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[期刊] 中国农业科学
[作者]
邹丽芳 陈功友 武晓敏 王金生
水稻条斑病细菌(Xanthomonasoryzaepv.oryzicola,Xooc)和水稻白叶枯病菌(X.oryzaepv.oryzae,Xoo)是稻黄单胞菌种下的致病变种,是水稻上的模式病原菌。用Xoo无毒基因avrXa3对应的NLS和AD区域的DNA片段构建探针,筛选Xooc基因文库,再通过酶切归类和Southern杂交分析,从Xooc中获得2个avBs3r/PthA家族基因克隆,分别被命名为avr/Pth13和avr/Pth14。序列测定结果显示,它们与avrBs3PthA家族成员,几乎一样的5′端和3′端、1个亮氨酸拉链(leucinezipper,LZ)、3个核定位信号(nucle...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
李玉蓉 邹丽芳 武晓敏 杨娟 陈功友
水稻黄单胞菌白叶枯致病变种(Xanthomonas oryzae pv.oryzae,Xoo)和稻生致病变种(X.oryzaepv.oryzicola,Xooc)分别引起水稻白叶枯病(bacterialblight,BB)和水稻细菌性条斑病(bacterialleafstreak,BLS),对中国和世界水稻产量造成较大损失。基因组学揭示,Xoo和Xooc不同小种中存在15～30个数量不等的avrBs3/PthA(avr/pth)家族基因。新近研究结果表明,avr/pth基因既是毒性基因,又是寄主植物先天免疫的抑制因子,还是与抗病基因(R)匹配的无毒基因。Xooc中虽然存在avr/pth基因,但...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
段瑞旭 张桂英 王春平 宋从凤 王金生
利用来源于水稻白叶枯菌株JXOⅢ的无毒基因avrXa3构建的同源序列突变转化单元,同源重组得到PXO99~A菌株的1个缺失突变体PXO99△avr。PXO99~A及其突变体基因组DNA以内切酶BamHⅠ完全消化后进行同源检测,发现突变体PXO99△avr中有3条杂交带消失,有2条带信号减弱。进一步以相同探针检测PXO99~A的基因文库,限制性酶切分析和Southern杂交归类,共获得13个不同的阳性克隆。众多avrBs3/PthA基因在基因组中单独存在,或2个和2个以上串联排列。经比对,克隆p5所含条带与突变体缺失的5条带大小相同。因此认为随机交换产生的突变体中有5个基因被敲除。将此文库克隆(...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
赖志兵 邵敏 宋从凤 陈功友 王金生
用硫酸二乙酯 (DES)化学诱变水稻条斑病细菌RS1 0 5菌株 ,获得一株dsp基因突变体AM1 1。该突变体的菌落形态、颜色、胞外多糖产生能力以及胞外酶 (淀粉酶、蛋白酶、果胶酶和纤维素酶 )的活性与野生型菌株RS1 0 5无明显差异。将水稻条斑病细菌RS1 0 5基因文库 1 2 0 0个克隆逐个导入dsp基因突变体AM1 1中 ,致病性测定结果表明 ,dsp基因阳性克隆pC1 0 1可以恢复AM1 1在水稻上的致病性。酶切分析显示 ,克隆pC1 0 1携 4 4 92kb的dsp基因片段。亚克隆和功能互补结果显示 ,克隆pE4 6和pE4 7均具有恢复dsp突变体AM1 1致病性的能...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
胡春华 邓子牛
根据pthA基因和溃疡病病菌大质粒序列设计特异性引物,利用long-PCR方法,获得了包括pthA完整编码区及两端部分非编码区在内的约4100bp的DNA片段,再利用net-PCR获得了pthA完整的编码区,经XbaⅠ和SacⅠ双酶切后将其克隆到植物表达载体pBI121中.经双酶切及核酸序列测定鉴定的阳性克隆重组质粒被命名为pBI-pthA.序列分析结果表明,克隆得到的pthA与登录到Genbank上的pthA序列有99.8%的同源性,pthA全长基因编码1163个氨基酸,具有17.5个102bp单元的重复序列,每个单元编码34个氨基酸,重复区后有1个亮氨酸拉链结构(LZ),3个核定位信号(N...
