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[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
袁青妍 张庆波 黄治国 谢庄 殷甫路 赵永华
根据黄牛β-珠蛋白基因的序列设计引物,扩增了中国牦牛的β-珠蛋白基因,并对其进行了克隆测序和氨基酸序列比较分析。结果显示,其与黄牛β-珠蛋白基因的同源性很高,达到97%以上;检测到中国牦牛β-珠蛋白基因的2个等位基因7β3A sn和1β35A sn,其中67号牦牛个体中检测到2个等位基因7β3A sn和1β35A sn,64号牦牛个体中检测到等位基因1β35A sn,1078号牦牛个体中检测到等位基因7β3A sn;等位基因1β35A sn是中国牦牛特有的一个等位基因,推测该等位基因编码的第135位氨基酸天冬酰胺,可能会降低牦牛血红蛋白的氧亲和力。
关键词：
牦牛 β-珠蛋白基因 等位基因 氧亲和力
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
袁青妍 黄治国 谢庄 殷甫路 赵永华
根据α-珠蛋白基因起始密码子上游及终止密码子下游的保守序列设计引物,以牦牛基因组DNA为模板克隆并测定了α-珠蛋白基因序列。结果表明,所测的氨基酸序列与牦牛α1-珠蛋白链的氨基酸序列完全相同,即为牦牛α1-珠蛋白基因,长706 bp,编码141个氨基酸。通过与其他物种的同源性比较,发现牦牛α1-珠蛋白基因的核苷酸序列与黄牛和水牛的同源性分别为99.71%和98.58%,与山羊、绵羊、人和马的同源性只有96.03%、95.57%、68.55%和51.13%;氨基酸序列与黄牛和水牛的同源性分别为99.29%和96.45%,与山羊、绵羊、人和马的同源性只有92.90%、91.49%、87.23%和8...
关键词：
牦牛 α1-珠蛋白基因 序列分析
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
刘建忠 朱艳君 周丽芳 马季骅
根据文献设计1对PCR引物,寡聚核苷酸序列上游引物为:5-′gCg,AAT,TCA,TCC,CAC,gTg,CCT,gC-3′,下游引物:5-′gAg,AAT,TCC,Tgg,ggA,ggg,ACC,TT-3′。经68℃退火及30轮循环的PCR程序后扩增出长度为1 447 bp的DNA片段,将该片段从琼脂糖凝胶中回收,克隆到pMD18-T Vector后进行序列测定。序列分析结果表明,牦牛乳球蛋白基因5′调控区与文献报道的奶牛该基因同源性为97.65%,突出的碱基差异为牦牛乳球蛋白基因5′调控区发生了1个位点连续3个碱基的缺失突变和另一位点1个碱基的插入突变。该研究也为开展以牦牛乳球蛋白基因5...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
钟金城 马志杰 陈智华 字向东 常怀普 刘盛纲
目的对牦牛H-FABP基因进行克隆和序列分析,以期为进一步开展牦牛该基因与其肉质性状的相关分析,进行分子标记辅助选择以及基因定位、表达等研究提供理论基础。方法用特定引物对牦牛H-FABP基因进行PCR扩增并进行T-A克隆和测序,在此基础上使用RepeatMasker、DNAMAN4.0、BioEdit4.8.10、ClustalW1.81等生物信息学软件进行序列分析。结果牦牛H-FABP基因(已在NCBI上登录,登录号为DQ026674)由4个外显子和3个内含子组成,CDS序列全长为402bp,前体氨基酸数为133个。4个外显子大小分别为73bp、173bp、102bp和54bp;3个内含子大...
关键词：
牦牛 H-FABP基因 克隆 序列分析
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
石玉强 张涌 郑月茂 刘建忠 张志平
利用 PCR方法克隆了牛 β-乳球蛋白基因 5′调控成分 (1 4 4 9bp) ,其中包括 5′侧翼序列 (6 4 5 bp) ,第一外显子及第一内含子 (80 4 bp)。PCR产物回收纯化后 ,克隆在 p MD1 8- T Vector的 T位点。序列分析表明 ,该序列与牛 β-乳球蛋白 A型基因、牛 β-乳球蛋白 B型基因、山羊和绵羊 β-乳球蛋白基因的同源性分别为 98.5 5 % ,99.79% ,90 .70 %和 90 .0 9%。计算机分析表明 ,此调控成分含有诸多调节因子结合位点或反应元件 ,其中包括视黄酸反应元件 (RARE)、佛波酯反应元件 (TRE)、乳腺特异性因子 ...
