为探究N-乙酰-β-D-氨基葡萄糖苷酶基因(NAGase)对中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)耐高pH性状的影响，本研究采用直接测序法及实时荧光定量PCR法检测FcNAGase的多态性，并分析其与中国对虾耐高pH性状的相关性。结果显示，通过直接测序的方法，在FcNAGase上共检测到29个潜在的SNP位点，分布频率为1.13/100 bp，其中，内含子的突变频率为0.35/100 bp，外显子的突变发生频率为0.78/100 bp。通过荧光定量PCR方法在中国对虾耐高pH性状分离群体中共检测到14个具有多态性的SNP位点，其中，观测杂合度(H_(o))为0.2581～0.9390，期望杂合度(H_(e))为0.0595～0.4490，多态信息含量(PIC)为0.0574～0.3731；利用卡方检验进行关联性分析，发现2个与中国对虾耐高pH性状显著相关的位点(P

对虾繁殖性状的相关分子遗传标记一直是甲壳动物中研究极少的部分,为了筛选与凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)繁殖性状(产卵与产卵量)相关的SNP(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)分子标记,为凡纳滨对虾的良种选育提供参考,选择卵黄蛋白原(vitellogenin,VG)基因作为筛选基因。本实验采用PCR产物直接测序法对VG基因进行SNP位点筛查,并与繁殖性状进行关联分析。结果表明:(1)在150个凡纳滨对虾样品中,VG基因的4个结构域一共可以检测到37个SNP位点,8个能引起蛋白质氨基酸的同义突变,3个错义突变,26个无义突变。(2)对37个位点进行分析,发现4个可能的SNP候选位点。(3)多态性分析结果显示,4个候选位点都在中等多态水平,多态信息较为丰富。(4)对4个候选位点与产卵次数、产卵总量、平均产卵量和单位体质量产卵量繁殖性状进行单因素方差分析,结果显示位点3 839与总产卵量和单位体质量产卵量存在显著性差异(P 0. 05)。

以鳜(Siniperca chuatsi)选育群体为实验材料,在易驯食与不易驯食鳜转录组Unigene数据库中共预测到4809个SNP位点,其中胃蛋白酶基因(pepsinoge, pep)和生长激素基因(growth hormone, gh)均为转录组筛选获得的鳜驯食性状候选基因,本研究将候选基因上的多态SNP位点在易驯食和不易驯食鳜群体中进行基因分型,并与鳜驯食性状进行关联分析。在易驯食与不易驯食的鳜群体中共发现5个单核苷酸(SNP)多态性位点,有效等位基因(N_e)在1.1959～1.7001,观测杂合度(H_o)和期望杂合度(H_e)分别分布于0.1800～0.3585和0.1655～0.4160,多态信息含量(PIC)为0.2477,全部位点都属于中度多态性位点。结果表明SNP位点pep-A T/C中2种基因型TT和CT与鳜驯食性状呈高水平显著相关(P<0.05),显著影响鳜驯食性状表型,其中Genotype2相关性最高,可作为最优基因型个体进行选育。本研究在鳜pep和gh基因中鉴定出与驯食性状呈显著关联的SNP分子标记,为加快易驯食鳜新品种的基因辅助选育提供有效的SNP分子标记。

采用四引物扩增受阻突变体系PCR法对中华鳖的2个SNP位点进行验证,并统计其基因型频率。采用方差分析法分析2个SNP位点与中华鳖6个生长性状(体质量、背甲长、背甲宽、腹甲长、体高和裙边宽度)的差异。结果显示,只有A–1609G位点上的体高和裙边宽度有显著差异;这2个SNP位点的不同基因型共组成6种双倍型(去掉频率小于3%的双倍型D1、D6和D9),ANOVA分析结果表明这6种双倍型的6个生长性状间均存在显著差异,D4双倍型6个生长性状的均值最大,属于生长优势双倍型。筛选到的IGF2基因上的2个SNP位点具

