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[期刊] 华中农业大学学报  [作者] 张曼曼  冯兵  罗双双  王卫民  周小云  
以二倍体和四倍体泥鳅为研究对象,采用甲基化修饰依赖性内切酶测序技术(MethylRAD-Seq)在全基因组水平上分析泥鳅的DNA甲基化特点及倍性间的DNA甲基化变异。测序结果共得到302 111 684条Methyl-RAD序列标签。与参考基因组比对结果显示,泥鳅的甲基化位点主要分布在基因体区(gene body),其次为内含子区(intron)和基因间区(intergenic),而在其他功能元件上的分布较少。四倍体泥鳅的整体甲基化水平比二倍体高,尤其是在第一外显子区(1st Exon)和转录起始位点上游1 500bp至200bp区(TSS1500),且倍性间差异极显著(P
[期刊] 华中农业大学学报  [作者] 张曼曼  高泽霞  冯兵  罗双双  曹文怡  周小云  
为探讨胰岛素样生长因子结合蛋白-1(IGFBP-1)基因在二倍体和四倍体泥鳅之间的表达差异及其与DNA甲基化的相关性,克隆二倍体、四倍体泥鳅的CDS序列和启动子序列,并分别采用qRT-PCR和亚硫酸氢盐测序技术(BSP)分析IGFBP-1在二倍体、四倍体泥鳅中的表达水平及启动子区和第一外显子区的甲基化水平。结果显示,泥鳅的IGFBP-1基因CDS序列长789bp,编码262个氨基酸,二倍体、四倍体泥鳅间有5bp的差异,但氨基酸序列完全相同。在二倍体、四倍体中分别克隆得到2 341bp和2 331bp的启动子序列,倍性间的序列相似度达99%,启动子序列中包含典型元件TATA-box,以及SP1、CREB、C/EBP、POU2F2、GATA-2/3/4和SRY等转录因子结合位点。泥鳅的IGFBP-1基因主要在肝脏中表达,且四倍体泥鳅肝脏中IGFBP-1的表达水平显著高于二倍体(P<0.01)。四倍体泥鳅IGFBP-1基因启动子及第一外显子区的甲基化水平均比二倍体低,其中四倍体肝脏中的甲基化水平显著低于二倍体(P<0.01)。综合分析研究结果表明,在IGFBP-1基因主要表达的肝脏组织中,其mRNA表达水平与DNA甲基化水平呈负相关,启动子区较高的甲基化可能抑制了二倍体泥鳅IGFBP-1基因的表达。
[期刊] 华中农业大学学报  [作者] 方礼豹  周小云  崔蕾  阎里清  王卫民  
利用二倍体(D)、四倍体(T)泥鳅与大鳞副泥鳅(P)间的自交与杂交,获得9种细胞型子代,分别为(♀×♂):D×D、D×T、D×P、T×D、T×T、T×P、P×D、P×T和P×P。采用流式细胞计数法和染色体制片技术分别对其进行了DNA相对含量测定和染色体组型分析。DNA相对含量结果显示:D×D、D×P、P×D和P×P属于二倍体;D×T、T×D、P×T和T×P属于三倍体;T×T属于四倍体,且3种类型DNA含量比值接近2∶3∶4。D×D的染色体数2n=50,核型为8m+6sm+36t,臂数NF=64;T×T染色体数为4n=100,抗型16m+12sm+72t,NF=128;P×P为2n=48,12m...
