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[期刊] 海洋渔业  [作者] 张国庆  梁冠宇  杨森  蔡林豪  何静  董烨玮  梁日深  
为从分子水平分析九棘鲈属鱼类(Cephalopholis)物种分类关系,并验证细胞色素C 氧化酶亚基 Ⅰ (COI) 作为DNA条形码对九棘鲈属物种鉴定的有效性。本研究采集了我国分布的九棘鲈属鱼类12种,利用PCR扩增及测序方法获得COI基因部分序列,结合GenBank下载的4种九棘鲈COI基因共同分析,利用MEGA7.0软件计算碱基信息与遗传距离,基于最大似然法和邻接法构建分子系统进化树。结果表明: 16种九棘鲈种内平均遗传距离为0. 002,种间平均遗传距离为0.142,两者相差71倍,表明COI基因可作为九棘鲈鱼类分子鉴定的条形码基因。构建的分子系统进化上,16种九棘鲈属鱼类聚为体色特征不同的三个类群,其中七带九棘鲈(Cephalopholis igarashiensis)与卜氏九棘鲈(Cephalopholis polleni)体色为多彩颜色,两者最先分化,位于进化树底部。剩下的九棘鲈主要形成体色为红色与体色为褐色的类群,与形态学的分类结果一致。部分存在误鉴或同种异名分类争议的九棘鲈品种:青星九棘鲈(Cephalopholis miniata)与半斑九棘鲈(Cephalopholis hemistiktos)、橙点九棘鲈(Cephalopholis aurantia)与黑边九棘鲈(Cephalopholis spiloparaea),进化树枝长能清晰区分各物种,并且两两之间的遗传距离也远大于0.020。揭示其各自应为独立的物种,研究结果为九棘鲈属鱼类的分类及物种鉴定提供分子水平分类依据。
[期刊] 中国水产科学  [作者] 赵娜  马春艳  宋炜  冯春雷  王鲁民  张凤英  蒋科技  赵宪勇  马凌波  
本文采用COI基因兼并引物对15种36个南极鱼类DNA进行扩增测序,并结合Gen Bank已有序列进行联配分析,对南极鱼2科22属43种共97条COI基因片段(539 bp)进行序列比较和系统发生关系研究,探索了DNA条形码技术在辅助鱼类物种鉴定和分类中的适应性与可行性。结果分析表明,43种南极鱼科和鳄冰鱼科的鱼类COI基因的平均碱基组成为T:31.9%、G:18.3%、A:22.2%和C:27.6%,具有明显的碱基偏倚性。南极鱼类的种间平均距离为0.157,种内平均遗传距离为0.002,种间平均遗传距离是种内平均距离的79倍;系统分析结果显示,除南极小带腭鱼(Cryodraco antarcticus)和罗斯海小带腭鱼(Cryodraco atkinsoni)外,其余的鱼类皆能够形成独立的分支,且与形态学分支一致。由此可见,DNA条形码对南极鱼亚目鳄冰鱼科和南极鱼科鱼类能够进行有效的物种鉴定,基于COI基因所建的NJ(neighbor-joining)树对物种分类具有较为准确的辨识力。系统发生关系表明,DNA条形码可以对除南极小带腭鱼(Cryodraco antarcticus)和罗斯海小带腭鱼(Cryodraco atkinsoni)外的南极鱼物种进行鉴定,不仅可以作为形态学的辅助手段为南极鱼分类系统的必要补充和佐证,并且可以用于探讨南极鱼类近缘种的系统发育关系。
[期刊] 海洋渔业  [作者] 程静   陈玉佩   叶嘉文   陈厚桦   陈震翰   梁日深  
为从分子水平分析我国蓑鲉亚科(Pteroninae)鱼类分类关系,本研究通过PCR扩增及测序获得了我国8种蓑鲉亚科鱼类COI基因部分序列,结合GenBank下载的6种蓑鲉,最后共14种40个个体线粒体COI基因序列,利用MEGA X计算了序列信息和遗传距离,利用基于最大似然法和邻接法构建分子系统进化树。结果表明:除盔蓑鲉(Ebosia bleekeri)和安狭蓑鲉(Pteroidichthys amboinensis)只有一个样本外,其余12种蓑鲉亚科鱼类的种间平均遗传距离是种内平均遗传距离的69.17倍,显示COI基因可作为蓑鲉亚科鱼类的有效DNA条形码基因。