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[期刊] 海洋渔业
[作者]
马春艳 沈盎绿 马凌波 倪勇 张永
以鳀科鱼类为研究对象,分析其线粒体16S rRNA基因片断序列,探讨了5属11种中国鳀科鱼类的亲缘关系。得到16S rRNA可比序列长度为472~501 bp,共存在20个插入/缺失,125个变异位点。总体上看,序列中转换多于颠换,转换/颠换之比为1.4。根据16S rRNA基因片段差异计算的种间遗传距离从0.22%(黄吻棱鳀和中颌棱鳀,刀鲚和凤鲚)到18.54%(长颌棱鳀和康氏侧带小公鱼),以金色小沙丁鱼作为外群构建的系统树,棱鯷属依次与鲚属、黄鲫属相聚,再与棱鳀属的赤鼻棱鳀相聚;最后与鳀属和侧带小公鱼属形成的分支相聚。赤鼻棱鳀自成单独的一支,建议将赤鼻棱鳀从棱鳀属中划分出来。
[期刊] 海洋渔业
[作者]
周佳怡 章群 唐优良 余帆洋 赵爽
分析了中国鯻科鱼类4属6种17尾鱼的线粒体16S rRNA基因3′端部分序列特征。结果表明,在鯻科鱼类507 bp的碱基序列中有变异位点57个,简约信息位点55个,A+T含量(50.3%)高于G+C含量(49.8%),转换/颠换比为2.7。在邻接树和最大似然树上,鯻科鱼类聚类为2个分支,其中鯻属细鳞鯻独立为一支,其余属种组成另一分支,不支持Vari(1978)关于鯻科15个属中匀鯻属为最早分化类群的结论;鯻属的细鳞鯻和鯻鱼并未聚类在一起,表明二者亲缘关系较远,或为不同属,与Lee等报道相一致。由于鯻科鱼类属种较多,本文所分析的样品有限,且鯻科系统分类长期存在争议,因而需要采用多个线粒体和核基因...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
樊冀蓉 吴仁协 赵元莙 刘静3
鲷科(Sparidae)隶属于硬骨鱼纲(Osteichthyes)、鲈形目(Perciformes)、鲈亚目(Percoidei)。目前已报道世界有34属133种,广泛分布于大西洋、印度洋和太平洋的温带至热带水域,在世界海洋渔业中占有重要地位。虽然此类群系统学研究已有250多年历史,但是在亚科、属、种(亚种)等不同分类阶元上仍然存在颇多争议和疑问,有必要对其进行深入研究。本文总结了近百年来有关鲷科鱼类的分类和系统发育研究的文献资料,厘定了中国鲷科鱼类的有效物种和种名,修订了过去文献中出现的主要同物异名和错误的命名种,初步确认中国鲷科鱼类现有7属18种(或亚种);在探讨鲷科鱼类分类地位的基础上,...
关键词：
鲷科 分类 系统发育
[期刊] 海洋渔业
[作者]
张国庆 梁冠宇 杨森 蔡林豪 何静 董烨玮 梁日深
为从分子水平分析九棘鲈属鱼类(Cephalopholis)物种分类关系，并验证细胞色素C 氧化酶亚基 Ⅰ (COI) 作为DNA条形码对九棘鲈属物种鉴定的有效性。本研究采集了我国分布的九棘鲈属鱼类12种，利用PCR扩增及测序方法获得COI基因部分序列，结合GenBank下载的4种九棘鲈COI基因共同分析，利用MEGA7.0软件计算碱基信息与遗传距离，基于最大似然法和邻接法构建分子系统进化树。结果表明: 16种九棘鲈种内平均遗传距离为0. 002，种间平均遗传距离为0.142，两者相差71倍，表明COI基因可作为九棘鲈鱼类分子鉴定的条形码基因。构建的分子系统进化上，16种九棘鲈属鱼类聚为体色特征不同的三个类群，其中七带九棘鲈(Cephalopholis igarashiensis)与卜氏九棘鲈(Cephalopholis polleni)体色为多彩颜色，两者最先分化，位于进化树底部。剩下的九棘鲈主要形成体色为红色与体色为褐色的类群，与形态学的分类结果一致。部分存在误鉴或同种异名分类争议的九棘鲈品种：青星九棘鲈(Cephalopholis miniata)与半斑九棘鲈(Cephalopholis hemistiktos)、橙点九棘鲈(Cephalopholis aurantia)与黑边九棘鲈(Cephalopholis spiloparaea)，进化树枝长能清晰区分各物种，并且两两之间的遗传距离也远大于0.020。揭示其各自应为独立的物种，研究结果为九棘鲈属鱼类的分类及物种鉴定提供分子水平分类依据。
[期刊] 中国林业科学研究院
[作者]
刘霞
