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[期刊] 水产学报
[作者]
闫杰 许强华 陈新军 李纲 刘必林
根据2009年7月到10月我国大型鱿钓渔船在东太平洋(81.9°～94.9°W,8.9°N～11.3°S)秘鲁和哥斯达黎加外海作业期间采集的样本,利用线粒体DNA细胞色素b基因的724 bp部分序列,分析了采自秘鲁7个采样点和哥斯达黎加3个采样点的155个个体的序列多样性与种群遗传结构。结果显示,724 bp片段中发现了16个变异位点,155个个体出现43个单倍型。序列多样性分析结果揭示,155个个体的平均单倍型多样性指数为0.873,核苷酸多样性指数为0.003 69。群体间共享6个单倍型,秘鲁外海茎柔鱼群体享有最多特有单倍型(20个)。分子方差分析揭示,82.70%的遗传变异性出现在种群内...
关键词：
茎柔鱼 细胞色素b 遗传结构 系统发育树
[期刊] 淡水渔业
[作者]
张东亚 陈勇 刘绍平 汪登强 张家波 段辛斌 陈大庆
测定了怒江角鱼(Epalzeorhynchus bicornis)4个群体共70尾个体的线粒体DNA cytb基因序列,以探讨种群遗传结构和遗传多样性。结果显示:1140 bp的cytb基因共检测到13个变异位点,70个样本得到16个单倍型,平均单倍型多样性(h)为0.579,核苷酸多样性(π)为0.00070,遗传多样性表现为较低。木城群体和泸水群体之间的遗传距离最远0.00080,泸水群体和道街群体之间的遗传距离最近为0.00059。Fu′Fs中性检验和碱基岐点分布分析暗示了角鱼在历史上曾经历过遗传瓶颈和种群扩张。分子方差分析(AMOVA)表明,群体间总遗传分化系数Fst=0.0049(P...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
汪曦 曾会玲 孟晓林 王先锋 宋东蓥 张建新 顾钱洪 汤永涛 周传江 聂国兴
小黄黝鱼[Micropercops swinhonis (Günther, 1873)]是中国特有的一种小型淡水虾虎鱼类,广泛分布于长江及以北各水系,其中在河南省各水系均有分布。为评估河南省小黄黝鱼种质资源现状及其遗传多样性,本研究对河南省境内黄河、长江、淮河和海河4个水系77尾小黄黝鱼样品进行线粒体COI基因的扩增。结果显示,河南省小黄黝鱼的平均单倍型多样性(H_d)为0.89088,平均核苷酸多样性(π)为0.00361,其中淮河水系华行村种群(HXC)核苷酸多样性最高(π=0.00433),黄河水系马颊河种群(MJH)核苷酸多样性最低(π=0.00078);系统发育树和单倍型网络图结果均显示小黄黝鱼并未按照水系形成明显的地理遗传支系;根据4个水系进行分组, AMOVA分析显示仅16.00%的变异来自于水系间,而78.43%遗传变异来自各群体内部;同样地,未预先设定分组情况的SAMOVA分析也得到了相似的结果,不支持小黄黝鱼具有明显的地理遗传结构的假设;种群历史动态分析显示,河南省小黄黝鱼种群呈逐步增长趋势; Fu’s FS中性检验与错配分析表明,河南小黄黝鱼种群可能经历过近期群体扩张事件,且该过程可能与气候变为暖湿型有关。
[期刊] 水产学报
[作者]
刘连为 许强华 陈新军
为准确掌握柔鱼的种群遗传结构,拟通过线粒体DNA的COI和Cytb基因序列分析方法对柔鱼不同产卵季节群体的遗传多样性和遗传结构进行研究。经PCR扩增与测序分别获得600 bp COI与481 bp Cytb基因序列。基于COI基因序列分析得到的单倍型数、单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数及平均核苷酸差异数分别为24、(0.729±0.033)、(0.005 70±0.003 25)和3.421。基于Cytb基因序列分析得到的单倍型数、单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数及平均核苷酸差异数分别为28、(0.852±0.016)、(0.006 45±0.003 73)和3.101。分析认为,北太平洋...
