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[期刊] 水产学报  [作者] 孙杰  王宝杰  李晓华  孙姝娟  刘梅  蒋克勇  王雷  
利用3′和5′RACE技术从中国明对虾血细胞中克隆了一个酚氧化酶原基因FCproPO,FCproPO基因cDNA全长为2311bp,其中开放阅读框2061bp,编码687个氨基酸,预测分子量为78.71ku。推测的序列与凡纳滨对虾同源性为84%,与日本囊对虾同源性为71%。RT-PCR实验结果表明,FCproPO在血细胞中的相对表达量最高,在心脏和精巢中几乎不表达。序列分析发现FCproPO含有两个保守的铜离子结合位点;进化分析发现FCproPO与斑节对虾、日本囊对虾、凡纳滨对虾等海水虾的酚氧化酶原亲缘关系最近。该基因在被鳗弧菌和对虾白斑病毒(WSSV)感染后的对虾肝胰腺中的表达量显著增加,并...
[期刊] 水产学报  [作者] 王丹丽  左迪  王兰梅  李嘉尧  赵云龙  
为深入了解红螯光壳螯虾酚氧化酶原(proPO)基因的非特异性免疫机制,利用RACE技术从红螯光壳螯虾血细胞中克隆到酚氧化酶原基因cqproPO,cqproPO基因cDNA全长为2 962 bp,开放阅读框为1 998 bp,编码665个氨基酸,其结构中含有两个铜离子结合位点,预测分子量为75.86 ku;同源性比对结果显示,红螯光壳螯虾CqproPO与克氏原螯虾酚氧化酶原的同源性最高为79%,其次是淡水螯虾74%、挪威龙虾69%、美国龙虾67%等;进化分析发现CqproPO与克氏原鳌虾、淡水螯虾、挪威龙虾、美国龙虾等的酚氧化酶原亲缘关系最近;Realtime-PCR实验结果表明,CqproPO...
[期刊] 水产学报  [作者] 赵永贞  陈秀荔  曾地刚  杨春玲  彭敏  何苹萍  李咏梅  彭金霞  韦嫔媛  陈晓汉  
为研究酚氧化酶原激活因子(prophenoloxidase-activating factor,PPAF)在凡纳滨对虾感染传染性皮下及造血组织坏死病毒(IHHNV)过程中所起的免疫作用,实验采用逆转录聚合酶链式反应和cDNA末端快速扩增技术克隆了凡纳滨对虾PPAF基因的全长cDNA序列,并通过实时荧光定量PCR技术分析了该基因在正常凡纳滨对虾和感染IHHNV凡纳滨对虾不同组织的表达情况。结果显示,克隆获得了1 986 bp凡纳滨对虾PPAF基因cDNA全长序列(GenBank登录号JQ684529),其中含有一个1 629 bp开放阅读框(ORF),两翼分别存在21 bp(5'端)和336 b...
[期刊] 水产学报  [作者] 彭彦新   岳凯迪   杜娟   宁黔冀  
为了探索表皮酚氧化酶原激活因子 (prophenoloxiase activating factors,PPAFs) 在甲壳动物免疫反应中的功能,基于前期转录组数据,本实验利用PCR和RACE技术从日本沼虾表皮克隆并鉴定了一个新的PPAF基因,命名为MnPPAF1 (GenBank登录号为OP784577),利用生物信息学、实时荧光定量PCR (qPCR) 和RNAi等方法,研究了该基因序列特征、时空表达模式、嗜水气单胞菌攻毒后表皮MnPPAF1的转录水平、酚氧化酶 (phenoloxidase,PO) 活性以及日本沼虾死亡率的变化。