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[期刊] 淡水渔业
[作者]
谢楠 刘凯 冯晓宇 姚桂桂 潘彬斌
乌鳢（Ｃｈａｎｎａ ａｒｇｕｓ，♂）、斑鳢（Ｃｈａｎｎａ ｍａＣｕｌａｔｕｓ，♀）是杂交鳢＂杭鳢１号＂的亲本。利用高通量测序技术对乌鳢和斑鳢的肝脏进行转录组测序获得大量Ｅｓｔ序列后，利用ｍＩｓａ软件进行微卫星信息分析，结果表明，通过转录组测序获得乌鳢Ｅｓｔ序列５９ ９５９条，长度４５ ｍｂ，发现１５ ４２８个ｓｓｒ，出现频率为２５．７３％；获得斑鳢Ｅｓｔ序列４４ ３３７条，长度２７ ｍｂ，发现８ ４３９个ｓｓｒ，出现频率为１９．０３％。在乌鳢和斑鳢Ｅｓｔ－ｓｓｒ中，重复单元以１～２碱基重复为最多，并以长度小于１６ ｂｐ的短重复序列为主，间隔ｓｓｒ和复合ｓｓｒ的Ｅｓｔ序列ｒｐＫｍ均值要低于单纯型．．．
[期刊] 西南农业学报
[作者]
张露 樊威 苏建 焦晓磊 周剑 黄志鹏 赵瀚 赵仲孟 段元亮 李强 杜军 卓婷 苏全森 吴俊 罗煜
【目的】为了解7个不同地理位置的4个乌鳢（Channa argus）群体和3个白化乌鳢育成群体的群体遗传多样性和遗传分化特点。【方法】采用20对微卫星引物对4个乌鳢群体和3个白化乌鳢育成群体，共计350尾个体的微卫星位点进行了分型检测，分析了所有微卫星标记的多态性及遗传多样性信息，并分析了群体间遗传分化特点。【结果】所有20对微卫星引物共检测出356个等位基因，等位基因数（N_(a)）介于4～40个，每个位点平均有17.8个等位基因。观测杂合度（H_(o)）介于0.000～0.791，平均值为0.578；期望杂合度（H_(e)）介于0.31～0.91，平均值为0.732；多态信息含量（PIC）介于0.271～0.901，平均值为0.700，且所有乌鳢群体的N_(a)、H_(o)、H_(e)、PIC均高于白化乌鳢群体。7个群体的遗传分化指数（F_(ST)）在0.07 876～0.40 303，所有群体间的遗传分化均达显著水平（P<0.05）。将4个乌鳢群体和3个白化乌鳢群体分为两组进行分子方差分析（AMOVA），发现这几个群体的遗传变异主要来源于个体内，占遗传变异来源总量的69.65%。而UPGMA系统发育树聚类结果显示4个乌鳢群体和3个白化乌鳢群体分别被聚类到了2个独立分支上。【结论】本研究的3个白化乌鳢群体的遗传多样性均相对低于4个乌鳢，在繁育过程中应加强白化乌鳢遗传多样性保护，尽量避免近亲交配，本研究为乌鳢和白化乌鳢的遗传资源保护及综合利用提供理论依据。
关键词：
乌鳢 白化乌鳢 微卫星 遗传多样性
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
魏琦琦 林青 贾宝光 吴炼 李承想 张琳
运用Illumina测序平台的RNA-seq技术对中秋酥脆枣的花、果实和枣吊进行了转录组测序,并对测序获得的Unigene进行微卫星特征分析。经序列组装和拼接,共获得34 587个Unigene,运用Misa软件分析发现12 624个微卫星。在所得转录组序列的单碱基至五碱基微卫星中,以单碱基微卫星最多(6 314个,50.02%),并以A/T(6 217个,98.46%)为主要重复单元;二碱基微卫星(3 335个,26.42%)次之,其中以AG/CT(2532个,75.92%)类型最多;再次是三碱基微卫星(2 871个,22.74%);最后是四碱基和五碱基微卫星,二者仅占所有微卫星信息的0.8...
关键词：
枣 转录组测序 RNA测序 微卫星特征
[期刊] 中国农业科学
[作者]
余仲东 刘小勇 曹支敏
目的比较和分析中国松杨栅锈菌与国外该菌在ITS序列上的差异和中国该菌种内群体分化状况。方法对来自中国不同地域的松杨栅锈菌的5个生理小种11个菌系核糖体ITS序列和微卫星序列多态性进行了研究。结果中国菌系同英国菌系ITS序列同源性高(99.8%),同法国、加拿大、德国的菌系同源性略低(99.5%),中国菌系间ITS序列完全相同。ISSR标记表明,供试的11个菌系可区分为西部、北方两大菌群。小种C2同C4、C1、C3小种遗传多样性差异显著,其余小种间无显著差异。小种分化与遗传分化不一定相符,C2小种在遗传上表现单一。结论该菌ITS序列高度保守,不适合种下阶元划分,各菌系ITS序列无显著差异。ISS...
