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[期刊] 西南农业学报
[作者]
亚华金 田金红 沈莲文 王大玮
【目的】为鉴定和分析云南栘[木衣]（Docynia delavayi）bHLH（DdbHLH）转录因子家族，筛选与果皮花青素生物合成相关的DdbHLH转录因子。【方法】基于云南栘[木衣]红、绿2 种颜色果皮的转录组数据，对DdbHLH转录因子家族进行鉴定，并通过生物信息学工具分析对其bHLH保守结构域、蛋白理化性质、系统进化发育关系，以及基因的表达情况进行分析。【结果】在云南栘[木衣]中共鉴定到177 个DdbHLH转录因子家族成员，其氨基酸长度为69～699 aa，相对分子质量为7.965～75.419 kDa，平均理论等电点为6.93，大部分属于不稳定亲水蛋白。系统发育进化关系显示，DdbHLH转录因子与拟南芥AtbHLH转录因子共同聚类的有15 个亚族，17 个DdbHLH转录因子聚类到与花青素相关的第2亚族；结合红、绿果皮中DdbHLH基因表达情况，初步筛选了11 个在红色果皮中的表达量较高的成员，对这11 个成员进行差异表达分析，最终获得2 个可能参与调控花青素生物合成的DdbHLH基因；再对这2 个DdbHLH基因进行RT-qPCR检测，结果显示其相对表达量与转录组测序情况基本一致，证实了转录组测序结果的可靠性。【结论】从云南栘[木衣]红、绿果皮转录组数据中鉴定到177 个DdbHLH转录因子家族成员，筛选到2 个转录因子（DdbHLH68、DdbHLH150）与果皮花青素生物合成相关的成员，为DdbHLH转录因子家族在调控云南栘[木衣]果皮色泽方面的研究奠定了基础。
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
田金红 亚华金 王玉昌 杨利华 王大玮
【目的】R2R3-MYB转录因子是植物中重要的一类转录因子，在调节色素积累方面发挥着重要作用。云南栘[木衣]存在显著的果皮颜色变异，通过分析R2R3-MYB转录因子在3种变异类型果皮的表达模式，旨在筛选可能参与果皮着色的候选基因。【方法】以3种变异类型果皮为材料，基于其转录组数据对R2R3-MYB转录因子进行鉴定，并对其理化性质、系统发育、保守结构域、保守基序和表达模式进行分析。【结果】共鉴定出99个R2R3-MYB转录因子，以不稳定亲水蛋白为主，其氨基酸长度在86～881 aa之间，相对分子质量在10.21～99.63 kDa之间，等电点在5.01～11.44之间；系统发育分析显示，4个云南栘[木衣]R2R3-MYBs和苹果MdMYB10共同聚在S6亚组，说明可能参与调控植物花青素的生物合成；每位成员均含有2个R结构域，每个R结构域在进化过程中都呈现出高度的保守性；保守基序分析结果显示，motif 1～motif 4在大多数成员的N端分布，与R2、R3结构域分布特点相似；表达模式分析表明，48个差异表达的DdR2R3-MYB基因存在5种表达模式，表明DdR2R3-MYB转录因子功能具有一定的多样性。RT-qPCR分析表明，DdR2R3-MYB2/16/18在红色果皮中上调表达显著，DdR2R3-MYB47/48在黄色果皮中上调表达显著。【结论】基于系统发育及表达模式分析结果，共筛选出3个可能调控花青素生物合成和2个可能调控类胡萝卜素生物合成的候选基因，为云南栘[木衣]果皮着色相关基因的挖掘奠定理论基础。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
陈丽飞 刘云怡慧 李嘉峻 白云 孟缘 周蕴薇
【目的】为探究大苞萱草bHLH基因家族成员特性，基于对干旱胁迫下大苞萱草叶和根转录组测序结果，鉴定并分析大苞萱草bHLH基因家族成员。【方法】利用生物信息学方法对大苞萱草bHLH转录因子家族基因进行系统发育、理化性质、二级结构、保守结构域及基因表达等分析。【结果】共鉴定出55个大苞萱草bHLH家族基因并分为11个亚族；bHLH蛋白理化性质差异较大，总平均亲水性为负值，均为亲水性蛋白；亚细胞定位预测大苞萱草bHLH蛋白主要分布在细胞核中；基因表达分析表明，叶中有26个上调基因，26个下调基因，根中有32个上调基因，22个下调基因，差异基因HmbHLH50的表达量变化显著，可能与大苞萱草的抗旱能力相关。【结论】本研究为挖掘bHLH转录因子家族基因的功能奠定了基础，也为深入解析大苞萱草的抗旱机制提供了理论依据。