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
李大命 唐晟凯 刘燕山 谷先坤 刘小维 殷稼雯 张彤晴 潘建林
为了解江苏省湖泊大银鱼种群遗传多样性及遗传结构，基于PCR扩增与测序技术对太湖、高邮湖、洪泽湖和骆马湖4个群体共160尾鱼的线粒体Cyt b基因序列进行分析。结果显示，160条Cyt b基因序列共发现25个变异位点，其中单一信息位点11个，简约信息位点14个。4个群体中共检测到23个单倍型，单倍型和核苷酸多样性分别为0.878±0.014和0.0021± 0.0001，呈现出高单倍型多样性和低核苷酸多样性模式。4个群体中，高邮湖群体的单倍型多样性最高(0.871±0.031)，太湖群体的核苷酸多样性最高(0.0029±0.0001)。洪泽湖群体的单倍型和核苷酸多样性均最低，分别为0.755±0.455和0.0013±0.0001。分子方差分析结果显示，大银鱼群体间的遗传变异占15.13%，群体内的遗传变异占84.87%，遗传变异主要发生在群体内。遗传分化指数F_(st)值统计表明，高邮湖、洪泽湖和骆马湖群体之间无显著性差异，但均与太湖群体存在显著性差异，这表明应将太湖群体与其他3个群体作为不同的进化单元进行管理和保护。核苷酸不配对分布和中性检验结果均显示大银鱼经历了近期的群体扩张事件，推测扩张时间大约在10.3～4.1万年前，属于更新世晚期。虽然江苏省4个湖泊大银鱼种群的遗传多样性较高，但其资源量已经呈现出明显衰退迹象，应加强相应的渔业管理和保护措施，合理开发和利用大银鱼资源做到可持续发展。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
李大命 唐晟凯 刘燕山 谷先坤 刘小维 殷稼雯 张彤晴 潘建林
太湖新银鱼(Neosalanx taihuensis)是我国特有的银鱼种类，主要分布在长江和淮河中下游及其附属湖泊，近年来其资源量呈明显下降趋势。为了解太湖新银鱼遗传背景，本研究采用线粒体细胞色素b (Cytochrome b, Cyt b)基因序列，分析了江苏省太湖、高邮湖、洪泽湖和骆马湖4个太湖新银鱼野生群体共144尾样本的遗传多样性及遗传结构。结果显示，太湖新银鱼Cyt b基因序列共发现29个变异位点，定义25个单倍型；平均单倍型多样性(H_(d))为0.682±0.037，核苷酸多样性(π)为0.00231±0.00021；4个群体中，高邮湖群体的遗传多样性最高(H_(d): 0.609±0.078; π: 0.00094± 0.00027)，太湖群体的遗传多样性最低(H_(d): 0.343±0.107; π: 0.00075±0.00033)。分子方差分析(AMOVA)显示，太湖新银鱼群体间遗传差异(71.53%)大于群体内遗传差异(28.47%)，遗传变异主要来自于群体间。遗传分化指数F_(st)值统计检验表明，骆马湖群体与太湖、高邮湖和洪泽湖群体之间有显著性差异。分子系统树和单倍型网络进化图分析显示，25个单倍型形成2个明显地理分支，一支由太湖群体、高邮湖群体和洪泽湖群体组成，另一支由骆马湖群体组成。中性检验和错配分布图分析表明，太湖新银鱼历史上发生过群体扩张。整体来看，太湖新银鱼野生种群遗传多样性较低，应加强种质资源保护。建议将太湖、高群体和洪泽湖群体作为整体进行管理和保护，骆马湖群体单独管理和保护。
[期刊] 长江流域资源与环境
[作者]
陈建武 汪登强 张燕 段辛斌 刘绍平 陈大庆
采用6对圆口铜鱼(Coreius guichenoti)微卫星引物对长江重庆、沙市、湖口和常熟4个江段的铜鱼(Coreius heterodon(Bleeker))的遗传多样性进行分析。PCR分析结果表明:6对引物均能成功扩增出DNA片段并具有一定的多态性,等位基因数在2～7个。每个群体的平均等位基因数为3.0～3.7,平均观测杂合度(Ho)在0.4844～0.6301,平均期望杂合度(He)在0.4695～0.5622,多态信息含量(PIC)范围在0.1638～0.7392。有部分微卫星座位在一些群体中偏离哈代-温伯格平衡。遗传距离分析表明沙市群体与常熟群体遗传距离最远,而重庆群体与湖口群体...
关键词：
微卫星 遗传多样性 铜鱼 长江
[期刊] 中国农业科学
[作者]
张军 赵团结 盖钧镒
【目的】研究中国大豆育成品种总群体的遗传结构分化及其地理生态亚群和育成时期亚群的遗传多样性、特异性及其相互关系,为中国大豆育种主干亲本遴选提供遗传背景依据。【方法】从1923-2005年育成的1300个品种中抽选378份中国大豆育成品种组成代表性样本,选用大豆核基因组64个SSR标记,采用Structure Version2.2软件,进行群体遗传结构分析、亚群体分化分析和遗传多样性与遗传特异性分析。【结果】中国大豆育成品种群体由7类血缘组成,遗传上明显分化为不同的地理生态亚群和育成时期亚群,各有其不同的血缘构成特点;各地理生态亚群具有其特有、特缺和互补等位变异,体现了其遗传来源的相对生态特异性...
[期刊] 华北农学报
[作者]
高书晶 韩靖玲 刘爱萍 闫志坚 常秀清
为了解亚洲小车蝗和黄胫小车蝗的遗传关系及其遗传分化情况,应用RAPD-PCR技术对两种蝗虫的50头个体进行了分析。结果表明:用8条随机引物产生65条清晰、稳定的谱带,其多态性条带占93.85%。Shannon信息指数表明,黄胫小车蝗遗传多样性高于亚洲小车蝗,分别为0.322 4和0.256 0;亚洲小车蝗27.61%的变异存在于种群之间,72.39%的变异存在于种群之内,黄胫小车蝗41.95%的变异存在于种群之间,58.05%的变异存在于种群之内。亚洲小车蝗和黄胫小车蝗的种群间变异均小于种群内变异。Ne′is遗传距离显示:种群间遗传距离明显小于种间遗传距离,同一采集地点混居的亚洲小车蝗与黄胫小...