关键词：
β-乳球蛋白基因 牛 PCR 序列分析
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
刘金龙 郑月茂 王玉洁 张涌
利用普通及重组PCR技术克隆了奶牛β-酪蛋白基因(CSN2)5′调控成分(2826bp)和3′调控成分(620bp)。前者包括5′上游调控序列、第一外显子及部分第一内含子;后者主要包括最后一个不翻译的外显子和3′侧翼序列。纯化PCR产物通过pMD18-TVector亚克隆后测序并进行软件分析的结果表明,2个克隆片断与奶牛CSN2相应区域同源性分别为99.0%和98.0%,并且包含有全部的CSN2表达核心调控序列和多个转录、翻译因子的结合位点。
关键词：
奶牛 CSN2 调控区 PCR 序列分析
[期刊] 中国水产科学
[作者]
李建林 俞菊华 唐永凯 曹丽萍 吴婷婷
采用RT-PCR和RACE法,从黄鳝(MonopterusalbusZuieuw)肝脏中分离和克隆黄鳝β-肌动蛋白(actin)基因。该基因cDNA全长1765bp[不包括poly(A)],5'端非翻译区12bp,3'端非翻译区有625bp[不包含poly(A)],阅读框(Openreadingframe,ORF)1128bp,翻译成375个氨基酸,蛋白质分子量41 77kD。将所得序列与各科鱼、蛙、鸡、牛、鼠、人等的β-肌动蛋白基因序列同源性分析显示,核苷酸序列具有68%～95%的相似性,氨基酸序列具有97%～100%相似性,显示该基因在生物进化过程中的保守;系统发育分析表明黄鳝β-肌动蛋白...
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
孟丽平 赵德明 王金秀 宁章勇 马李颖
根据已发表的猪朊蛋白基因(PRNP)序列设计特异性引物,进行PCR直接扩增,得到了中国实验小型猪(CEMP)的朊蛋白基因(PRNP),将其克隆到pGEM-T Easy载体中。序列分析表明上述CEMP的PRNP基因ORF区全长为774 bp,编码257个氨基酸的前体蛋白,分子质量约为28.3 ku,其PRNP序列与已发表的猪PRNP序列(L07623)差异微小,仅在第4位氨基酸残基处有变异(Ser→Asn);绘制CEMP与其他15种属动物朊蛋白的氨基酸序列进化树发现,CEMP与多种哺乳动物朊蛋白的氨基酸序列遗传距离比较接近,与水貂最近,而与禽类朊蛋白氨基酸的遗传距离较远。
关键词：
中国实验小型猪 朊蛋白 克隆 序列分析
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
孙杰 王宝杰 孙姝娟 李晓华 姜珊 刘梅 蒋克勇 王雷
利用3’和5’RACE技术从中国对虾Fenneropenaeus chinensis肝胰腺中克隆了1个血蓝蛋白基因FCHc,FCHc基因cDNA全长为2161bp。其中,开放阅读2 034bp,编码678个氨基酸,预测分子量为77.59 kDa。FCHc序列与凡纳滨对虾Litopenaeus vannamei血蓝蛋白同源性为82%,与日本囊虾Marsupenaeus japonicas同源性为85%。Real-timePCR实验结果表明,FCHc在肝胰腺中的相对表达量最高,在心脏和表皮中几乎不表达。该基因在鳗弧菌和对虾白斑综合征病毒(WSSV)感染后的对虾肝胰腺中的表达量显著增加,并具有不同的...
关键词：
中国对虾 血蓝蛋白 基因克隆 序列分析
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
黄偲 兰道亮 林宝山 陈亚冰 王树茂 李键
【目的】对牦牛Cygb基因进行克隆与序列分析,为进一步深入研究Cygb基因在牦牛对低氧环境适应性中的作用提供理论基础。【方法】参照GenBank中牛的Cygb基因序列设计引物,提取牦牛肝组织RNA,以反转录合成的cDNA为模版,克隆牦牛Cygb基因并进行测序,运用生物信息学软件对所得序列进行分析。【结果】牦牛Cygb基因编码区全长573bp,编码190个氨基酸,编码产物分子质量21.5ku,理论等电点为6.61。蛋白预测表明,Cygb编码蛋白整体表现为亲水性,蛋白质的二级结构主要由α螺旋及延伸链构成。同源性分析表明,11条序列当中牦牛与牛、绵羊等物种具有较高的同源性,在系统发育树中距离最近,其...
