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[期刊] 中国农业科学
[作者]
徐龙鑫 杨胜林 李爱萍 乜玉丽 杨海兵 戴焰
【目的】利用线粒体细胞色素b(mtDNA Cytb)基因为标记,从分子水平探讨中国5个矮马136个样本的遗传多样性和系统进化研究,为中国矮马的开发利用以及生物多样性保护提供基础资料。【方法】对矮马样本mtDNA Cytb基因进行PCR扩增和测序,运用现代生物信息学方法进行数据处理。【结果】共检测到27个单倍型,40个多态位点,约占分析位点总数的3.51%。云南矮马具有最高的单倍型多样度(Hd)(0.869),最低的为四川矮马(0.740),核苷酸多样度(Pi)最高的为贵州矮马(0.00435),最低的为宁强矮马(0.00227),各群体间的遗传多样性相差不大。系统发育树和NETwork图中每一...
关键词:
中国矮马 Cytb 遗传多样性 系统进化
[期刊] 中国农业科学
[作者]
王继英 郭建凤 赵德云 王诚 张印 王怀中 武英
【目的】利用mtDNA CytB基因为标记,从分子水平探讨12个猪种166个样本(8个山东省猪种,3个引进猪种和梅山猪种)的遗传多样性和各猪种间的亲缘关系,为山东省猪种合理利用以及生物多样性保护提供基础资料。【方法】对各猪种样本mtDNA CytB基因进行PCR扩增和测序,采用现代生物信息学方法进行数据处理分析。【结果】山东8个猪种种内遗传变异和种间遗传距离均较小,有共享单倍型。山东各猪种和梅山猪与大约克的遗传距离也较小,但与引进猪种杜洛克和长白的遗传距离较大。利用分子系统进化树和CytB基因4个SNP位点的分类方法将上述样本分为2个独立的支系,第一支以中国猪种为主,将除鲁烟白猪的一种单倍型在...
[期刊] 华北农学报
[作者]
张丽 滚双宝 雷天云 刘丽霞 秦大伟 赵世峰
为了在分子水平上探讨马鹿的遗传多样性和系统发育,对我国5个马鹿群体43头马鹿mtDNA Cytb基因全序列进行了分析。结果表明:5个马鹿群体mtDNA Cytb基因全序列中A、T、G、C含量没有明显差别;多态位点占分析位点的7.63%,天山马鹿和塔里木马鹿的单倍型比例分别为100%,50%,单倍型多样度(Hd)分别为(1.000±0.218),(0.700±0.096),核苷酸多样度(Pi)分别为0.00333,0.00544,平均核苷酸差异数值(K)分别为3.800,6.200,其遗传多样性较丰富。对13个马鹿单倍型序列的系统发生分析表明,我国马鹿有2个母系起源。从GenBank获得33个马...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
潘贤辉 周康奇 陈忠 杜雪松 黄姻 覃俊奇 文露婷 潘志忠 邓潜 罗辉 叶华 林勇
利用线粒体D-loop区和COI基因序列分析了全州禾花鲤(Quanzhou Procypris merus)、融水禾花鲤(Rongshui P.merus)和野生鲤鱼群体的遗传多样性和系统进化关系。基于D-loop区序列分析结果表明:序列长度为927~930 bp,共统计变异位点53个;A、T、G、C核苷酸平均含量分别为33.4%、32.9%、14%和19.7%,A+T(66.3%)明显高于G+C(33.7%);总体的单倍型数(h)、单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(π)分别为40个、0.95和0.008 3;遗传分化指数(Fst)为0.224 59。基于COI基因序列分析结果显示:序列长度为897~899 bp,共统计变异位点33个;A、T、G、C核苷酸平均含量分别为26.7%、28.5%、17.8%和27%,且A+T(55.2%)高于G+C(44.8%);总体的h为25个,Hd为0.91,π为0.003 16;Fst值为0.191 43。在3个群体内和群体间遗传距离分别在0.003~0.009和0.003~0.01,远小于种群分类水平0.05。分子方差分析(AMOVA)结果表明,77.54%(D-loop)和80.86%(COI)变异来自群体间变异,22.46%(D-loop)和19.14%(COI)来自群体内变异。单倍型进化树和网络图显示,全州禾花鲤和野鲤群体均存在单独聚为一支的单倍型,而融水群体未出现单独成支现象。研究表明,线粒体D-loop区作为反映3个群体间遗传多样性的灵敏度要高于COI基因,并且3个群体均属于高单倍型多样性和高核苷酸多样性。综上,3个群体间出现了较为明显的分化现象。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
海汀 张成福 信金伟 姬秋梅 柴志欣 曾贤彬 钟金城
为了解西藏牦牛的遗传多样性和群体分化情况,本研究测定了西藏15个牦牛类群的mtDNA ND5基因序列,分析其遗传多样性、亲缘关系及分类。结果表明:1西藏牦牛mtDNA ND5全序列长度在1821~1823 bp,无内含子,T、C、A和G 4种碱基的平均比例分别为32.9%、10.6%、27.5%、29.0%,存在一定的碱基组成偏倚性。2共发现变异位点36个,其中15个单态突变位点,13个简约信息位点;存在碱基缺失、插入、转换和颠换等,插入或缺失位点8个,T/C转换较多,G/C颠换较少。3西藏牦牛mtDNA ND5共有23种单倍型,平均单倍型数(H)、平均单倍型多样性(Hd)、平均核苷酸多样性(...
