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[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
田金红 亚华金 王玉昌 杨利华 王大玮
【目的】R2R3-MYB转录因子是植物中重要的一类转录因子，在调节色素积累方面发挥着重要作用。云南栘[木衣]存在显著的果皮颜色变异，通过分析R2R3-MYB转录因子在3种变异类型果皮的表达模式，旨在筛选可能参与果皮着色的候选基因。【方法】以3种变异类型果皮为材料，基于其转录组数据对R2R3-MYB转录因子进行鉴定，并对其理化性质、系统发育、保守结构域、保守基序和表达模式进行分析。【结果】共鉴定出99个R2R3-MYB转录因子，以不稳定亲水蛋白为主，其氨基酸长度在86～881 aa之间，相对分子质量在10.21～99.63 kDa之间，等电点在5.01～11.44之间；系统发育分析显示，4个云南栘[木衣]R2R3-MYBs和苹果MdMYB10共同聚在S6亚组，说明可能参与调控植物花青素的生物合成；每位成员均含有2个R结构域，每个R结构域在进化过程中都呈现出高度的保守性；保守基序分析结果显示，motif 1～motif 4在大多数成员的N端分布，与R2、R3结构域分布特点相似；表达模式分析表明，48个差异表达的DdR2R3-MYB基因存在5种表达模式，表明DdR2R3-MYB转录因子功能具有一定的多样性。RT-qPCR分析表明，DdR2R3-MYB2/16/18在红色果皮中上调表达显著，DdR2R3-MYB47/48在黄色果皮中上调表达显著。【结论】基于系统发育及表达模式分析结果，共筛选出3个可能调控花青素生物合成和2个可能调控类胡萝卜素生物合成的候选基因，为云南栘[木衣]果皮着色相关基因的挖掘奠定理论基础。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
亚华金 田金红 沈莲文 王大玮
【目的】为鉴定和分析云南栘[木衣]（Docynia delavayi）bHLH（DdbHLH）转录因子家族，筛选与果皮花青素生物合成相关的DdbHLH转录因子。【方法】基于云南栘[木衣]红、绿2 种颜色果皮的转录组数据，对DdbHLH转录因子家族进行鉴定，并通过生物信息学工具分析对其bHLH保守结构域、蛋白理化性质、系统进化发育关系，以及基因的表达情况进行分析。【结果】在云南栘[木衣]中共鉴定到177 个DdbHLH转录因子家族成员，其氨基酸长度为69～699 aa，相对分子质量为7.965～75.419 kDa，平均理论等电点为6.93，大部分属于不稳定亲水蛋白。系统发育进化关系显示，DdbHLH转录因子与拟南芥AtbHLH转录因子共同聚类的有15 个亚族，17 个DdbHLH转录因子聚类到与花青素相关的第2亚族；结合红、绿果皮中DdbHLH基因表达情况，初步筛选了11 个在红色果皮中的表达量较高的成员，对这11 个成员进行差异表达分析，最终获得2 个可能参与调控花青素生物合成的DdbHLH基因；再对这2 个DdbHLH基因进行RT-qPCR检测，结果显示其相对表达量与转录组测序情况基本一致，证实了转录组测序结果的可靠性。【结论】从云南栘[木衣]红、绿果皮转录组数据中鉴定到177 个DdbHLH转录因子家族成员，筛选到2 个转录因子（DdbHLH68、DdbHLH150）与果皮花青素生物合成相关的成员，为DdbHLH转录因子家族在调控云南栘[木衣]果皮色泽方面的研究奠定了基础。
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
郭玉婷 杜长霞
【目的】深入研究黄瓜Cucumis sativus R2R3-MYB亚家族成员的相关功能。【方法】利用生物信息学手段分析黄瓜全基因组，鉴定R2R3-MYB亚家族成员，对其系统进化关系、蛋白理化性质、染色体定位、基因结构、保守基序、顺式作用元件、蛋白质互作进行分析。【结果】黄瓜全基因组中含99个具有典型结构域的R2R3-MYB转录因子，蛋白序列含195～552个氨基酸，有保守基序及氨基酸位点；基因在染色体上分布不均匀；大部分亚家族成员蛋白质的不稳定指数大于40，属于不稳定蛋白。顺式作用调控元件分析发现：大部分基因启动子区所含元件与激素调节、MYB结合位点、胁迫密切相关。【结论】通过黄瓜全基因组鉴定，获得黄瓜基因组99个R2R3-MYB家族成员，分为30个亚组，映射于7条染色体上，该家族成员的上游启动子区含逆境相关作用元件。图7表1参36