[期刊] 林业科学
[作者]
温强 徐林初 江香梅 李江 顾胤聪 徐立安 黄敏仁
采用MISA软件挖掘比较各1/4个454高通量测序反应获得的普通油茶、浙江红山茶和短柱茶EST序列及普通油茶基因组序列中的微卫星信息。结果显示:3个种的EST序列微卫星出现频率大小相近,普通油茶EST序列的微卫星出现频率高于其基因组序列的;在所有被检索序列的二至六碱基微卫星中,均以二碱基微卫星最多(>55%),并以(AG)n类型为主,但三碱基微卫星在所有EST序列中以(AAG)n类型最多,而在普通油茶基因组序列中则以(AAT)n最多;除六碱基微卫星外,二至五碱基微卫星均表现为不同微卫星重复单元的丰度随着微卫星碱基长度增加而减少。在转录组序列中,除六碱基微卫星之外,不同微卫星单元重复数的变异与重...
关键词：
山茶属 454高通量测序 微卫星
[期刊] 淡水渔业
[作者]
张丽娟 祝斐 尹绍武 张亚萍 侯新远 胡亚丽
使用15对微卫星引物对河川沙塘鳢(Odontobutis potamophila,♀)、鸭绿沙塘鳢(O.yaluensis,♂)及其河川沙塘鳢(♀)×鸭绿沙塘鳢(♂)杂交子代3个群体进行扩增,研究3个群体的分子遗传机制,结果表明:(1)15对微卫星引物中OP215a和OP110a在鸭绿沙塘鳢中呈现单态性,其余的13对在3个群体中均能良好扩增;OP10a、OP23a和OP46a可鉴别河川沙塘鳢、鸭绿沙塘鳢及杂交子代3个群体。(2)3个群体的平均多态信息(PIC)含量分别为0.645 0、0.537 5、0.518 3;平均有效等位基因数(Ne)分别为4.297 7、3.618 8、2.779 3...
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
刘汝 许强华
采用磁珠富集法筛选三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)的微卫星序列。经Sau3AI酶切后的200～1000bp DNA纯化片段,与两端已知序列的人工接头连接,用含有生物素标记的(CA)12和(GA)12探针杂交,根据磁珠的链酶亲和素与生物素特异结合的特性,捕获含微卫星序列的单链DNA,以此为模板用人工接头序列为引物进行PCR扩增,随后将获得的片段连接到PMD18-T载体上,转化至DH5α感受态细胞中,成功构建了微卫星富集文库。测序其中的60个阳性克隆,得到42条微卫星序列(基因登录号为:HQ283153-HQ283194),除探针使用的CA/GT、GA/CT重复外,还...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
蒋雪梅 胡廷章 向兴胜 戚文华
本文利用生物信息学方法搜索毛果杨全基因组中完整型SSRs序列,并对其进行生物信息学分析。结果表明,毛果杨全基因组共统计了143 810个SSRs序列,占其全基因组长度的比率为0.63%,其全基因组SSRs序列出现频率为331.26个/Mb。毛果杨基因组中SSRs数量最多的是第1条染色体,其次是第2、5、6条染色体,数量较少的是第9条染色体。毛果杨各条染色体上SSRs序列出现频率在310~360个/Mb,无明显差异。通过检验表明,毛果杨染色体长度与其所含SSRs频率和密度无相关性(Kendall's tau-b,P>0.05;Spearman's rho,P>0.05),而其染色体长度与其所含S...
关键词：
杨树 全基因组 微卫星标记 生物信息学
[期刊] 水产学报
[作者]
傅建军 徐如卫 薛婷 杨福生 姜虎成 李家乐
为进一步了解中国当前主要养殖鳅类种质资源现状,实验采用7个微卫星标记和线粒体D-Loop部分序列,对泥鳅(Misgurnus anguillicaudatus,MA)、大鳞副泥鳅(Paramisgurnus dabryanus,PD)和台湾大泥鳅(未见种属分类,TW)3种泥鳅进行群体遗传变异分析。结果显示,6个微卫星位点在3种泥鳅中均能获得有效扩增,1个微卫星标记(Mac239)只在MA中获得特异性扩增,而在PD和TW中未能获得有效扩增条带。在3种泥鳅共90尾个体的D-Loop部分序列中发现32个单倍型,仅在PD和TW间存在1个共享单倍型。实验中共检测到65个变异位点,其中MA与PD和TW间存...
