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[期刊] 水产学报
[作者]
宋娜 高天翔 王志勇
采用线粒体DNA控制区序列比较分析了路氏双髻鲨日照和霞浦群体的遗传结构及遗传多样性现状。研究结果显示:在长度为548 bp的mtDNA控制区序列上,34尾路氏双髻鲨个体仅检测到5个单倍型,两群体均呈现出较低的遗传多样性水平,日照群体的单倍型多样度(h)、核苷酸多样度(π)以及两两序列比较的平均碱基差异数(p)(h=0.6000±0.1305;π=0.0046±0.0031;p=2.5333±1.4856)略高于霞浦群体(h=0.5109±0.0955;π=0.0024±0.0017;p=1.2899±0.8373);邻接关系树显示,5个单倍型明显分为两支,净遗传距离为0.016;群体遗传分化指...
[期刊] 水产学报
[作者]
张辉 高天翔 庄志猛 金显仕
比较分析了中国对虾养殖群体与野生群体mtDNA控制区序列。研究结果显示,在长度为563bp的mtDNA控制区片段中,中国对虾养殖群体与野生群体序列间存在一定程度的遗传差异。野生群体的基因多样度为0.9672,略高于养殖群体(0.9380),两群体间未检测到共享单倍型;野生群体mtDNA控制区核苷酸多样度为0.0106,养殖群体核苷酸多样度为0.0094,略低于野生群体的核苷酸多样度。基于K-2P模型计算得到中国对虾两群体间的平均遗传距离为0.0108,野生群体个体间平均遗传距离为0.0107,养殖群体个体间平均遗传距离为0.0095;单倍型最小跨度树和NJ系统树均未检测到显著的谱系结构。确切P...
[期刊] 华北农学报
[作者]
涂剑锋 徐佳萍 王洪亮 李一清 邢秀梅
为了解马鹿种群遗传结构和分化水平,测定了马鹿5个亚种11个地理群共计146个体线粒体DNA控制区全序列。序列分析检测到167个变异位点,确定了54种单倍型;各个亚种呈现较高的单倍型多样性(h:0. 600～0. 959)及中等程度的核苷酸多样性(π:0. 006 3～0. 012 6)。中性检验仅发现甘肃马鹿显著性偏离中性突变,亚种间遗传分化指数FST> 0. 5、基因流Nm
[期刊] 水产学报
[作者]
高天翔 高兵兵 李忠炉 单斌斌 宋娜
物种的遗传结构对推断群体历史动态如有效群体大小、地理分布变迁、基因流、遗传分化等具有重要意义。本实验采用线粒体DNA控制区高变区序列对采自我国海南和台湾的3个短棘鲾群体进行了遗传学比较研究。结果显示,92尾个体共检测到32个单倍型,其中共享单倍型7个;单倍型多样性指数的范围为0.61±0.12～0.86±0.05;核苷酸多样性指数的范围为0.003 3±0.002 4～0.005 3±0.003 4;32个单倍型构建的邻接关系树和最小跨度树均可分为2个单倍型类群,单倍型类群A共有22个单倍型,全部由海南文昌和三亚新村群体构成,单倍型类群B共有10个单倍型,除Hap13外,其余全部由台湾新竹群体构成;台湾新竹群体与海南2个群体之间存在显著差异,但海南文昌群体和三亚新村群体之间无显著差异;中性检验与核苷酸不配对分布分析的结果均显示,短棘鲾2个单倍型类群可能发生了群体扩张事件,扩张时间分别为52 500～105 000和67 600～135 200年前。
[期刊] 海洋渔业
[作者]
孙鹏 李杰 尹飞 彭士明 柳敏海 施兆鸿
利用线粒体控制区序列研究了条石鲷养殖群体的遗传多样性水平和遗传结构。通过PCR扩增与序列测定获得了长度为469 bp的线粒体控制区基因片段,在30个个体中共发现27处碱基变异,A、T、G、C碱基的平均含量分别为36.5%、30.2%、12.5%和20.8%,A+T含量明显高于G+C含量。30条线粒体控制区序列共定义了11个单倍型,存在27个多态性位点,产生27个突变。其中,包含简约信息位点13个,发生转换7次,颠换1次,没有发现插入或缺失现象。单倍型多样性(Hd)为0.892,核苷酸多样性(Pi)为0.013 8,平均碱基差异(K)为6.473。采用邻接法(Neighbor-joining,N...