关键词：
牦牛 Cygb基因 克隆 序列分析
[期刊] 华北农学报
[作者]
梁春年 王宏博 吴晓云 褚敏 郭宪 阎萍
为研究牦牛胰岛素样生长因子1受体基因(IGF-IR)的结构和功能,采用同源克隆和RT-PCR方法分段扩增牦牛IGF-IR,拼接获得全长序列,利用生物学软件进行分析。结果表明,牦牛IGF-IR基因ORF长约4 104 bp,编码1 367个氨基酸;理论分子量约154. 95 ku,等电点p I值约5. 71。与黄牛IGF-IR比较,牦牛IGF-IR基因序列有20处碱基改变,其中G到T碱基颠换2次,G到A碱基转换2次,C到T碱基转换7次,A到G碱基转换3次,T到C碱基转换6次,以及3个位点氨基酸改变(G6R、T29I和S30I)。系统进化分析表明,牦牛与黄牛、猪、人、狗、小鼠、猩猩等物种IGF-IR氨基酸相似性均大于92%,处于同一进化分支,具有高度同源性。蛋白结构预测表明,牦牛IGF-IR包含半胱氨酸富集区(FU)、纤连蛋白Ⅲ型结构域(FN3)、跨膜结构域(TM)及酪氨酸蛋白激酶区(Tyr Kc),具有该受体家族的特征结构域。同源建模表明,其成熟区段氨基酸序列与人的IGF-IR有98. 68%的相似性。为后续牦牛IGF-IR基因的功能研究奠定了基础。
关键词：
牦牛 IGF-IR基因 克隆 序列分析
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
石宁宁 杜晓华 罗玉柱 曹亮 刘霞
【目的】对甘南牦牛NGB基因进行克隆和序列分析,同时探讨NGB的生理功能。【方法】采用TA克隆法克隆甘南牦牛NGB基因,运用多种软件对其基因序列及编码产物的结构、功能进行了生物信息学分析。【结果】甘南牦牛NGB基因全长3 844bp,包括4个外显子和3个内含子,其内含子中存在2个反向重复序列和1个正向重复序列;牦牛NGBCDs区全长456bp,其编码产物是由151个氨基酸残基组成的可溶性蛋白质,分子质量约为16 876.36u,理论等电点为4.86,推测NGB编码产物可能在牦牛物质运输和结合、能量代谢等过程中发挥着重要作用;系统发育树分析表明,甘南牦牛NGB与牛、藏羚羊等物种之间存在较高的同源...
[期刊] 华北农学报
[作者]
梁春年 丁学智 包鹏甲 郭宪 裴杰 王宏博 褚敏 刘文博 吴晓云 阎萍
设计特定引物对牦牛MSTN基因PCR分段扩增并克隆和测序,利用分子生物学软件进行序列拼接,获得牦牛MSTN基因序列(GenBank登录号EU926670)。该基因由3个外显子和2个内含子组成,CDS序列全长为1 128 bp(GenBank登录号EU926671),由375个氨基酸组成。外显子大小分别为373,374,381 bp,内含子大小分别为1 843,2 028 bp。牦牛与普通牛的MSTN基因编码区中,在417位发生一次碱基转换(C→T),但未造成氨基酸改变。不同物种间在该基因编码区核苷酸序列和氨基酸序列上有较高的相似性,牦牛与普通牛、绵羊、猪、人、狗、小鼠、马、兔子、鸡、猩猩各物种...
关键词：
牦牛 MSTN基因 克隆 序列分析
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
李新福 谢元澄 张庆波 赵兴波 顾垚 朱翔 谢庄 李齐发
根据黄牛DAZL基因序列设计引物,通过PCR扩增和克隆测序获得牦牛睾丸组织DAZL基因编码区序列,利用生物信息学软件分析牦牛DAZL基因编码区序列结构以及与其他物种的系统发育关系。结果表明:牦牛DAZL基因cDNA序列长度为1 782 bp,编码区全长885 bp,编码295个氨基酸,与黄牛的氨基酸序列同源性为98.31%;牦牛DAZL蛋白含有DAZ基因家族所具有的典型的RNA结合域和DAZ重复基序。系统发育分析显示:牦牛与黄牛首先聚为一类,然后与哺乳纲的其他物种相聚,而与鱼纲、爬行纲动物的亲缘关系最远。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
张立春 金海国 李赵志 任春宇 曹阳 周国利 金鑫
【目的】克隆延边黄牛转铁蛋白受体2(transferrin receptor 2,TFR2)基因,并分析该基因在不同组织器官中的表达分布。【方法】通过提取肝脏组织总RNA,采用RT-PCR及RACE方法克隆延边黄牛TfR2基因,采用生物信息学软件进行序列分析,用半定量PCR(SqRT-PCR)方法分析TfR2基因在不同组织器官中的表达分布规律。【结果】①成功克隆出了延边黄牛TfR2基因完整ORF区及3′UTR区(GenBank登录号:GU553087),该基因全长2 901 bp,ORF区2 412 bp,编码803个氨基酸;②延边黄牛TfR2基因核苷酸序列与其它物种的同源性在80%以上,不同...
关键词：
延边黄牛 转铁蛋白受体2基因 RACE
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