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[期刊] 渔业科学进展
[作者]
史晓丽 张莹雪 孟宪红 孔杰 栾生 罗坤 曹宝祥 曹家旺 陈宝龙
本研究采用RACE技术克隆获得中国对虾甘氨酸脱羧酶(FcGLDC)基因的全长cDNA及DNA序列并对其进行生物信息学分析。结果表明,FcGLDC基因的cDNA全长为3481 bp,其中ORF为2829 bp,5′UTR长17 bp,3′UTR长86 bp。完整的阅读框编码942个氨基酸,分子量为104.66 kDa,预测的理论等电点为6.51。Fc GLDC基因DNA序列全长共4964 bp,包含12个外显子和11个内含子。同源性及系统进化分析表明,FcGLDC基因与节肢动物的GLDC基因聚为一类,氨基酸
[期刊] 中国农业科学
[作者]
刘金仙 阙友雄 郭晋隆 许莉萍 徐景升 陈如凯
【目的】克隆甘蔗(Saccharum officinarum)S-腺苷蛋氨酸脱羧酶(S-adenosylmethionine decarboxylase,SAMDC)基因,并进行序列特征、原核表达和不同逆境胁迫下表达特性分析。【方法】通过对甘蔗茎全长cDNA文库测序和分析,获得SAMDC基因cDNA全长,命名为Sc-SAMDC,并进行序列分析。随后将编码S-腺苷蛋氨酸脱羧酶的cDNA片段克隆到原核表达载体pET29a(+)中,构建融合表达质粒,转化至Esherichia coli BL21(DE3)中进行表达。最后利用定量PCR技术分析甘蔗幼苗中该基因在不同外源胁迫下的表达特性。【结果】序列分...
[期刊] 华北农学报
[作者]
李明轩 刘颖 杨柏明 张帆 宋嘉欣 粟柴静 张卫华 吴颖
谷氨酸脱羧酶(GAD)是催化谷氨酸脱羧的裂解酶，对GABA合成通路起关键作用，并对植物抵御非生物胁迫有重要调控作用。前期通过代谢组和转录组关联分析筛选得到3个西瓜GAD基因家族成员(Cla97C01G007270、Cla97C01G007290和Cla97C04G079700)。在此基础上克隆了3个西瓜GAD家族基因，分别命名为ClGAD1、ClGAD2和ClGAD3,并对其进行生物信息学及表达模式分析。结果显示，ClGAD1、ClGAD2和ClGAD3的CDS分别为1 524,1 497,1 497 bp,其编码的氨基酸数量分别为507,498,498。3个蛋白均为亲水性蛋白；亚细胞定位于线粒体中；具有高度的保守性，保守结构域为谷氨酸脱羧酶；其启动子区域含有大量CAAT-box和TATA-box,以及与逆境胁迫相关的MYB、MYC等相应元件。3个GAD蛋白的二级结构均以α-螺旋、无规卷曲为主；三级结构均为同源六聚体结构。系统进化树显示，GAD基因家族成员与苦瓜、拟南芥的GAD亲缘关系最近。qRT-PCR分析显示，ClGAD1和ClGAD2在茎中表达量最高，而ClGAD3在花中表达量最高。ClGAD1、ClGAD2、ClGAD3分别在盐胁迫12,24,48 h表达量最高；冷和干旱胁迫下3个GAD基因的表达模式较为相似，均在胁迫早期发生大量表达，且ClGAD3在非生物胁迫下的表达量均高于其他2个家族成员。获得了西瓜3个GAD基因的cDNA全长，并对其进行生物信息学和表达模式分析，为丰富西瓜抗非生物胁迫基因资源提供了试验依据。
[期刊] 华北农学报
[作者]
路玉兰 孙艳香 冯雪 赵学良
S-腺苷甲硫氨酸脱羧酶(SAMDC;EC 4.1.1.50)是多胺合成过程中的限速酶。以日本百脉根EST序列为基础,通过设计特异引物进行RT-PCR扩增,获得了S-腺苷甲硫氨酸脱羧酶编码cDNA,命名为LcSAMDC1。LcSAMDC1基因组序列全长2 626 bp,存在3个内含子;cDNA序列全长1 799 bp,存在3个植物SAMDC基因特征性ORF,其中tORF编码2个氨基酸残基,sORF编码55个氨基酸残基,mORF编码354个氨基酸残基;mORF编码产物推断的分子量为38.6 kDa,具有2个高度保守的功能结构域(酶原剪切位点和PEST结构域);半定量RT-PCR分析显示,LcSAM...