[期刊] 华中农业大学学报  [作者] 罗双双  高泽霞  冯兵  张曼曼  曹文怡  周小云  
为筛选在泥鳅中稳定表达的内参基因,以确保泥鳅基因表达分析结果的可靠性,选取ACTB、TUBA、EF1A、GAPDH、TUBB和18SrRNA 6个常用的内参基因作为候选内参基因,分别用BestKeeper、geNorm、NormFinder、ΔCt和RefFinfer软件分析这6个基因在二倍体和四倍体泥鳅胚胎发育阶段、成鱼组织间以及倍性间表达的稳定性。结果显示,在胚胎发育各阶段,TUBB和TUBA的表达最稳定,可作为胚胎发育阶段qRT-PCR分析的内参基因;其中,TUBB在泥鳅倍性间的表达差异不显著,因此,可作为泥鳅胚胎发育中跨倍性qRT-PCR研究的内参基因。在成鱼各组织中,ACTB和18SrRNA的表达最稳定,可用作组织间qRTPCR分析的内参基因;其中,18SrRNA在倍性间的组织表达差异不显著,因此,可作为泥鳅组织间跨倍性qRTPCR的内参基因。
[期刊] 华中农业大学学报  [作者] 宋晓然  詹凡玢  王卫民  
试验以泥鳅(Misgurnus anguillicaudatus,Ma)为研究对象,采用PCR技术克隆获得trim63a基因(tripartite motif containing 63,又名肌肉环状指基因1)的cDNA部分序列,生物信息学分析结果显示,Matrim63a基因cDNA的编码序列(coding sequence,CDs)为1 035bp,编码344个氨基酸,与硬骨鱼类相似度较高。采用荧光定量PCR技术检测人工繁殖获得的二倍体(D×D)和四倍体(T×T)胚胎不同发育时期Matrim63a的表达量以及泥鳅二倍体(D)和四倍体(T)成鱼不同组织中Ma-trim63a的表达量,基因表达分析结果显示,Ma-trim63a在泥鳅二倍体和四倍体成鱼肌肉中的相对表达量最高,其次是心脏;Ma-trim63a在泥鳅二倍体和四倍体胚胎的13个发育时期均有表达,但是不同倍性的胚胎表达差异较大。
[期刊] 华中农业大学学报  [作者] 周玲玲  张桂蓉  魏开建  邹桂伟  王卫民  梁宏伟  冉玮  
采用SRAP标记和线粒体DNA控制区测序方法对武汉和洞庭湖2个二倍体和四倍体泥鳅同域分布区4个泥鳅群体的遗传结构进行研究。SRAP分析结果表明,18对多态性引物组合在4个泥鳅群体中共检测到534个位点,每对引物组合检测的位点数为23~40个;各群体的Nei's基因多样性(h)和Shannon's信息指数(I)平均值分别为0.205~0.218和0.324~0.341,4个群体间的h以及I差异不明显;基于Nei's无偏遗传距离构建的UPGMA树显示,洞庭湖二倍体和四倍体泥鳅群体亲缘关系最近,先聚为一支,再与武汉四倍体泥鳅聚为一支,而武汉二倍体泥鳅聚为单独一支。测定了4个泥鳅群体40个个体线粒体D...
[期刊] 中国农业科学  [作者] 朱红菊  刘文革  赵胜杰  路绪强  何楠  豆峻岭  高磊  
【目的】研究二倍体和同源四倍体西瓜幼苗NaCl胁迫后形态学指标差异和DNA甲基化变化情况,分析不同倍性西瓜幼苗之间耐盐差异,结合形态学指标从表观遗传学角度解释二倍体和四倍体抗逆性差异机制。【方法】以3组不同倍性(二倍体、四倍体)西瓜幼苗为研究对象,待长至三叶一心时,用含有0、100、200、300和400mmol·L-1 NaCl的1/2 Hoagland营养液处理西瓜幼苗,NaCl处理8 d之后,鉴定西瓜幼苗受到的盐害指数,并运用甲基化敏感扩增多态性(methylation sensitive amplified polymorphism,MSAP)技术,分析NaCl处理8 d之后二倍体和四...
