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[期刊] 西南农业学报
[作者]
母德锦 陈林 许玉兰 蔡年辉 冯玲 陈诗 唐军荣
【目的】研究云南松肉桂醇脱氢酶的表达特性及其在木质素生物合成过程中的作用。【方法】以1年生云南松苗木为材料，通过测定嫩茎、嫩芽和针叶中18种木质素通路小分子的相对含量，并结合转录组数据联合分析，对云南松CAD基因进行筛选、克隆和生物信息学分析，同时利用RT-qPCR技术分析其在不同组织中的表达模式。【结果】在检测的18种木质素通路小分子中，嫩芽以5-O-咖啡酰莽草酸、5-O-对香豆酰莽草酸和咖啡酸等3种的相对含量较高，嫩茎以3-O-对香豆酰奎宁酸、4-香豆酸、阿魏酸、松柏醛、L-苯丙氨酸、松柏醇、对-香豆醇、L-酪氨酸和芥子醛等9种的相对含量较高，而在针叶中则以松柏苷、香豆醛、咖啡醛和紫丁香苷等4种的相含量较高。云南松转录组中筛选出4个CAD家族成员，通过系统进化分析发现云南松PyCAD-3与AtCAD1同源，PyCAD-1、PyCAD-2和PyCAD-4与松属类CAD、拟南芥AtCAD4、AtCAD5亲缘关系最近。相关性分析表明PyCAD-1和PyCAD-2与上下游木质素通路小分子相关性较强。PyCAD-1和PyCAD-2开放阅读框全长分别为570 bp和1083 bp，编码蛋白分子量分别为20.38 kDa和39.30 kDa。实时荧光定量PCR结果分析显示，PyCAD-1基因的相对表达量在嫩芽、嫩茎中最高；PyCAD-2基因的相对表达量在嫩茎中最高。【结论】PyCAD-2可能直接参与云南松木质素的生物合成，而PyCAD-1则可能存在一定的功能冗余。研究结果为云南松CAD基因家族及木质素代谢途径相关基因研究提供参考。
关键词：
云南松 肉桂醇脱氢酶 基因克隆 表达分析
[期刊] 草业科学
[作者]
许超 何承刚 姜华
叶黄素循环是植物应对环境胁迫进行热耗散的光保护途径之一，紫黄质脱环氧化酶基因(VDE)是叶黄素循环脱环氧化过程的关键基因。本研究采用RACE技术首次克隆了云南逸散紫花苜蓿(Medicago sativa)的MsVDE基因，同时采用实时荧光定量分析干热胁迫下的MsVDE基因表达特征。结果表明，MsVDE全长1 678 bp,CDS编码区1 608 bp，编码535个氨基酸。氨基酸序列保守区域具有3个VDE基因的特征区，即N-端半胱氨酸富集区、脂质运载蛋白特征区和C-端谷氨酸富集区。进化树分析表明该基因与蒺藜苜蓿(Medicago truncatula) VDE基因的氨基酸序列亲缘关系最近。干热胁迫第4天和第8天时的MsVDE基因表达量分别比正常条件上调了2.13倍和1.97倍；喷洒二硫苏糖醇(1, 4-Dithiothreitol, DTT)溶液后MsVDE基因表达量平均下调了55%。本研究初步得出，云南逸散紫花苜蓿MsVDE基因在调控叶黄素循环应对干热胁迫中起作用。
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
马艳 朱馨蕾 杨长庚 张富春 尹伟伦
为深入研究胡杨的抗盐分子机制,并获得与之相关的抗逆基因,采用SMART技术构建了胡杨盐胁迫处理cDNA文库。经随机测序,得到一个编号为SSL061的EST序列,与欧美杨的脱水素基因有较高相似性,通过PCR快速扩增文库的方法获得了胡杨脱水素基因(Pedhn)。分析表明,该cDNA的长度为813 bp,拥有681 bp的开放读码框,共编码227个氨基酸。该序列包括两个重复的富含赖氨酸的K片段和由7个连续的丝氨酸残基组成的S片段,但是缺乏Y片段。RT-PCR结果表明,胡杨在未受胁迫的情况下脱水素基因的转录水平较低,而随着盐胁迫浓度的升高,脱水素基因的转录水平总体呈上升趋势。
关键词：
胡杨 cDNA文库 脱水素 盐胁迫
[期刊] 林业科学研究
[作者]
史倩倩 周琳 李奎 王雁
以云南野生黄牡丹为试材,基于已构建的花瓣转录组数据库,筛选到了24个与花色素苷合成相关的b HLH转录因子蛋白同源性高的Unigene序列,命名为Plb HLH1~24。通过开放阅读框(ORF)的氨基酸序列比较和系统进化树分析,发现Plb HLH3可能参与调控花色素苷合成,其ORF包含一个2 040 bp的开放阅读框,编码一个679个氨基酸的蛋白;其氨基酸序列与葡萄Vv MYC1和苹果Mdb HLH3的亲缘关系最近,相似性达60%以上。相对荧光定量PCR分析表明,Plb HLH3在黄牡丹和紫牡丹的不同组织中均有表达,在两者的花药,心皮和花瓣中的表达显著高于在萼片和叶片中的表达;Plb HLH3...