[期刊] 华北农学报
[作者]
张梅 王然 马春晖 段艳欣 李鼎立
以杜梨为试材,采用同源序列法和RACE技术对杜梨SAMDC基因进行了克隆,命名为PbSAMDC,GenBank登陆号为:JX624260。生物信息学分析表明,PbSAMDC基因全长1 683 bp,编码358个氨基酸,相对分子量为39.767 7kDa,等电点为4.96;其编码氨基酸同源性分析表明,PbSAMDC基因与MdSAMDC1同源性最高,达到96%,其次是葡萄、甜橙等,同时对该基因的生物活性等进行了讨论,研究对梨属植物SAMDC基因的逆境调控机制和抗逆基因工程育种具有重要意义。
关键词：
梨 S-腺苷甲硫氨酸脱羧酶 生物信息学
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
许辉 廖攀 许明 黄志伟 程祖锌 董彦君 开国银
利用分子克隆技术从8个水稻品种中克隆到谷氨酸脱羧酶基因OsGAD3,并进行了相关的生物信息学及表达谱分析.结果表明,不同水稻品种OsGAD3的核苷酸序列差异性很小,都在1%以内,在氨基酸序列上都具有保守的结构域,在C末端均具有类似于OsGAD1结合CaM的关键氨基酸位点,但不同于OsGAD2.系统进化树分析表明,不同水稻品种的OsGAD3在进化上可以分为粳稻和籼稻两大类,与水稻常规分类相一致.此外,对不同水稻品种的谷氨酸脱羧酶基因的表达谱分析发现,OsGAD1、OsGAD2、OsGAD3、OsGAD4和OsGAD5在测试的11种水稻叶片中都有表达,但表达特征存在一定的差异性,可能与品种特性相关...
[期刊] 林业科学研究
[作者]
姜波 高彩球 王玉成 于丽丽 杨传平
在有机体的生长和发育过程中,基因表达在转录、转录后和翻译水平都受到严格地调控。转录调控是基因表达调控的第一步,曾被认为是基因表达的主要调控机制,但是随着对转录后调控机制越来
[期刊] 水产学报
[作者]
邓康裕 史晓丽 张莹雪 孟宪红 孔杰 罗坤 栾生
采用ＲＡＣＥ技术克隆获得中国明对虾ＣＡｓｐＡｓＥ２基因ＣＤＮＡ序列全长，并对该序列进行分析。结果显示，中国明对虾ＣＡｓｐＡｓＥ２基因全长为１５１７ ｂｐ，开放阅读框长９２４ ｂｐ，５＇非编码区长７８ ｂｐ，３＇非编码区长５１５ ｂｐ，命名为ＦＣＣＡｓｐ２。推测该基因编码３０７个氨基酸，预测分子量为３４．２１ ｋｕ，理论等电点为７．６２。同源性和系统进化分析发现，ＦＣＣＡｓｐ２基因与凡纳滨对虾ＣＡｓｐＡｓＥ２和斑节对虾ＣＡｓｐＡｓＥ的相似性分别为８８％和８０％，与其他节肢动物ＣＡｓｐＡｓＥ家族基因聚为一类。荧光定量ＲＴ－ｐＣＲ结果显示，ＦＣＣＡｓｐ２基因在肝胰腺中的相对表达量最高，在肌肉中表达量．．．
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
杨硕知 刘球 吴际友 李志辉 程勇
以2年生红椿家系盆栽幼苗为实验材料,开展了外源多胺对红椿干旱胁迫下TcSAMDC基因表达的修复效应研究。实验设置了轻度、中度和重度3种干旱胁迫梯度,干旱结束后,喷施了1 mmol/L的外源腐胺(Put)、亚精胺(Spd)及精胺(Spm)溶液作为修复处理,旨在探索湖南本土珍贵树种红椿Toona ciliata在遭受季节性干旱胁迫后的生理变化以及有效修复措施。结果表明:1)成功克隆了红椿S-腺苷甲硫氨酸脱羧酶(Tc SAMDC)基因片段,测序得到一条532碱基对的DNA。2)外源Put、Spd和Spm溶液对不同程度干旱胁迫下红椿Tc SAMDC基因表达的修复效果都非常显著(α=0.01)。