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[期刊] 中国水产科学  [作者] 蒋丽莎  李琪  孔令锋  
紫蛤属(Sanguinolaria)贝类具有很高的经济价值,长期以来却存在着物种鉴定错误、种名使用混乱、同物异名等一系列问题,关于其系统分类和演化问题的研究较少。为探究中国沿海紫蛤属的系统发育关系,本研究利用两个线粒体基因(COI和16S rRNA),以及两个核基因(H3和28S rRNA)的部分序列,对采自中国沿海紫蛤属3亚属9种紫蛤61个个体进行系统发育分析。基于4个基因片段联合数据集T12(剔除COI第三位密码子位置)构建系统发育树。结果表明,两个线粒体基因片段GC含量明显低于AT含量,表现出对AT偏斜,两个核基因表现出对GC的偏斜。4个基因片段(COI、16S rRNA、H3和28S rRNA)的颠换与转换比值分别为5.073、3.042、1.564和1.480,均远高于系统分析的临界值0.4,能够提供有效的系统发育信息。基于4个基因片段的遗传多样性分析表明,9种紫蛤均具有较高的核苷酸多样性(Pi<0.05)与单倍型多态性(Hd
[期刊] 华北农学报  [作者] 邱蓉  程中平  王章利  
为了弄清桃亚属中国分布植物的系统发育及演化关系,对这些种类的植物学性状以及核ITS序列和叶绿体psbA-trnH序列进行比对分析,植物学性状和ITS序列分析分别采用SPSS和MEGA构建系统树,psbA-trnH序列分析采用Network构建进化网络。结果表明:新疆桃确为普通桃的一个亚种;陕甘山桃不是山桃的变种,而是一个独立的种;桃亚属植物的演化关系为光核桃→甘肃桃,甘肃桃通过其中一支演化为山桃→陕甘山桃,另一支演化为普通桃和新疆桃。
[期刊] 中国水产科学  [作者] 王鹭骁  柯才焕  王志勇  刘波  蔡明夷  王艺磊  
用PCR技术克隆耳鲍(Haliolis asinina)、羊鲍(H.ovina)和多变鲍(H.varia)的线粒体16S rRNA基因的片段,并将PCR产物直接进行测序,得到长度530 bp左右的片段。将这些序列与杂色鲍(H.diversicolor diversicolor)、九孔鲍(H.diversicolor supertexte)、大鲍(H.gigantea)、盘鲍(H.discus discus)、皱纹盘鲍(Haliotis discus hannai)等5种鲍的相应片段进行序列比较。结果表明,不同种鲍间16S rRNA基因的序列同源性较高,同源性范围为87.36%~90.77%,这...
[期刊] 中国林业科学研究院  [作者] 刘霞  
杨柳科(Salicaceae)是一个分布极广的植物类群,自林奈创建杨柳科以来,该科只包括杨属和柳属两个属。根据经典形态学分类方法,杨属分为6大派。由于早期的研究所用分子标记包含的系统信息不足或取样的限制,杨属6大派间的系统发育关系一直缺乏系统的研究,特别是关于杨属起源、演化历史和进化的时间框架等都是系统学家比较关心的问题。基于以上存在的问题,本研究首先以蓖麻属(Ricinus)的蓖麻(Ricinus communis)为外类群,选取54个代表了广义杨柳科中的11个属的物种,使用matK和rbcL联合序列数
[期刊] 林业科学  [作者] 刘学伟  吕全  孟贤静  白雪松  黄国军  李秀玲  张星耀  
【目的】对我国东北异域分布的3种落叶松林内齿小蠹粘束孢属(微囊菌目:粘束孢科)伴生真菌进行系统调查和分析,为研究其致病机制奠定基础,为控制森林病虫害提供理论依据。【方法】对异域分布的长白落叶松和华北落叶松八齿小蠹(鞘翅目:小蠹科)的虫体和坑道组织进行伴生真菌的分离纯化,进行生理学特性、菌落特征、微观形态学的观察,以及基于rrNA-ITS和TEF-1α多位点DNA序列的系统发育进行分析。【结果】落叶松粘束孢和黑梗粘束孢2种粘束孢属真菌与我国的落叶松八齿小蠹伴生,其中落叶松粘束孢为中国新纪录种。落叶松粘束孢和黑梗粘束孢都是首次从亚洲落叶松八齿小蠹上分离到,与落叶松八齿小蠹形成新的小蠹虫-真菌伴生关...