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
李针针 刘兆磊 陈发棣 蒋甲福 陈素梅
［目的］本文旨在研究荷花Ｒ２Ｒ３－ＭＹＢ转录因子ＮＮＭＹＢ４的功能，探讨其在木质素合成过程中的作用。［方法］利用ＲＴ－ＰＣＲ技术从荷花品种‘黑龙江红莲’中克隆得到１个ＭＹＢ转录因子基因Ｃ ＤＮＡ全长开放阅读框（ＯＲＦ），命名为ＮＮＭＹＢ４。采用实时荧光定量ＰＣＲ（ｑＲＴ－ＰＣＲ）法分析ＮＮＭＹＢ４在荷花不同组织中的表达情况。构建Ｐ ＭＤＣ４３－ＮＮＭＹＢ４过表达载体转化拟南芥，采用乙酰溴法测定转基因植株的木质素含量，通过ｑＲＴ－ＰＣＲ技术对木质素合成关键酶基因的表达进行分析。［结果］ＮＮＭＹＢ４基因ＯＲＦ全长７２６ ＢＰ，编码２４１个氨基酸，属于Ｒ２Ｒ３－ＭＹＢ转录因子Ｇ４亚组，与拟南芥ＡＴ ．．．
[期刊] 林业科学
[作者]
宿红艳 王磊 王仲礼 朱路英 孔冬瑞
利用同源克隆方法首次从欧美杨雄花序克隆到1个R2R3-MYB基因PeMYBF1。序列分析结果显示:该基因编码的蛋白质具有典型R2R3-MYB转录因子序列特征,即N端含有2个由53个氨基酸组成的MYB结构域,暗示PeMYBF1是1个欧美杨R2R3-MYB转录因子家族的新成员。聚类分析表明:PeMYBF1归属为第19亚组,该亚组成员在花发育过程中发挥重要作用。器官特异性表达模式分析结果显示:PeMYBF1特异在雄花序和雌花序中表达,暗示PeMYBF1可能参与欧美杨花发育的调控。进一步的分析结果显示:PeMYBF1在不同发育时期花序中的表达水平受到严格调控。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
赵佳 刘荣 杨帆 李鑫 刘厚生 严倩 肖月华
【目的】花青素苷是月季花瓣呈红色或粉色的重要因素。R2R3-MYB蛋白是调控植物花青素苷合成的关键转录因子。从月季花瓣中克隆花青素苷调控相关的R2R3-MYB蛋白同源基因,并分析这些基因与月季花瓣颜色和花青素苷合成的关系,为花色基因工程改良奠定基础。【方法】根据植物花青素苷调控相关R2R3-MYB蛋白的保守序列设计简并引物,结合3'-RACE和Y-RACE方法从月季花瓣中扩增同源基因的全长编码序列。用植物第四(Sg4)和第六(Sg6)亚家族的R2R3-MYB蛋白、拟南芥次生代谢调控相关的R2R3-MYB序列和克隆基因的编码蛋白进行多序列比较和进化分析。通过比较不同颜色的月季花瓣中花青素苷含量和...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
贺涵 刘传和 邵雪花 赖多 匡石滋 肖维强
[目的]鉴定菠萝R2R3-MYB基因家族S20亚族成员,分析其进化、结构与表达模式,为菠萝S20亚族的生物学功能研究奠定基础。[方法]以菠萝基因组数据库为基础,利用生物信息学方法对菠萝S20亚族基因进行鉴定,并对其系统进化、结构、保守基序和表达模式进行系统分析。同时,克隆并原核表达代表性基因AcMYB108a,利用Western blot进行杂交验证。[结果]在菠萝基因组上共鉴定到5个S20亚族基因,分布于5条染色体上。系统进化与保守基序分析发现,不同植物的S20蛋白具有较高的保守性且均具有motif3保守基序。顺式作用元件分析表明,菠萝S20亚族基因与植物逆境胁迫响应过程有关,且受乙烯诱导。基因表达分析结果显示,S20亚族基因的表达存在组织特异性,其中AcMYB108a在果实中的表达水平最高。利用pET原核表达系统成功表达了AcMYB108a重组蛋白,并通过了Western杂交验证。[结论]菠萝S20亚族基因与逆境胁迫响应相关,且受到乙烯诱导。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
秦玉芝 邢铮 潘妃 熊兴耀
以马铃薯原始栽培种Yan(S.tuberosum subsp.andigena var.yanacochense)为材料,采用同源克隆技术,得到1条800 bp的c DNA片段。该c DNA片段包含1个完整的开放阅读框,编码265个氨基酸长度的蛋白质,定位在马铃薯10号染色体上。在线氨基酸序列分析、原生质体转化核定位分析和定量PCR表达特异性分析结果表明,该蛋白与番茄Sl CMYB1、茄子Sm MYB的同源性达99%,与拟南芥At MYB113的同源性在70%以上;该蛋白含有2个DNA–结合结构域,是2个串联的myb–功能域,属于R2R3类MYB转录因子,命名为StR2R3–MYB1。StR2...
