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[期刊] 华北农学报
[作者]
王学清 王昆 吴占军 张峰 李魁英
通过PCR扩增及DNA序列测定,得到了中国荷斯坦牛BOLA-DRB基因的5'上游近端调控区(URR)序列。比较发现,与人、马以及羊的MHC-DRB基因的5'URR类似,牛MHC-DRB基因5'URR区同样存在与基因表达调控有关的高度保守的W、X、Y、CCAAT及类TATA调控元件,调控元件的组织结构也相同。
[期刊] 华北农学报
[作者]
王学清 李魁英 裴翠娟 张峰 吴占军 刘小虎 马书林 张新同 王昆
为揭示牛MHC-DRB3上游调控区多态对其表达调控作用,利用PCR-SSCP和DNA序列测定技术分析并建立BoLA-DRB3*exon2和BoLA-DRB3 URR之间的连锁关系。结合不同近端调控区与转录因子结合模式预测结果,选择3种不同上游调控序列的连锁组合,应用实时定量RT-PCR技术对牛MHC-DRB3基因mRNA相对表达量进行了验证分析。结果表明,上游调控区基因型为H17H17的BoLA-DRB3基因mRNA相对表达量显著高于(P<0.01)基因型H1H1及H5H6。初步证明上游调控区中的多态会引起结构基因表达量的变化。
[期刊] 华北农学报
[作者]
王学清 王昆 王沛宇 李耕 孙东晓 吴占军 张峰
通过PCR-SSCP法对中国荷斯坦牛BoLA-DRB3基因的外显子2进行多态性分析。在223个个体中共获得10种等位基因,其中D等位基因频率最高为0.2287,A等位基因频率最低为0.0135;等位基因型18种,其中FG基因型频率最高,为0.1256,其次为HH,基因型频率为0.1121;ML基因型频率最低,为0.0045。另外分析发现,在不同家系中,DRB3基因外显子2等位基因具有特异性,等位基因的类型和频率存在比较明显的差异。差异显著性分析表明,D等位基因对305d产奶量和305d乳蛋白量有明显的负效应,ME基因型个体305d乳脂量显著低于其他个体。结果表明中国荷斯坦牛的BoLA-DRB3...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
舒晓霞 王耀东
本文根据已报道的α-醇溶蛋白基因5'上游调控区和编码区的保守序列,设计特异性引物,以5份密穗小麦DNA为模板,用PCR克隆的方法获得了51条α-醇溶蛋白基因5'上游调控区序列。对长度大于380 bp的19条序列进行了分析,发现19条序列均含有与基因表达相关的重要调控元件,包括胚乳基序元件TGTAAAG、GCN4类似元件ATGAGTCAT、CAAT框、AAA G基序、TA-TA框、GCN4类似基序ATGAC(T)GATCAT以及CAC-box,同时在序列中出现了AACA元件。序列比对表明,密穗小麦与普通小麦和乌拉尔图小麦α-醇溶蛋白5'上游调控区存在较为丰富的变异,遗传差异较大。对各序列的5'上...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
马彦男 贺鹏迦 马永生 董艳娇 朱静 雷赵民 刘哲 吴建平
【目的】研究奶牛脂肪酸合成酶(Fatty acid synthase,FASN)基因多态性对产奶量和乳成分的影响,为中国荷斯坦牛的优化育种提供相应的分子遗传学依据。【方法】以464头中国荷斯坦牛为研究材料,参照奶牛生产性能测定(Dairy herd improvement,DHI)方法采集产奶量和乳成分数据;采集试验牛血样,提取DNA,PCR扩增FASN基因,用单链构象多态性(Single-strand conformation polymorphism,SSCP)技术并结合测序确定基因型;用最小二乘法进行基因多态性与泌乳性状的关联性分析。【结果】FASN基因外显子34存在2个等位基因、2种基...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
苏建明 伍小松 朱鑫 陈韬
C–反应蛋白(CRP)是一种急性时相血清蛋白,与鱼类的天然免疫和炎症反应有密切的关系。通过Genome Walker方法扩增草鱼CRP基因的上游序列,获得长度为1 055 bp的DNA片段,测序后经过PLACE和BDGP等启动子和转录因子结合位点预测软件的预测,初步鉴定草鱼CRP基因的复制起始子序列为保守的TCAGATC,G为转录起始位点。高度保守的RNA聚合酶II的结合位点TATAA–box位于–41~–35 bp,CAAT–box位于–94~–91bp,在–54~–5 bp处存在1个高度保守的核心启动子序列。此外,还发现与转录诱导调控有关的转录因子结合位点,包括4个E–box元件、3个GT...