[期刊] 林业科学研究
[作者]
史倩倩 周琳 李奎 王雁
以云南野生黄牡丹为试材，基于已构建的花瓣转录组数据库，筛选到了２４个与花色素苷合成相关的ｂ ＨＬＨ转录因子蛋白同源性高的Ｕｎｉｇｅｎｅ序列，命名为ＰＬｂ ＨＬＨ１～２４。通过开放阅读框（ＯＲＦ）的氨基酸序列比较和系统进化树分析，发现ＰＬｂ ＨＬＨ３可能参与调控花色素苷合成，其ＯＲＦ包含一个２ ０４０ ｂＰ的开放阅读框，编码一个６７９个氨基酸的蛋白；其氨基酸序列与葡萄ＶＶ ＭＹＣ１和苹果Ｍｄｂ ＨＬＨ３的亲缘关系最近，相似性达６０％以上。相对荧光定量ＰＣＲ分析表明，ＰＬｂ ＨＬＨ３在黄牡丹和紫牡丹的不同组织中均有表达，在两者的花药，心皮和花瓣中的表达显著高于在萼片和叶片中的表达；ＰＬｂ ＨＬＨ３．．．
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
毛珊珊 吴华俊 林同
松墨天牛ＭｏｎｏｃｈａＭｕｓ ａｌｔｅｒｎａｔｕｓ是危害马尾松树重大蛀干害虫，也是松材线虫的主要传播媒介昆虫，对我国松林资源构成严重威胁。用ｃ Ｄｎａ末端快速扩增（ｒａｃｅ）方法克隆了松墨天牛ｅｒＰ基因（Ｍａｌ ｅｒＰ），Ｇｅｎ Ｂａｎｋ登录号为ｋＦ３５７８８１．１。该基因含有一个长为８６４ ＢＰ的开放阅读框，编码２８７个氨基。同源性分析表明，Ｍａｌ ｅｒＰ与光肩星天牛ａｎｏＰｌｏＰｈｏｒａ ＧｌａＢｒｉＰｅｎｎｉｓ ｅｒＰ的同源性最高，达到７９％；与赤拟谷盗ｔｒｉＢｏｌｉｕＭ ｃａｓｔａｎｅｕＭ的同源性为４５％。实时荧光定量Ｐｃｒ分析显示，Ｍａ ｅｒＰ在松墨天牛３龄幼虫的脂肪体、马氏管、中肠．．．
关键词：
松墨天牛 包囊蛋白 基因表达 农药胁迫
[期刊] 林业科学
[作者]
康晓彤 陈辉
【目的】研究华山松alpha-pinene synthase基因和(-)-limonene synthase基因及其表达特性,为揭示其在华山松抵御华山松大小蠹和蓝变真菌秦岭细粘束孢的入侵机制提供理论依据。【方法】运用PCR和RACE技术克隆华山松alpha-pinene synthase基因和(-)-limonene synthase基因cDNA序列;利用生物信息学方法分析基因的核苷酸序列和编码蛋白的氨基酸序列,并构建系统发育树;通过实时荧光定量PCR技术分析华山松alpha-pinene synthase基因和(-)-limonene synthase基因在MeJA处理和秦岭细粘束孢侵染后的表达差异。【结果】华山松alpha-pinene synthase基因编码区全长为1 887 bp,编码的蛋白由628个氨基酸组成,分子质量为71.59 kDa,理论等电点为5.86。华山松(-)-limonene synthase基因编码区全长为1 905 bp,编码的蛋白由634个氨基酸组成,分子质量为73.01 kDa,理论等电点为5.97。经实时荧光定量PCR分析,MeJA处理后alpha-pinene synthase基因和(-)-limonene synthase基因在不同时间均被诱导表达,其中alpha-pinene synthase基因表达量在第2天达到最高峰,(-)-limonene synthase基因表达量在第4天达到最高峰;秦岭细粘束孢侵染后alpha-pinene synthase基因和(-)-limonene synthase基因均被诱导表达,但表达量在处理后不同时间有明显差异。结果表明华山松alpha-pinene synthase基因和(-)-limonene synthase基因是响应MeJA处理(模拟华山松大小蠹入侵危害)和秦岭细粘束孢侵染重要的基因。【结论】华山松alpha-pinene synthase基因和(-)-limonene synthase基因能够响应MeJA处理和秦岭细粘束孢侵染,这对进一步揭示寄主华山松抵御华山松大小蠹和蓝变真菌入侵机制提供了理论依据。