进化树上,蓑鲉亚科部分属并未能聚成属间单系,其中蓑鲉属(Pterois)与短鳍蓑鮋属(Dendrochirus)在进化树上形成多个分支。在蓑鲉属中,翱翔蓑鲉(Pterois volitans)与斑鳍蓑鲉(Pterois miles)聚为一支,两者关系较近,但COI遗传距离为0.042,大于Hebert推荐的0.020作为最小区分物种的遗传距离,支持两者为独立物种的观点。触须蓑鲉(Pterois antennata)、辐蓑鲉(Pterois radiate)和黑颊蓑鲉(Pteois mombasae)聚为一支,独立于翱翔蓑鲉与斑鳍蓑鲉的分支之外,并与短鳍蓑鮋属(Dendrochirus)的花斑短鳍蓑鮋(Dendrochirus zebra)以及盔蓑鲉属Ebosia的种类聚在一起,与近期有关蓑鲉亚科各种属分子聚类研究结果相似。但这三种蓑鲉是否可以从蓑鲉属中独立出来归为Pteropterus属,还需要后续更多的蓑鲉亚科鱼类样品共同研究验证。
[期刊] 中国水产科学  [作者] 王鹤  林琳  柳淑芳  姜志强  庄志猛  
应用DNA条形码通用引物扩增了11种中国近海习见头足类(Cephalopoda)共计97个个体的线粒体细胞色素C氧化酶亚基I(Cytochrome CoxidaseI,COI)基因片段,与GenBank收录的19种95条头足类同源序列进行比对。结果表明,头足类COI基因存在碱基插入缺失现象,杜氏枪乌贼(Uroteuthis duvauceli)插入缺失位点数多达33个;碱基组成偏倚明显,A+T含量(66.70%)显著高于G+C(33.30%)含量。基于Kimura双参数模型计算,29个物种的种内平均遗传距离为0.0072,种间平均遗传距离(0.2024)是种内遗传距离的28.11倍。针对剑尖枪...
[期刊] 海洋渔业  [作者] 马春艳  沈盎绿  马凌波  倪勇  张永  
以鳀科鱼类为研究对象,分析其线粒体16S rRNA基因片断序列,探讨了5属11种中国鳀科鱼类的亲缘关系。得到16S rRNA可比序列长度为472~501 bp,共存在20个插入/缺失,125个变异位点。总体上看,序列中转换多于颠换,转换/颠换之比为1.4。根据16S rRNA基因片段差异计算的种间遗传距离从0.22%(黄吻棱鳀和中颌棱鳀,刀鲚和凤鲚)到18.54%(长颌棱鳀和康氏侧带小公鱼),以金色小沙丁鱼作为外群构建的系统树,棱鯷属依次与鲚属、黄鲫属相聚,再与棱鳀属的赤鼻棱鳀相聚;最后与鳀属和侧带小公鱼属形成的分支相聚。赤鼻棱鳀自成单独的一支,建议将赤鼻棱鳀从棱鳀属中划分出来。
[期刊] 中国林业科学研究院  [作者] 刘霞  
杨柳科(Salicaceae)是一个分布极广的植物类群,自林奈创建杨柳科以来,该科只包括杨属和柳属两个属。根据经典形态学分类方法,杨属分为6大派。由于早期的研究所用分子标记包含的系统信息不足或取样的限制,杨属6大派间的系统发育关系一直缺乏系统的研究,特别是关于杨属起源、演化历史和进化的时间框架等都是系统学家比较关心的问题。基于以上存在的问题,本研究首先以蓖麻属(Ricinus)的蓖麻(Ricinus communis)为外类群,选取54个代表了广义杨柳科中的11个属的物种,使用matK和rbcL联合序列数
[期刊] 中国水产科学  [作者] 杨龙  李昂  李步苏  王焕  柳淑芳  庄志猛  
为了验证DNA条形码在鲹科鱼类物种鉴定和系统分类中的适用性,本研究自测6属7种17条序列,同时筛选了BOLD数据库中的有效序列,共获得25属95种273条鲹科鱼类DNA条形码序列,通过BLAST比对、遗传距离和系统关系树,构建了鲹科鱼类的DNA条形码分类系统。结果表明:(1)鲹科鱼类属间、种间、属内种间和种内三级分类单元遗传距离的平均水平分别为0.186、0.169、0.090和0.008,种间平均遗传距离是种内平均遗传距离的21倍,可见DNA条形码适用于鲹科鱼类分类鉴定;(2)运用DNA条形码技术可以识别出形态鉴定有误的物种,表明DNA条形码可以弥补传统形态学鉴定的局限性,可对鲹科鱼类形态学分类结果进行精准修正;(3)鲹科鱼类DNA条形码分析表明,BOLD数据库中仍存在一定的“同种异名”和“异种同名”现象,建议使用该数据库信息时应严格评估信息的准确性;(4)鲹科鱼类系统发生关系研究对物种的分类地位提出了新的见解,即拟鲳鲹(Parona signata)和镰鳍波线鲹(Lichia amia)亲缘关系较近,支持将二者均归为鲳鲹亚科。本研究丰富了鲹科鱼类DNA条形码数据,完善了鲹科DNA条形码分类系统,为鲹科鱼类物种鉴定和系统分类提供了分子证据。