[期刊] 水产学报  [作者] 吴萍  吴小松  魏育红  陈立侨  
为探明三倍体和二倍体泥鳅的组织细胞学差异,运用血液涂片及组织切片方法,对三倍体、二倍体泥鳅的红细胞及其细胞核的长轴和短轴,血液中血细胞的组成及仔鱼眼部构造等进行了比较。结果表明,三倍体泥鳅红细胞及其核的长轴均比二倍体的要大,其中前者红细胞核的长轴约为后者的1.12倍,红细胞体积、核体积分别约为后者的1.62和1.44倍。三倍体泥鳅红细胞的相对数量明显少于二倍体泥鳅,而嗜中性细胞、单核细胞及淋巴细胞则多于后者。此外,三倍体泥鳅眼部色素层细胞数量少于二倍体。
[期刊] 南京农业大学学报  [作者] 胡金良  徐汉卿  刘惠吉  王华  
在现蕾期和开花期对二倍体矮脚黄白菜自交、四倍体矮脚黄白莱自交和以四倍体矮脚黄白菜为母本、二倍体矮脚黄为父本杂交的白菜进行胚胎学观察。结果表明,二倍体和四倍体白莱自交的均能正常受精和进行胚胎发育,最终形成正常的种子,但四倍体白菜的受精和胚胎发育均落后于二倍体白菜;四倍体白菜和二倍体白菜杂交的受精和早期胚胎发育正常,但胚乳一般在游离核阶段发生退化,到授粉后16d,胚乳完全消失.由于胚乳过早解体,胚发育到球形原胚时发生退化,因而无法获得成熟的三倍体种子。
[期刊] 南京农业大学学报  [作者] 王红娟  韩盼盼  李雅婷  向增旭  
[目的]本文旨在探索白术同源四倍体基因组在分子水平上的变化规律。[方法]以二倍体及其同源四倍体白术的试管苗为试验材料,应用MSAP和ISSR技术研究其DNA甲基化情况及遗传差异性。[结果]白术二倍体及其同源四倍体MSAP扩增总条带数均为373条,四倍体半甲基化率高于二倍体,而总甲基化率和全甲基化率却低于二倍体,54.96%的四倍体DNA甲基化模式发生了变化。采用5条ISSR引物检测1个白术二倍体和5个同源四倍体株系,共发现25个清晰的扩增位点,多态性位点13个,多态性为52.0%。[结论]白术二倍体人工加倍后遗传机制发生了变化。
[期刊] 中国水产科学  [作者] 邹曙明  李思发  蔡完其  杨怀宇  
通过比较同源四倍体、倍间三倍体与二倍体团头鲂(Megalobrama amblycephala)的红细胞、红细胞核的形态大小差异,探讨不同倍性团头鲂的红细胞形态遗传特征。结果表明:(1)团头鲂多倍体(同源4n和倍间3n)的红细胞数量显著低于二倍体(2n)团头鲂(P<0.05)。其中,倍间三倍体团头鲂每毫升血液的红细胞数为二倍体的78.95%,而同源四倍体的红细胞数量下降幅度较大,仅为2n团头鲂的56.87%。(2)团头鲂同源四倍体、倍间三倍体的红细胞短径和长径、核短径和长径、红细胞表面积、红细胞体积和核体积均依倍性增加而显著增大(P<0.05);其中,又以核体积增大最为显著,同源四倍体、倍间三...