结果显示,MnPPAF1 cDNA全长1 718 bp,编码460个氨基酸,具有夹子结构域丝氨酸蛋白酶 (clip-domain serine proteinases,Clip-SPs) 和胰蛋白酶样丝氨酸蛋白酶 (trypsin-like serine proteases,Tryp-SPs) 结构域。MnPPAF1在腹背部的表皮、血细胞、鳃、胃、心、肝胰腺等多种组织均有表达;表皮MnPPAF1的表达与蜕皮周期有关,与蜕皮间期 (C期) 相比,蜕皮前晚期 (D_(4)期) MnPPAF1表达量增加857%。嗜水气单胞菌攻毒后,表皮MnPPAF1表达水平在6 h达到了峰值,比对照组增加227%,而表皮PO活性在12 h达到峰值,同比增加24%。在腹背部第2节注射3 μg dsRNA溶液,每12 小时注射1次,共注射3次,最后1次注射后12 h,干扰效率最高,表皮MnPPAF1表达同比下降71.79%,至24 h,表皮PO活性降低72.31%。在干扰效率最高的时间点攻毒,在120 h,攻毒+干扰组虾的累计死亡率比攻毒+未干扰组增加26%。结果表明,MnPPAF1是表皮重要的免疫因子,参与调节酚氧化酶原系统的激活,该基因表达下调能显著增加嗜水气单胞菌感染虾的死亡率。本研究为阐明表皮在甲壳动物免疫系统中的作用积累了资料。
[期刊] 浙江林学院学报  [作者] 王弋  郭小勤  娄永峰  杨海芸  林新春  方伟  
为研究紫竹Phyllostachys nigra多酚氧化酶基因(PPO)表达与紫竹组培苗褐化之间的关系,采用同源克隆方法获得紫竹PPO基因的cDNA与DNA片段,将它命名为PnPPO。随后,研究了该基因在不同褐化程度紫竹组培苗中的表达情况。序列分析显示该基因所编码蛋白为酪氨酸酶(tyrosinase),其序列与小麦Triticum aestivum和水稻Oryza sativa中PPO基因同源性很高,是PPO的同源序列。RT-PCR分析显示,在褐化严重的组培苗中PnPPO的表达量也较高。这说明PnPPO基因的表达与紫竹组培苗褐化存在紧密的联系。
[期刊] 华北农学报  [作者] 符秀梅  朱红林  周秀  李小靖  陈银华  
乙烯在植物生长发育过程中发挥着重要的作用。ACC氧化酶是乙烯生物合成途径的限速酶。通过反义基因工程调控ACC氧化酶基因的表达,进而起到调控乙烯的生成是乙烯研究的主要途径。本研究采用RT-PCR方法获得番茄ACC氧化酶基因cDNA序列1 018 bp,构建该基因的正义、反义、RNA i表达载体,通过电转化法导入农杆菌LBA4404中。
[期刊] 中国水产科学  [作者] 姚万龙  何玉英  刘萍  李健  王清印  
采用RACE技术克隆获得中国明对虾(FEnnERopEnAEus ChinEnsis)丝裂原活化蛋白激酶激酶3(MKK3)基因全长C DnA序列,并对该序列进行分析。结果表明,该基因全长为1434 bp,开放阅读框长1011 bp,5′非编码区长33 bp,3′非编码区长390 bp,将该基因命名为FC MKK3。推测该基因编码336个氨基酸,分子量为37.89 K D,理论等电点为6.08。同源性和系统进化分析表明,FC MKK3基因与丽蝇蛹集金小蜂(nAsoniA vitRipEnnis)和地中海实蝇(CERAtitis CApitAtA)的相似性分别为69%和68%,与其他节肢动物MKK...
