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[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
赵丽丽 赵金良
少鳞鳜为东亚特有鱼类,为了解中国少鳞鳜在我国不同水域内的遗传结构特征,利用PCR扩增和直接测序法分析了长江、钱塘江、西江、南渡江34尾样品mtDNA控制区的序列差异。在长度838 bp的同源序列中,共发现81个变异位点,占分析位点总数的9.67%;定义了4个单倍型,每个群体仅发现一个单倍型,群体之间没有共享单倍型,且每个群体都有鉴别位点。群体间的核苷酸歧义度(Dxy)在0.360%~8.043%之间,南渡江群体与长江、钱塘江、西江3个群体间的差异最大。分子变异分析(AMOVA)得出群体间的遗传分化指数(Fst)为1.000(P<0.001),差异极显著。构建的NJ树中,4个群体分为两支,一支为...
关键词：
中国少鳞鳜 群体 控制区 遗传变异
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
王伟伟 赵金良 李思发
采用PCR技术扩增了鸭绿江、长江、钱塘江、闽江、西江5个群体36尾斑鳜(Siniperca scherzeriSteindachner)mtDNA控制区的基因序列。在长度818 bp片断序列中共检测到112个多态性核苷酸位点,具有20种单倍型,不同地理群体的单倍型表型不同,鸭绿江、钱塘江群体中含有多个特异性的核苷酸位点。用MEGA 3.0构建了NJ分子树,鸭绿江、长江、钱塘江、西江群体内的个体均能单独聚成群,而闽江群体未能单独成群,个体分别与长江、西江群体聚在一起。这些表明我国斑鳜不同群体间有较明显的遗传分化。
关键词：
斑鳜 群体 控制区 序列
[期刊] 海洋渔业
[作者]
孙鹏 李杰 尹飞 彭士明 柳敏海 施兆鸿
利用线粒体控制区序列研究了条石鲷养殖群体的遗传多样性水平和遗传结构。通过PCR扩增与序列测定获得了长度为469 bp的线粒体控制区基因片段,在30个个体中共发现27处碱基变异,A、T、G、C碱基的平均含量分别为36.5%、30.2%、12.5%和20.8%,A+T含量明显高于G+C含量。30条线粒体控制区序列共定义了11个单倍型,存在27个多态性位点,产生27个突变。其中,包含简约信息位点13个,发生转换7次,颠换1次,没有发现插入或缺失现象。单倍型多样性(Hd)为0.892,核苷酸多样性(Pi)为0.013 8,平均碱基差异(K)为6.473。采用邻接法(Neighbor-joining,N...
关键词：
条石鲷 线粒体控制区 遗传多样性
[期刊] 水产学报
[作者]
左艳玲 林岳光 梁晓旭 马天峰 庆宁
采用DNA序列分析方法,分析拟平鳅不同地理种群间的遗传变异和亲缘关系。共检测了12条水系87尾拟平鳅的mtDNA控制区序列,在477bp片段中有95个核苷酸变异位点,其中39个单个多态位点,56个简约信息位点。系统发育分析(NJ)结果显示,华南西部沿海地区拟平鳅20个单倍型分成3支;分支I由广东西部独立入海水系和珠江水系的种群组成,分支Ⅱ由广西东部独立入海水系和海南岛昌化江的种群组成,而海南岛的万泉河和南渡江种群聚合成分支ⅡI。表明海南岛不同水系的拟平鳅已经发生了遗传分化,一部分与广西的种群相似,另一部分是海南特有的。3个分支内的变异率(0.583%～1.775%)都明显小于各分支间的变异率(...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
佟广香 匡友谊 尹家胜 耿龙武 徐伟
为了掌握不同地理种群唇(Hemibarbu labeo)的遗传多样性和遗传结构,探讨其亲缘地理演化过程,研究分析了乌苏里江、长江、黑龙江、鸭绿江和牡丹江5大水系,8个地理群体(n=42)的mtDNA控制区404 bp片段的变异,该片段共有26个变异位点,变异率为6.43%,平均核苷酸多样性为0.011 5。42尾样本共检测到18个单倍型,这8个地理群体是以HT1和HT2单倍型为中心向外辐射演化的。AMOVA分析结果表明,群体内变异为59.29%,同一水系群体间变异为23.50%,不同水系群体间变异为17.20%,以上变异均达到显著水平(P<0.05),群体间配对FST分析结果表明,同一水系内...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
郑德锋 赵金良 周文玉
采用PCR扩增测序法获得了棘头梅童鱼Collichtysiucidus南通、启东、芦潮港、温州、瑞安、福州、番禺7个地理群体53尾鱼的mtDNA控制区全序列。棘头梅童鱼控制区序列长度为778～782bp,序列长度变异主要是由位点的插入或缺失造成,识别了终止序列区TAS和保守序列区CSB1、CSB2、CSB3序列。共检测到多态位点66个,占全部序列的8.44%,检测到单倍型33种,平均单倍型多样性(Hd)为0.9347±0.0175,平均核苷酸多样性(π)为0.0175±0.0023。棘头梅童鱼群体内的遗传距离(K2-P)为0.0017～0.0228,群体间的遗传距离为0.0023～0.0433...
