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[期刊] 中国农业大学学报  [作者] 张迪  刘佳敏  禹保军  李德生  顾亚玲  温万  张娟  
旨为探索bta-miR-2285f和宿主基因TANK结合激酶1(TANK binding kinase 1,TBK1)的生物学功能,以及bta-miR-2285f与靶基因互作调节奶牛乳脂代谢的潜在机制,本研究通过生物信息学方法分析bta-miR-2285f在不同物种间的保守性,并通过上游序列CPG岛分析、启动子预测、进一步进行组织表达谱分析,预测靶基因并进行GO功能和KEGG通路富集分析。利用双荧光素酶报告试验验证bta-miR-2285f调控的下游靶基因钙结合蛋白39(Calcium binding protein 39,CAB39),并在乳腺上皮细胞水平探究bta-miR-2285f的功能作用。结果表明:1)bta-miR-2285f是牛特异性miRNA,属于内含子miRNA;2)bta-miR-2285f与宿主基因TBK1上游序列2 kb处均不含有CPG岛。bta-miR-2285f在上游586 bp处为转录起始位点。宿主基因TBK1在上游105 bp处为转录起始位点;3)TargetScan和miRWalk预测miR-2285f有172个交集靶基因,主要参与新陈代谢、遗传信息传递、信号分析和细胞的相互作用,并且显著富集到mTOR信号通路、PI3K-AKT信号通路、ErbB信号通路、Hippo信号通路以及甘油酯代谢等乳脂代谢相关的信号通路并在STRING数据库中构建bta-miR-2285f靶基因之间的互作网络图;4)bta-miR-2285f在奶牛乳腺组织中的表达水平最高,与其他组织存在显著差异(P
[期刊] 西南农业学报  [作者] 李瑞瑞   虎红红   冯雪   杨文飞   马云  
【目的】旨在探究前期GWAS筛选出的与荷斯坦奶牛产奶相关的二肽基肽酶样6(Dipeptidyl Peptidase-like 6,DPP6)和E3泛素连接酶基因(Parkin gene,PRKN)的生物学性质及表达特性,为后续验证DPP6和PRKN基因对于荷斯坦奶牛相关调控机制研究提供基础。【方法】利用ProtParam、Phyre2、NetPhos 3.1等软件分析DPP6和PRKN的理化性质与蛋白结构,并采用实时荧光定量PCR(Real-Time quantitative PCR,RT-qPCR)检测DPP6和PRKN基因在荷斯坦奶牛的心脏、脾脏、肝脏、肺脏、肾脏、乳腺、子宫、卵巢、瘤胃、黄体10个组织中的表达规律;通过脂多糖(lipopolysaccharide, LPS)诱导乳腺上皮细胞(bMECs),初步检测DPP6和PRKN基因在炎症反应中的表达模式。【结果】DPP6蛋白编码863个氨基酸,与山羊的亲缘关系最近;PRKN蛋白编码488个氨基酸,其中甘氨酸含量最多,其序列与马鹿的相似性最高,保守型较强。本研究推测2个物种的DPP6和PRKN蛋白可能具有相似的生物学功能,并且2个蛋白均属于不稳定亲水性蛋白。DPP6和PRKN基因在组织中普遍表达。其中,DPP6基因在乳腺、肺脏、脾脏以及肾脏组织中的表达量显著高于其他组织,而PRKN基因在乳腺、肾脏、瘤胃组织中显著高表达。此外,相比于空白对照组,DPP6与PRKN基因均能够在LPS诱导的bMECs中极显著表达(DPP6基因极显著下调,PRKN基因极显著上调)。【结论】本研究结果说明DPP6与PRKN基因可能在调控荷斯坦奶牛乳房炎症过程中发挥潜在作用,为后期荷斯坦奶牛DPP6与PRKN两个基因在奶牛bMECs炎症反应相关调控机制研究提供理论依据。
[期刊] 华北农学报  [作者] 张秀秀  黄万龙  郭云涛  苗向阳  
通过对ssc-miR-486进行靶基因预测及生物信息学分析,以探索其影响猪脂肪沉积的作用机制。首先利用实时荧光定量PcR技术对脂肪沉积能力相差较大的莱芜猪和大白猪皮下脂肪组织中ssc-miR-486表达情况进行比较研究,然后利用miRBase、ensemBl、ncBi等数据库及miRanda、PiTa、RnahyBRid、cyToscaPe、JasPaR、PRomoTeR scan等软件对ssc-miR-486进行生物信息学分析,包括保守性分析、转录因子结合位点预测、靶基因预测、Go富集分析和KeGG信号通路富集分析。结果表明,ssc-miR-486在脂肪沉积能力较强的莱芜猪皮下脂肪组织中发生...