对人工选育的29个中国对虾半同胞家系进行人工感染WSSV后,选取存活时间最长和存活时间最短各29个个体,组成抗病群体和感病群体。用400个随机引物进行RAPD分析,得到与抗病正相关的特异性遗传标记5个,与抗病负相关的特异性遗传标记两个。15个随机引物在两个群体的扩增位点进行统计,共得到82个位点,其中多态位点34个,占41.46%,两个群体的多态位点比例分别为40.24%和37.8%。Shannon′s多样性指数估算两个群体的平均遗传多态度为0.2177,SLT群体的遗传多态度为0.2190略高于SST群体0.2163;群体内的遗传变异(HPOP/HSP)0.9645,可见96.45%的遗传变...

在易驯食与不易驯食鳜转录组Unigene数据库中共预测到4809个SNP位点，其中胃蛋白酶基因 (pepsinoge, pep) 和生长激素基因 (growth hormone, gh) 均为转录组筛选获得的鳜 (Siniperca chuatsi) 驯食性状候选基因，本研究将候选基因上的多态SNP位点在易驯食和不易驯食鳜群体中进行基因分型，并与鳜驯食性状进行关联分析。在易驯食与不易驯食的鳜群体中共发现5个单核苷酸 (SNP) 多态性位点，有效等位基因 (N_(e)) 在1.1959到1.7001之间，观测杂合度 (H_(o)) 和期望杂合度 (H_(e)) 分别分布于0.1800～0.3585和0.1655～0.4160，多态信息含量 (PIC) 为0.2477，全部位点都属于中度多态性位点。结果表明SNP位点pep-A T/C中2种基因型TT和CT与鳜驯食性状成高水平显著相关 (P<0.05)，显著影响鳜驯食性状表型，其中Genotype2相关性最高，可作为最优基因型个体进行选育。本研究以鳜选育群体为实验材料，在鳜pep和gh基因中鉴定出与驯食性状呈显著关联的SNP分子标记，为加快易驯食鳜新品种的基因辅助选育提供有效的SNP分子标记。

采用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术,对中国对虾“黄海1号”快速生长的第6代群体同一养殖池中生长性状发生分离的两个极端群体、海捕的中国对虾对照群体,进行生长相关遗传标记的筛选。采用240个RAPD引物,共产生标记数2156个。筛选出与生长性状相关的遗传标记65个,其中正相关标记55个,负相关标记10个。依据这些标记在群体中出现的频率和变化规律,筛选出9个特异性标记,其中正相关标记7个,负相关标记两个。对这些特异性标记进行序列测定,获得了6个完整的DNA序列(Genebank注册号DQ185932-DQ185937),并将测序结果进行BLAST分析,发现测得DNA的序列与数据库中已注册序列的...

根据草鱼(Ctenopharyngodon idella)EST-SNP库中预测的柠檬酸合酶基因的1个Contig序列,设计引物扩增该基因的部分序列,然后采用PCR产物直接测序法筛选SNP突变点。测序的序列经比对后,共筛选到2个在内含子10上的SNP突变点:A-386G和C-499G。随机选择同批繁殖和同塘混养的144尾草鱼对2个SNP位点用Snapshot方法进行检测和分型,并统计基因型频率。A-386G位点的AA基因型占47.10%,AG基因型占38.41%、GG基因型占14.49%;C-499G位点的CC基因型占31.85%,CG基因型占46.67%,GG基因型占21.48%,均属于中度...

利用高分辨率溶解曲线(High resolution melt,HRM),结合非标记探针技术,对中国对虾转录组EST测序序列中的118个候选SNP位点进行了位点多态性检测,获得了39个具有二等位基因多态性的SNP位点,占总候选位点的比例为33.1%。对这些SNP位点在一个48尾中国对虾群体中的多态性进行了分析,结果表明,观测杂合度Ho和期望杂合度He的分布范围分别为0.000～0.947和0.049～0.506,有效等位基因数分布范围为1.051～1.999,平均为1.574;多态信息含量分析显示39个位点的PIC值范围为0.0476～0.375,平均为0.272。另外,基因功能注释表明,39...

