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[期刊] 华北农学报
[作者]
邱蓉 程中平 王章利
为了弄清桃亚属中国分布植物的系统发育及演化关系,对这些种类的植物学性状以及核ITS序列和叶绿体psbA-trnH序列进行比对分析,植物学性状和ITS序列分析分别采用SPSS和MEGA构建系统树,psbA-trnH序列分析采用Network构建进化网络。结果表明:新疆桃确为普通桃的一个亚种;陕甘山桃不是山桃的变种,而是一个独立的种;桃亚属植物的演化关系为光核桃→甘肃桃,甘肃桃通过其中一支演化为山桃→陕甘山桃,另一支演化为普通桃和新疆桃。
[期刊] 林业科学
[作者]
赵鹏 周惠娟 刘占林 Keith E. Woeste 呼东峰 党萌 李忠虎 王玛丽 赵桂仿
胡桃属植物约有21种,在亚洲、欧洲和美洲均有分布,为间断分布类群。该属植物种质资源丰富,栽培历史久,具有重要的生物学意义和经济价值。综述胡桃属植物分子系统发育和生物地理方面的研究历史和进展,对美国白核桃及我国特有种麻核桃、野核桃和胡桃楸的归属及系统地位等有争议的问题进行分析,对该属植物遗传多样性、起源分布与进化历史方面的研究前景进行展望。随着分子生物技术的迅速发展,预计二代测序技术将成为研究非模式植物胡桃属系统发育和生物地理的有利工具。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
陈欣雨 朱守玟 江转转
【目的】李属植物种类庞杂，其线粒体基因组相关研究较少。利用比较基因组学对李属植物线粒体基因组进行分析，旨在为李属植物系统发育、种群鉴定等研究提供参考。【方法】基于NCBI数据库已发布的7种李属植物线粒体基因组序列，利用生物信息学的方法，对其基因组的特征、组成，基因转移，遗传变异，系统发育等方面进行分析。【结果】7种李属植物的线粒体基因组序列长度为422 215(寒樱)～535 727 bp(梅),GC含量均约为45%,编码序列数量相近。跨膜结构域分析显示，线粒体基因组部分开放阅读框可能包含信号肽。DNA从叶绿体迁移至线粒体分析显示，tRNA基因比rRNA基因更为保守。7种李属植物线粒体基因组密码子偏好性不强，但共线性较高，大多数蛋白质编码基因在进化过程中受纯化选择。线粒体全基因组和单基因系统发育分析显示，寒樱与浙闽樱桃、梅与山杏的亲缘关系更近，李与光核桃的亲缘关系也较为接近，此结果与植物学分类标准存在一致性。【结论】李属线粒体基因组是其全基因组的重要组成部分，其序列较为保守，可用于物种鉴定、系统发育等方面的研究。
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
杨绪勤 邓传良 刘丽盈 沙涛 于美玲 卢龙斗
以流苏树属的流苏树,女贞属的女贞和木犀榄属的木犀榄作为外类群,利用叶绿体matK基因序列,对木犀属19个种进行种间亲缘关系及系统分类学研究。结果表明:①木犀属植物叶绿体matK基因序列较为保守,特别表现在3′端;②木犀属植物是一单系类群;③19种木犀属植物可以分为3个分支:香花木犀和华东木犀各单独聚为一个分支;其余聚为一个分支;其中美洲木犀、牛矢果和厚边木犀聚为一个亚分支,都属于圆锥花序组;木犀组的红柄木犀、毛木犀、石山桂、狭叶木犀和管花木犀组的山桂花5种植物聚为一个亚分支;其余的9种木犀组植物聚为一个亚分支;④经典的基于形态学的P.S.Green分类系统没有得到分子数据的支持,圆锥花序组聚在...