[期刊] 南京农业大学学报  [作者] 刘惠吉  王华  高丽红  
测定了在18℃的生长箱内培养的5个白菜同源四倍体及2个二倍体品种子叶期幼苗的过氧化物酶(PER)、酯酶(EST)及超氧化物歧化酶(SOD)活性。结果显示,耐寒生态型四倍体品种的PER和EST比相应二倍体品种增加1~2条特有的酶带,SOD谱带无显著的差异;耐热四倍体品种则相反,3种酶带皆较二倍体品种减少1或2条。对3种酶进行聚类分析的结果表明,相同生态型和染色体倍数相同的品种归为同类,与按表型分类的结果基本一致。
[期刊] 南京农业大学学报  [作者] 郑金双  张蜀宁  孙成振  王建军  侯喜林  
以二倍体不结球白菜及其同源四倍体为材料,采用常规染色压片法进行核型分析。结果表明:二倍体不结球白菜核型公式为2n=2x=20=10m+8sm(2SAT)+2st,其中第1、2、3、4、6对为中着丝粒染色体,第5、7、8、9对为近中着丝粒染色体,第10对为近端着丝粒染色体,第5对染色体具有随体,核型类型属于2A型,为基本对称型;四倍体不结球白菜核型公式为2n=4x=20m+16sm(4SAT)+4st,核型特征与二倍体基本一致,仅染色体长度变异范围与二倍体相比略大。表明四倍体不结球白菜是由其二倍体加倍得到的,为同源四倍体。
[期刊] 林业科学  [作者] 董琳琳   张国成   刘立辉   计家宝   白向东   顾宸瑞   姜静   刘桂丰  
【目的】基于白桦四倍体与二倍体杂交产生的子代(三倍体)测定分析结果,选出生长与材质性状兼优的杂交优势亲本及组合,为种子园的亲本选配提供理论依据。【方法】以白桦测交系交配设计获得的40个杂交组合10年生杂种试验林为研究对象,测定各杂交组合的生长、材性和保存率等性状,利用SPSS22.0、WinNCⅡ等软件对各性状进行方差、配合力及效应值分析,采用隶属函数法并结合主成分分析综合评价各性状,选择杂交优势亲本及组合。【结果】1)不同亲本杂交组合间的生长、材性和保存率等性状方差分析显示(除木材密度和保存率性状外),7个性状的组合间方差、配合力方差均达显著或极显著水平;7个性状的变异系数在6.34%~55.29%之间,广义遗传力和狭义遗传力分别在38.83%~73.72%和22.23%~68.48%之间,其中部分性状家系间变异较大、遗传能力较强。2)树高、胸径、材积、木质素含量和纤维长宽比5个性状的一般配合力(GCA)效应以及特殊配合力(SCA)效应差异均达显著或极显著水平。双亲的加性效应对胸径、材积等生长性状以及纤维素、半纤维素、纤维长宽比等材质性状具有明显影响,母本的加性效应远大于父本,且占主导地位,各性状中母本的方差分量在43.11%~94.15%之间,父本在0~4.86%之间。由特殊配合力效应分析发现,SCA仅对木质素含量和树高的控制较强,分别为52.03%和44.55%。3)根据亲本及杂交组合间各性状配合力效应值,采用隶属函数并结合主成分分析对各亲本及组合进行综合评价发现,父本F4、F7和F10为优异父本,Q19和Q103为生长或木材纤维性状的优异母本,其中Q103的材积遗传增益达8.60%。选择Q33×F1、Q103×F10、Q13×F12和Q19×F11为生长或纤维性状的优异杂交组合,其中Q33×F1和Q103×F10组合的材积遗传增益分别为16.33%和15.62%。【结论】白桦母本加性效应为本研究性状表现的主要贡献者;依据白桦三倍体家系生长、材性的各配合力效应值,最终选出优异父本3个(F4、F7和F10)、母本2个(Q19和Q103),优良杂交组合4个(Q33×F1、Q103×F10、Q13×F12和Q19×F11)。
[期刊] 华中农业大学学报  [作者] 李象松  魏丽华  李炫丽  汪艳杰  王冰  吴江生  龙鸿  
以人工合成的萝卜-芥蓝异源四倍体的F4和F10世代为材料,用MSAP法检测2种材料DNA甲基化变异情况,以期为远缘杂交后不同世代间基因组DNA甲基化遗传和变异规律提供实验依据。结果表明:F4代和F10代甲基化程度分别为30.61%和33.10%,共检测12种甲基化变异模式,可以分为5种类型,甲基化变异位点占所有甲基化位点的41.71%。用甲基化抑制剂5-氮胞苷处理F4代,F10代材料,检测到甲基化程度分别为20.67%和25.75%,F代比F代受到了更大冲击,说明不稳定世代对环境的影响更加敏感。
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