关键词：
草鱼 C–反应蛋白 上游调控序列 转录
[期刊] 中国水产科学
[作者]
张金 邹红 姚卫建 聂品
柱状黄杆菌(Flavobacterium columnare)是世界范围内危害淡水鱼类的柱形病的病原。目前对该病原菌遗传操作系统的研究进展较慢,而寻找高效稳定的启动子来调控外源基因在细菌体内的表达,有可能促进该细菌遗传操作系统的构建。本研究获得了柱状黄杆菌乙酰辅酶A合成酶基因(acetyl-coenzyme A synthetase gene,acs)的编码序列及其上游调控序列,该基因全长2 323 bp,编码635个氨基酸。通过序列分析,发现在该基因起始密码子ATG的上游存在核糖体结合位点(ribosome biding site,RBS)序列TAAAA,和启动子–7和–33的保守基序TAT...
[期刊] 华北农学报
[作者]
田知利 陈杰 胡江 罗玉柱 刘秀 李少斌 郭淑珍 牟永娟
为揭示牦牛抗逆性及抗病育种积累更多的分子遗传学资料，通过检测ＤＲＢ１基因在牦牛和普通牛群体中的变异，分析该基因检测区域遗传参数。以甘南牦牛、青海牦牛、天祝白牦牛、大通牦牛和普通牛为研究对象。应用ＰＣＲ－ＳＳＣＰ方法检测ＢｏＬＡ－ＤＲＢ１基因第１内含子及第２外显子部分序列多态性。ＤＲＢ１基因第１内含子区检测到４处ＳＮＰＳ及１处插入／缺失突变，第２外显子区检测到１７处ＳＮＰＳ，两区域均表现为高度多态；单倍型连锁分析发现２１种ｉＮｔＲｏＮ １－ｅｘｏＮ ２单倍型组型且存在单倍型连锁不平衡现象，Ａ－Ａ１、Ａ－Ｂ１、Ｂ－Ａ１和Ｂ－Ｂ１单倍型在牦牛和普通牛中频率较高；聚类分析表明，牦牛ＤＲＢ１基因第２外显．．．
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
刘建忠 朱艳君 周丽芳 马季骅
根据文献设计1对PCR引物,寡聚核苷酸序列上游引物为:5-′gCg,AAT,TCA,TCC,CAC,gTg,CCT,gC-3′,下游引物:5-′gAg,AAT,TCC,Tgg,ggA,ggg,ACC,TT-3′。经68℃退火及30轮循环的PCR程序后扩增出长度为1 447 bp的DNA片段,将该片段从琼脂糖凝胶中回收,克隆到pMD18-T Vector后进行序列测定。序列分析结果表明,牦牛乳球蛋白基因5′调控区与文献报道的奶牛该基因同源性为97.65%,突出的碱基差异为牦牛乳球蛋白基因5′调控区发生了1个位点连续3个碱基的缺失突变和另一位点1个碱基的插入突变。该研究也为开展以牦牛乳球蛋白基因5...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
刘金龙 郑月茂 王玉洁 张涌
利用普通及重组PCR技术克隆了奶牛β-酪蛋白基因(CSN2)5′调控成分(2826bp)和3′调控成分(620bp)。前者包括5′上游调控序列、第一外显子及部分第一内含子;后者主要包括最后一个不翻译的外显子和3′侧翼序列。纯化PCR产物通过pMD18-TVector亚克隆后测序并进行软件分析的结果表明,2个克隆片断与奶牛CSN2相应区域同源性分别为99.0%和98.0%,并且包含有全部的CSN2表达核心调控序列和多个转录、翻译因子的结合位点。
关键词：
奶牛 CSN2 调控区 PCR 序列分析
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
石玉强 张涌 郑月茂 刘建忠 张志平
利用 PCR方法克隆了牛 β-乳球蛋白基因 5′调控成分 (1 4 4 9bp) ,其中包括 5′侧翼序列 (6 4 5 bp) ,第一外显子及第一内含子 (80 4 bp)。PCR产物回收纯化后 ,克隆在 p MD1 8- T Vector的 T位点。序列分析表明 ,该序列与牛 β-乳球蛋白 A型基因、牛 β-乳球蛋白 B型基因、山羊和绵羊 β-乳球蛋白基因的同源性分别为 98.5 5 % ,99.79% ,90 .70 %和 90 .0 9%。计算机分析表明 ,此调控成分含有诸多调节因子结合位点或反应元件 ,其中包括视黄酸反应元件 (RARE)、佛波酯反应元件 (TRE)、乳腺特异性因子 ...