关键词：
木犀属 matK基因 系统发育分析
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
王杰 贺文闯 向坤莉 武志强 顾翠花
系统发育研究是进化生物中的基本问题，也是其他众多生物学分支学科的基础问题，其核心在于研究不同生物类群间的亲缘关系与进化命运。利用分子数据研究生物之间的进化关系是系统发育研究的重要手段。随着测序技术的提升和测序成本的持续下降，系统发育研究由早期基于单基因或联合少数片段逐步发展到现阶段利用大规模基因组数据对个体、群体、物种以及更高水平的进化关系进行探讨。讨论了目前植物体内的3套基因组(叶绿体基因组、线粒体基因组与核基因组)在系统发育研究中的代表性成果，总结了植物不同基因组的特征及其在系统发育研究中的优势与局限，探讨了系统发育树构建的主要方法，并对未来研究进行了展望。目前，植物体内的3套基因组适用于不同阶元和类群的系统发育研究，不同基因组之间的遗传特性差异使其在系统发育研究中具备不同的优势和应用：(1)叶绿体基因组结构相对简单，序列保守，不易重组，单亲遗传，是广泛应用于系统发育学和进化生物学等研究领域的理想分子数据资源；(2)植物线粒体基因组序列进化速率较慢，目前仅适用于早期植物和大尺度水平的系统发育研究；(3)核基因组为双亲遗传，可综合揭示双亲谱系及系统网状进化关系，在系统发育研究中具有巨大的应用潜力。不同建树方法适用于不同特征的数据集，在建树过程中应采用合理的方法避免长枝吸引和不完全谱系分选带来的影响。未来核基因组将成为系统发育研究的主流方向，其双亲遗传特性能够为物种形成过程中的杂交和基因组渗入等事件提供充分的见解。随着越来越多的类群系统位置被确定，物种形成和进化过程中的杂交、回交等双亲遗传，以及核质互作、多倍化、功能适应和趋同进化等问题将会成为系统发育研究的重点。表1参78
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
庞世龙 欧芷阳 申文辉 叶斯进 黄宝珍 凌福诚 陆国导
【目的】探究岩溶植物叶性状在不同生活型水平上的差异以及系统发育保守性，有助于深入理解植物对异质性生境的适应机制，进而为岩溶植被的保护与恢复提供科学依据。【方法】以桂西南岩溶区20种常见阔叶木本植物为对象，采用K值法检验了叶性状的系统发育信号，并运用系统发育独立比较（PIC）和标准化主轴估计（SMA）的方法分析了叶性状间的关联适应性。【结果】1）研究区植物群落10个叶性状均未表现出较强的系统发育保守性，系统发育结构与性状结构并不完全一致；2）叶面积（LA）与叶长（LL）、叶宽（LW）以及叶组织密度（LTD）与LL、叶体积（LV）间均呈异速生长关系，而LL与LW、LA与叶干质量（LDW）间均呈等速生长关系；其中，LTD与LL的生长关系在常绿植物组发生了改变，由异速生长关系转变为等速生长关系；其他性状组合间的生长关系并未因生活型的不同而引起差异，表明常绿植物倾向于限制LL以适应环境的变化；3)LA、LL和LW以及LTD与LL、LV在常绿和落叶植物组间的斜率均沿共同主轴方向显著漂移（P <0.05），表明常绿和落叶植物对环境的适应策略发生了位移，常绿植物倾向于选择小叶、组织密度大的资源保守型生长策略，而落叶植物则倾向于选择大叶、组织密度小的资源获取型生长策略。【结论】生态位分化在很大程度上是促进亚热带阔叶林群落物种共存和生物多样性维持的重要机制。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
李晓萌 肖宁 曾晓起 姚旺