[期刊] 海洋渔业
[作者]
贾昌锋 高海霞 祝茜 张雷
采用表达序列标签(EST)和cDNA末端快速扩增技术(RACE)从松江鲈(Trachidermus fasciatus)体内克隆出一个热休克同源蛋白70(即TfHsc70)。其全长2 138 bp,理论分子量为71.1 kDa,等电点为5.27,并由一个1 947 bp的开放阅读框(ORF)、一个78 bp的5′端未翻译区(UTR)和一个95 bp的3′端带有终止密码子(TAA)的UTR组成。通过与多种鱼类、两栖类和爬行类等动物的热休克同源蛋白70(HSC70)对比发现,其具有88.89%～97.09%的相似性。实时荧光定量PCR (quantitative real-time PCR, qRT-PCR)显示,TfHsc70 mRNA在松江鲈的血液、心脏、肝脏、胃、肠、脾脏、肾脏、大脑、鳃中均有表达,但在皮肤中几乎未检测出。使用脂多糖(LPS)刺激发现,皮肤、血液和肝脏中TfHsc70的表达量在2 h时明显增加,鳃和脾脏中略微上调,而在大脑中呈现先减少再增加的趋势。基于对TfHsc70的蛋白序列以及TfHsc70 mRNA的表达分析,表明TfHsc70是热休克蛋白HSP70家族成员,它可能参与了松江鲈的先天免疫。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
陈玥 李家乐 沈玉帮
为了研究C1qC基因在草鱼(Ctenopharyngodon idella)免疫过程中所起的作用,利用RT-PCR和RACE方法克隆获得了C1qC基因cDNA全长序列,经序列分析表明,所克隆的C1qC cDNA全长为916 bp,包括开放阅读框(open reading frame,ORF)735 bp,5′端非编码区(untranslated region,UTR)89 bp和3′端非编码区(UTR)92 bp。735 bp的ORF共编码244个氨基酸,相对分子量为26 162.5 U。同源性分析表明,草鱼与斑马鱼(Danio rerio)的相似度最高,达到71%。经草鱼呼肠孤病毒(gras...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
韦新兰 张杰 陈丽萍 王卫民 高泽霞 王焕岭
采用RACE(rapid amplification of cDNA ends)技术从团头鲂精巢中克隆出精子发生相关基因4(sper-matogenesis associated gene 4,SPATA4)。该基因cDNA全长为1 076 bp,包括1个678 bp的完整阅读框架,编码225个氨基酸,预测的氨基酸序列的分子质量为25.72 ku,等电点为9.32。序列分析显示团头鲂SPATA4基因与其他脊椎动物同源性较高。荧光定量PCR结果显示SPATA4基因在受精后1～206 h期间,该基因在受精后4 h和受精后28 h的表达量最高,在受精后50 h表达量最低,而在其他时期的表达水平基本一...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
王丹阳 高付永 孙炜 芮伟康 Khanizadeh Shahrokh 张绍铃 陶书田
［目的］通过克隆‘砀山酥梨’（Ｐｙｒｕｓ ｂｒｅｔｓｃｈｎｅｉｄｅｒｉ ‘ｄａｎｇｓｈａｎｓｕｌｉ’）果实中咖啡酰－辅酶ａＯ－甲基转移酶（ｃｃＯａＯＭｔ）基因的全长序列，并对其进行生物信息学及基因表达差异分析，阐释了其在梨果实木质素合成途径的作用，以期为今后利用基因调控技术来改变果实中石细胞含量从而改善梨果实品质提供一定的理论依据。［方法］以１５年生‘砀山酥梨’果实为试材，根据从ｎｃｂｉ数据库中搜索得到关于植物木质化的ｃｃＯａＯＭｔ基因序列与梨基因组数据库调取的序列比对，利用ｒｔ－Ｐｃｒ技术克隆得到了木质素生物合成途径中的一种关键酶基因ＰｂｃｃＯａＯＭｔ，ｇｅｎｂａｎｋ登录号为ｋＪ５７７５４４．．．