杨柳科(Salicaceae)是一个分布极广的植物类群,自林奈创建杨柳科以来,该科只包括杨属和柳属两个属。根据经典形态学分类方法,杨属分为6大派。由于早期的研究所用分子标记包含的系统信息不足或取样的限制,杨属6大派间的系统发育关系一直缺乏系统的研究,特别是关于杨属起源、演化历史和进化的时间框架等都是系统学家比较关心的问题。基于以上存在的问题,本研究首先以蓖麻属(Ricinus)的蓖麻(Ricinus communis)为外类群,选取54个代表了广义杨柳科中的11个属的物种,使用matK和rbcL联合序列数
[期刊] 林业科学
[作者]
张健 张晓军 任炳忠
对天牛科4亚科32种天牛的28S rDNA基因部分序列进行测定和分析,并结合GenBank数据库中6种天牛的28S rDNA基因部分序列,采用最大简约法和贝叶斯法重建天牛科7亚科38种天牛的系统发育树,探讨它们之间的系统发育关系。在获得的772bp的序列中,保守位点521个,占全部位点的67.5%;简约信息位点136个,占全部位点的17.6%。G+C的平均含量为60.8%,明显高于A+T的平均含量,碱基组成偏向G和C,转换稍高于颠换。系统发育树表明:天牛亚科、锯天牛亚科、花天牛亚科及沟胫天牛亚科均为单系群,与传统形态分类结果一致。28S rDNA序列是一种有效的解析天牛科高级分类阶元系统发育关...
[期刊] 海洋渔业
[作者]
张丽丽 程起群
为了解鳀科鱼类的线粒体全基因组序列结构特征及系统发育信息,以期为进化遗传学研究和分子标记的选取提供参考依据,对已知的10种鳀科鱼类的线粒体全基因组进行分析。结果显示:1)鳀科线粒体基因组全序列长度在16 660 bp到17 069 bp之间,基因组的结构和基因排列顺序与其它硬骨鱼类一致。2)比对后获得一致序列长度为15 704 bp(不含D-loop),其中变异位点5 570个,占所有位点数的35.5%。在编码基因中,序列变异程度和Kimura双参数遗传距离最大的是ND6基因(分别是47.5%和0.276),最小的是tRNA拼接序列(分别为18.7%和0.072)。3)基于Ka-Ks的Z检验和...
[期刊] 林业科学
[作者]
赵鹏 周惠娟 刘占林 Keith E. Woeste 呼东峰 党萌 李忠虎 王玛丽 赵桂仿
胡桃属植物约有21种,在亚洲、欧洲和美洲均有分布,为间断分布类群。该属植物种质资源丰富,栽培历史久,具有重要的生物学意义和经济价值。综述胡桃属植物分子系统发育和生物地理方面的研究历史和进展,对美国白核桃及我国特有种麻核桃、野核桃和胡桃楸的归属及系统地位等有争议的问题进行分析,对该属植物遗传多样性、起源分布与进化历史方面的研究前景进行展望。随着分子生物技术的迅速发展,预计二代测序技术将成为研究非模式植物胡桃属系统发育和生物地理的有利工具。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
杨浩 顾泽茂
通过形态学和分子生物学的方法对1种寄生于大口黑鲈体表的鲺(Argulus sp.)进行鉴定,并根据SSU rDNA序列探究鲺属内物种的系统发育关系。结果显示:鲺体呈淡黄色;雌性体长1.93±0.46(1.42～2.54) mm,雄性体长2.18±0.49(1.57～2.87) mm;背甲马蹄形,侧叶末端伸达第三游泳足后缘;吸盘由多条(雌性:44～52;雄性:46～47)几丁质条组成,每条几丁质条含不等数量(雌性:5～6;雄性:7～8)的几丁质片。形态学与形态测量学结果与日本鲺(Argulus japonicus Thiele, 1900)最为相似。比对该物种SSU rDNA序列发现与日本鲺JN558647的序列相似性高达99.77%(1 274/1 277),进一步支持鉴定为日本鲺。ML系统进化树显示:鲺属内物种主要分为3个进化支;其中,日本鲺株系多位于Clade I中且与A.foliaceus和A.rhipidiophorus呈并系类群;本次采集的日本鲺(MW866569)聚于Clade I的基部,与日本鲺KF747859和KF747860株系亲缘关系最近。
[期刊] 林业科学
[作者]
潘欣 张健 朱天辉 梁洪萍
采集巨桉林下马勃子实体,培养其菌丝体,提取子实体及菌丝体基因组DNA,进行rDNA-ITS区序列的扩增、克隆和序列测定,并对rDNA-ITS不同区域作序列分析,首次构建马勃的系统发育树。结果表明:野外采集获得马勃子实体10种,其中成功培养6种,测序结果表明马勃rDNA-ITS区长度在607～766bp之间,系统发育分析表明硬皮马勃属(Scleroderma)与豆包菌(Pisolithus)亲缘关系较近,秃马勃属(Calvatia)、马勃属(Lycoperdon)及横膜马勃属(Vascellum)之间亲缘关系较近,ITS1-5.8S rDNA-ITS2区可建立马勃类真菌属间系统发育树,ITS2区...