关键词：
大苞萱草 干旱胁迫 bHLH基因家族
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
孙彦琳 于超 罗乐 潘会堂 张启翔
[目的]筛选单叶蔷薇bZIP转录因子家族的成员,并研究其结构特点、共线性以及在不同器官中的表达模式,为进一步揭示该家族在单叶蔷薇生长发育及抗逆响应中的作用奠定基础。[方法]以采自新疆的单叶蔷薇叶片为试验材料,采用生物信息学方法,对单叶蔷薇全基因组和转录组信息进行分析,包括理化性质、系统发育、基因结构、保守结构域、染色体位置、共线性和启动子分析,以及在根、茎、叶、花、果实中的表达模式。[结果]单叶蔷薇全基因组中共鉴定出50个单叶蔷薇bZIP转录因子家族成员,其蛋白质长度为149～700个氨基酸,分子质量为17.14～75.47 ku,等电点4.42～10.72,其中49个成员位于细胞核上。根据拟南芥bZIP转录因子家族的分类,将单叶蔷薇bZIP转录因子家族分为12亚族(A-K和S亚族),其中包括1对串联重复和7对片段重复;单叶蔷薇bZIP多含有1～15个与非生物胁迫有关的顺式作用元件。单叶蔷薇bZIP转录因子家族基因在不同器官中均有表达,各成员的表达量存在差异,其中Rbe013649在花中特异性表达,Rbe006639、Rbe028637在根中特异性表达,Rbe004215、Rbe028400、Rbe002636、Rbe002635在果实中特异性表达,Rbe011331在叶片中特异性表达。[结论]单叶蔷薇bZIP转录因子家族基因可能广泛参与各器官生长发育,其中Rbe013649可能调控花青素的合成,Rbe006639可能在抗旱过程中起重要作用。
[期刊] 华北农学报
[作者]
朱满喜 张玉荣 杨雅舒 杨小兰 王创云 邓妍 赵丽 张丽光 秦丽霞 杨利艳
NLP转录因子是植物特有的一类转录因子家族,在植物氮素吸收、转运和同化过程中发挥重要作用。为了解NLP基因在藜麦中的全基因组特征和表达模式,利用生物信息学方法在藜麦基因组中鉴定出9个藜麦NLP基因家族成员,并对其理化性质、染色体定位、基因结构、蛋白保守结构域、保守基序、系统进化以及在不同氮素水平处理下的表达模式进行了分析。结果表明,藜麦9个NLP基因分布于7条染色体上;每个成员含有4～5个外显子、3～4个内含子以及上游非翻译区;启动子中包含有大量激素和胁迫响应的顺式作用元件,其中,在CqNLP3和CqNLP4的启动子区域均预测到1个氮素响应元件GCN4。藜麦NLP蛋白长718～952个氨基酸,分子质量为80.48～104.86 ku,等电点5.31～6.50;每个成员都含有RWP-RK和PB1共2个保守结构域,其在蛋白中的位置具有很高的相似性,保守基序的分析进一步证实了这2个结构域的保守性。系统进化分析表明,9个藜麦NLP家族成员可分为ClassⅠ,ClassⅡ和ClassⅢ共3组,其在进化关系上与拟南芥的亲缘关系更近。在缺氮条件下,CqNLP2、CqNLP3、CqNLP5和CqNLP8表达受到抑制,低氮下则诱导表达;低氮处理后期,CqNLP9的表达量急剧增加。荧光定量PCR表达趋势与转录组数据一致。研究结果可为后续CqNLPs基因克隆和氮素胁迫分析提供参考依据。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
孙彦琳 于超 罗乐 潘会堂 张启翔
