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[期刊] 中国水产科学
[作者]
李昂 高天翔 孙典荣
对中国近海和日本近海共19尾白姑鱼(Pennahia argentata)线粒体细胞色素b(Cytochrome b,Cytb)基因全序列进行扩增与测定,白姑鱼个体的Cytb基因总长度均为1141bp。序列分析结果显示:Cytb基因全序列中共检测到40处核苷酸替代,全部为同义替换,且主要来自密码子第三位点。19尾白姑鱼个体共定义了14种单倍型。核苷酸组成分析表明:白姑鱼Cytb全序列的鸟嘌呤(G)含量较低,在第三密码子位点上表现得尤为明显。基于邻接法、最大简约法、最大似然法和贝叶斯法构建的系统树结果基本一致,中国近海和日本近海的白姑鱼明显分为2个单系群,两组群间的净遗传距离为0.019,基于C...
[期刊] 海洋渔业
[作者]
阮燕如 周文漪 李贵生 章群
测定了连云港、舟山、防城群体34 ind军曹鱼(Rachycentron canadum)线粒体细胞色素b基因883 bp序列,共检测到5个变异位点,发现6个单倍型,平均单倍型多样性(h)和核苷酸多样性(π)分别为0.324和0.000 4,总体表现出较低的遗传多样性;其中连云港群体遗传多样性最高,单倍型多样性和核苷酸遗传多样性分别为0.473±0.162和0.000 57±0.005 93;而舟山群体没有任何变异。连云港与舟山、防城群体间的FST值分别为0.029(P=0.00)与0.042(P=0.00),舟山与防城群体间的FST为-0.048 03(P=0.00),表明连云港与其它两个群...
关键词：
军曹鱼 细胞色素b 遗传多样性
[期刊] 中国水产科学
[作者]
叶星 白俊杰 劳海华 简清 罗建仁
用DNAExtractionKit提取草鱼(Ctenopharyngodonidella)肝脏的总DNA,合成特异引物,进行PCR扩增。扩增产物经琼脂糖电泳检测、纯化后克隆到pGEM Teasyvectorsystem的T载体上,筛选转化子,提取质粒,酶切鉴定。重组质粒序列测定的结果显示克隆了草鱼线粒体细胞色素b(cytb)基因1140个碱基及两侧部分序列共1254bp。用DNA分析软件VectorNTI6.0比较草鱼与GenBank中18种鱼类cytb的序列,显示草鱼与它们的cytb基因具有较高的同源性;根据草鱼与这18种鱼的cytb基因序列同源性所建立的进化树,与传统的分类地位基本吻合。
关键词：
草鱼 线粒体 细胞色素b 核酸序列
[期刊] 中国水产科学
[作者]
江世贵 刘红艳 苏天凤 龚世园
从鲷科鱼类中黄鳍鲷(Sparus latus)、黑鲷(S.macrocephalus)、真鲷(Pagrosomus major)和平鲷(Rhabdosargussarba)的线粒体DNA扩增出约430 bp的细胞色素b(Cytb)基因,经Clastal X同源排序后得408 bp序列,对该序列进行分析并结合GeneBank中黄鲷(Taius tumifrons)、灰鳍鲷(S.berda)、犁齿鲷(Evynnis japonica)和高背四长棘鲷(Argyrops spinifer)的该区段DNA序列比较,共发现126个核苷酸位点存在变异(30.7％),序列中的转换大于颠换,碱基替换多发生在密码...