为了能给白斑狗鱼耐高温性状的改良提供有效的分子标记，本研究基于白斑狗鱼热敏感组(109尾)和耐高温组(103尾)进行简化基因组测序，对25个染色体中的InDel标记，以前两个PCA为协变量，利用MLM模型(Masked Language Mode)与白斑狗鱼的耐热性状进行了关联分析。结果显示，大部分InDel分布在内含子(63.69%)，外显子分布的InDel位点较少(1.30%)。通过GWAS分析，发现5个位点与白斑狗鱼耐热性状显著关联，分别位于safb基因、未知基因LOC117593903和CLSTN2基因内含子中。其中9N del、4N del-1和4N del-2三个InDel位点均位于CLSTN2基因第3内含子，这3个位点在212尾个体中基因型分布高度连锁。本研究中发现的5个InDel突变可能会对白斑狗鱼的耐热性状产生显著的影响，可作为白斑狗鱼耐热性状改良的候选分子标记。进一步在验证群体中利用KASP技术对部分位点进行了验证。发现9N del位点DD基因型个体在热敏感组中占优势，DI基因型个体在耐高温组中占优势，与简化基因组测序结果基本一致。位于CLSTN2基因第2内含子的3个InDel位点可能影响CLSTN2基因的转录，该基因可能是白斑狗鱼耐高温性状相关的重要候选基因。研究结果为白斑狗鱼分子标记辅助育种提供了理论依据，为白斑狗鱼耐热性状的改良提供了候选分子标记。

【目的】体尺是评价禽类生长特性的主要指标，通过筛选与文昌鸡体尺性状相关的分子标记及候选基因，为解析体尺性状的遗传机制及分子育种提供理论支撑。【方法】利用海南省文昌鸡品系3个世代（n=2 024）群体作为研究对象，测定每只鸡在上市日龄的胫长、胫围、体斜长、龙骨长及胸宽等5个体尺性状。采集血液进行鸡“京芯一号”55 K芯片测序及基因分型，使用GEMMA软件与PLINK软件进行全基因组关联分析，鉴定与体尺性状相关的SNP位点和候选基因，通过LD分析鉴定与体尺性状显著相关的单倍型。【结果】表型结果显示，113日龄文昌鸡公鸡平均胫长8.64 cm，胫围0.46 cm，体斜长19.73 cm，龙骨长12.32 cm，胸宽6.81 cm；母鸡平均胫长6.98 cm，胫围0.40 cm，体斜长17.79 cm，龙骨长10.45 cm，胸宽6.24 cm。经过质控后，共保留42 206个SNPs和2 024个个体用于后续研究。使用Plink软件进行PCA主成分分析，结果发现3个世代群体存在一定的分散情况，因此在GWAS关联分析中加入了前3个主成分作为协变量，以校正群体结构对关联分析的影响。GWAS结果研究共鉴定出19个SNPs位点与胫长性状显著或建议性显著相关（P值分别为2.17789E-06和4.35578E-05）,23个SNPs位点与胫围性状显著或建议性显著相关，7个SNPs位点与体斜长性状显著或建议性显著相关，2个SNPs位点与龙骨长性状显著或建议性显著相关，未鉴定出与胸宽性状或建议性显著相关的SNPs位点。通过对显著性位点进行注释，结果共鉴定到16个体尺性状相关的候选基因，包括羧基末端LIM结构域结合蛋白2(LIM domain binding 2,LDB2)、染色体缩合蛋白G(non-SMC condensin I complex subunit G,NCAPG)、序列相似家族184成员B基因（family with sequence similarity 184 member B,FAM184B）、A型钾离子通道调节蛋白4(potassium voltage-gated channel interacting protein 4,KCNIP4)等。通过LD单倍型分析结果显示，GGA4存在3个显著关联的单倍型，对于胫长性状，rs316943436和rs313978573两个位点位于单倍型区块中；对于胫围性状，rs313196946AA、rs316242963、rs315796839、rs313978573、rs734365522共5个位点位于单倍型区块中；对于体斜长性状，只有1个位点（rs313978573）位于单倍型区块中，其中候选基因LDB2和NCAPG在显著的block区块中被注释到。【结论】经GWAS方法筛选出SEPSECS、LGI2、DHX15、KCNIP4、NCAPG、FAM184B、LDB2、CC2D2A作为胫长性状潜在的候选基因；FH、TBC1D1、DTHD1、SEPSECS、LGI2、SOD3、PPARGC1A、KCNIP4、NCAPG、FAM184B、CLRN2、LDB2、TAPT1、CC2D2A作为胫围性状潜在的候选基因，KCNIP4、LDB2、TAPT1、NRXN3作为体斜长性状潜在的候选基因，FAM184B作为龙骨长性状潜在的候选基因。总之，本文确定了LDB2、NCAPG和FAM184B等作为胫长、胫围、体斜长和龙骨长等体尺性状的潜在功能基因。为文昌鸡体尺性能的分子标记辅助选择育种提供理论支撑。