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
雷恒久 姚立萍 王爽 王彦涛 郭萧 李天红
为研究ＦａＧａＭＹＢ基因在草莓成花诱导和花发育中的作用，以‘卡姆罗莎’草莓（ＦｒａＧａｒｉａ×ａｎａｎａｓｓａ Ｄｕｃｈ．‘ｃａＭａｒｏｓａ’）为试材，采用同源克隆和ｒＴ－Ｐｃｒ技术分离了一个赤霉素信号途径中的ＭＹＢ转录因子基因ＦａＧａＭＹＢ。该基因开放阅读框为１ ６８９ＢＰ，编码５６２个氨基酸。序列分析发现ＦａＧａＭＹＢ蛋白含有高度保守的ｒ２ｒ３Ｄｎａ结合域，以及ＧａＭＹＢ基因家族所特有的Ｂｏｘ１，Ｂｏｘ２和Ｂｏｘ３保守区域。亚细胞定位研究发现ＦａＧａＭＹＢ蛋白定位于洋葱表皮细胞的细胞核。ＦａＧａＭＹＢ基因具有组成型表达特性，但在雄蕊、花芽、茎尖生长点和果实等生殖生长组织与器官的表达丰度较高．．．
[期刊] 林业科学
[作者]
金群英 林二培 彭华正 桑庆亮 华锡奇
竹笋的形成和生长发育过程涉及侧枝形态发生,探讨侧枝发育有关基因在竹笋发育过程中的作用,对于阐明竹笋发育基因调控机制有重要意义。利用禾本科TB1同源基因在序列上的保守性,在基因上游的非编码区设计简并引物,通过RT-PCR技术,从早竹笋中克隆到一个1296bp的cDNA序列,该序列包含1个编码349个氨基酸的阅读框,在氨基酸水平上与玉米TB1相似性达64.7%,定名为PpTB1。序列分析比对表明,PpTB1基因的编码产物含有保守的SP区、TCP区和R区,属于基因家族的1个成员。进化分析进一步表明,竹子TB1相似基因是玉米TB1基因的同源基因,且竹子TB1同源基因的分歧时间介于水稻和现有其他TB1同...
关键词：
早竹 竹笋发育 TB1同源基因
[期刊] 林业科学研究
[作者]
陈段芬 彭镇华 高健
A new gene,named as NTZDS1(GenBank accession number:EU138882),was cloned from the alabastrum of Narcissus tazetta var.chinensis through RT-PCR.The sequence consists of 1 899 bp,has an open reading frame of 1 725 bp encoding a polypeptide of 574 amino acids.Homology analysis showed that the deduced N...
关键词：
中国水仙 ZDS基因 序列分析 组织表达
[期刊] 淡水渔业
[作者]
孙军 梁卉 林小涛 胡云凤 童芳
采用RACE-PCR方法,从鲢(Hypophthalmichthys molitrix)头肾SMARTcDNA中获得了679 bp IL-8 cDNA序列。结果显示:该序列包含169 bp的5′非编码区,213 bp 3′端非编码区和297 bp的开放阅读框;鲢IL-8的开放阅读框编码98个氨基酸残基,其中包含构成两对二硫键的4个保守半胱氨酸。RT-PCR结果显示鲢:IL-8 mRNA主要在胰、肝脏和头肾中表达。将鲢IL-8不含信号肽的成熟多肽克隆到原核融合表达载体pQE30上,转入大肠杆菌M15内进行表达,经SDS-PAGE电泳后显示,重组融合蛋白在分子量约11kD处有一明显表达带,与预期计...
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