关键词：
巨桉林 马勃 系统发育 ITS序列 四川
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
崔文涛 刘立芹 李红梅 吕振明 吴常文
为探讨我国近海蛸亚科(Octopodinae)动物的系统进化关系,本研究通过PCR扩增得到了东海区蛸亚科2属12种蛸类的线粒体COⅡ基因部分序列。纯化后测序,利用多个生物软件对序列变异和碱基组成进行分析。Kimura双参数法计算遗传距离,并结合GenBank上相关头足类同源序列构建NJ、UPGMA系统树。结果表明,蛸类COⅡ基因符合一般线粒体基因A+T含量较高的特点,有较为明显的反G偏倚。其变异位点较多的集中在第三位,编码的氨基酸序列变异位点较少。遗传距离分析表明,所得物种的遗传距离介于0.000与0.2323之间,且大多位于0.1400～0.2000之间。聚类分析表明,所研究蛸类被明显地聚为...
关键词：
蛸亚科 COⅡ基因 分子系统进化
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
高爱保 王兰 袁慧
利用RT-PCR技术,扩增了长江华溪蟹(Sinopotamon yangtsekiense)β-actin基因片段,测序并结合GenBank数据库中蓝蟹(Callinectes sapidus)、中华绒螯蟹(E.sinensis)、黑背地蟹(Gecarcinus lateralis)、张口蟹(Neohelice granulata)、远海梭子蟹(Portunus pelagicus)、锯缘青蟹(Scylla serrata)6种蟹的同源序列进行比较。结果显示:在长为338 bp的β-actin同源序列中有115个变异位点,57个单碱基变化位点。7种蟹的种间核苷酸变异值从1.6%到25.3%,碱...
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
王彩云 陈俊愉 Maarten A.Jongsma
分子进化与系统发育的基本关系就是在DNA水平探索生物进化的原因和机制 ,以生物大分子的信息推断生物进化的历史 ,重建系统谱系关系。该文分析了几个在菊花及其近缘种起源与亲缘关系研究中有代表性的CHS基因、CDS基因和核糖体nrITS基因等的分子进化和以其核苷酸与氨基酸序列进化差异构建的系统发育关系 ,概述了前人基于RAPD、AFLP和SSR等分子标记的以基因组DNA扩增片段的多态性构建的菊花及其近缘种的系统发育关系进展。作者比较了基于分子特征和表征特征研究菊花及其近缘种及品种起源与亲缘关系的异同点 ,认为只有将分子进化的系统发育研究与传统的基于形态、细胞和生理学研究的表征特征结合起来 ,才能最终...
关键词：
菊花 近缘种 分子进化 系统发育
[期刊] 淡水渔业
[作者]
冯晓宇 谢楠 冯建彬 许宝青 赵金良
采用特异性引物PCR扩增获得了鲌亚科7属10种鱼类细胞色素b基因的全长序列,初步构建了鲌亚科鱼类的系统发育关系。NJ树和MP树一致表明,鲌亚科鱼类种内所有个体均单独聚群,支持率高;同一属内,除蒙古鲌(Culter mogolicus mongolicus)未能与同属的翘嘴鲌(Culter alburnus)、青梢鲌(Culter dabryi dabryi)单独聚为一支外,团头鲂(Megalobrama amblycephala)与三角鲂(Megalobrama terminal)、翘嘴鲌与青梢鲌均为姐妹种。NJ、MP树显示鲌亚科鱼类属间关系的支持率都较低,鲂属(Megalobrama)与鳊属...
关键词：
鲌亚科鱼类 细胞色素b序列 系统发育
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
杨建军 田向楠 伍建榕 郑艳玲 田斌 马焕成
以开红花和黄花木棉属木棉Bombax malabaricum的14株个体的核糖体DNA ITS序列测序结果,构建了系统发育树,并选取与木棉属较近亲缘关系的吉贝属Ceiba Mill.emend.Gaertn.、轻木属Ochroma Swartz的种作为外类群,基于Maximum likelihood analysis(最大似然法)、Maximum parsimony analysis(最大简约法)和Bayesian inference(贝叶斯方法 )对木棉属红花和黄花的木棉个体植株进行分子系统发育重建。结果表明,开红花木棉和开黄花木棉的植物学特征描述基本一致,来源于不同地点或同一地点供试木棉植...
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