[期刊] 西南农业学报  [作者] 刘宝宝  孟桂智  刘祖江  贾晶莹  段红娟  马云  蔡小艳  
【目的】分析苜蓿miR156(mtr-miR156)基因家族的序列组成及基因表达功能,为mtr-miR156跨界调控的研究提供理论基础。【方法】应用PmiREN数据库检索并分析mtr-miR156家族成员成熟序列、茎环序列和成熟序列染色体定位信息,weblogo在线网站对mtr-miR156家族成熟序列、茎环序列进行保守性分析,DNAMAN软件分析茎环序列同源性,同时利用联川生物云平台和TargentScan在线网站预测并下载获得mtr-miR156a的靶基因、靶基因GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,通过RNAhybrid在线网站比对预测到的所有靶基因与mtr-miR156a的结合位点和结合自由能值,选择符合自由能值的靶基因进行靶基因功能分析。【结果】PmiREN数据库共检索到10个mtr-miR156家族成员;10个成员成熟序列共定位在3条染色体上;10个成员中有8个成员成熟序列完全一致,其余2个成员成熟序列高度保守;10个成员茎环序列中位于成熟序列位置的碱基与成熟序列完全一致;茎环序列同源树分析结果显示10个成员共分为3个分支,mtr-miR156g与其他成员的亲缘关系最远;经过GO功能富集分析发现,预测到牛体内的靶基因显著富集于转录调控功能、细胞膜组成以及ATP合成等;利用KEGG通路注释表明,预测到牛体内的靶基因显著集中于脂肪酸降解通路和Ras信号通路调节等通路中。【结论】苜蓿miR156基因家族可能会通过相关靶基因跨界调控奶牛体内脂肪酸降解、ATP合成、细胞炎症、乳脂乳蛋白合成代谢等作用。
[期刊] 中国农业科学  [作者] 赵圣国  王加启  卜登攀  刘开朗  朱雅新  周凌云  
【目的】从奶牛瘤胃微生物BAC文库中筛选含乙酰CoA羧化酶(ACCase)基因的克隆子,并对其全长测序和生物信息学分析。【方法】利用PCR序列驱动筛选法,从瘤胃微生物BAC文库中筛选ACCase基因,鸟枪法测定基因序列后,进行基因注释、比对和系统发育分析。【结果】筛选得到了含ACCase基因的克隆(U12),其插入片段序列(URE12)全长43 358 bp,GC含量为43.75%,经GeneMark程序预测含有38个基因,经Signature程序预测属于变形菌门。ACCase基因(Acc-32)编码159个氨基酸,与Elusimicrobium minutum的ACCase基因具有41%的相...
[期刊] 中国农业科学  [作者] 毛永江  常玲玲  杨章平  吴海涛  陈莹  施雪奎  李云龙  梁祥焕  尹召华  
【目的】探索中国荷斯坦牛乳中体细胞评分(SCS)与脂肪酸含量和组成的相关性。【方法】采集121头无临床乳房炎、胎次为2—3胎、泌乳期在100—300 d的中国荷斯坦牛早、中、晚共3次的混合奶样,用气相色谱法测定乳中脂肪酸含量,并用多因素方差分析法分析季节、胎次、泌乳阶段、乳中体细胞评分对乳脂率和脂肪酸含量的影响,同时对乳脂率和脂肪酸含量与乳中体细胞评分进行了相关和回归分析。【结果】乳中共检出21种脂肪酸,季节对脂肪酸含量和组成有显著影响(P<0.05),泌乳阶段对脂肪酸含量和组成影响较小;除十四碳一烯酸(C14:1)、棕榈油酸(C16:1)、十七酸(C17:0)、硬脂酸(C18:0)、亚油酸(...