关键词：
β-乳球蛋白基因 牛 PCR 序列分析
[期刊] 中国农业科学
[作者]
王梦琦 倪炜 张慧敏 杨章平 王西朴 蒋彦森 毛永江
【目的】探讨中国荷斯坦牛CXCR1基因编码区SNP突变与临床乳房炎和生产寿命的相关性。【方法】根据CXCR1基因编码区序列,利用PCR-直接测序法对低SCS和高SCS样本各20个样本进行SNP筛查,最后对所选择的4个SNP位点利用飞行质谱法对866头中国荷斯坦牛进行检测,同时收集所检测牛只临床乳房炎和生产寿命等信息,利用多因素方差分析法、Logistic回归、Cox生存回归等方法分析以上SNP位点突变与临床乳房炎发生次数和生产寿命的相关性。【结果】CXCR1基因编码区共发现13个SNP位点(291 C>T
[期刊] 中国农业科学
[作者]
官久强 王洪梅 王长法 李秋玲 李建斌 帅素容 侯明海 仲跻峰
【目的】通过研究中国荷斯坦牛白介素8受体的亚基A和B(IL8RA和IL8RB)基因编码区多态性与乳腺炎的关联性,找到与乳腺炎相关SNPs,为乳腺炎抗性分子育种提供可用的分子标记。【方法】采用巢氏PCR、DNA测序和CRS-PCR-RFLP方法,对中国荷斯坦牛的IL8RA和IL8RB编码区的遗传多态性进行了研究,分别利用SHEsis软件和PHASE软件进行配对连锁不平衡分析和单倍型分析。【结果】找到了8个SNPs,其中5个为新SNPs,分别为IL8RA的980(G/A)、995(G/A)和1008(C/T)和IL8RB的938(C/T)、959(C/T),这8个位点均不连锁。对IL8RA和IL8...
[期刊] 华北农学报
[作者]
杜方磊 王洪梅 黄金明 李建斌 仲跻峰 张廷荣 刘剑飞 李秋玲 王长法
用PCR-SSCP和测序技术研究了541头中国荷斯坦奶牛热休克蛋白70(HSP70)基因的3'-非翻译区的多态性,并研究了多态性对奶牛产奶性状和耐热性状的影响。设计引物扩增片段大小549 bp,通过PCR-SSCP技术发现参与试验的奶牛出现了3个复等位基因:A、B和C,6种基因型:AA、AB、AC、BB、BC和CC基因型。测序发现复等位基因是由3个新的突变引起的,第6 400、6 600和6 601位碱基分别发生了G/C、C/T和G/A突变。χ2适合性检验表明,该群体在这三个位点的突变没有达到Hardy-Weinberg平衡状态(P<0.01)。中国荷斯坦牛BB基因型个体红细胞钾含量和产奶量下...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
陈韬 苏建明 章怀云 文祝友 何燕林 戴振炎
为克隆artemin基因上游调控序列,探明该基因表达的调控机理,分别用4种不同的具有平末端的限制性内切酶消化卤虫基因组DNA,然后与DNA接头连接,构建成无载体连接的卤虫GenomeWalkerDNA文库.利用基因组步行法,经2轮TD-PCR扩增出长度约750bp的artemin基因上游调控序列片段,扩增产物测序后得到2个长度分别为209bp和210bp的序列.序列分析表明:在3′-末端片段中,存在转录起始位点"TTATTT",TATA框位于-32～-38,CAAT框则位于-75～-78.此外,在这两个片段中还存在一些潜在的TFIIB识别元件,GC盒,AT富含元件,这些元件对于该基因的转录具有...
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