对人工选育的第 3代中国对虾和选育的第 1代凡纳对虾进行个体人工感染WSSV后 ,选取感染WSSV十余天但仍健康的对虾为实验材料 ,用 2 2 0个随机引物进行RAPD分析 ,得到抗病性状相关的特异性遗传标记 99个。其中中国对虾抗病组特异性片段出现了 18个 ,片段大小在 46 0～ 2 30 5bp之间 ;凡纳对虾抗病组特异性片段产生 81个 ,片段大小在 435～ 2 2 87bp。 77个引物在两种对虾的抗病组扩增出特异性遗传标记 ,其中有 4个引物各获得了三个特异性片段 ,有 13个引物各获得了两个特异性片段 ,其余 6 1个引物各获得了 1个特异性片段。

采用RACE技术克隆了中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)V-ATPase c亚基基因,命名为FcVHA-c基因,检测该基因在高pH胁迫下的基因应答,并采用RNAi技术验证其功能。基因分析表明,FcVHA-c基因cDNA全长为2128bp,开放阅读框483bp,编码160个氨基酸,预测蛋白分子量为16kD,理论等电点7.82,具有4个跨膜结构域。同源性和系统进化分析表明,FcVHA-c具有较高的保守性,其中与南美白对虾(Penaeusvannamei)同源性最高,为99%,与南美白对虾首先聚为一支。组织表达分析显示, FcVHA-c基因在中国对虾各个组织中均有表达,在鳃中表达量显著高于其他组织(P<0.05),表明该基因表达量越高,越有利于中国对虾的存活。本研究结果表明,FcVHA-c基因参与了高pH胁迫下中国对虾的离子调控,高pH胁迫抑制FcVHA-c基因的调控能力。

根据猪Leptin基因的已知序列设计引物(序列号:U66254、AF026976),PCR扩增产物用变性高效液相色谱技术(DHPLC)和直接测序法进行单核苷酸多态性(SNP)筛查,对其中的4个SNP位点(C3469T、C3952G、C4115T和C4227T)进行基因型与生长性状的关联分析。结果共获得35个多态位点,其中C4115T和C4227T位点在长蓝F2资源群中分别缺少1个基因型,且与各性状相关不显著;C3469T位点与猪的平均日增重存在极显著相关(P<0.01),TT型和CC型显著高于TC型;C3952G位点与猪的体长和眼肌面积等存在一定相关(P<0.1)。

以1个人工授精获得的中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)F2家系为材料,对其中80尾中国明对虾进行正态分布检验,选择19个稳定扩增的微卫星位点对每一个体进行扩增和基因分型,分析家系遗传信息。利用最小二乘法对微卫星位点与中国明对虾体长、全长、体质量性状进行关联性分析。采用SPSS 11.5软件作微卫星分子标记与经济性状的方差分析,考察各微卫星位点对体长、全长、体质量3个经济性状的影响程度。结果表明,中国明对虾体长、全长、体质量3个性状均呈正态分布(P>0.05);相关分析得到,19个微卫星位点中RS0683和FC019两个微卫星位点与体长、全长、体质量呈显著相关(P<0...