[期刊] 水产学报
[作者]
牛东红 冯冰冰 刘达博 沈和定 李家乐
我国缢蛏养殖规模不断扩大,而缢蛏主产区苗种的遗传结构却缺乏系统的分析研究。利用微卫星标记和线粒体COⅠ序列分析了我国浙闽沿海8个缢蛏群体的遗传多样性和遗传分化水平。基于微卫星标记的遗传多样性分析结果显示,群体的平均有效等位基因数(Ne)为6.2～9.0,期望杂合度(He)为0.806～0.875;基于线粒体COⅠ标记的遗传多样性结果显示,单倍型多态性(Hd)为0.942～1.000,核苷酸多样性指数(P)为0.005 6～0.011 5。基于微卫星标记的群体间遗传分化值(FST)为0.001 4～0.063 8,除NH和SM群体外,其他群体间均具有显著性差异;基于线粒体COⅠ标记的群体间遗传分...
关键词：
缢蛏 微卫星 线粒体DNA 遗传结构
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
刘苏 朱新平 陈昆慈 赵建 潘德博 李凯彬
运用形态学和框架分析法对斑鳢(♀)、乌鳢(♂)及其杂交种的形态差异和判别进行了分析。在体色方面,头顶部、体侧及尾鳍基部,斑鳢与乌鳢的体色斑纹差异明显,杂交鳢偏向于斑鳢。在11项可数性状中,三者腹鳍一致,杂交鳢胸鳍超父本偏离,其他可数性状介于两者之间,平均杂交指数为53.45。对可数性状卡方检验结果表明:斑鳢与乌鳢除胸鳍无差异外,均达差异显著或极显著;杂交鳢与乌鳢在尾鳍、鳃耙、侧线鳞和侧线下鳞无差异,其他则差异极显著;杂交鳢与斑鳢除尾鳍和鳃耙无差异外,其他差异显著或极显著。可数性状中背鳍条数、侧线鳞和侧线上鳞可作为初步判断三者所属的指标。对10项可量性状参数计算的杂交指数显示,杂交鳢可量性状偏父...
关键词：
斑鳢 乌鳢 杂交鳢 形态差异 框架分析
[期刊] 淡水渔业
[作者]
卓孝磊 梁日深 陈言峰 梁桂洪 邹记兴
本研究采用血细胞分析仪、流式细胞仪和血涂片制作方法,对杂交鳢及其亲本血液指标进行了比较分析。结果显示,杂交鳢(Channa argus♂×C.maculata♀)与其亲本相比,表现出明显杂种优势:在血液红细胞数目、白细胞数目、血红蛋白含量和血细胞比容上,杂交鳢都比亲本高,差异显著(P<0.05);在红细胞体积上,杂交鳢均比亲本小,差异显著(P0.05)。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
马宁 曾地刚
为了筛选凡纳滨对虾微卫星序列,构建了一个cDNA文库,并进行454高通量测序。结果得到500 177条mRNA序列片段,通过拼接获得了20 225条unigene,从中鉴定得到588条微卫星序列,设计了557对微卫星引物。随机挑选其中20对微卫星引物进行PCR扩增,结果有18对引物扩增成功。研究结果大大丰富了凡纳滨对虾的基因组资料,增加了凡纳滨对虾可用的微卫星标记数量,对于凡纳滨对虾的种质资源鉴定、遗传学研究和分子标记选育有重要意义。
关键词：
凡纳滨对虾 微卫星序列 高通量测序
[期刊] 西南农业学报
[作者]
钱春仙 高俊 刘林 杨静 李成云
从NCBI数据库中下载到50776条茶树表达序列标签(expressed sequence tags,EST)序列,利用Tandem Repeats Finder程序,对≧24 bp的微卫星(简单重复序列)进行系统分析。结果表明,在所分析的茶树EST序列中,搜索到长度大于或等于24 bp,基序匹配值大于80%的微卫星序列5299个,在这些微卫星中,单核甘酸的最多,数量达3283个,占SSR总数的61.96%,其次为2核甘酸微卫星序列,共1113个,占微卫星总数的21%。4核苷酸微卫星数量最少,仅39个,占总数的0.74%,搜索到6核苷酸471个,其基序组成可分为83类,优势基序为AAAACT(...
关键词：
茶树 表达序列标签 微卫星
[期刊] 淡水渔业
[作者]
朱林 谢楠 朱树人 李忠全 冯晓宇 李应森 李家乐
用同一广东群体斑鳢(Channa maculate)和4个不同地理群体乌鳢(C.argus)杂交,建立4个杂交组合:广东斑鳢♀×山东乌鳢♂(SG)、广东斑鳢♀×浙江乌鳢♂(ZG)、广东斑鳢♀×江西乌鳢♂(JG)和广东斑鳢♀×湖南乌鳢♂(HG)。将它们的F1代鱼苗根据不同阶段,分别饲养在规格为6 m×2 m(长×宽)小水泥池和6 m×5.5 m(长×宽)大水泥池中,将它们的F1代鱼种通过荧光标记后混养在规格为3 m×3 m×1.4 m(长×宽×高)网箱中。对各组合F1代的生长性能和养殖效果进行比较,结果表明:广东斑鳢♀×山东乌鳢♂(SG)组合F1代的养殖效果最好,体重、体长增加量最大,分别为58...
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