运用扫描电子显微镜观察了中国沿海13种代表性海参的骨片,并获得了8种海参的线粒体16SrDNA基因序列,通过整合网上序列联合分析以期了解13种海参的系统发育关系和骨片演化规律。结果表明, 13种海参的骨片包括桌形体、假桌形体、扣状体、杆状体、穿孔板、花纹样体、颗粒体7种类型; 8种海参的16S rDNA片段长度在465 bp左右,富含AT碱基, A+T的含量平均为55.8%,符合无脊椎动物线粒体DNA序列的特征。从GenBank中获取11种海参16S rDNA基因序列,以杂色角孔海胆(Salmacis sphaeroides)为外群,联合本研究中所测序列构建了NJ和ME系统树。结果表明,NJ、ME系统发育树基本一致,海参科(Holothuriidae)内,柄体参属(Labidodemas)与海参属(Holothuria)亲缘关系极近且骨片形态均相似,可划分为同一个属;与传统形态学分类不同,刺参科(Stichopodidae)同尻参科(Caudinidae)、沙鸡子科(Phyllophoridae)、硬瓜参科(Sclerodactylidae)、瓜参科(Cucumariidae)聚成一簇,而与海参科亲缘关系较远,符合最新分类系统。本研究根据NJ和ME系统发育树结果,结合海参骨片的形态学资料,对海参科内骨片的演化进行了分析,认为虽然桌形体的进化史尚不清晰,但在海参科内,海参骨片由复杂的桌形体、扣状体向简单的花纹样体和颗粒体演化。
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
卫尊征 郭丽琴 张金凤 李百炼 张德强 郭华
对杨属4个派17个主要栽培树种及杂种共26个雌雄单株进行了叶绿体trnL-F间隔区序列的PCR扩增、回收和纯化,并分别克隆到pGEM-T载体中进行序列测定。结果表明:在杨树中基因trnL-F间隔区序列的长度为771～811bp,G+C含量为30.6%～31.9%;排序后的比对长度为857个位点,其中46个为变异位点,33个为系统发育的信息位点。以嵩柳和极地柳为外类群,分别用邻接法和UPGMA方法构建了杨属主要栽培树种的系统发育进化树。系统进化分析显示:1)白杨派能聚类形成一个单独分支,而黑杨派亚支与青杨、胡杨派亚支聚类形成另外一个主要的分支,其中胡杨派和青杨派不能区分开;2)青杨派的藏川杨独立...
关键词：
杨属 trnL—F序列 系统发育
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
陈文新
[期刊] 中国林业科学研究院
[作者]
刘霞
杨柳科(Salicaceae)是一个分布极广的植物类群,自林奈创建杨柳科以来,该科只包括杨属和柳属两个属。根据经典形态学分类方法,杨属分为6大派。由于早期的研究所用分子标记包含的系统信息不足或取样的限制,杨属6大派间的系统发育关系一直缺乏系统的研究,特别是关于杨属起源、演化历史和进化的时间框架等都是系统学家比较关心的问题。基于以上存在的问题,本研究首先以蓖麻属(Ricinus)的蓖麻(Ricinus communis)为外类群,选取54个代表了广义杨柳科中的11个属的物种,使用matK和rbcL联合序列数
[期刊] 林业科学
[作者]
刘学伟 吕全 孟贤静 白雪松 黄国军 李秀玲 张星耀
【目的】对我国东北异域分布的３种落叶松林内齿小蠹粘束孢属（微囊菌目：粘束孢科）伴生真菌进行系统调查和分析，为研究其致病机制奠定基础，为控制森林病虫害提供理论依据。【方法】对异域分布的长白落叶松和华北落叶松八齿小蠹（鞘翅目：小蠹科）的虫体和坑道组织进行伴生真菌的分离纯化，进行生理学特性、菌落特征、微观形态学的观察，以及基于ｒｒＮＡ－ＩＴＳ和ＴＥＦ－１α多位点ＤＮＡ序列的系统发育进行分析。【结果】落叶松粘束孢和黑梗粘束孢２种粘束孢属真菌与我国的落叶松八齿小蠹伴生，其中落叶松粘束孢为中国新纪录种。落叶松粘束孢和黑梗粘束孢都是首次从亚洲落叶松八齿小蠹上分离到，与落叶松八齿小蠹形成新的小蠹虫－真菌伴生关．．．
[期刊] 水产学报
[作者]
赖瑞芳 张秀杰 李艳和 吴俊颉 杨东辉 王卫民
基于GenBank中团头鲂线粒体基因组全序列和三角鲂、厚颌鲂、广东鲂的部分线粒体基因组序列,设计引物扩增出三角鲂、厚颌鲂和广东鲂3种鱼线粒体基因组全序列,同时对4种鲂属鱼类线粒体基因组全序列进行了比较分析。结果表明,4种鲂属鱼类线粒体基因组基因排列顺序完全相同,排列紧密,均包含13个蛋白质编码基因、22个tRNA、2个rRNA、1个非编码控制区(D-loop区)和1个轻链复制起始区(OL区)。除ND6和8个tRNA在L链上编码外,其余的基因均在H链上编码。4种鲂属线粒体基因组13个蛋白质编码基因中,均呈现出较强的A+T偏向性和C碱基偏好。全序列比对结果显示,共有758个变异位点,其中非简约性信...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
