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[期刊] 华北农学报
[作者]
孙玉江 闵令江 陈建兴 芒来
为了摸清西南马遗传资源现状与特征,通过实地调查、网络分析及SPSS等数据处理得出如下结论:2006年西南马存栏291.1万匹,占全国总数40.46%,可能已经成为我国第一大生态类型马种;大理马、乌蒙马、文山马、百色马、建昌马、贵州马等西南马地方马种体尺结构由南向北、由东向西表现出逐渐偏重的趋势;西南马体尺结构紧凑,近似方形,以公马为例,体高、体长、胸围和管围分别为(115.19±7.10)cm、(114.11±8.29)cm(、132.22±9.94)cm和(15.17±1.15)cm;非密度制约因子如年无霜期、降水量、日照时数和平均气温等自然因素均与中国西南马体高呈强相关,对不同类群马的形成...
关键词：
西南马 遗传资源 特征
[期刊] 中国农业科学
[作者]
徐龙鑫 杨胜林 李爱萍 乜玉丽 杨海兵 戴焰
【目的】利用线粒体细胞色素b(mtDNA Cytb)基因为标记,从分子水平探讨中国5个矮马136个样本的遗传多样性和系统进化研究,为中国矮马的开发利用以及生物多样性保护提供基础资料。【方法】对矮马样本mtDNA Cytb基因进行PCR扩增和测序,运用现代生物信息学方法进行数据处理。【结果】共检测到27个单倍型,40个多态位点,约占分析位点总数的3.51%。云南矮马具有最高的单倍型多样度(Hd)(0.869),最低的为四川矮马(0.740),核苷酸多样度(Pi)最高的为贵州矮马(0.00435),最低的为宁强矮马(0.00227),各群体间的遗传多样性相差不大。系统发育树和NETwork图中每一...
关键词：
中国矮马 Cytb 遗传多样性 系统进化
[期刊] 中国农业科学
[作者]
范虎 赵团结 丁艳来 邢光南 盖钧镒
【目的】从分子标记等位变异水平上探讨中国野生大豆群体的遗传特征、连锁不平衡特点和地理生态分化的遗传机制,并以重要生态性状全生育期为代表解析性状地理分化的遗传基础。【方法】从全国24个省区不同地理生态型的野生大豆材料中抽选174份组成代表性样本,选用204个SSR标记,利用TASSEL及STRUCTURE 2.2软件进行群体连锁不平衡(linkage disequilibrium,LD)和群体遗传结构分析。在此基础上对群体的地理分化、亚群体特异性及全生育期位点等位变异的地理分化进行遗传分析。【结果】中国野生大豆群体蕴含丰富的遗传变异,20条连锁群中,I和C2连锁群有相对较多的位点平均等位变异和遗...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
孙际佳 何建国 刘丽 王海芳 卢薛 胥鹏 李桂峰
以湖南和江苏的野生翘嘴鳜（Ｓｉｎｉｐｅｒｃａ ｃｈｕａｔＳｉ）为基础群体选育了６个群体，包括４个家系选育群体和Ｆ＿１、Ｆ＿２两个群体选育群体。对４个家系选育群体的生长特性进行了分析，并利用微卫星标记技术对６个翘嘴鳜选育群体的遗传多样性进行了检测。分析结果表明，翘嘴鳜纯种家系的生长速度显著快于不同地理种群的杂交系，杂交系未表现出生长的杂种优势，家系群体的杂合性与生长性能不对应。４个家系选育群体的特有等位基因数量比两个群体选育群体高出约２９．３３％，表明不同地理种群翘嘴鳜家系的建立可以丰富翘嘴鳜选育群体的遗传多样性水平。翘嘴鳜选育群体间遗传分化显著（Ｆ＿（Ｓｔ）＝０．４３８８），两个群体选育群体与．．．
关键词：
翘嘴鳜 选育群体 生长特征 遗传特征
[期刊] 西南农业学报
[作者]
熊飞 李卫真 刘丽仙 袁峰 李大林 苗永旺