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
孙嵬 张柱亭 类成平 董辉 钱海涛 丛斌
应用线粒体细胞色素b(Cytb)基因序列对10个地理种群黄胫小车蝗(Oedaleus infernalis Saussure)的遗传多样性及遗传分化进行了初步研究。结果表明:在获得的168条序列样本中,共发现了14个变异位点,定义了15种单倍型。总单倍型多样性指数Hd为0.462,种群内单倍型多样度在0.125~0.625范围之内。总群体的Fst为0.0812,Gst为0.0991,Nm为4.55,表明黄胫小车蝗各地理种群之间存在着较为充分的基因交流。分子方差分析(AMOVA)结果表明,黄胫小车蝗的遗传差异主要发生在种群内部,占方差比率的91.53%。单倍型中介网络图及系统树显示,各种群中的单...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
安丹丹 代应贵 邹习俊
本研究采用AFLP分子标记技术，以筛选出的7对引物，对采自贵州乌江的30尾四川裂腹鱼(Schizothorax kolzovi)遗传结构和多样性进行了分析。结果显示，用7对引物获得的扩增片段数为5～73，扩增片段长度范围为69～500 bp，共计检出扩增位点856个。其中，多态位点796个，占扩增总位点数的92.99%。该种群含有30个基因型，其观测等位基因数(N_(a))、有效等位基因数(N_(e))、Nei多样性指数(H)、Shannon信息指数(I)平均值分别为1.9336、1.3388、0.2122和0.3387。个体之间遗传距离为0.1691～0.5319，平均为0.3068。根据遗传距离，采用UPGMA法和NJ法得到了拓扑结构相似的30个个体的系统树，该系统树由2个分支组成。其中，个体1为一个分支，而其余29个个体聚为另一个分支。乌江四川裂腹鱼种群具有较丰富的遗传多样性。然而，受水电站建坝、河流污染和酷渔滥捕的影响，该种群分布区已缩小，种群数量减少，处于生态受威胁状态，需要开展对乌江四川裂腹鱼种群及种质资源的保护。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
李伟文 许强华 陈新军 戴小杰 朱江峰
根据2010年9月-2012年1月,我国远洋捕捞船在太平洋中部(16°S~8°N;160°W~155°E)的7个采样点采集到的101个样本,利用线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)基因的585 bp序列,分析了它们的遗传多样性和遗传结构。结果显示,585 bp片段中发现23个变异位点,80个单倍型;序列多样性分析结果显示,7个采样群体单倍型多样性指数h=0.994±0.002和核苷酸多样性指数π=0.00892±0.00038。分子方差分析揭示98.18%的遗传变异来自种群内,群体间的Fst分析揭示黄鳍金枪鱼7个采样群体内部不存在显著的遗传分化。Fu’s Fs呈负值和核苷酸不配对呈单...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
张帅 李敏 闫帅 孔啸兰 朱江峰 徐姗楠 陈作志
文章选取线粒体细胞色素b(cytochrome b, Cyt b)基因序列作为分子标记，分析了中国沿海棘头梅童鱼(Collichthys lucidus)的种群遗传结构。2019年9月至11月在中国沿海9个采样点共采集棘头梅童鱼342尾，共检测到174个单倍型。通过构建单倍型网络连接图和单倍型进化树发现，棘头梅童鱼可分为北方支系和南方支系。分子方差分析(AMOVA)结果显示，棘头梅童鱼的南北群体存在显著的遗传分化。核苷酸错配分布分析和中性检验结果显示棘头梅童鱼在更新世经历过种群快速扩张，且估算北方群体和南方群体的种群扩张时间分别在0.799万～1.999万和2.631万～6.577万年前。根据净遗传距离推算出北方群体和南方群体的分化时间在34.5万～86.25万年前。综上，中国沿海棘头梅童鱼可分为南北两个种群，在渔业资源开发和管理上需要分别对待。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
马波 姜作发 霍堂斌
下游黑龙江茴鱼(Thymallus tugarinae)为黑龙江水系中国境内茴鱼属(Thymallus)新纪录种,也是黑龙江水系特有的珍稀濒危冷水性鱼类。本研究利用7对微卫星引物,对乌苏里江(WS)、黑龙江上游的呼玛河(HM)和额木尔河(EM)3个下游黑龙江茴鱼地理种群的遗传多样性进行了比较研究,以探讨其种群遗传结构及地理分化水平,并为制定保护管理策略提供遗传学依据。结果显示,WS、HM和EM种群的平均等位基因数(Na)分别为18.1、14.4和11.7,平均杂合度(H)分别为0.8165、0.8072和0.8184,多态信息含量(PIC)分别为0.8913、0.8053和0.7577,种群中...
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