[期刊] 林业科学研究
[作者]
陈鸿鹏 朱凤云 吴志华 谢耀坚
甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)是高等植物糖酵解和糖异生反应中的关键酶,是维持生命活动能量形成的最基本酶之一,它氧化甘油醛-3-磷酸生成1,3-二磷酸甘油酸,由此为糖酵解过程提供产生ATP的底物[1-4]。此外,由于该酶基因为管家基因,几乎在所有组织中都高水平表达,在同种细胞或组织中的蛋白质表达量较为恒定,故被广泛用作实时荧光定量PCR的内参基因[5-9]。近年来,随着研究
[期刊] 水产学报
[作者]
易乐飞 刘楚吾 王萍 周向红
泛素蛋白酶体系统(ubiquitin-proteasomes system,UPS)是真核生物重要的翻译后修饰系统,参与了许多重要的生理反应,同时也参与了蛋白质的质量控制和细胞的稳态维持,因此研究条斑紫菜UPS有助于阐明条斑紫菜在逆境胁迫下通过UPS降解异常蛋白和调节蛋白的生物学活性。泛素结合酶(ubiquitin-conjugating enzyme,E2)是UPS的重要组成部分。根据电子克隆结果指导RT-PCR实验,成功克隆了条斑紫菜泛素结合酶基因(PyE2)的cDNA序列(GenBank accession:FJ232910)。该cDNA序列含有长444 nt的完整ORF,编码蛋白(Py...
关键词：
条斑紫菜 泛素结合酶 克隆 生物信息学
[期刊] 林业科学研究
[作者]
饶国栋 睢金凯 张建国
采用本地化软件Blast P对杨树全基因组数据库和Gen Bank数据进行搜索,根据搜索结果对毛白杨TUA基因家族进行克隆,并利用软件Clustal W和MEGA对TUA基因进行了核酸和氨基酸序列的比对分析和系统进化分析;利用SWISS-MODEL服务器对TUA的蛋白质三维结构进行模拟。结果显示:毛白杨α-微管蛋白由8个成员构成,8个成员的氨基酸序列和其它植物α-微管蛋白序列的相似性在80%以上;TUA基因可分为2个家族,每个家族成员都有其独特的内含子外显子特征;TUA蛋白的三维结构表现出极高的相似性。毛白杨TUA基因在序列和结构上都十分保守;8个TUA基因起源于2个祖先TUA基因。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
孔维文 邵敏 彭建令 董汉松 王金生
利用mRNA差异显示技术从水稻中克隆到一个受白叶枯病菌诱导的基因片段 (rgi 97)。根据RT PCR结果 ,rgi97具有诱导表达特性 ,在水稻受白叶枯病菌侵染后 2 4h时检测不到 ,36h时有微弱表达 ,而到 4 8h时表达增强。通过3′RACE技术获得了该片段 3′端约 970bp的序列。相似性搜索表明 ,包含 3′末端的rgi 97可能的编码产物与拟南芥一个未知蛋白有一定相似性 ,达 92 % ,提示该基因可能与水稻对白叶枯病的抗性有关。
关键词：
水稻 抗病性 调控基因
[期刊] 华北农学报
[作者]
王光勇 刘迪秋 李旻 饶健 孙兵召 丁元明
依据火把梨(Pyrus pyrifolia Nakai)14-3-3蛋白的EST序列设计基因特异引物,采用快速扩增cDNA末端技术(Rapid amplification of cDNA ends,RACE),从云南火把梨中克隆一个新的14-3-3基因(Pp14-3-3)的全长cDNA序列。Pp14-3-3全长cDNA为1 107 bp,具有84 bp 5'非编码区(Untranslated Regions,UTR)、786 bp开放读码框(Openreading frame,ORF),以及237 bp 3'UTR,编码含261个氨基酸的蛋白质。Pp14-3-3与其他物种14-3-3蛋白在中间...