为了阐明河流型和沼泽型水牛DGAT1基因的第8外显子的群体遗传差异和特征,采用PCR-SSCP和PCR产物直接测序技术对11个水牛群体402份样品进行了群体变异检测,并结合GenBank数据库上已发表的牛科物种DGAT1基因序列进行了比较分析。结果显示,河流型和沼泽型水牛DGAT1基因第8外显子序列一致,序列全长为75 bp;与普通奶牛序列相比,河流型和沼泽型水牛DGAT1基因第8外显子都为K等位基因,揭示其与水牛的高乳脂率、低泌乳量有关。序列比对发现K等位基因在牛科物种中普遍存在。本研究结果揭示了水牛中DGAT1基因第8外显子的遗传特征,可为其奶用性状选育利用提供遗传背景资料。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
王海平 Philipp W.Simon 李锡香 程嘉琪 沈镝 宋江萍 邱杨 张晓辉
【目的】从分子水平了解中国大蒜种质资源的群体遗传结构和遗传背景。【方法】利用AFLP、SSR和InDel这3种分子标记对国家无性繁殖蔬菜资源圃保存的212份大蒜资源进行检测,通过Mega软件进行最大相似性聚类分析,Structure 2.1软件进行群体遗传结构分析,SSPS软件进行分子标记与大蒜辣素含量和21个数量性状进行一元线性模型检测,考察两者之间的关联性及群体遗传结构的影响。【结果】3种分子标记在212份种质中扩增出502个位点,多态性位点为492个。群体遗传结构与聚类分析均将所有资源划分为5个群体,划分的类别基本一致。然而,群体遗传结构分析划分的5个群体,群内遗传信息多样性指数较小。对...
关键词：
大蒜 关联分析 群体遗传结构 遗传多样性
[期刊] 中国农业科学
[作者]
罗凯 卢会翔 吴正丹 吴雪莉 尹旺 唐道彬 王季春 张凯
【目的】探究中国西南地区主要甘薯育种亲本材料的遗传多样性和群体结构，为甘薯亲本材料的保存和利用、甘薯分子标记辅助选择提供参考依据。【方法】利用６１个ＳＳＲ分子标记、１３个农艺性状和６个品质性状，对８２份中国西南地区主要甘薯育种亲本材料进行遗传多样性分析。利用ＮＴＳＹＳ－ｐｃ ２．１０数据处理软件，分别根据ＳＳＲ分子标记数据、品质性状、农艺性状计算８２份亲本材料的Ｎｅｉ７２遗传距离矩阵。利用Ｍｅｇａ ６．０６数据处理软件，计算８２份材料基于ＳＳＲ分子标记、品质性状、农艺性状的平均遗传距离。利用ＮＴＳＹＳ－ｐｃ ２．１０软件，对供试材料基于ＳＳＲ标记、品质性状和农艺性状的遗传距离矩阵进行相关性分析．．．
[期刊] 中国农业科学
[作者]
寇淑君 霍阿红 付国庆 纪军建 王瑶 左振兴 刘敏轩 陆平
【目的】利用荧光SSR研究中国糜子的遗传多样性与群体遗传结构,为糜子品种改良、种质创新和资源利用提供依据。【方法】用不同地理来源且表型差异较大的6份糜子材料对SSR引物进行筛选,通过变性聚丙烯酰胺凝胶电泳获得条带清晰、稳定性好、多态性高的糜子SSR引物,对筛选出的引物5′末端进行6-FAM、HEX、ROX和TAMRA荧光标记,利用基因分析仪检测不同等位变异的扩增片段大小,并以此来分析131份糜子材料的遗传多样性和群体结构。【结果】从202对SSR引物中共筛选出22对扩增稳定、多态性好的SSR引物,能同时适用于传统变性PAGE胶电泳和荧光SSR标记-全自动分析检测技术。22对SSR引物共检测出128个主要等位变异,平均每个位点5.82个;基因多样性指数变化范围为0.3572—0.8132,平均0.6284;多态性信息含量为0.2934—0.8150,平均0.5874;Shannon多样性指数为0.5427—1.7681,平均1.2062。不同生态区糜子种质间遗传距离的变化范围为0.0764—0.7251,平均0.3121,遗传一致度的变化范围为0.4843—0.9265,平均0.7465。其中,北方春糜子区和黄土高原春夏糜子区的遗传距离最小,遗传一致度最高,亲缘关系较近。UPGMA聚类分析显示,北方春糜子区和黄土高原春夏糜子区的材料聚为一类,个体间聚类,东北春糜子区的育成品种和农家种聚类结果一致,黄土高原春夏糜子区的育成品种在多个组群中都有出现。通过绘制K与△K的关系图,K=4时,△K最大,据此将131份糜子材料划分为4个类群,类群Ⅰ代表北方春糜子区;类群Ⅱ主要来自东北春糜子区;类群Ⅲ主要是北方春糜子区,群组Ⅳ主要是黄土高原春夏糜子区。各群体中大部分品种亲缘关系单一,少数品种含有其他组群的遗传成分。基于遗传距离的聚类分析与群体遗传结构分析结果基本一致,表明糜子的遗传差异与地理来源相关。【结论】北方春糜子区和黄土高原春夏糜子区的遗传多样性比较丰富,东北春糜子区的育成品种主要以农家种为遗传背景选育而来,黄土高原春夏糜子区在育种过程中引种资源广泛,与其他生态区存在基因交流。