[目的]筛选单叶蔷薇bZIP转录因子家族的成员,并研究其结构特点、共线性以及在不同器官中的表达模式,为进一步揭示该家族在单叶蔷薇生长发育及抗逆响应中的作用奠定基础。[方法]以采自新疆的单叶蔷薇叶片为试验材料,采用生物信息学方法,对单叶蔷薇全基因组和转录组信息进行分析,包括理化性质、系统发育、基因结构、保守结构域、染色体位置、共线性和启动子分析,以及在根、茎、叶、花、果实中的表达模式。[结果]单叶蔷薇全基因组中共鉴定出50个单叶蔷薇bZIP转录因子家族成员,其蛋白质长度为149～700个氨基酸,分子质量为17.14～75.47 ku,等电点4.42～10.72,其中49个成员位于细胞核上。根据拟南芥bZIP转录因子家族的分类,将单叶蔷薇bZIP转录因子家族分为12亚族(A-K和S亚族),其中包括1对串联重复和7对片段重复;单叶蔷薇bZIP多含有1～15个与非生物胁迫有关的顺式作用元件。单叶蔷薇bZIP转录因子家族基因在不同器官中均有表达,各成员的表达量存在差异,其中Rbe013649在花中特异性表达,Rbe006639、Rbe028637在根中特异性表达,Rbe004215、Rbe028400、Rbe002636、Rbe002635在果实中特异性表达,Rbe011331在叶片中特异性表达。[结论]单叶蔷薇bZIP转录因子家族基因可能广泛参与各器官生长发育,其中Rbe013649可能调控花青素的合成,Rbe006639可能在抗旱过程中起重要作用。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
葛敏 吕远大 李坦 张体付 张晓林 赵涵
【目的】全基因组水平鉴定并解析玉米Dof(DNA binding with one finger)基因家族。【方法】基于玉米V3基因组数据鉴定玉米Dof基因家族,并从基因的结构、系统发育关系、染色体的位置分布、玉米不同组织和不同生理发育阶段基因的表达谱以及在充足氮(sufficient nitrogen,SN)和低氮(limiting nitrogen,LN)条件下V3期叶组织基因的差异表达5个方面分析玉米Dof基因家族。【结果】玉米参考基因组中存在46个Dof结构域基因,命名为Zm V3Dof1—Zm V3Dof46。通过系统发育关系和序列相似性将该基因家族分为8个亚类(Subgroup)S...
关键词：
玉米 Dof 转录因子 基因家族 氮
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
李洪有 梁成刚 杨丽娟 蔡芳 霍冬敖 陈庆富
利用Blastp比对程序对甜荞基因组数据库进行搜寻,共鉴定到23个甜荞HSF基因。基因结构分析显示,所有HSF基因都含有内含子,且大部分基因只含有1个内含子。蛋白序列多序列比对分析表明,23个HSF蛋白均含有氨基酸序列高度保守的DNA结合域(DNA–binding domain,DBD)和不保守的寡聚化结构域(oligomerization domain,OD)。蛋白保守基序分析表明,23个HSF蛋白共包含10个保守基序,基序长度为11~62个氨基酸,其中基序1、2和3代表DBD区。亚细胞定位分析表明,除Fe HSF13、Fe HSF14和Fe HSF18同时定位于细胞核和细胞质上,其余20个Fe HSF蛋白均定位于细胞核上。磷酸化位点分析表明,所有HSF蛋白均含有潜在的丝氨酸(Ser)和苏氨酸(Thr)磷酸化位点,部分HSF蛋白还含有酪氨酸(Tyr)磷酸化位点。系统发育分析表明,23个HSF基因可以分为A、B和C 3类,进一步细分为A1、A3、A4、A5、A6、A7、A9、B3、B4和C共10个亚类。
[期刊] 华北农学报
[作者]
吕有军 杨卫军 赵兰杰 刘子洋 张永山
为了挖掘可用于棉花花器官或纤维发育研究的候选基因,基于已发布的陆地棉全基因组数据,利用生物信息学的分析方法鉴定了陆地棉WOX(WUSCHEL-related homeobox,WOX)转录因子基因家族,并从染色体分布、基因及蛋白理化性质、蛋白结构、多重序列比对、系统进化树和基因表达模式等方面对该基因家族的特征进行了比较分析。结果表明,鉴定到37个陆地棉WOX转录因子家族基因,命名为GhWOX1GhWOX37。亚基因组定位结果显示,37个陆地棉WOX转录因子家族基因分布在除了A04、A06、A09、D04、