[期刊] 水产学报
[作者]
彭银辉 周于娜 刘旭佳 黄国强 蔡小辉 潘英
为了解光裸方格星虫的群体遗传结构和种质资源状况,对北部湾海域光裸方格星虫6个地理野生群体(广西北海、湛江、钦州、防城港、海南儋州,以及越南海防)共93个个体的线粒体DNA(mtDNA)控制区序列进行分析。共检测到107个变异位点,定义了85个单倍型,序列对AT有明显的偏倚性,群体总的单倍体多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.998和0.018 89。单倍型邻接聚类树分析6个群体无明显分支,各单倍型分布于单倍型网络中介图中亦没有明显的地理分支。各群体间的遗传分化系数Fst值为–0.018 130.
[期刊] 海洋渔业
[作者]
薛丹 章群 郜星晨 宫亚运 曹艳
对中国东南沿海福建平潭和广东汕头、闸坡3个群体38 ind三线矶鲈(Parapristipoma trilineatus)线粒体控制区的914 bp序列进行分析,发现22个变异位点,共有33个单倍型。3个群体总体的单倍型多样性和核苷酸多样性均较高(H=0.991 0±0.009,π=0.005 8±0.000 4),其中平潭和汕头群体分别表现出最低和最高的核苷酸多样性(π=0.004 9±0.000 5和0.006 6±0.000 9)。3个群体间的Fst值为0.056 6~0.105 3,Nm值为4.248 3~8.333 4,表明3个群体间存在较低分化,可作为1个管理单位进行保护,建议优先...
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
李潇轩 郑端端 罗明坤 杨志强 郭珺 王兰梅 董在杰
为探讨不同体色锦鲤和“福瑞鲤2号”遗传多样性及变异情况，基于mtDNA D-loop序列对6种颜色（全白、全红、红白、大正三色、白写、绯写）锦鲤、2个“福瑞鲤2号”（青灰和红色）及2个杂交鲤群体（青灰♀×红白锦鲤♂、红白锦鲤♀×青灰♂），共150尾个体进行序列分析。结果发现，全长932bp的D-loop序列，A、T、G、C含量为33.2%、32.8%、14.2%和19.8%。所有个体共检测34个变异位点，呈18个单倍型。其中，红白和绯写存在2个优势单倍型，全白和青灰“福瑞鲤2号”均存在2个特有单倍型，青灰、红色“福瑞鲤2号”共享1个优势单倍型。10个鲤群体间遗传距离0.001～0.018，遗传分化指数（F_(st)）0.011～0.933。分子方差（AMOVA）分析群体间变异67.17%，群体内变异32.83%，呈极显著（P<0.01）分化水平。研究表明，绯写、全白和大正三色3个锦鲤群体具较高遗传多样性，白写、“福瑞鲤2号”（青灰和红色）及杂交鲤遗传纯度较高，结果丰富了不同体色鲤种质资源遗传数据，为后期种质资源利用和遗传选育提供参考。
[期刊] 水产学报
[作者]
郑冰蓉 张亚平 肖蘅 蓝家湖 昝瑞光
采用PCR-测序技术对我国鲤属7个种、亚种和2个品种共62个个体(其中鲤的样品包括采自长江、黄河、松花江三个水系的共4个种群),进行了mtDNA控制区(D-环区)始自3’端共459bp碱基的序列测定,发现其D-环区3’端至中央保守区之间不似其他鱼类和哺乳类是一个单一的高变区,而是在其内部还插有一段长约110bp的保守区,这很可能是鲤属鱼类mtDNA D-环区自身的一个特点。
[期刊] 华北农学报
[作者]
涂剑锋 徐佳萍 王洪亮 李一清 邢秀梅
为了解马鹿种群遗传结构和分化水平,测定了马鹿5个亚种11个地理群共计146个体线粒体DNA控制区全序列。序列分析检测到167个变异位点,确定了54种单倍型;各个亚种呈现较高的单倍型多样性(h:0. 600～0. 959)及中等程度的核苷酸多样性(π:0. 006 3～0. 012 6)。中性检验仅发现甘肃马鹿显著性偏离中性突变,亚种间遗传分化指数FST> 0. 5、基因流Nm