[期刊] 南京农业大学学报  [作者] 冯从经  戴华国  符文俊  
利用昆虫酚氧化酶原 (PPO)基因序列设计简并引物 ,采用RT PCR方法从亚洲玉米螟幼虫体内扩增了一段 5 2 2个核苷酸的cDNA片段 ,编码 174个氨基酸。经Blastp分析表明 ,该段氨基酸序列同鳞翅目和双翅目中PPO的相同区域具有较高的相似性 ( 39%~ 6 3% )。其中与烟草天蛾PPO的相似性最高 ( 6 3% ) ;与家蚕、大蜡螟、惜古比天蚕蛾PPO也有较高的相似性。在该片段中含有 1个该类酶原中保守的 2个铜离子结合位点之一 (含 4个组氨酸残基 )。据此推断克隆的片段为PPO基因片段。
[期刊] 水产学报  [作者] 邹枘峰  李丹蕾  张亦陈  刘逸尘  耿绪云  孙金生  
含溴结构域蛋白(bromodomain/BRD-containing protein, BCP)是一种高度保守的蛋白,属于含溴结构域和额外终端域(bromodomain and extraterminal, BET)蛋白超家族成员。该蛋白在有丝分裂过程中通过募集不同的染色体修饰蛋白,达到了广泛调控基因复制及转录的作用,其表达水平的变化常与肿瘤及炎症的发生相关联。本研究根据实验室前期转录组结果提示信息,首次获得了凡纳滨对虾2 229 bp的BCP基因cDNA序列(LvBRD, GenBank注册号:MH638256),利用在线软件进行了生物信息学分析,利用实时荧光定量PCR (qPCR)技术分析了该基因的组织表达特征和其在对虾白斑综合征病毒(WSSV)、苏云金芽孢杆菌以及副溶血性弧菌侵染过程中的表达变化特征。结果显示,LvBRD编码的蛋白质有一个保守的可以参与细胞周期调控过程的溴结构域(bromodomain,BRD);组织表达分析表明该基因主要在凡纳滨对虾血细胞、肝胰腺和鳃组织中表达;在WSSV和病原菌感染后早期(0.5~12 hours past infection,hpi),Lv-BRD的表达可以被显著诱导,在血细胞中呈明显上调的表达趋势,表明该基因在一定程度上参与了对虾体内由病原引发的天然免疫应答反应。上述研究结果为进一步研究Lv-BRD基因在对虾抗病毒免疫及干扰素调控过程中的功能和作用机制奠定了基础。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)  [作者] 王辉  刘晓宁  徐全乐  
【目的】克隆山黧豆抗氧化酶基因,并对其进行生物信息学及表达模式分析,为研究抗氧化酶基因在山黧豆中的抗旱机制奠定基础。【方法】以萌发7 d的山黧豆叶片为材料,通过RT-PCR克隆山黧豆抗氧化酶基因的编码序列(CDS);采用荧光定量PCR分析抗氧化酶基因的组织表达模式;利用在线软件ExPASy ProtParam、SignalP 4.1、TMHMM V. 2.0、TargetP 1.1分别分析抗氧化酶基因编码的蛋白质理化性质、信号肽、跨膜区域以及亚细胞定位;利用在线工具Conserved Domain、SOPMA预测蛋白质保守结构域和二级结构,利用MEGA 6.0软件构建蛋白系统进化树;并利用20%PEG 6000溶液模拟干旱处理山黧豆,采用荧光定量PCR分析干旱胁迫不同时间抗氧化酶基因在叶片中的相对表达量。【结果】RT-PCR克隆获得山黧豆抗氧化酶基因APX、CAT、MnSOD、FeSOD和Cu/ZnSOD的编码序列,其长度分别为864,1 485,723,1 005和942 bp。生物信息学分析表明,APX、CAT、MnSOD、FeSOD和Cu/ZnSOD抗氧化酶均为酸性不稳定蛋白质,且均由α-螺旋、延伸链、β-转角和无规则卷曲共4种二级结构组成;山黧豆抗氧化酶均包含高度保守的结构域。聚类分析结果表明,山黧豆的APX、CAT、MnSOD、FeSOD、Cu/ZnSOD依次与蒺藜苜蓿、蚕豆、豌豆、豌豆和锦鸡儿具有较高的相似性、较近的亲缘关系和遗传距离。表达分析结果表明,APX、CAT、MnSOD、FeSOD和Cu/ZnSOD基因在山黧豆根、茎、叶组织中均有表达。APX、CAT和MnSOD基因均响应了干旱胁迫,其中APX、CAT基因的表达量在干旱胁迫后迅速升高,3 h后达到最高,分别是0 h的5和4.3倍。【结论】成功克隆了山黧豆抗氧化酶基因APX、CAT、MnSOD、FeSOD和Cu/ZnSOD,推测其可协同清除干旱胁迫下产生的活性氧。
[期刊] 中国农业科学  [作者] 薛丽君  周精华  邢虎成  
【目的】克隆苎麻中的一个ACO基因(BnACO1),并对其进行生物信息学分析、表达分析、胁迫应答分析。【方法】通过RT-PCR结合RACE技术从湘苎3号中克隆该基因的全长cDNA序列,利用生物信息学软件对获得的基因序列及编码的蛋白质序列进行分析。利用实时荧光定量PCR分析BnACO1在苎麻不同部位的表达量以及在ABA、干旱和高盐胁迫下的应答。【结果】BnACO1的cDNA序列全长为1 476 bp,其开放阅读框为981 bp,编码326个氨基酸多肽,预测其分子量和等电点分别为36.81 kD和4.95,基因登录号为JX878855。与无花果(AB307720)、香叶天竺葵(U19856)、柿树...