关键词：
棉花 WOX 花 纤维发育
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
刘换换 杨立春 张成阁 郝自远 李火根
【目的】YABBY转录因子家族仅存在于种子植物中，对植物的早期胚胎发育、果实发育、次生代谢物合成、逆境应答、侧生器官分化和背腹极性建立等方面均具有重要作用，而目前对鹅掌楸属植物的YABBY家族基因的研究较少。为了解北美鹅掌楸YABBY家族的成员和特征，对其成员进行了鉴定、亚细胞定位及表达模式分析等研究工作。【方法】从北美鹅掌楸花器官转录组中筛选出YABBY家族基因序列，采用RACE扩增技术获得了其中2个差异表达基因的全长，分别命名为LtYABBY1,5，并对他们进行生物信息学分析。随后，利用RT-qPCR检测LtYABBY1,5在北美鹅掌楸的根、茎、叶、花芽、萼片、花瓣、雄蕊、雌蕊等8个组织中的表达水平。最后，通过烟草瞬时转化体系对LtYABBY1,5蛋白进行进一步亚细胞定位分析。【结果】在北美鹅掌楸中共鉴定出6个YABBY成员，分别属于YABBY1/FILAMENTOUS FLOWER (FIL)、YABBY2、YABBY5亚族，外显子数量均为7个。克隆所得其中2个基因LtYABBY1,5，全长分别为1 255、1 078 bp，编码了210、188 aa，生物信息学分析结果显示，两者均为亲水蛋白与非跨膜蛋白。RT-qPCR试验发现LtYABBY1整体表达水平较高，尤其是在北美鹅掌楸的花芽和雌蕊中高表达，而LtYABBY5整体表达水平较低，仅在叶片、花芽、雌蕊和萼片中有少量表达。亚细胞定位分析结果表明，LtYABBY1,5蛋白定位于细胞核，与预测结果基本一致。【结论】北美鹅掌楸YABBY成员较少，其中LtYABBY1在花芽中特异表达，基于上述结果，推测该基因可能参与了北美鹅掌楸花芽的早期分生组织的发育调控。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
陈奕博 杨万明 岳爱琴 王利祥 杜维俊 王敏
为探究大豆LIM转录因子家族基因在应答盐胁迫中的功能，利用生物信息学方法，根据大豆全基因组数据，共鉴定出21个LIM基因，命名为GmLIM01～GmLIM21,分析大豆LIM基因家族的染色体位置、蛋白质的理化性质、进化关系、保守基序以及对非生物逆境胁迫的响应。结果表明，这些GmLIM基因在大豆20条染色体中的14条染色体上分布不均，片段重复是大豆LIM家族扩大的主要原因。根据系统发育进化分析，大豆21个LIM基因可分为5个亚家族，与其他9个物种的LIM基因一起构建进化树，也可分为5个亚家族。大豆的21个GmLIM基因共包含10个基序，大部分LIM蛋白含有motif 1、motif 2和motif 4这3个保守基序。此外，顺式调控元件的分析表明，在GmLIM基因的启动子序列中，与光响应、生长发育、植物激素和非生物逆境胁迫应答相关的调控元件非常丰富。定量PCR结果表明，在盐胁迫处理后大豆叶和根中GmLIM07、GmLIM17基因的表达量分别在3和6 h达到峰值，后随着处理时间的加长表达量下降。综上GmLIM基因在大豆的盐胁迫应答过程中具有重要的调控作用。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
李婧婷 陈璨 徐鎏 马海涛 陈岳 李恩良 王大玮
【目的】探讨云南栘[木衣]种子萌发至成苗期间8种内源激素的变化规律及其相互作用,为云南栘[木衣]产业化发展提供理论依据。【方法】以云南省澜沧县糯扎渡镇的云南栘[木衣]种子为材料,根据前期种子吸水量确定种子的干种期(S1)和吸胀期(S2);再根据不同阶段种子的外部形态特征变化,确定种子的萌动期(S3)、出苗期(S4)、成苗期(S5),分析种子含水量、发芽率和吸水特征。采用超高液相色谱串联质谱(UPLC-MS/MS)测定5个时期内种子的脱落酸(ABA)、吲哚乙酸(IAA)、玉米素核苷(t ZR)、赤霉素(GA_3)、茉莉酸(JA)、水杨酸(SA)、乙烯(ETH)、独脚金内酯(SL)含量,分析其动态变化及激素含量的比值,并对5个时期8种内源激素含量进行相关性分析和主成分分析。