[期刊] 林业科学研究
[作者]
胡新生 邬荣领 韩一凡
森林可持续经营问题逐渐成为人们关注的焦点 ,而林木群体遗传资源的可持续经营则是其中的重要内容。群体遗传变异信息对群体遗传资源可持续经营具有至关重要的指导作用 ,有关的信息涉及到交配系统、起源与形成历史、群体空间分布形成方式、遗传结构变异分布、地理变异、遗传与环境互作等。这些信息可以用分子标记和适应性数量性状变异来检测。依据这些综合信息可以制定出科学的群体遗传资源保护决策、理想的群体维持规模及合理的经营管理
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
何倚剑 刘卫东 柳李旺 王倩 崔群香
采用SRAP分子标记技术,对国内外70份茄子材料的遗传多样性和群体结构进行了分析。结果表明:21对引物共扩增出375条条带,平均每条引物扩增出17.8条条带,其中多态性条带共72个,多态性比例为19.2%,各种质间遗传相似系数变幅为0.388 9～0.958 3,平均值为0.705 3,表明参试材料间存在着一定的遗传差异,但遗传基础比较狭窄。群体结构分析则得出84.29%的材料遗传结构相对比较单一,仅15.71%拥有复杂的遗传背景。从材料划分类群来看,遗传多样性和群体结构分析结果基本一致,只有少数遗传背景复杂的材料类群划分有些差异。
关键词：
茄子 遗传多样性 群体结构 SRAP
[期刊] 浙江林学院学报
[作者]
曹福亮 花喆斌 汪贵斌 张往祥
用随机扩增多态DNA(RAPD)技术对浙江西天目山、贵州务川、湖北大洪山区、重庆金佛山区和福建武夷山区等5个群体150个银杏Ginkgo biloba个体进行了遗传多样性分析。12个寡核苷酸引物共检测到194个位点,多态位点130个,多态位点百分率66.67%。用PopGen 32软件对数据进行了分析,结果显示:Nei’s基因多样性指数(h)的群体水平是0.431 7,Shannon信息指数(I)的群体水平是0.621 1,基因分化系数(Gst)是0.288 2。Shannon信息指数(I)分析揭示的银杏群体遗传分化水平[(Isp-Ipop)/Isp]=0.190 3,AMOVA分析结果得出银...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
葛家春 许志强 李晓晖 李跃华 柏如发 朱清顺 潘建林
研究了长江、辽河、瓯江水系野生中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)及其莱茵河水系F1共4个群体71个个体的线粒体细胞色素氧化酶亚基I(COI)基因序列,比对长度包括628个位点,其中变异位点112个,简约信息位点36个。基因序列G+C(%)含量较低,表现出较为明显的碱基组成偏倚性。71个个体共含17种单倍型,单倍型H13出现次数最多,为莱茵河水系F1、长江以及瓯江群体共享;单倍型H15、H16和H17为瓯江群体特有。样本总体遗传多样性指数较高,其单倍型多样性指数(H)为0.862,核苷酸多样性指数(π)为0.016 9。各水系野生群体遗传多样性分析表明,长江群体单倍型多样性指数最...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
肖江涛 苗苗 高坤 向桂林 杨帅 董莎萌 王源超 王克荣