[期刊] 渔业科学进展  [作者] 卢金凤  梁高峰  梁艳  黄倢  
本研究采用RACE方法克隆了中国对虾Fenneropenaeus chinensis Rab 7基因(fcrab7)全长cDNA(GenBank:JF742050)。生物信息学分析显示,fcrab7的开放阅读框615bp,编码205个氨基酸,分子量23.2kD。FcRab7的氨基酸序列具有Rab蛋白家族的共同特征,与凡纳滨对虾和斑节对虾同源蛋白的同源性为100%。构建重组表达载体pBAD/gIIIA-fcrab7转化到大肠杆菌E.co-li进行诱导表达,诱导产物经SDS-PAGE检测和Westernblot验证。本研究结果为进一步研究WSSV与FcRab7的相互作用提供了基础。
[期刊] 中国水产科学  [作者] 李政道  李健  葛倩倩  王佳佳  何玉英  王培春  
为研究钠/氢交换体(Na+/H+-exchanger,NHE)在中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)响应pH胁迫过程中发挥的作用,首先采用静水毒性实验方法确定了中国明对虾酸碱半致死pH,然后利用RACE技术克隆了中国明对虾Na+/H+-exchanger isoform 3(命名为FcNHE3)基因,并通过荧光定量PCR及RNA干扰技术分析了其在pH胁迫下的表达特征及功能。结果显示,72 h酸性半致死pH和碱性半致死pH分别为5.2和9.1。克隆获得FcNHE3基因(Gen Bank:MF373587)cDNA序列全长3508 bp,开放阅读框2805 bp,编码934个氨基酸,具有信号肽和12个跨膜结构域;蛋白同源分析发现,FcNHE3与青蟹(Carcinus maenas)同源性最高,达到74%;系统进化分析显示,FcNHE3与三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)和青蟹亲缘关系最近。荧光定量PCR分析表明,FcNHE3基因在鳃组织中表达量显著高于其他组织(P
[期刊] 水产学报  [作者] 邓康裕  史晓丽  张莹雪  孟宪红  孔杰  罗坤  栾生  
采用RACE技术克隆获得中国明对虾CAspAsE2基因CDNA序列全长,并对该序列进行分析。结果显示,中国明对虾CAspAsE2基因全长为1517 bp,开放阅读框长924 bp,5'非编码区长78 bp,3'非编码区长515 bp,命名为FCCAsp2。推测该基因编码307个氨基酸,预测分子量为34.21 ku,理论等电点为7.62。同源性和系统进化分析发现,FCCAsp2基因与凡纳滨对虾CAspAsE2和斑节对虾CAspAsE的相似性分别为88%和80%,与其他节肢动物CAspAsE家族基因聚为一类。荧光定量RT-pCR结果显示,FCCAsp2基因在肝胰腺中的相对表达量最高,在肌肉中表达量...
[期刊] 水产学报  [作者] 吴冰  刘逸尘  张亦陈  耿绪云  孙金生  
为了探讨凡纳滨对虾转录因子AP-1在病毒引发的免疫应答过程中的潜在作用,实验根据前期的转录组和表达谱结果提示信息,首次克隆了凡纳滨对虾AP-1基因(LvAP-1,GenBank注册号:KF999956),利用在线软件进行了生物信息学分析,运用半定量的方法进行了组织表达分析,并利用实时荧光定量PCR(qPCR)技术分析了该基因在白斑杆状病毒(WSSV)侵染过程中的表达变化特征。结果显示,AP-1基因ORF区全长882 bp,编码293个氨基酸。预测分析显示该基因编码的蛋白质含有1个Jun结构域和1个高度保守的亮氨酸拉链结构域(bZIP),其中Jun结构域在非脊椎动物中保守性不高。组织表达分析表明...
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