[期刊] 北京林业大学学报  [作者] 张志翔  林善枝  薛娴  
以谷精草属(Eriocaulon)的尼泊尔谷精草(Eriocaulon nepalense)、白药谷精草(E.cinereum)、高山谷精草(E.alperstre)、华南谷精草(E.sexangulare)、南亚谷精草(E.oryzetorum)等5个种为研究对象,通过PCR扩增技术获得了谷精草属5个种的内转录间隔区序列,并对ITS序列进行分析.结果发现,供试谷精草属植物的ITS区长度并不完全一致,其ITS1的长度范围为171~306 bp,G+C含量为38.24%~55.04%;ITS2的长度范围为184~288 bp,G+C含量为36.46%~57.02%.在此基础上,采用Clustal...
[期刊] 水产学报  [作者] 赖瑞芳  张秀杰  李艳和  吴俊颉  杨东辉  王卫民  
基于GenBank中团头鲂线粒体基因组全序列和三角鲂、厚颌鲂、广东鲂的部分线粒体基因组序列,设计引物扩增出三角鲂、厚颌鲂和广东鲂3种鱼线粒体基因组全序列,同时对4种鲂属鱼类线粒体基因组全序列进行了比较分析。结果表明,4种鲂属鱼类线粒体基因组基因排列顺序完全相同,排列紧密,均包含13个蛋白质编码基因、22个tRNA、2个rRNA、1个非编码控制区(D-loop区)和1个轻链复制起始区(OL区)。除ND6和8个tRNA在L链上编码外,其余的基因均在H链上编码。4种鲂属线粒体基因组13个蛋白质编码基因中,均呈现出较强的A+T偏向性和C碱基偏好。全序列比对结果显示,共有758个变异位点,其中非简约性信...
[期刊] 林业科学  [作者] 赵鹏  周惠娟  刘占林  Keith E. Woeste  呼东峰  党萌  李忠虎  王玛丽  赵桂仿  
胡桃属植物约有21种,在亚洲、欧洲和美洲均有分布,为间断分布类群。该属植物种质资源丰富,栽培历史久,具有重要的生物学意义和经济价值。综述胡桃属植物分子系统发育和生物地理方面的研究历史和进展,对美国白核桃及我国特有种麻核桃、野核桃和胡桃楸的归属及系统地位等有争议的问题进行分析,对该属植物遗传多样性、起源分布与进化历史方面的研究前景进行展望。随着分子生物技术的迅速发展,预计二代测序技术将成为研究非模式植物胡桃属系统发育和生物地理的有利工具。
[期刊] 海洋渔业  [作者] 张国庆  梁冠宇  杨森  蔡林豪  何静  董烨玮  梁日深  
为从分子水平分析九棘鲈属鱼类(Cephalopholis)物种分类关系,并验证细胞色素C 氧化酶亚基 Ⅰ (COI) 作为DNA条形码对九棘鲈属物种鉴定的有效性。本研究采集了我国分布的九棘鲈属鱼类12种,利用PCR扩增及测序方法获得COI基因部分序列,结合GenBank下载的4种九棘鲈COI基因共同分析,利用MEGA7.0软件计算碱基信息与遗传距离,基于最大似然法和邻接法构建分子系统进化树。结果表明: 16种九棘鲈种内平均遗传距离为0. 002,种间平均遗传距离为0.142,两者相差71倍,表明COI基因可作为九棘鲈鱼类分子鉴定的条形码基因。