[期刊] 中国农业科学  [作者] 王晓  张勤  俞英  
【目的】通过全基因组关联分析定位和筛选相关基因,寻找与奶牛乳房炎抗性相关的分子标记,以进行下一步的标记辅助选择。【方法】对2 093头北京地区中国荷斯坦牛SCC进行对数转化,依据LASCS=log_2∑SCC/n和SCS-SD=log_2∑(scc-u)2/n-1将测定日记录SCC转化为服从正态分布的统计量LASCS和SCS-SD。同时将LASCS和SCS-SD进行半个标准差(half of standard deviation,0.5 SD)和一个标准差(one standard deviation,1
[期刊] 中国农业科学  [作者] 熊本海  马毅  庞之洪  杨露  易渺  杨琴  
【目的】为满足对奶牛饲养管理的季节性调控,探索乳成分的变化规律。【方法】基于中国北方荷斯坦泌乳奶牛牛群生乳DHI测定数据,按第1胎到第4胎对泌乳奶牛的乳成分(乳蛋白率、乳脂肪率)进行分组,将原始数据经过预处理后获得乳蛋白率观察数据6 114个,乳脂肪率观察数据5 871个;假设以自然月份、泌乳胎次及两者的互作作为影响乳蛋白率及乳脂肪率变化的因素,采用SAS软件的GLM过程,建立统计分析模型。【结果】①在不分胎次(仅对1—4胎)对牛群自然月份乳成分的Duncan多重比较显示,不同月份之间的乳成分数据总体呈现显著差异(P<0.05)(尽管有些月份之间的数据差异不显著);乳蛋白率在9月最高(3.18...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)  [作者] 周涛  付力立  罗正中  马莉  杜振隆  姚学萍  沈留红  余树民  严作廷  曹随忠  
【目的】基于非靶向代谢组学技术,对荷斯坦奶牛初乳和常乳中的代谢物进行鉴定与分析。【方法】选择年龄、体况及预产期相近、胎次相同的健康围产期经产荷斯坦奶牛12头,分别于分娩后1 h和21 d采集乳汁,离心并收集乳清,依次记为初乳组(C_0)和常乳组(C_21)。采用代谢组学技术对初乳组和常乳组乳清进行分析,结合正交偏最小二乘判别分析(OPLS-DA)和学生t检验,以变量投影重要度(variable importance in the projection,VIP)>1,P<0.05为标准筛选差异代谢物,并对筛选出的差异代谢物进行聚类分析、显著差异代谢物筛选和KEGG通路分析。【结果】在荷斯坦奶牛初乳组(C_0)和常乳组(C_21)共筛选到97种差异代谢物,通过聚类热图可以看出,大多数代谢物在初乳组的含量高于常乳组;差异代谢物随机森林图显示,排名靠前的9种显著差异代谢物分别为乌头酸、柠康酸、龙胆酸、泛酸、牛磺酸、氧戊二酸、柠檬酸、6’唾液酸乳糖和精胺。KEGG通路富集分析显示,8条主要的代谢通路分别为酮体的合成与降解、牛磺酸与次黄嘌呤代谢、丙酮酸代谢、嘌呤代谢、嘧啶代谢、氨基糖与核苷酸糖代谢、三羧酸循环和丁酸代谢。【结论】荷斯坦奶牛初乳中脂质、氨基酸和核苷酸代谢物的含量高于常乳,而常乳中糖类代谢物含量高于初乳,初乳与常乳中代谢物水平的差异为后续代谢物机制的研究奠定了理论基础。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)  [作者] 季舒涵  昝林森  王洪宝  刘艳妍  
【目的】克隆秦川牛脂肪型脂肪酸结合蛋白(A-FABP)基因,并对其进行生物信息学分析,为深入研究A-FABP基因与秦川牛肉质性状的关系奠定基础。【方法】以秦川牛脂肪组织为材料,采用RT-PCR方法对牛A-FABP基因进行克隆。使用DNAMAN、NCBI等一系列在线软件及工具,对所得到的序列及其编码蛋白质的结构和特性等进行生物信息学分析。【结果】秦川牛A-FABP基因含有15个酶切位点,编码的蛋白分子质量为14.7 ku,二级结构主要以α-螺旋、不规则盘绕和延伸链为结构元件,含132个氨基酸,其中强碱性氨基酸18个,强酸性氨基酸19个,疏水氨基酸45个,不带电荷的极性氨基酸32个;含有6个蛋白激...