【目的】分析中国大豆疫霉菌的群体遗传结构,探索不同地区大豆疫霉菌群体间的亲缘关系。【方法】采用RFLP(restriction fragment length polymorphism)技术,对大豆疫霉菌进行群体遗传结构的分析;利用Popgene V1.32软件计算大豆疫霉菌群体间的遗传相似度;利用NTSYSpc V2.10软件估算菌株间的遗传距离,并依据遗传距离构建UPGMA(unweighted pair-group method with arithmetic averages)系统树状图谱。【结果】采用探针PS127558对来自黑龙江、新疆和内蒙古等5个大豆疫霉菌地理群体的133个菌株...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
童雄 罗威 闵力 张志飞 马新燕 罗成龙 陈卫东 徐斌 李大刚
【目的】研究陆丰黄牛和雷琼牛与世界不同地域家牛中的系统发育关系，解析不同家牛群体的遗传多样性，为地方家牛资源的鉴定与保护奠定理论基础。【方法】采集12头陆丰黄牛和17头雷琼牛的组织样品进行全基因组重测序，整合世界范围内分布的24个品种92个体的NCBI公共基因组数据，共计25个品种121个个体的信息开展群体遗传学研究。选用Bos taurus ARS-UCD1.2作为参考基因组，经基因组序列比对与质量控制获取高质量Reads，应用GATK软件检测基因组SNPs。进一步基于群体SNPs，利用系统进化树构建、PCA聚类和Admixture评估进行群体结构分析，通过核苷酸多样性（Pi）、杂合度（Hp）和连锁不平衡（LD）水平研究群体的遗传多样性。【结果】29头广东地方牛经基因组测序获取6 905 944 306个Clean Reads，每个样本平均基因组覆盖率为97.99%，平均测序深度分别为12.78×。整合NCBI公共基因组数据，经质控后共检测出14 664 391个群体SNPs。整合系统进化树、PCA、Admixture的结果发现普通牛与瘤牛分化，瘤牛群体存在中国瘤牛与印度瘤牛分化，普通牛群体中东北亚普通牛（韩牛、延边牛）和西藏牛与欧洲普通牛分化，温岭高峰牛和舟山牛从中国瘤牛群体中分化。陆丰黄牛和雷琼牛均属于纯正的中国瘤牛，但陆丰黄牛与皖南牛之间、雷琼牛与吉安牛之间呈现最近的亲缘关系，说明陆丰黄牛与地域临近的雷琼牛属于两个独立的品种。部分陆丰黄牛与雷琼牛均存在欧洲普通牛和东北亚普通牛的血统混杂，且混杂比例较高，说明这两个品种牛急需加强群体内的提纯复壮。相较于欧洲普通牛和韩牛，中国家牛群体的LD衰减速率更快，核苷酸多样性Pi和杂合度Hp更高，说明其遗传多样性更丰富。相较于其他中国家牛，陆丰黄牛和雷琼牛的LD水平更低，杂合度Hp更高，且核苷酸多样性Pi和杂合度Hp的密度分布更为集中，说明两者受人工选择强度较低，且维持较高的群体遗传多样性。【结论】通过全基因组SNPs标记，系统解析了陆丰黄牛与雷琼牛的群体遗传结构和多样性特征，为这两个品种独立分类及其保护利用提供数据支撑。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
严骏骢 赵金良 李思发 郑德锋 曹阳
为全面了解鳙(Aristichthys nobilis)在世界范围的群体遗传状况,本研究采用AFLP技术分析了鳙中国土著群体(长江、珠江)与国内、外移居群体(中国黑龙江、欧洲多瑙河、北美密西西比河)的遗传变异特征,结果表明,鳙长江、珠江土著群体的Nei’s基因多样性(H)分别为0.0394±0.1221和0.0529±0.1236,黑龙江、多瑙河、密西西比河移居群体分别为0.0233±0.0883、0.0122±0.0619和0.0134±0.0614,说明国内、外移居群体的遗传多样性显著低于国内土著群体,这与移居群体的来源以及在异地适应、定居、建群过程中发生了明显的遗传瓶颈效应有关。AMOV...
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