关键词:
西藏牦牛 ND5基因 遗传多样性
[期刊] 华北农学报
[作者]
者玉琦 柴志欣 武志娟 姜辉 钟金城 信金伟
旨在通过mtDNA ND1探究6个西藏特色牦牛群体的遗传多样性、系统进化及亲缘关系,为西藏牦牛的遗传多样性、历史演化以及遗传资源保护与利用等提供理论依据。利用PCR和直接测序法分别测定了西藏帕里牦牛、嘉黎牦牛、工布江达牦牛、斯布牦牛、江达牦牛、类乌齐牦牛6个群体共95头个体ND1基因蛋白质编码区(CDS)序列,利用DNAMAN、DNASP 5.1、Mega 7.0、Arlequin 3.5.2等软件分析其序列多态性、单倍型多样性、遗传距离等,并构建单倍型网络图及系统发育树。结果表明,西藏牦牛群体ND1基因CDS区序列长度均为956 bp,共检测获得78个变异位点和16种单倍型,平均单倍型多样性(Hd)及核苷酸多样性(Pi)分别为0.670和0.004 21,Tajima′s D均为负值;根据群体遗传差异的分子方差分析可知,西藏牦牛群体内的变异程度大于群体间变异;斯布牦牛与嘉黎牦牛之间的分化程度较大,其余大部分群体间的分化程度为中等或较弱。此外,通过聚类分析发现,类乌齐牦牛单独聚为一类,而嘉黎牦牛、工布江达牦牛、斯布牦牛、江达牦牛先聚为一类,然后再与帕里牦牛聚为一大类;16种单倍型可分为2个聚类簇,说明西藏牦牛可能存在2个母系起源;与其他牛种进行聚类分析,发现家牦牛、爪哇野牛和普通牛可能是西藏牦牛的混合母系起源。西藏牦牛遗传多样性十分丰富,其中类乌齐牦牛遗传多样性最丰富,6个牦牛群体存在2个母系起源。
[期刊] 水产学报
[作者]
肖同乾 鲁翠云 李超 张明昭 顾颖 孙效文
对8种鲤养殖品种的线粒体Cyt b基因部分序列进行测定,并比较分析其遗传多样性和系统进化关系,结果获得425 bp的Cyt b序列,其中T、C、A、G的平均含量分别为26.8%、29.0%、29.7%、14.5%,A+T含量(56.5%)高于G+C含量(43.5%),翻译为141个氨基酸,其中突变多数存在于缬氨酸和异亮氨酸之间(两个氨基酸都为不带电荷的疏水性氨基酸),其变异不影响Cyt b的功能,说明该蛋白是一个进化缓慢的蛋白,适合用于遗传进化分析。140个个体中共检测到4个单倍型,其中75.5%的个体属于单倍型Hap 2,而单倍型Hap 1主要分布在3种表现型为镜鲤的品种。AMOVA分析结果...