关键词：
鲷科鱼类 细胞色素b 分子系统学
[期刊] 中国水产科学
[作者]
邵爱华 朱江 陈葵 史全良
以暗纹东方鲀(Takifugu fasciatus)肝脏的线粒体DNA为模板,按照红鳍东方豚(Takifugu rubripes)线粒体DNA序列设计合成特异引物进行PCR扩增,克隆并测定线粒体细胞色素b(Cyt b)及其侧翼tRNA基因的全序列,结果显示,克隆的暗纹东方Cyt b基因(1 137 bp)及其5′端上游的tRNAGlu基因和3′端下游的tRNAThr基因序列共1 327 bp。用DNA分析软件对暗纹东方与GenBank中10个目13种鱼类的Cyt b序列进行比较分析,显示暗纹东方与这些鱼类的Cyt b基因具有较高的同源性,与同属红鳍东方的同源性最高,为96.1%;与同目不同科的...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
张俊丽 高天翔 韩志强 郭焱 董崇智
对黑龙江水域的乌苏里白鲑(Coregonus ussuriensis)和由俄罗斯引种的贝加尔凹目白鲑(C.autumnalis migrato-rius)和高白鲑(C.peled)的线粒体细胞色素b(Cytb)和16S rRNA基因片段进行了扩增和序列测定,分析比较了3种白鲑间的序列差异。在402 bp的Cytb基因片段中,3个乌苏里白鲑个体中出现了2种单倍型,种内个体间有2个碱基的差异,而贝加尔凹目白鲑和高白鲑的个体各出现1种单倍型;在577 bp的16S rRNA基因片段中,3个乌苏里白鲑个体出现了2种单倍型,种内个体间存在1个碱基的差异,而贝加尔凹目白鲑和高白鲑2个种的序列完全相同。研究...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
金梅 白雪 张巍 高文波 王薇
【目的】研究产绒量居全国第一的中国特有种质资源-辽宁新品系绒山羊和产绒质量居全国第一的内蒙古阿尔巴斯绒山羊系统发生地位。【方法】通过PCR方法,对两种绒山羊16个个体的细胞色素b核苷酸同源区进行序列的测定,并进行比较分析。【结果】序列分析结果表明,序列全长为1140bp,定义了11种单倍型,单倍型比例为68.75%,说明辽宁新品系绒山羊和内蒙古阿尔巴斯绒山羊的遗传多态性比较丰富。利用分子钟,计算物种的分歧时间,绒山羊与山羊属其它山羊的分歧的时间大约是0.4万年,山羊属和岩羊属的分歧时间大约是3～6百万年,山羊属与绵羊属的分歧时间大约是4～7百万年。【结论】本试验成功地测定和分析两种绒山羊的细胞...
关键词：
绒山羊 细胞色素b 分子钟 系统起源
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
马春艳 赵峰 孟彦羽 施兆鸿 庄平 赵云龙
对鲳属3种鱼类共19个个体的细胞色素b(Cytb)基因进行PCR扩增,经比对校正得到1123bp的基因片段,共检测到141个变异位点,总变异为12.56%,5个简约信息位点,未出现插入和(或)缺失,序列中转换(Transition)明显多于颠换(Transversion)。鲳属3种鱼类19个序列共检测到11种单倍型,其T、C、A和G平均含量分别为29.1%、30.5%、27.4%和13.0%。(A+T)%为56.5%,大于(G+C)43.5%。结合来自GenBank中的鲳科的中间低鳍鲳Peprilus medius和星斑真鲳Stromateus stellatus的相应同源序列,并以长鲳科的刺...
关键词：
线粒体DNA 细胞色素b 鲳属 系统进化
[期刊] 淡水渔业
[作者]
罗宏伟 段辛斌 王珂 唐锡良 陈大庆
对三峡库区大银鱼(Protosalanx chinensis)、太湖新银鱼(Neosalanx taihuensis)和短吻间银鱼(Hem isalanxbrachyrostralis)共78尾个体的Cyt b基因全序列(1141bp)进行了分析。结果显示,序列有16个变异位点,总变异率为1.4%,其中13个为简约位点。大银鱼的32尾样本有6个单倍型,太湖新银鱼32尾样本有5个单倍型,短吻间银鱼14尾样本中有3个单倍型。大银鱼、太湖新银鱼和短吻间银鱼的单倍型多样性指数(h)分别为0.804±0.032,0.671±0.061,0.385±0.149;核苷酸多样性指数(π)分别为0.00146±...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
牛素芳 苏永全 王军 张丽艳 曾华嵩 张曼
测定了捕自福建近海闽东渔场和闽南渔场竹荚鱼(Trachurus japonicus)的线粒体DNA(mtDNA)控制区和细胞色素b基因(cyt b)序列。获得了长度为861~866 bp的控制区全序列。60个样本中共检测到66个变异位点和53个单倍型,平均单倍型多样性(h)为0.993,核苷酸多样性(π)为1.093。930 bp的cyt b部分序列共有37个变异位点,从41个样本中得到25个单倍型,平均单倍型多样性(h)和核苷酸多样性(h)分别为0.937和0.336。cyt b片段编码330个氨基酸,氨基酸序列无变异位点,仅有1个氨基酸单倍型。竹荚鱼闽南群体mtDNA序列的遗传多样性高于闽...