[期刊] 西南农业学报  [作者] 杨永强  龚俞  焦仁刚  惠嫣婷  刘若余  
为遗传效应分析及CRP2基因对牛生长调控的功能研究奠定基础,选取生长发育性状差异明显的务川黑牛和贵州荷斯坦奶牛构建DNA池,设计1对引物分别扩增2个牛种CRP2基因第6外显子序列和部分3’-UTR(总长724 bp),切胶回收后对PCR产物进行双向测序,进行不同牛种CRP2基因SNPs筛查。结果表明:在CRP2基因有7个SNPs:T20G,C22G,T151C,T285A,T-157C,G-145A,G-85A,包括3个新的SNP位点(C22G,T-157C,G-85A)。CRP2基因第6外显子编码区有2个SNPs,包含1个错义突变(C22G,Gly→Ala)和1个同义突变(T20G);CRP...
[期刊] 华北农学报  [作者] 李芬  周佩  杨婷  陈宁博  马云  
以牛的血管生成素样蛋白2(Angiopoietin-like protein2,ANGPTL2)基因为研究对象,运用生物信息学方法对其编码的蛋白质结构、理化性质及功能结构域进行分析。结果表明:牛ANGPTL2基因cDNA全长21 141 bp,最长开放阅读框为1 482 bp,编码493个氨基酸;序列比对结果显示,牛的ANGPTL2基因与人、家犬、鸭嘴兽、原鸡、斑马鱼、家马、小家鼠、野猪的核苷酸序列同源性分别为25.3%,24.7%,24.2%,24.3%,24.8%,24.9%,25.3%,25.5%;牛AN-GPTL2基因编码的氨基酸序列与上述其他动物的同源性分别为98.0%,96.8%,...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)  [作者] 徐绮嫔  王寒  李计尚  周金伟  张于  沈留红  余树民  彭广能  曹随忠  
【目的】克隆牦牛(Bos grunniens)精子相关抗原11(sperm-AssociAted Antigen 11,spAg11)基因,并了解其分子结构特征,为进一步研究牦牛spAg11生物学功能奠定基础。【方法】从牦牛睾丸中提取总rnA,rtpcr扩增并克隆spAg11c、spAg11 d和spAg11e基因,测序后进行生物信息学分析。【结果】克隆出牦牛spAg11基因3个亚型:spAg11c、spAg11 d和spAg11e,序列大小分别是351,408和261Bp,分别编码117,129和80个氨基酸,其中spAg11 d和spAg11e序列包含1个完整开放阅读框(orF),spAg...
[期刊] 中国农业科学  [作者] 孙雪婧  杜晓华  杨孝朴  罗玉柱  刘霞  
【目的】丰富牦牛CYGB基因研究的基础数据,对牦牛CYGB基因的CDS区进行克隆和生物信息学分析。【方法】提取牦牛大脑海马区组织的总RNA并运用RT-PCR技术反转录为cDNA,并根据GenBank中普通牛CYGB基因cDNA序列(GenBank登录号:DV874786.1),使用Primer3.0在线软件设计特异性引物,运用PCR扩增技术、TA克隆技术和核酸测序技术获得CYGB基因的完整CDS区序列及部分5′端和3′端UTR区,并使用ProtParam、PredictProtein、SWISS-MODEL等在线分析软件与Lasergene7.1软件包分析CYGB的一级结构、二级结构、三级结构...
[期刊] 华北农学报  [作者] 吴晓云  阎萍  梁春年  郭宪  包鹏甲  裴杰  褚敏  丁学智  刘文博  焦斐  刘建  
利用分子克隆技术获得了牦牛VEGF-A基因编码区序列,并采用生物信息学方法对该基因及其编码蛋白的基本理化性质、疏水性、信号肽、二级结构等方面进行了预测和分析。结果表明,牦牛VEGF-A基因包含一个573 bp的开放阅读框,编码190个氨基酸;其编码蛋白属于亲水性蛋白,具有明显的信号肽。二级结构主要以无规则卷曲和α螺旋为主。VEGF-A基因编码产物氨基酸邻接系统树表明,牦牛VEGF-A与黄牛、绵羊和成都麻羊等物种的VEGF-A氨基酸遗传距离较近,具有高度同源性。
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