关键词：
马铃薯 MYB转录因子 光响应相关基因
[期刊] 林业科学
[作者]
宿红艳 王磊 王仲礼 冯培勇 张晔
An R2R3 MYB gene,PeMYBL1,was isolated from male inflorescence of Populus?euramericana by homologous cloning combined with in silico cloning techniques.The full length of PeMYBL1 cDNA was 1 094 bp encoding 276 amino acids.The deduced amino acid sequence contained two conserved MYB domains near the N-...
关键词：
杨树 MYB基因 克隆 表达分析 雄花序
[期刊] 林业科学
[作者]
马春雷 姚明哲 王新超 金基强 陈亮
MYB类转录因子是一类包含一段保守的DNA结合结构域的基因家族,广泛地参与植物发育和植物次生代谢的调节。根据前期芯片杂交和文库筛选得到的2个MYB转录因子的部分序列,采用RT-PCR和RACE技术分离得到它们的全长基因:CsMYB1和CsMYB2,在GenBank的登录号分别为HQ660373和HQ660374。序列分析表明:CsMYB1基因全长1132bp,开放阅读框长879bp,编码292个氨基酸,推测的蛋白分子量约为32.9ku,理论等电点为8.13;CsMYB2基因全长1020bp,其中开放阅读框长675bp,编码224个氨基酸,推测的蛋白分子量约为25.4ku,理论等电点为9.05。...
关键词：
茶树 MYB转录因子 基因克隆 表达分析
[期刊] 中国农业科学
[作者]
白辉 宋振君 王永芳 全建章 马继芳 刘磊 李志勇 董志平
【目的】谷子锈病是影响其产量和品质的重要因素之一。鉴定谷子抗锈病相关的MYB转录因子,为谷子抗锈病机理研究奠定基础。【方法】利用real-time PCR技术,检测9个SiMYBs转录因子基因在(1)谷子孕穗期根、茎、叶和穗4个部位的表达情况,(2)在谷子抗(resistance,R)、感(susceptibility,S)锈病反应120 h内的表达丰度差异,(3)在植株外接水杨酸(salicylic acid,SA)和茉莉酸甲酯(methyl jasmonate,MeJA)后24 h内的表达变化;比较SiMYBs基因在谷子R、S、SA与MeJA 4种反应中的表达模式;选择抗病相关SiMYBs基因进行转录激活活性检测和亚细胞定位。【结果】SiMYB100在叶部表达量最高,其余8个基因均在根部表达量最高,SiMYB074最显著。5个基因的表达与抗病相关:SiMYB074和SiMYB202受锈菌侵染诱导表达,抗病反应早期的表达量明显高于感病反应;SiMYB041和SiMYB177在抗病反应早期下调表达,后期上升至接种前,而感病反应中保持低水平表达;SiMYB100在接种后的48 h内,抗病、感病反应表达模式相反。在响应外源激素SA和MeJA反应中,SiMYBs基因的表达量均发生不同程度的变化。4个基因(SiMYB074、SiMYB100、SiMYB174和SiMYB202)在R、SA与MeJA反应中的表达模式一致,不同于S反应。5个抗病相关SiMYBs基因具有转录激活活性,其编码蛋白质定位于细胞核中。【结论】鉴定到SiMYB041、SiMYB074、SiMYB100、SiMYB177和SiMYB202 5个基因的表达与谷子抗锈病相关;SiMYB074与SiMYB100在谷子生长发育和抗病过程中都发挥一定的功能;SiMYB074、SiMYB100、SiMYB174和SiMYB202 4个基因可能通过SA和JA信号途径参与谷子的早期抗病反应。
[期刊] 林业科学研究
[作者]
史倩倩 周琳 李奎 王雁