[期刊] 水产学报
[作者]
宋娜 高天翔 王志勇
采用线粒体DNA控制区序列比较分析了路氏双髻鲨日照和霞浦群体的遗传结构及遗传多样性现状。研究结果显示:在长度为548 bp的mtDNA控制区序列上,34尾路氏双髻鲨个体仅检测到5个单倍型,两群体均呈现出较低的遗传多样性水平,日照群体的单倍型多样度(h)、核苷酸多样度(π)以及两两序列比较的平均碱基差异数(p)(h=0.6000±0.1305;π=0.0046±0.0031;p=2.5333±1.4856)略高于霞浦群体(h=0.5109±0.0955;π=0.0024±0.0017;p=1.2899±0.8373);邻接关系树显示,5个单倍型明显分为两支,净遗传距离为0.016;群体遗传分化指...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
张丽丽 万全 程起群
为了解胭脂鱼(Myxocyprinus asiaticus)的遗传变异及亚口鱼(Catostomidae fish)的分子系统学,测定了3尾胭脂鱼的细胞色素b基因序列,并结合GenBank上5条亚口鱼科鱼类的相应序列一并分析。结果如下:1)共获得3尾胭脂鱼的细胞色素b基因1144 bp的一致序列,三条序列完全相同,无变异位点。2)构建的系统发育树显示,颈棱亚口鱼属(Xyrauchen texanus)和吸口鱼属(Moxostoma robustum)构成1支,胭脂鱼属(M yxocyprinus)、长背亚口鱼属(Cycleptus elongatus)和牛胭脂鱼属(Ictiobus)构成另1分...
[期刊] 海洋渔业
[作者]
司从利 章群 黄小彧 马奔 乐小亮
测定了广东虎门、广西合浦和广西钦州3个群体45 ind居氏银鱼(Salanx cuvieri)线粒体DNA细胞色素b基因1 017 bp序列片段,发现42个多态位点,28个单倍型。平均单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.967和0.006,呈现出高单倍型多样性低核苷酸多样性的特点。合浦和钦州群体间遗传分化指数Fst值为-0.029,表明广西的2个群体间没有遗传分化。虎门群体与合浦和钦州群体间的Fst值分别为0.201和0.218,出现中度遗传分化,推测琼州海峡可能阻碍了广东与广西群体间的遗传交流。邻接树上出现2个无明显地理聚群的较弱谱系分支,表明正处于谱系拣选状态。AMOVA分...
关键词：
居氏银鱼 细胞色素b 遗传多样性
[期刊] 海洋水产研究
[作者]
童馨 杜博 喻达辉 龚世园 郭奕惠 黄桂菊 李莉好
PCR扩增100个浅色黄姑鱼个体的线粒体16SrRNA基因片段序列,得到大约620bp的扩增产物。将其中5个个体的扩增产物进行测序和同源比对,得到468bp可供比对分析的片段。比对结果表明,5条序列包括两个单倍型,两个单倍型之间有1个碱基突变。PCR-RFLP分析结果显示,两个种群的100个样品中98%的个体为其中一种单倍型,只有2%的个体呈另一种单倍型,表明这两个种群的遗传多样性较低。两个单倍型平均碱基组成为:T22.0%,C26.3%,A29.8%,G21.9%,GC含量平均为48.2%。与GenBank中石首鱼科7属9种的11条同源序列比对,得到429个比对位点,其中包括69个简约信息位...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
程起群 韩金娣 王云龙 卢大儒
为研究凤鲚(Coilia mystus)的长江群体和珠江群体的遗传多态性、遗传关系及进化特征,使用线粒体DNA(mito-chondrial DNA,mtDNA)的细胞色素b(cytochromeb,cytb)基因片断序列进行分析。在该基因片断上共检测到44个变异位点,总变异率为11.5%。凤鲚长江群体内部的遗传距离为0.3%~1.0%,珠江群体内部的遗传距离为0.5%~0.8%,长江群体与珠江群体之间的遗传距离为9.4%~10.9%。这2个群体具有完全不相同的单倍型,其中长江群体5个个体中共检测到5种不同的单倍型,单倍型多样性指数为1.000,核苷酸多样性指数为0.677%;珠江群体5个个体...
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