关键词:
鲤 遗传多样性 细胞色素b
[期刊] 海洋渔业
[作者]
陈康 王伟峰 陈秀荔 朱威霖 王焕岭
为揭示中国大獭蛤(Lutraria maxima)遗传多样性现状,基于线粒体Cytb和D-Loop序列,分析了北海、涠洲岛、湛江、厦门、福州大獭蛤5个地理群体的遗传多样性及遗传结构。结果显示:基于Cytb和D-Loop序列获得的单倍型数分别为73和27,总体单倍型多样性指数/核苷酸多样性指数分别为0.834 5±0.030 3/0.002 3±0.001 4、0.445 6±0.049 8/0.001 4±0.001 3。分子变异分析(analysis of molecular variance, AMOVA)结果显示,99.68%(Cytb)和101.16%(D-Loop)变异来自群体内,0.32%(Cytb)和-1.16%(D-Loop)变异来自群体间;遗传距离分别为0.001 8~0.002 9(Cytb)和0.000 8~0.002 0(D-Loop),群体间分化指数F_(st)值分别为-0.008 0~0.010 1(Cytb)和-0.014 3~-0.007 2(D-Loop),且均无显著分化(P>0.05)。中性检验Tajima’s D和Fu’s F_S值均为负值(P<0.05),核苷酸不配对分布曲线呈现单峰型,这些都表明大獭蛤种群在近期经历过扩张现象,扩张时间约在更新世晚期,距今约为1.3×10~4~6.6×10~4年。上述结果表明,大獭蛤具有较高的单倍型多样性指数和较低的核苷酸多样性指数的特征,群体间无明显遗传分化,可作为一个管理保护单位。研究可为中国东、南海沿岸地区大獭蛤资源保护和持续发展与利用提供基础的参考材料。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
李梦荣 田雪 庞小磊 王良炎 胡菊 董传举 李学军 王团记
实验利用线粒体COI基因和Cytb基因的片段序列分析比较了黑锦鲤(Cyprinus carpio Karasugoi Koi)、三色锦鲤(C.carpio Taisho Sanshoku Koi)、红白锦鲤(C.carpio Kohaku Koi)、黄金锦鲤(C.carpio Kigoi Koi)、全白锦鲤(C.carpio Platinum Ogon Koi)和全红锦鲤(C.carpio Higoi Koi)6个锦鲤(Cyprinus carpio Koi)养殖品系的遗传多样性和系统进化关系。结果显示:基因序列分析得到的单倍型数分别为7、6。6个品系均具有较高的单倍型多样性指数和较低的核苷酸多样性指数。群体间遗传分化系数Fst、遗传距离和AMOVA等结果显示品种间变异高于品种内变异,黑锦鲤和黄金锦鲤间、红白锦鲤和三色锦鲤间不存在显著遗传差异,其余品系间差异显著。根据COI和Cytb基因单倍型构建的品系间NJ系统进化树得到相同结果,黑锦鲤和全红锦鲤遗传关系较近,聚为一支。三色锦鲤、红白锦鲤和黄金锦鲤遗传关系较近,聚为一支。全白锦鲤与其他品系的亲缘关系均较远,单独形成一个分支。
[期刊] 华北农学报
[作者]
孙玉江 闵令江 陈建兴 芒来
为了摸清西南马遗传资源现状与特征,通过实地调查、网络分析及SPSS等数据处理得出如下结论:2006年西南马存栏291.1万匹,占全国总数40.46%,可能已经成为我国第一大生态类型马种;大理马、乌蒙马、文山马、百色马、建昌马、贵州马等西南马地方马种体尺结构由南向北、由东向西表现出逐渐偏重的趋势;西南马体尺结构紧凑,近似方形,以公马为例,体高、体长、胸围和管围分别为(115.19±7.10)cm、(114.11±8.29)cm(、132.22±9.94)cm和(15.17±1.15)cm;非密度制约因子如年无霜期、降水量、日照时数和平均气温等自然因素均与中国西南马体高呈强相关,对不同类群马的形成...