【结果】50粒云南栘[木衣]种子平均含水量为10.49%,发芽率为96.00%,根据种子吸水特征及外部形态特征变化确定0,3,11,18,27 d为种子萌发至成苗期间的5个时期。ABA、JA含量在S1-S3时期大量降低,IAA、t ZR、GA_3、SA、ETH含量在S2-S4时期均有增长趋势,GA_3、ETH含量在S4-S5时期持续增加。IAA、t ZR、SA、ETH与ABA、JA含量的比值在S3时期显著增大;GA_3、SL与ABA、JA含量的比值在S4时期显著增大。8种内源激素含量在5个时期(S1-S5)差异较大。ABA、JA与IAA、t ZR、GA_3、SL含量存在极显著正相关,ABA与JA含量也呈极显著正相关,IAA、tZ R、GA_3、SL含量间均呈正相关,且与SA、ETH含量呈负相关。【结论】云南栘[木衣]种子在萌发至成苗期间的变化是8种激素共同作用的结果。IAA、t ZR、SA、ETH、SL、GA_3协同作用能够促进种子萌发及出苗,ABA、JA协同抑制种子萌发。IAA、GA_3、t ZR、SA、ETH、SL与ABA、JA的比值变化反映了该期间激素平衡关系。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
严莉 王翠平 陈建伟 乔改霞 李健
【目的】MYB基因家族是植物中最大的一类转录因子家族,广泛参与植物的生长发育和代谢调控过程。目前仍没有针对枸杞等木本作物MYB转录因子家族的系统分析。基于转录组数据鉴定分析黑果枸杞MYB基因家族,可为该类基因生物学功能和代谢调控机制的研究提供参考。【方法】基于黑果枸杞转录组测序(RNA-Seq)数据,利用NR、NT、Swiss-Prot和PFAM 4个数据库和NCBI网站,对黑果枸杞MYB基因进行筛选注释;利用Web Logo3、Prot Comp 9.0、MEGA5.0软件进行保守结构域、亚细胞定位和系
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
姜晓梦 袁振 朱方捷 周晶 毛飞 林冬梅 林占熺
采用生物信息学方法鉴定了巨菌草(Cenchrus fungigraminus Z. X. Lin&D.M. Lin&S. R. Lan sp. nov.)中CAMTA(calmodulin-binding transcription activator)转录因子的家族成员，并对其蛋白序列的理化性质、基因结构、保守基序、保守功能结构域、系统进化发育关系、启动子区域顺式作用元件进行了分析；探讨了巨菌草CAMTA((CfuCAMTA))家族成员在干旱胁迫下转录水平的变化，以及CfuCAMTA转录因子对响应干旱胁迫的影响.结果表明：巨菌草CAMTA家族共有15个成员，其中仅CfuCAMTA10和CfuCAMTA11较为稳定，不稳定系数小于40;多数成员为不稳定蛋白质；巨菌草和紫象草CAMTA基因的亲缘关系最近；4个CAMTA转录因子的表达水平随干旱时间的延长，在第14天表达量达到最大，说明这些CAMTA参与了干旱胁迫的响应.
[期刊] 中国农业科学
[作者]
赵洁 赵立卿 巩校东 冯胜泽 刘星晨 郑亚男 李志勇 孙海月 王冬雪 韩建民 谷守芹 董金皋
【目的】从全基因组水平上鉴定玉米大斑病菌(Setosphaeria turcica)Homeobox转录因子家族及其分布,阐明该家族的序列及进化特征,分析该家族基因在病菌不同生长发育时期的表达规律。【方法】利用生物信息学手段搜索玉米大斑病菌全基因组数据库,鉴定Homeobox转录因子家族;采用MEGA 5.0软件进行系统进化树分析;利用在线工具GSDS(gene structure display server)(http://gsds1.cbi.pku.edu.cn/index.php)绘制基因结构图;
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