构建的分子系统进化上,16种九棘鲈属鱼类聚为体色特征不同的三个类群,其中七带九棘鲈(Cephalopholis igarashiensis)与卜氏九棘鲈(Cephalopholis polleni)体色为多彩颜色,两者最先分化,位于进化树底部。剩下的九棘鲈主要形成体色为红色与体色为褐色的类群,与形态学的分类结果一致。部分存在误鉴或同种异名分类争议的九棘鲈品种:青星九棘鲈(Cephalopholis miniata)与半斑九棘鲈(Cephalopholis hemistiktos)、橙点九棘鲈(Cephalopholis aurantia)与黑边九棘鲈(Cephalopholis spiloparaea),进化树枝长能清晰区分各物种,并且两两之间的遗传距离也远大于0.020。揭示其各自应为独立的物种,研究结果为九棘鲈属鱼类的分类及物种鉴定提供分子水平分类依据。
[期刊] 西南农业学报  [作者] 韩利红  柯欣茹  秦相月  普琪  任怡园  刘潮  
【目的】很多虫草属(Cordyceps)物种含有丰富的虫草素、多糖、喷司他丁等有效成分,具有重要的医疗保健功效和开发利用价值。研究虫草属线粒体基因组特征及系统发育,为虫草科真菌物种的起源与进化、资源保护和开发利用提供借鉴。【方法】基于9种虫草菌线粒体基因组序列,利用Mega、REPuter、MISA、mVISTA和PAML等生物信息学软件,对线粒体基因组特征、序列重复、结构变异、基因进化和系统发育进行分析。【结果】虫草属物种线粒体基因组大小差异明显,均含有15个蛋白编码基因、2个rRNA和至少25个tRNA;物种重复序列数目差异较大,多为正向重复和回文重复,SSR主要为二核苷酸、三核苷酸和四核苷酸重复,且含有较高比例的A或T碱基;线粒体基因组结构高度相似,未发现基因重排现象,线粒体基因组大小和内含子长度呈线性正相关;基因rps3核苷酸变异程度较高,所有基因的dN/dS比率均小于1,nad5、rps3、cob、nad2和cox1等基因存在正选择位点;粗糙虫草和粉质虫草聚类关系较近,而细脚虫草、蝉棒束孢和蝉花虫草聚在一起。【结论】虫草属物种线粒体基因组结构保守,基因组大小主要受内含子影响,蛋白编码基因主要受纯化选择作用,部分基因在与宿主和环境互作过程中受到了轻微的选择作用。
[期刊] 北京林业大学学报  [作者] 杨绪勤  邓传良  刘丽盈  沙涛  于美玲  卢龙斗  
以流苏树属的流苏树,女贞属的女贞和木犀榄属的木犀榄作为外类群,利用叶绿体matK基因序列,对木犀属19个种进行种间亲缘关系及系统分类学研究。结果表明:①木犀属植物叶绿体matK基因序列较为保守,特别表现在3′端;②木犀属植物是一单系类群;③19种木犀属植物可以分为3个分支:香花木犀和华东木犀各单独聚为一个分支;其余聚为一个分支;其中美洲木犀、牛矢果和厚边木犀聚为一个亚分支,都属于圆锥花序组;木犀组的红柄木犀、毛木犀、石山桂、狭叶木犀和管花木犀组的山桂花5种植物聚为一个亚分支;其余的9种木犀组植物聚为一个亚分支;④经典的基于形态学的P.S.Green分类系统没有得到分子数据的支持,圆锥花序组聚在...