蒋丽莎 李琪 孔令锋
紫蛤属(Sanguinolaria)贝类具有很高的经济价值,长期以来却存在着物种鉴定错误、种名使用混乱、同物异名等一系列问题,关于其系统分类和演化问题的研究较少。为探究中国沿海紫蛤属的系统发育关系,本研究利用两个线粒体基因(COI和16S rRNA),以及两个核基因(H3和28S rRNA)的部分序列,对采自中国沿海紫蛤属3亚属9种紫蛤61个个体进行系统发育分析。基于4个基因片段联合数据集T12(剔除COI第三位密码子位置)构建系统发育树。结果表明,两个线粒体基因片段GC含量明显低于AT含量,表现出对AT偏斜,两个核基因表现出对GC的偏斜。4个基因片段(COI、16S rRNA、H3和28S rRNA)的颠换与转换比值分别为5.073、3.042、1.564和1.480,均远高于系统分析的临界值0.4,能够提供有效的系统发育信息。基于4个基因片段的遗传多样性分析表明,9种紫蛤均具有较高的核苷酸多样性(Pi<0.05)与单倍型多态性(Hd
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
李启少 屈亚亚 辛雅萱 唐军荣 曹正英 余青富 辛培尧
【目的】樟科Lauraceae檬果樟属Caryodaphnopsis Airy Shaw植物种子含油量丰富，果实和木材极具开发潜力。由于该属亚洲类群种间差异小、种间关系混乱、现存标本量少，人们对该属植物了解甚少，极大地阻碍了檬果樟属物种的开发利用，因此，构建檬果樟属亚洲类群的系统发育关系迫在眉睫。【方法】为了深入了解檬果樟属亚洲类群，采用二代测序技术分别获得44个檬果樟属植物的核糖体基因组（nrG）序列构建高支持的系统发育关系，并综合系统发育结果与形态性状比较论证。【结果】使用nrDNA序列矩阵构建ML树和贝叶斯树，ML树和贝叶斯树的分组完全一致。对比ITS树发现除檬果樟和宽叶檬果樟外的系统发育结构基本一致，老挝檬果樟、缘毛檬果樟和河口檬果樟依然共同聚成在一个大分支下，且宽叶檬果樟和檬果樟2个物种也聚在一起。ITS序列和nrDNA序列树都表明：宽叶檬果樟和檬果樟亲缘关系较近；老挝檬果樟、河口檬果樟和缘毛檬果樟的亲缘关系较近，推测这2个物种之间可能发生过杂交或基因交流。综合形态性状辅助论证，将44个檬果樟属样本分为9组，依次为小花檬果樟C. henryi、赤毛檬果樟C. poilanei、二药室檬果樟C. bilocellata、麻栗坡檬果樟C. malipoensis、宽叶檬果樟C. latifolia、檬果樟C. tonkinensis、河口檬果樟C. hekouensis、缘毛檬果樟C. metallica和老挝檬果樟C. laotica。【结论】研究结果不仅揭示了檬果樟属亚洲类群的种间亲缘关系，还对檬果樟属系统发育关系和性状的研究具有重要的生态意义和经济意义。
[期刊] 林业科学
[作者]
王旭 杨少辉 王洁华
多肽激素参与植物的生长、发育及抗逆等许多生命过程,特别是作为信号分子在细胞与细胞之间的短距离信息交流中起着关键作用。原形成层/形成层细胞通过分裂与分化,在保持自身分生活性的同时,不断生成木质部和韧皮部细胞。近年来研究表明,CLE多肽激素及其类受体激酶通过独特的信号转导机制决定着维管形成层细胞的命运,在调节维管系统的发育方面具有重要的作用。以维管组织为重点,着重介绍CLE多肽激素在控制和影响拟南芥原形成层/形成层细胞分裂和分化方面的信号通路。尽管目前还不清楚CLE多肽激素如何影响木本植物维管形成层的起始、维持及分化,但随着杨树全基因组序列的获得,采用功能基因组学研究策略,将进一步了解林木植物中控...
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