[期刊] 华北农学报
[作者]
王更先 司马杨虎 张升祥 徐世清
利用生物信息学、RT-PCR和RACE等方法克隆了家蚕6个Osiris基因家族的成员,依次命名为BmOsiris7、BmOsiris9、BmOsiris18、BmOsiris19、BmOsiris20和BmOsiris21。序列分析表明,BmOsiris基因的序列ORF长度在723~882之间,所编码的氨基酸分子量大小也很接近,在26~31 kDa之间。pI分析表明,BmOsiris21为9.10,其余在6.41~8.66之间。SMART在线保守区域预测发现,该蛋白家族属于跨膜蛋白,都含有Osiris家族特有的DUF1676保守区域,支持了克隆的所有基因序列属于Osiris基因家族的推测。Os...
[期刊] 华北农学报
[作者]
李文林 陈福伟 王伟杰 韩立强 王月影 李宏基 刘红亮 杨国宇
在猪的肠道组织中克隆Reg3基因,提取总RNA,利用设计的引物进行RT-PCR,PCR产物与pMD-19T载体连接后转化E.coliJM109,检测阳性克隆、测序并进行序列分析。结果表明:克隆的猪Reg3基因与人、绵羊、马的同源性分别为83.7%,82.3%,82.2%;克隆了猪Reg3全长基因并注册GenBank注册号为Accession.FJ531494。
关键词：
猪 Reg3基因 克隆 序列分析
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
王钰 王荣富 何国浩
对根据紫花苜蓿(Medicago truncatula)NBS区域的保守序列等设计的16对简并引物进行优化,筛选出6对简并引物,以甘薯的基因组DNA为模板进行PCR扩增,克隆甘薯抗病基因同源序列(RGA)。结果克隆出342个不同的甘薯RGA,这342个甘薯RGA和已知的抗病基因L6、N、RGC1等具有高度同源性(Evalue
[期刊] 中国农业科学
[作者]
张丽英 陈儒钢 张俊红 欧阳波 肖景华 李汉霞 叶志彪
【目的】利用同源序列法分离辣椒抗病基因同源序列。【方法】根据已知植物抗病基因的NBS-LRR保守结构域设计简并引物,以辣椒品系PR205基因组DNA为模板对抗病基因同源序列进行扩增。【结果】获得了25个抗病基因同源序列(resistance gene analogs,RGAs),聚类分析将其分为7个不同的类别。由其核酸序列推导的氨基酸序列与Mi-1.2、prf、Hero、I2C-1、RPM1基因相应区域的同源性为27.4%～98.2%。其中RGA-p20与Mi-1.2基因的核苷酸和氨基酸序列相似性均达到99%,确认RGA-p20为抗根结线虫基因的一部分,即辣椒中也含有与Mi基因同源的根结线虫抗...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
马凌波 张凤英 马春艳 王素娟
利用细胞质抗坏血酸过氧化物酶(APX)基因部分片段为探针,从条斑紫菜(Porhyrayezoensis)叶状体的cDNA文库中筛选出1种新型的编码APX的全长cDNA克隆。该克隆开放阅读框编码242个氨基酸,与高等植物已知的胞质APX序列相似,同时具有两个特征性的保守区域。推导的氨基酸序列具有与在一种单细胞红藻(Galdieriapartite)中发现的APX B相似的杂交类型结构,这种结构可能是红藻或者非绿色光合生物的APX的重要特征。该cDNA克隆编码区G+C含量达到63 7%,其中密码子的第3位G+C含量高达88 4%。本实验得到的抗坏血酸过氧化物酶基因的cDNA序列已登录到GenBan...
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