以云南野生黄牡丹为试材，基于已构建的花瓣转录组数据库，筛选到了２４个与花色素苷合成相关的ｂ ＨＬＨ转录因子蛋白同源性高的Ｕｎｉｇｅｎｅ序列，命名为ＰＬｂ ＨＬＨ１～２４。通过开放阅读框（ＯＲＦ）的氨基酸序列比较和系统进化树分析，发现ＰＬｂ ＨＬＨ３可能参与调控花色素苷合成，其ＯＲＦ包含一个２ ０４０ ｂＰ的开放阅读框，编码一个６７９个氨基酸的蛋白；其氨基酸序列与葡萄ＶＶ ＭＹＣ１和苹果Ｍｄｂ ＨＬＨ３的亲缘关系最近，相似性达６０％以上。相对荧光定量ＰＣＲ分析表明，ＰＬｂ ＨＬＨ３在黄牡丹和紫牡丹的不同组织中均有表达，在两者的花药，心皮和花瓣中的表达显著高于在萼片和叶片中的表达；ＰＬｂ ＨＬＨ３．．．
[期刊] 林业科学研究
[作者]
史倩倩 周琳 李奎 王雁
以云南野生黄牡丹为试材,基于已构建的花瓣转录组数据库,筛选到了24个与花色素苷合成相关的b HLH转录因子蛋白同源性高的Unigene序列,命名为Plb HLH1~24。通过开放阅读框(ORF)的氨基酸序列比较和系统进化树分析,发现Plb HLH3可能参与调控花色素苷合成,其ORF包含一个2 040 bp的开放阅读框,编码一个679个氨基酸的蛋白;其氨基酸序列与葡萄Vv MYC1和苹果Mdb HLH3的亲缘关系最近,相似性达60%以上。相对荧光定量PCR分析表明,Plb HLH3在黄牡丹和紫牡丹的不同组织中均有表达,在两者的花药,心皮和花瓣中的表达显著高于在萼片和叶片中的表达;Plb HLH3...
[期刊] 林业科学研究
[作者]
李丹蕾 张瑞芝 王峰 陈俏丽 牛春阳 零雅茗 郝昕
[目的]强致病锈菌亲和型树种欧美杨适合做寄主感病分子机理研究。研究表明转录因子及其调控miRNA在杨树抗/感病过程中起重要的信号传导和调控作用,决定杨树与锈菌的亲和性。为深入研究杨树感病性,对欧美杨R2R3-MYB转录因子及其调控miRNA进行研究。[方法]构建锈菌侵染和未侵染miRNA组、降解组文库和基因表达谱文库,进行高通量测序。对基因表达谱结果进行生物信息学分析鉴定R2R3-MYBs,根据miRNA组和降解组数据确定R2R3-MYBs调控miRNA。应用定量PCR技术鉴定候选R2R3-MYBs和其调
[期刊] 华北农学报
[作者]
张鹏钰 刘毓侠 曹丽茹 袁珍 王国瑞 王同朝 尹钧 卫丽
为进一步挖掘小麦逆境胁迫响应基因在植物非生物逆境胁迫应答中的作用,探究小麦逆境胁迫响应机制,从前期转录组结果中筛选出1个编码MYB蛋白的基因,暂命名为Tamyb59,通过PCR技术扩增Tamyb59的全长;利用NCBI和DNAMAN软件进行基因序列比对和保守结构域的分析;利用Expasy和TMHMM等在线软件进行氨基酸组成、亲水系数分析;采用MEGA 6. 0软件构建系统进化树;构建pMDC83-GFP融合表达载体,进行基因表达的亚细胞定位分析。采用qRT-PCR分析了基因在不同非生物胁迫处理过程中不同组织的表达特性,并利用SAS数据处理软件进行差异显著性分析。结果表明:该基因含有典型的SANT保守结构域,CDS序列全长为522 bp,编码173个氨基酸,编码蛋白分子质量为19. 7 ku,理论等电点为7. 61。基因系统进化分析结果表明,Tamyb59与山羊草、粳稻、玉米等9种植物MYB转录因子有52. 0%～85. 6%的同源性,其中与谷子的MYB蛋白同源性最高。亚细胞定位结果显示,Tamyb59基因编码蛋白定位在细胞核。利用qRT-PCR分析了基因在不同非生物胁迫处理过程中不同组织的表达特性,组织表达特异性分析显示,Tamyb59基因在小麦根中的表达量较高,茎、叶和幼穗中表达量较低; PEG和盐胁迫处理过程中,Tamyb59基因的表达均呈现先上升后下降的趋势,说明Tamyb59基因对不同非生物胁迫有不同的响应。
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