[期刊] 水产学报
[作者]
高天翔 高兵兵 李忠炉 单斌斌 宋娜
物种的遗传结构对推断群体历史动态如有效群体大小、地理分布变迁、基因流、遗传分化等具有重要意义。本实验采用线粒体DNA控制区高变区序列对采自我国海南和台湾的3个短棘鲾群体进行了遗传学比较研究。结果显示,92尾个体共检测到32个单倍型,其中共享单倍型7个;单倍型多样性指数的范围为0.61±0.12～0.86±0.05;核苷酸多样性指数的范围为0.003 3±0.002 4～0.005 3±0.003 4;32个单倍型构建的邻接关系树和最小跨度树均可分为2个单倍型类群,单倍型类群A共有22个单倍型,全部由海南文昌和三亚新村群体构成,单倍型类群B共有10个单倍型,除Hap13外,其余全部由台湾新竹群体构成;台湾新竹群体与海南2个群体之间存在显著差异,但海南文昌群体和三亚新村群体之间无显著差异;中性检验与核苷酸不配对分布分析的结果均显示,短棘鲾2个单倍型类群可能发生了群体扩张事件,扩张时间分别为52 500～105 000和67 600～135 200年前。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
刘红 张海强 蔡生力 戴习林
运用线粒体ＤＮＡ（ｍｔ ＤＮＡ）控制区部分基因序列测序技术对６个凡纳滨对虾养殖群体（Ｓ１、Ｓ２、Ｇ１、Ｇ２、Ｋ１和ＳＧ）的遗传多样性和系统进化关系进行了分析。结果显示，在检测到的１４６个单倍型中，１４４个为单群体特有，其余两个为群体Ｓ１和Ｓ２共享。６个群体的单倍型多样性（ＨＤ）为０．４２–０．９９，核苷酸多样性（π）为０．００–０．０８，其中，单倍型多样性最高的是群体Ｋ１（ＨＤ＝０．９９±０．０１），核苷酸多样性最高的是群体Ｓ２（π＝０．０８±０．０４）。综合考虑，遗传多样性最低的为群体Ｓ１（ＨＤ＝０．４２±０．０８，π＝０．００），遗传多样性最高的是群体Ｓ２（ＨＤ＝０．８８±０．０２，π＝０．．．
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
颉晓勇 李思发 蔡完其
对吉富品系尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)不同世代选育群体D-loop序列进行测定和分析,47个样本经重排比较后获得902 bp的同源序列。共检测到225个变异位点,占分析位点数的24.94%。同源序列中多态位点比例随着选育世代数的累进,呈现出降低的趋势。核苷酸多样性指数也呈现出同样的降低趋势,F0、F6、F7、F8、F9分别为0.074 02、0.068 72、0.064 15、0.049 52、0.044 55。多态位点比例、核苷酸多样性指数在不同世代间的变化趋势一致表明,随选育的进展,选育群体逐步纯化。选育基础群体F0与F6、F7、F8、F9之间的遗传距离呈增大趋...
关键词：
罗非鱼 选育 D-loop序列 遗传变异
[期刊] 淡水渔业
[作者]
杨宗英 汪登强 陈大庆 段辛斌 刘绍平
分析了长江中游监利四大家鱼原种场、石首四大家鱼原种场、长沙四大家鱼原种场、监利江段野生青鱼(Mylopharyngodon piceus)、鄱阳湖野生青鱼5个群体共160尾青鱼的mt DNA控制区982 bp片段的变异。结果显示:该片段的变异位点有80个,其中64个为简约信息位点,16个为单一突变位点。160个样本中共检测出57个单倍型,单倍型多样性指数为0.950,平均核苷酸多样性指数为0.012 42。AMOVA分析显示:群体间变异率为3.30%,群体内的变异率为96.70%,变异主要来自于群体内;遗传变异系数FST=0.032 92,显示青鱼群体间没有显著的遗传分化。中性检验Tajima...
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