关键词：
条石鲷 线粒体控制区 遗传多样性
[期刊] 水产学报
[作者]
彭银辉 周于娜 刘旭佳 黄国强 蔡小辉 潘英
为了解光裸方格星虫的群体遗传结构和种质资源状况,对北部湾海域光裸方格星虫6个地理野生群体(广西北海、湛江、钦州、防城港、海南儋州,以及越南海防)共93个个体的线粒体DNA(mtDNA)控制区序列进行分析。共检测到107个变异位点,定义了85个单倍型,序列对AT有明显的偏倚性,群体总的单倍体多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.998和0.018 89。单倍型邻接聚类树分析6个群体无明显分支,各单倍型分布于单倍型网络中介图中亦没有明显的地理分支。各群体间的遗传分化系数Fst值为–0.018 130.
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
刘红 张海强 蔡生力 戴习林
运用线粒体ＤＮＡ（ｍｔ ＤＮＡ）控制区部分基因序列测序技术对６个凡纳滨对虾养殖群体（Ｓ１、Ｓ２、Ｇ１、Ｇ２、Ｋ１和ＳＧ）的遗传多样性和系统进化关系进行了分析。结果显示，在检测到的１４６个单倍型中，１４４个为单群体特有，其余两个为群体Ｓ１和Ｓ２共享。６个群体的单倍型多样性（ＨＤ）为０．４２–０．９９，核苷酸多样性（π）为０．００–０．０８，其中，单倍型多样性最高的是群体Ｋ１（ＨＤ＝０．９９±０．０１），核苷酸多样性最高的是群体Ｓ２（π＝０．０８±０．０４）。综合考虑，遗传多样性最低的为群体Ｓ１（ＨＤ＝０．４２±０．０８，π＝０．００），遗传多样性最高的是群体Ｓ２（ＨＤ＝０．８８±０．０２，π＝０．．．
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
郑德锋 赵金良 周文玉
采用PCR扩增测序法获得了棘头梅童鱼Collichtysiucidus南通、启东、芦潮港、温州、瑞安、福州、番禺7个地理群体53尾鱼的mtDNA控制区全序列。棘头梅童鱼控制区序列长度为778～782bp,序列长度变异主要是由位点的插入或缺失造成,识别了终止序列区TAS和保守序列区CSB1、CSB2、CSB3序列。共检测到多态位点66个,占全部序列的8.44%,检测到单倍型33种,平均单倍型多样性(Hd)为0.9347±0.0175,平均核苷酸多样性(π)为0.0175±0.0023。棘头梅童鱼群体内的遗传距离(K2-P)为0.0017～0.0228,群体间的遗传距离为0.0023～0.0433...
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
冯冰冰 李家乐 牛东红 陈琳 周志强 郑岳夫 郑凯宏
通过对我国四大海域野生三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)9个群体线粒体DNA控制区基因片段进行扩增和测序,得到长度为530 bp的片段。分析结果表明:83条序列T、C、A、G4种核苷酸的平均含量分别为36.6%、16.1%、36.6%、10.7%。共检测到91个变异位点,其中缺失/插入位点2个,转换位点76个,颠换位点3个,转换、颠换同时存在位点10个。83个个体具有66种单倍型(hap lotype),单倍型比率为79.5%,对9个群体用MEGA3.1构建NJ分子树,聚类结果显示黄海、东海、渤海6个群体之间的相对遗传距离比较近,聚在了一起,南海3个群体相对遗传距离...
[期刊] 水产学报
[作者]
董新培 穆淑梅 周楠 康现江 罗青 白俊杰
为研究乌鳢群体的遗传多样性和控制区结构,实验采用PCR和DNA测序技术对其线粒体DNA控制区序列进行比较。结果显示,用于分析的线粒体DNA控制区全长序列为905~908 bp。104个序列中共发现了37个多态位点,定义了27种单倍型。同时对控制区结构进行分析,识别了其终止序列区(ETAS)、中央保守区(CD)和保守序列区(CSB)的关键序列。3个地理群体的单倍型多样性(Hd)、核苷酸多样性(Pi)和平均核苷酸差异数(k)分别为0.875、0.003 27和2.939。群体间的平均Kimura双参数遗传距离(Kimura 2-parameter distance,K 2-P)、遗传分化指数(Fs...
关键词：
乌鳢 线粒体DNA控制区 遗传多样性
[期刊] 淡水渔业
[作者]
秦钦 许志强 边文冀 王明华 蔡永祥 葛家春
经克隆测序获得了我国5个批次引进的40尾斑点叉尾(Ictalurus punctatus)群体的线粒体控制区全序列,研究控制区序列结构和群体遗传变异。结果显示:比对长度包括906个位点,共有变异位点28个,简约信息位点21个。通过与GenBank中其它鱼类的mtDNA控制区序列进行结构分析,将斑点叉尾的控制区分为终止序列区、中央保守区和保守序列区3个区域;并找到了一系列保守序列:包括终止相关序列TAS,中央保守区的CSB-F、CSB-E、CSB-D和保守序列区的CSB-1、CSB-2、CSB-3。样本总体遗传多样性指数较高,40尾个体含有25个单倍型,其总体单倍型多样性指数(H)为0.920...