3)3种外源多胺在不同程度干旱胁迫下对红椿叶片的Tc SAMDC基因表达表现出不同的修复调节作用,其中以外源Spd效果最佳。因此,人为施加外源多胺能在很大程度上影响红椿TcSAMDC基因的表达,进而影响植株的干旱修复能力。采用人工喷施外源多胺诱导Tc SAMDC基因表达,于对抗干旱胁迫具有极强的实际操作意义。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
陈咨余 马容 康波 姜冬梅 何珲 范樱川
多胺对细胞生长、存活以及增殖具有重要的调控作用,体内多胺水平变化与疾病和衰老的关系密切。鸟氨酸脱羧酶(Ornithine decarboxylase,ODC)是多胺生物合成途径中的第一个限速酶,能催化细胞内鸟氨酸脱羧转化成腐胺。因此,ODC可通过对细胞内多胺水平的调节来参与调控细胞增殖过程。近年来,对ODC功能的研究取得了一定的进展,特别是在ODC调控多胺水平、细胞增殖、癌症以及ODC表达调控等方面研究较多。文章对ODC结构、功能及其表达调控的研究进行了评述,并对今后ODC的深入研究进行了展望。
[期刊] 海洋渔业
[作者]
刘洪涛 杨明秋 汪坤 何玉贵
为了解H~+/肌醇转运蛋白(H~+/myoinositol transporter,HMIT)基因在肌醇跨膜转运中发挥的作用，克隆了凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)的HMIT基因，命名为Lv-HMIT,并分析了Lv-HMIT的结构和表达特征。Lv-HMIT的开放阅读框为1 650 bp,编码549个氨基酸。物理性质显示，它是一种不稳定的亲水性蛋白质，二级结构与三级结构预测都显示其主要由α螺旋和无规则卷曲为主；跨膜结构分析显示，Lv-HMIT存在11个跨膜螺旋结构；亚细胞定位显示，它分布于质膜、内质网和线粒体。多重比对发现，Lv-HMIT的跨膜结构和糖基化位点都比较保守。系统进化显示，Lv-HMIT与雪蟹(Chionoecetes opilio)的HMIT先聚为一支，再与其他节肢动物聚类。实时荧光定量PCR结果显示，Lv-HMIT mRNA在肝胰腺中表达量最高，其次是鳃，在心、胃、眼柄、肠、肌肉和血细胞等组织中有少量表达。Lv-HMIT mRNA从无节幼体期检测到表达，在变态至蚤状幼体、糠虾幼体和仔虾各阶段时都呈现上调表达，说明它可能与幼体变态发育过程有关。十足目虹彩病毒(decapod iridescent virus 1, DIV1)感染24 h后，Lv-HMIT mRNA在肝胰腺中表达显著下调，而鳃中表达量显著上调，显示它参与了对虾对病毒的免疫响应过程。研究结果可为深入了解凡纳滨对虾HMIT的结构功能及在对虾幼体发育、病毒免疫的调控机制提供基础数据。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
姚万龙 何玉英 刘萍 李健 王清印
应用ＲＡＣＥ克隆技术获得中国对虾（ＦＥｎｎＥＲｏｐＥｎＡＥｕｓ ＣｈｉｎＥｎｓｉｓ）ｐ３８ ＭＡｐＫ基因全长Ｃ ＤｎＡ序列，并对该序列进行分析。结果显示，中国对虾ｐ３８ ＭＡｐＫ基因全长为１５６３ ｂｐ，开放阅读框长１０９８ ｂｐ，５＇非编码区长１２２ ｂｐ，３＇非编码区长３４３ ｂｐ，将该基因命名为ＦＣｐ３８。氨基酸序列分析推测，该基因编码３６５个氨基酸，分子量为４１．７７ Ｋ ＤＡ，理论等电点为５．６８。同源性分析表明，ＦＣｐ３８基因与凡纳滨对虾和日本囊对虾的ｐ３８相似性最高，为９８％。通过比对发现，该基因除含ｐ３８家族特有的标志性ＴｈＲ－Ｇｌｙ－ＴｙＲ双磷酸化位点和底物结合位点ＡｌＡ－Ｔ．．．