[期刊] 华中农业大学学报  [作者] 杨浩  顾泽茂  
通过形态学和分子生物学的方法对1种寄生于大口黑鲈体表的鲺(Argulus sp.)进行鉴定,并根据SSU rDNA序列探究鲺属内物种的系统发育关系。结果显示:鲺体呈淡黄色;雌性体长1.93±0.46(1.42~2.54) mm,雄性体长2.18±0.49(1.57~2.87) mm;背甲马蹄形,侧叶末端伸达第三游泳足后缘;吸盘由多条(雌性:44~52;雄性:46~47)几丁质条组成,每条几丁质条含不等数量(雌性:5~6;雄性:7~8)的几丁质片。形态学与形态测量学结果与日本鲺(Argulus japonicus Thiele, 1900)最为相似。比对该物种SSU rDNA序列发现与日本鲺JN558647的序列相似性高达99.77%(1 274/1 277),进一步支持鉴定为日本鲺。ML系统进化树显示:鲺属内物种主要分为3个进化支;其中,日本鲺株系多位于Clade I中且与A.foliaceus和A.rhipidiophorus呈并系类群;本次采集的日本鲺(MW866569)聚于Clade I的基部,与日本鲺KF747859和KF747860株系亲缘关系最近。
[期刊] 中国水产科学  [作者] 王开杰  徐永江  柳学周  崔爱君  姜燕  王滨  方璐  
为了探讨线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ、Ⅱ (CO Ⅰ、CO Ⅱ)和16S rRNA基因在鰤属鱼类物种鉴定和群体划分中的适用性,在黄条鰤(Seriola lalandi)、髙体鰤(Seriola dumerili)、五条鰤(Seriola quinqueradiata)等鰤属鱼类中克隆了3种基因,并进行序列比对与系统进化分析。结果显示, CO Ⅰ、CO Ⅱ和16S rRNA的基因序列均表现出明显的A+T偏倚性; 16S rRNA序列最为保守,变异率仅为5.06%; CO Ⅰ序列的平均核苷酸差异数(k)和核酸多样性指数(Pi)高于CO Ⅱ和16S rRNA, CO Ⅱ的单倍型多样性指数最高, CO Ⅰ序列分化程度更高。比较了鰤属鱼类3种基因的扩增序列,发现CO Ⅰ、CO Ⅱ和16S rRNA均能对我国分布的3种鰤属鱼类进行有效鉴别。另外, CO Ⅰ、CO Ⅱ还可作为不同地理群体黄条鰤的鉴别DNA条形码,而16S rRNA对于不同地理群体的黄条鰤辨识能力不足。在鰤属鱼类中,基于CO Ⅰ、CO Ⅱ、16S rRNA基因计算的种间遗传距离都大于种内遗传距离的10倍以上,系统进化分析显示每个物种都形成单系,表明CO Ⅰ、CO Ⅱ、16S rRNA基因不仅可作为鰤属鱼类物种鉴定和多样性保护的有效DNA条形码, CO Ⅰ、CO Ⅱ还可作为黄条鰤不同地理种群划分和国际资源判别的依据。
[期刊] 林业科学  [作者] 潘欣  张健  朱天辉  梁洪萍  
采集巨桉林下马勃子实体,培养其菌丝体,提取子实体及菌丝体基因组DNA,进行rDNA-ITS区序列的扩增、克隆和序列测定,并对rDNA-ITS不同区域作序列分析,首次构建马勃的系统发育树。结果表明:野外采集获得马勃子实体10种,其中成功培养6种,测序结果表明马勃rDNA-ITS区长度在607~766bp之间,系统发育分析表明硬皮马勃属(Scleroderma)与豆包菌(Pisolithus)亲缘关系较近,秃马勃属(Calvatia)、马勃属(Lycoperdon)及横膜马勃属(Vascellum)之间亲缘关系较近,ITS1-5.8S rDNA-ITS2区可建立马勃类真菌属间系统发育树,ITS2区...