关键词:
西南马 遗传资源 特征
[期刊] 海洋水产研究
[作者]
刘萍 李健 何玉英 王清印
中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)是我国海水养殖业中最具代表性的一项产业,优良种质和抗病力已成为对虾养殖业中迫切需要解决的问题。在遗传育种中若能筛选到与抗病、生长等数量性状紧密连锁的遗传标记,将为开展标记辅助育种工作和实现良种化奠定基础。对虾种质资源以及种群遗传学已成为研究热点,种群保护也已提到议事日程。这些研究工作的开展将为对虾良种选育提供理论依据,相信随着研究工作的继续深入,人们会更好、更有效地利用对虾资源。本文对目前已经在对虾遗传多样性和系统进化研究中进行应用的DNA标记技术方法进行分析总结,拟对今后其他物种开展相关工作提供借鉴。
[期刊] 海洋渔业
[作者]
麻智芳 潘秋芝 安苗 余科 黄胜 李珊 何孝宽
通过mtDNACytb基因和D-Loop区测序技术,分析了清水江287尾野生斑鳜(Sinipercascherzeri)的遗传结构及遗传多样性,阐明贵州省境内清水江流域野生斑鳜群体的遗传多样性现状。结果表明:分别获得287条斑鳜的完整Cytb基因序列(1141bp)和D-Loop区部分序列(840~841bp);两个基因序列的碱基组成中A+T含量分别为51.6%和64.1%,均高于C+G含量的48.4%和35.9%,多态位点分别有23和44个,单倍型数分别为25和43种;单倍型多样性指数(核苷酸多样性指数)分别为0.821±0.018(0.0020±0.0001)和0.919±0.009(0.0083±0.0003);群体内平均遗传距离分别是0.0021和0.0087;AMOVA分析显示,群体内个体间变异是变异的主要来源(Cytb基因为97.54%,D-Loop区为97.32%);NJ系统发生树显示,Cytb和D-Loop区都聚为两支,两支的单倍型在河流的上中下游均有分布;清水江野生斑鳜群体的mtDNACytb的Fu’sFs值呈显著负值(﹣0.9553(P=0.007)),检测出了种群扩张,据公式推算出清水江斑鳜种群于0.176Ma年前发生了种群扩张,而D-Loop区符合中性进化的假设,未检测到种群扩张。综上所述,清水江野生斑鳜没有发生明显的遗传分化现象,遗传多样性高,呈现出较高的单倍型和核苷酸多态性。研究可为清水江野生斑鳜资源保护和持续发展与利用提供基础的参考材料。
[期刊] 华北农学报
[作者]
梁瑞圆 陈晓勇 孙洪新 孙少华 敦伟涛 沈志强 刘军峰 王珏
为探讨我国部分地方种群绵羊的起源进化及遗传多样性。对河北小尾寒羊、山东小尾寒羊、苏尼特羊、洼地绵羊、湖羊等5个地方绵羊种群mtDNA D-loop区全序列进行了测序和遗传变异分析,并利用生物信息学方法分析了种群间的亲缘关系以及母系起源。结果表明,5个绵羊种群mtDNA D-loop区序列共发现了135个多态位点,形成了108种单倍型。单倍型多样度为0.974 00.998 0;核苷酸多样度为0.017 200.022 22;全群平均核苷酸差异数K为20.795。NJ系统发育树表明,河北小尾寒羊与洼地绵羊先
关键词:
地方绵羊 线粒体基因组 起源 遗传多样性
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
岳丽佳 熊良伟 王帅兵 王权 王米雪 陈浩然
对江苏省扬州高邮、苏州张家港、泰州海陵3个地区宽体金线蛭自然群体的线粒体Cytb基因全序列进行了测定和分析。结果显示:宽体金线蛭Cytb基因全长1 146 bp,样本的A、G、T、C平均含量分别为27.57%、15.77%、43.49%、13.17%,A+T含量(71.06%)明显高于G+C含量(28.94%)。在77个宽体金线蛭样本中,共检测到96个多态位点,其中有58个简约信息位点,获得47个单倍型,共享单倍型数目1个。3个宽体金线蛭群体的平均单倍型多样性、核苷酸多样性、平均核苷酸差异数分别为0.9781、0.0133、15.20,其中泰州海陵群体的单倍型多样度(0.987 7)和核苷酸多样度(0.013 1)最高。3个群体间的遗传分化指数F_(st)为0.065 1~0.175 6,且差异显著(P<0.05),不同群体间存在一定的遗传分化。分子方差分析(AMOVA)表明,11.13%的变异来自群体间,88.87%的变异来自群体内。用邻接法构建的单倍型系统发育进化树显示,不同地理群体的个体呈交错分布,没有形成明显的地理谱系。中性检验和核酸不配对分布结果表明,3个宽体金线蛭野生群体总体大小保持相对稳定,没有发生明显的种群扩张。
关键词:
宽体金线蛭 Cytb 遗传多样性
[期刊] 淡水渔业
[作者]
李大命 张彤晴 关浩勇 唐晟凯 刘燕山 刘小维 潘建林
本研究利用线粒体细胞色素b(Cytb)基因和控制区(D-loop)序列作为分子标记,调查了高邮湖湖鲚(Coilia nasus)种群遗传多样性。结果显示,Cytb基因和D-loop区序列碱基A+T含量均高于G+C含量,显示碱基组成具有偏倚性。38条Cytb基因序列检出26个变异位点,定义13个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.716±0.078和0.002 70±0.000 57;40条D-loop区序列检出53个变异位点,定义21个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.906±0.034
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