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)  [作者] 陈欣雨   朱守玟   江转转  
【目的】李属植物种类庞杂,其线粒体基因组相关研究较少。利用比较基因组学对李属植物线粒体基因组进行分析,旨在为李属植物系统发育、种群鉴定等研究提供参考。【方法】基于NCBI数据库已发布的7种李属植物线粒体基因组序列,利用生物信息学的方法,对其基因组的特征、组成,基因转移,遗传变异,系统发育等方面进行分析。【结果】7种李属植物的线粒体基因组序列长度为422 215(寒樱)~535 727 bp(梅),GC含量均约为45%,编码序列数量相近。跨膜结构域分析显示,线粒体基因组部分开放阅读框可能包含信号肽。DNA从叶绿体迁移至线粒体分析显示,tRNA基因比rRNA基因更为保守。7种李属植物线粒体基因组密码子偏好性不强,但共线性较高,大多数蛋白质编码基因在进化过程中受纯化选择。线粒体全基因组和单基因系统发育分析显示,寒樱与浙闽樱桃、梅与山杏的亲缘关系更近,李与光核桃的亲缘关系也较为接近,此结果与植物学分类标准存在一致性。【结论】李属线粒体基因组是其全基因组的重要组成部分,其序列较为保守,可用于物种鉴定、系统发育等方面的研究。
[期刊] 北京林业大学学报  [作者] 卫尊征  郭丽琴  张金凤  李百炼  张德强  郭华  
对杨属4个派17个主要栽培树种及杂种共26个雌雄单株进行了叶绿体trnL-F间隔区序列的PCR扩增、回收和纯化,并分别克隆到pGEM-T载体中进行序列测定。结果表明:在杨树中基因trnL-F间隔区序列的长度为771~811bp,G+C含量为30.6%~31.9%;排序后的比对长度为857个位点,其中46个为变异位点,33个为系统发育的信息位点。以嵩柳和极地柳为外类群,分别用邻接法和UPGMA方法构建了杨属主要栽培树种的系统发育进化树。系统进化分析显示:1)白杨派能聚类形成一个单独分支,而黑杨派亚支与青杨、胡杨派亚支聚类形成另外一个主要的分支,其中胡杨派和青杨派不能区分开;2)青杨派的藏川杨独立...
[期刊] 水产学报  [作者] 郭弘艺  魏凯  唐文乔  李辉华  谢正丽  刘东  刘至治  
对2008年1—3月采自中国广东至江苏沿海9个河口的534尾日本鳗鲡幼体鉴定发育时相,分析了其中104尾玻璃鳗的日龄、柳叶鳗龄和抵岸龄。结果显示,中国大陆东南沿海玻璃鳗的柳叶鳗龄平均为102(90~112)d,并呈现出地域性的从南至北逐步增大的趋势。Scheffe′s多重比较可将9个群体按柳叶鳗龄的大小归为3个组,南部的新会和汕头归为第1组;中间的福清、宁德、温州、台州归为第2组;北面的慈溪、九段沙和大丰归为第3组。同样,群体的R-聚类和个体的Q-聚类分析也显示出与上述分组相一致的结果。研究表明,从产卵场随北赤道洋流迁徙至菲律宾东北部并进入黑潮接近中国东南沿海的柳叶鳗,分成3个群体迁徙。变态最...
[期刊] 中国水产科学  [作者] 樊冀蓉  吴仁协  赵元莙  刘静3  
鲷科(Sparidae)隶属于硬骨鱼纲(Osteichthyes)、鲈形目(Perciformes)、鲈亚目(Percoidei)。目前已报道世界有34属133种,广泛分布于大西洋、印度洋和太平洋的温带至热带水域,在世界海洋渔业中占有重要地位。虽然此类群系统学研究已有250多年历史,但是在亚科、属、种(亚种)等不同分类阶元上仍然存在颇多争议和疑问,有必要对其进行深入研究。本文总结了近百年来有关鲷科鱼类的分类和系统发育研究的文献资料,厘定了中国鲷科鱼类的有效物种和种名,修订了过去文献中出现的主要同物异名和错误的命名种,初步确认中国鲷科鱼类现有7属18种(或亚种);在探讨鲷科鱼类分类地位的基础上,...
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