[期刊] 林业科学  [作者] 赵鹏  周惠娟  刘占林  Keith E. Woeste  呼东峰  党萌  李忠虎  王玛丽  赵桂仿  
胡桃属植物约有21种,在亚洲、欧洲和美洲均有分布,为间断分布类群。该属植物种质资源丰富,栽培历史久,具有重要的生物学意义和经济价值。综述胡桃属植物分子系统发育和生物地理方面的研究历史和进展,对美国白核桃及我国特有种麻核桃、野核桃和胡桃楸的归属及系统地位等有争议的问题进行分析,对该属植物遗传多样性、起源分布与进化历史方面的研究前景进行展望。随着分子生物技术的迅速发展,预计二代测序技术将成为研究非模式植物胡桃属系统发育和生物地理的有利工具。
[期刊] 水产学报  [作者] 宫亚运  章群  曹艳  吕金磊  杨喜书  
为明确中国大陆近海棱鳀属鱼类的分类地位,采用国际通用的COⅠ基因5'端652bp序列作为DNA条形码,对中国近海棱鳀属全部6种鱼类62尾标本进行鉴定分析。结果发现,所分析样品的序列碱基组成为T:29.0%,C:26.3%,A:25.3%,G:19.4%,A+T含量(54.3%)高于G+C含量(45.7%),转换/颠换率为3.76。6种棱鳀属鱼类组成5个自展支持率为100%的分支,除黄吻棱鳀和中颌棱鳀各为单系但聚合为一支外,其余4种均独立成支;分支内与分支间平均遗传距离分别为0.2%(0.0%~0.4%)和17.7%(15.7%~19.0%)。赤鼻棱鳀、汉氏棱鳀、杜氏棱鳀和长颌棱鳀均符合Hebe...
[期刊] 淡水渔业  [作者] 王利华  罗相忠  王丹  李伟  李忠  邹桂伟  梁宏伟  
为探究线粒体CO I和Cytb基因作为DNA条形码在鲌属鱼类鉴定中的可行性,分别扩增达氏鲌(Culter dabryi)、海南鲌(C. recurviceps)、尖头鲌(C. oxycephalus)、蒙古鲌(C. mongolicus)、拟尖头鲌(C. oxycephaloides)和翘嘴鲌(C. alburnus)六种鲌属鱼类线粒体细胞色素C氧化酶亚基I(Cytochrome C oxidase subunit I,CO I)和细胞色素b(Cytochrome b,Cytb)的基因片段,并对六种鲌属鱼类同源序列的碱基组成、种内与种间遗传距离以及系统进化分别进行分析。结果表明:长度为645 bp的COI基因片段中,A、T、G、C 4种碱基平均含量分别为25.65%、28.18%、18.33%和27.84%;长度为970 bp的Cytb序列片段中,A、T、G、C碱基平均含量分别为27.97%、27.93%、14.53%和29.57%。基于CO I基因序列的种间平均遗传距离为3.54%,种内平均遗传距离为0.17%,种间遗传距离为种内遗传距离的20.82倍;基于Cytb基因序列的种间平均遗传距离为5.92%,种内平均遗传距离为0.18%,种间遗传距离为种内遗传距离的32.89倍。基于COI基因的系统进化关系显示除尖头鲌与拟尖头鲌外,其余4种鲌均形成独立分支,而基于Cytb基因的系统发育关系显示六种鲌属均能独立形成分支,鲌属六种鱼能够进行有效区分,将CO I和Cytb作为DNA条形码进行鲌属鱼类的物种鉴定是可行的,联合使用可以获得更好的鉴定效果。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)  [作者] 张程飞  于文涛  李敏  张慧  邢冬昊  陈清西  沈建国  
以进口荷兰黄水仙、多花水仙和中国水仙为研究对象,进行DNA提取、PCR扩增和数据分析,来评估mat K基因、rbc L基因、trn H-psb A片段和ITS片段4个候选DNA条形码的鉴定能力.建树法分析结果显示:叶绿体基因片段具有鉴定黄水仙品种的能力,但中国水仙与黄水仙聚为一支;核基因片段ITS序列可以准确区分出中国水仙和黄水仙,但在区分黄水仙品种时支持率较低;4种基因片段的组合条形码具有较强的鉴定能力,能准确鉴定出中国水仙和黄水仙,也能识别出不同黄水仙品种间的亲缘关系.距离分析法的结果显示,ITS+mat K、ITS+trn H-psb A、ITS+rbc L和ITS+mat K+trn H-psb A+rbc L 4种组合条形码鉴定的成功率较高,适用于黄水仙品种的鉴定.
[期刊] 中南林业科技大学学报  [作者] 杨建军  田向楠  伍建榕  郑艳玲  田斌  马焕成  
以开红花和黄花木棉属木棉Bombax malabaricum的14株个体的核糖体DNA ITS序列测序结果,构建了系统发育树,并选取与木棉属较近亲缘关系的吉贝属Ceiba Mill.emend.Gaertn.、轻木属Ochroma Swartz的种作为外类群,基于Maximum likelihood analysis(最大似然法)、Maximum parsimony analysis(最大简约法)和Bayesian inference(贝叶斯方法 )对木棉属红花和黄花的木棉个体植株进行分子系统发育重建。结果表明,开红花木棉和开黄花木棉的植物学特征描述基本一致,来源于不同地点或同一地点供试木棉植...
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