物合成过程中的作用。【方法】以1年生云南松苗木为材料，通过测定嫩茎、嫩芽和针叶中18种木质素通路小分子的相对含量，并结合转录组数据联合分析，对云南松CAD基因进行筛选、克隆和生物信息学分析，同时利用RT-qPCR技术分析其在不同组织中的表达模式。【结果】在检测的18种木质素通路小分子中，嫩芽以5-O-咖啡酰莽草酸、5-O-对香豆酰莽草酸和咖啡酸等3种的相对含量较高，嫩茎以3-O-对香豆酰奎宁酸、4-香豆酸、阿魏酸、松柏醛、L-苯丙氨酸、松柏醇、对-香豆醇、L-酪氨酸和芥子醛等9种的相对含量较高，而在针叶中则以松柏苷、香豆醛、咖啡醛和紫丁香苷等4种的相含量较高。云南松转录组中筛选出4个CAD家族成员，通过系统进化分析发现云南松PyCAD-3与AtCAD1同源，PyCAD-1、PyCAD-2和PyCAD-4与松属类CAD、拟南芥AtCAD4、AtCAD5亲缘关系最近。相关性分析表明PyCAD-1和PyCAD-2与上下游木质素通路小分子相关性较强。PyCAD-1和PyCAD-2开放阅读框全长分别为570 bp和1083 bp，编码蛋白分子量分别为20.38 kDa和39.30 kDa。实时荧光定量PCR结果分析显示，PyCAD-1基因的相对表达量在嫩芽、嫩茎中最高；PyCAD-2基因的相对表达量在嫩茎中最高。【结论】PyCAD-2可能直接参与云南松木质素的生物合成，而PyCAD-1则可能存在一定的功能冗余。研究结果为云南松CAD基因家族及木质素代谢途径相关基因研究提供参考。
关键词：
云南松 肉桂醇脱氢酶 基因克隆 表达分析
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