[期刊] 中国水产科学
[作者]
周发林 陈劲松 黄建华 杨其彬 邱丽华 马振华 江世贵
采用ｃＤＮＡ末端快速扩增技术（ｒＡｐｉＤ ＡｍｐｌｉｆｉｃＡｔｉｏＮ ｏｆ ｃＤＮＡ ｅＮＤｓ，ｒＡｃｅ）获得了斑节对虾（ｐｅＮＡｅｕｓ ｍｏＮｏＤｏＮ）谷氨酸脱氢酶基因（ｐｍＧＤＨ）的ｃＤＮＡ序列。该序列全长２３８６ ｂｐ，开放阅读框（ｏｒｆ）为１６７７ ｂｐ，３＇非编码区（ｕｔｒ）为６８８ ｂｐ，包括含有２７个碱基的ｐｏｌｙ（Ａ）尾，５＇非编码区（ｕｔｒ）为２１ ｂｐ。ｏｒｆ可编码５５８个氨基酸，预测分子量为６１．８３７ ｋ Ｄ，理论等电点为６．５７。序列含有ｅｌｆＶ ＤｅＨｙＤｒｏＧ Ｎ与ＮＡＤ ｂｉＮＤ １ Ｇｌｕ ＤＨ两个保守结构域，３７个磷酸化位点，３个糖基化位点。通过同源性、相似．．．
[期刊] 中国水产科学
[作者]
赖晓芳 孔杰 王清印 王伟继
为了分析中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)抗白斑综合征病毒(WSSV)相关的分子机理,本研究以中国对虾"黄海2号"作为实验材料,进行白斑综合征病毒感染实验,感染20d后获得了59尾存活的对虾。采用mRNA差异显示技术(DDRT-PCR)分析感染实验中早期濒死中国对虾和感染20d后仍存活对虾基因表达的差异,共回收到46个阳性差异片段。差异片段序列同源性功能分析的结果表明,差异片段所编码的蛋白主要参与氧化磷酸化、蛋白质合成、糖酵解、信号转导等生物过程。以上结果初步反映了中国对虾抗白斑综合征病毒相关基因的表达特征,为研究对虾抗白斑综合征病毒的作用机制及培育抗白斑综合征病毒对...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
魏威 何玉英 李朝霞 周雨欣 李健 谢拥军
采用cDNA末端快速扩增(RACE)技术获得中国对虾(Fenneropenaeus chinensis) ATG5基因cDNA全长，命名为FcATG5。利用实时荧光定量技术分析了FcATG5的组织表达及其在pH和碳酸盐碱度胁迫下的表达特征，并利用RNAi技术验证其功能。基因分析显示，FcATG5 cDNA全长为2225 bp，开放阅读框为810 bp，编码269个氨基酸，预测其编码的蛋白质分子量为31.10kDa，理论等电点为5.59，为疏水性蛋白，包含一个APG5自噬相关蛋白结构域，无跨膜结构，不包含信号肽。同源性和系统进化分析显示，FcATG5具有高度保守性，与凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)同源性最高，达98.14%。组织表达分析显示，FcATG5在中国对虾各组织中均有表达，其中，肌肉中表达量最高(P<0.05)，血淋巴细胞中最低(P<0.05)，表明该基因的表达量越高，越有利于中国对虾存活。结果表明，FcATG5在pH、碳酸盐胁迫下的表达量均显著升高(P<0.05)，推测自噬可能参与中国对虾应对非生物胁迫的调控。本研究结果对水生动物特别是甲壳动物中细胞自噬研究具有重要的借鉴意义，有助于推进中国对虾盐碱水养殖的研究进程。
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