[期刊] 水产学报
[作者]
丁奎 张辉 张秀梅 宋娜 高天翔
为研究许氏平鲉养殖群体与野生群体遗传结构及遗传多样性状况,采用PCR扩增获得许氏平鲉线粒体DNA控制区高变区片段,并对其进行比对分析。结果显示,在长度为451 bp的线粒体控制区片段中,养殖群体单倍型多样度(0.540±0.067~0.815±0.021)明显低于野生群体(0.883±0.053~0.944±0.028),而核苷酸多样度(0.001±0.001~0.007±0.004)与野生群体(0.004±0.003~0.007±0.004)相差不大,遗传多样性水平均较低。在52个单倍型中,养殖群体仅占12个,且有6个单倍型与野生群体共享。群体间遗传分化指数和AMOVA分析结果显示,养殖群体...
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
诸廷俊 杨金权 唐文乔
测定了21尾长江口鲚属鱼类mtDNA D-loop区全序列,长度在1 233~1 372 bp之间,其中凤鲚长达1 372 bp,短颌鲚为1 233 bp,刀鲚和湖鲚出现长度的异质性现象,各具有1 271 bp和1 233 bp两种类型。识别了终止序列区、中央保守区和保守区。终止序列区长650~790 bp,包含了多个重复的ETAS,结构为:TACATAT---ATGTATTATAT。全序列21次转换中的17次和9次颠换中的7次都发生于该区。终止区还包含140个多态位点和97个系统发育信息位点,分别占整个D-loop区相应位点的80.9%和78.9%。中央保守区中的CSB-F、CSB-E、CS...
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
赵丽丽 赵金良
少鳞鳜为东亚特有鱼类,为了解中国少鳞鳜在我国不同水域内的遗传结构特征,利用PCR扩增和直接测序法分析了长江、钱塘江、西江、南渡江34尾样品mtDNA控制区的序列差异。在长度838 bp的同源序列中,共发现81个变异位点,占分析位点总数的9.67%;定义了4个单倍型,每个群体仅发现一个单倍型,群体之间没有共享单倍型,且每个群体都有鉴别位点。群体间的核苷酸歧义度(Dxy)在0.360%~8.043%之间,南渡江群体与长江、钱塘江、西江3个群体间的差异最大。分子变异分析(AMOVA)得出群体间的遗传分化指数(Fst)为1.000(P<0.001),差异极显著。构建的NJ树中,4个群体分为两支,一支为...
关键词：
中国少鳞鳜 群体 控制区 遗传变异
[期刊] 海洋渔业
[作者]
梁述章 宋炜 马春艳 蒋科技 张凤英 赵明 马凌波
为研究我国沿海棘头梅童鱼(Collichthys lucidus)的种群遗传结构,运用线粒体D-loop区全序列比较分析了中国连云港(LYG)、大丰(DF)、崇明(CM)、舟山(ZS)、温州(WZ)、宁德(ND)、厦门(XM)棘头梅童鱼7个野生群体的遗传结构特征。7个群体共208个样本的D-loop序列中,共检测到83种单倍型,66个变异位点,碱基组成符合AT碱基偏好性特点。7个群体的单倍型多样性为(0.55400±0.00998)～(0.95400±0.00067),核苷酸多样性为0.00183～0.00708,说明我国沿海棘头梅童鱼遗传多样性较高;根据海洋鱼类遗传多样性划分的分布模式,符合高h低π特点,说明其经历了快速扩张期。群体总的遗传分化系数Fst=0.86647 (P=0),两两群体间的遗传距离在0.004～0.039范围内,且明显的分为北方群体(LYG、DF、CM和ZS)和南方群体(WZ、ND和XM),DF和LYG、WZ和ND两两群体间存在显著的基因交流。AMOVA分析显示组间变异百分比为85.97%,符合南北分化特点。基于单倍型构建的单倍型邻接关系树和单倍型简约网络图等结果均表明,棘头梅童鱼以舟山为界,具有明显的南北地理遗传结构。中性检验(Tajima’s D、Fu’s Fs)和错配分析结果显示,棘头梅童鱼在3.87～12.9万年前(更新世冰期)经历了种群的规模性扩张或定向选择。本研究结果可为棘头梅童鱼资源的保护与利用提供基础数据。
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