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[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
朱海生 王彬 陈敏氡 李永平 张前荣 刘建汀 李大忠 吴卫东 温庆放
【目的】克隆获得中国南瓜18SrRNA,并设计合适的荧光定量PCR内参,为开展中国南瓜重要功能基因的表达模式和调控机制研究奠定基础。【方法】以中国南瓜‘密本’品种的基因组DNA为模板,通过PCR方法克隆中国南瓜18SrRNA基因序列,再利用Primer Premier软件设计荧光定量PCR引物,对该内参基因在中国南瓜不同组织、生长阶段及非生物胁迫条件下的表达稳定性进行检测。【结果】首次克隆得到中国南瓜18SrRNA基因序列,其长度为1 857bp,GenBank登录号为KM979454,该基因与西瓜、西葫
[期刊] 华北农学报
[作者]
毕燕会 邹丹燕 周志刚
通过基因克隆和序列测定,获得了海带(Laminaria japonica)配子体的18S rRNA基因序列,其长度为1 716bp,GenBank登录号为EU293553。以蓝藻为外类群,采用邻接法(NJ)对分属9个门的藻类的18S rRNA基因序列进行系统发育分析。结果显示,褐藻门的海带与蓝藻门的念珠藻Nostoc sp.PCC7120、红藻门的日本凋毛藻(Griffithsia japoni-ca)、绿藻门的莱哈衣藻(Chlamydomonas reinhardtii)遗传距离依次为0.819,0.303和0.219;杂色藻类中,海带与隐藻门的蓝隐藻(Rhodomonas sp.CS24)...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
任禛 尹敏 夏体渊 陈泽斌 尹利方 韩丽 靳松 王定康
【目的】本文研究了玫瑰根系的AMF多样性和组成结构。【方法】从昆明学院种质资源圃随机采集玫瑰‘卡罗拉’3株,采用CTAB法提取根系DNA,运用巢式PCR扩增AM真菌部分18S rRNA基因区域,扩增产物混合后构建克隆文库,最终确定30个阳性克隆子测序,并对文库进行评价和分析。【结果】文库Coverage C值为80%,但Rarefaction曲线不够饱和,应加大文库克隆子数目;文库多样性参数香农指数和辛普森指数分别为1.432和0.25,物种丰富度为4.0;以98%为界,30条序列被划分为15个OTU,均
[期刊] 中国水产科学
[作者]
程汉良 彭永兴 王芳 孟学平 阎斌伦 董志国
对文蛤(Meretrix meretrix)、青蛤(Cyclina sinensis)、江户布目蛤(Protothaca jedoensis)、薄片镜蛤(Dosinia corrugata)、紫石房蛤(Saxidomus purpuraus)和菲律宾蛤仔(Ruditapes philippinarum)6种帘蛤科(Veneridae)贝类的18S rRNA基因序列进行了PCR扩增并测序,以期获得这一序列的基本特征,评估其种间变异程度,探讨这一序列在种类鉴定和分子系统发育等研究中的应用价值。测序结果表明,文蛤、青蛤、江户布目蛤、薄片镜蛤、紫石房蛤和菲律宾蛤仔18S rRNA基因序列全长分别为19...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
段雅如 高美玲 郭宇 梁晓雪 刘秀杰 徐洪国 刘继秀 高越 栾非时
【目的】基于GBS(Genotyping-by-sequencing)高密度遗传图谱初步定位结果，通过图位克隆方法对西瓜果形基因进行精细定位，并开发功能性分子标记，有助于全面研究果形基因的功能及分子标记辅助选择育种。【方法】利用114份纯合西瓜品系全基因组重测序数据及其果形指数表型进行GWAS(genome-wide association study)分析，结合GBS高密度遗传图谱初步定位结果确定果形基因候选区段，以商业小型西瓜品种纯化所得品系K2（椭圆形、FSI=1.54±0.13）和L1（圆形、FSI=1.11±0.07）为材料构建F2群体，通过开发分子标记对果形基因ClFSI进行精细定位，根据西瓜参考基因组‘97103’v1注释信息确定候选基因，并通过实时荧光定量PCR(qRT-PCR)进行验证。【结果】利用1 152份F2群体，最终将ClFSI精细定位于3号染色体的FMFSI-1与FMFSI-2标记之间物理距离约63 kb区间内，共包含5个注释基因。其中Cla011257属于已报道与控制果实纵径和果形相关的SUN基因家族。经测序分析发现，西瓜椭圆形品系K2在该基因第3外显子上存在两个非同义突变位点Chr3:26846636 G-A和Chr3:26847041 G-A（‘97103’v1），分别导致天冬酰胺（Asn）替换为天冬氨酸（Asp）和谷氨酸（Glu）替换为赖氨酸（Lys），并利用Chr3:26847041突变位点开发功能性分子标记FSICAPS-2。qRT-PCR分析表明，K2（椭圆形）与Charleston Gray（细长形）中候选基因表达量无显著性差异，但均显著高于L1（圆形）。【结论】本研究将控制西瓜果形的ClFSI精细定位于3号染色体63 kb区间内，推测Cla011257为最终目的基因，Chr3:26847041和Chr3:26846636突变位点是导致果形不同程度伸长的重要位点，并开发了可以同时鉴定Cla011257多种突变类型的功能标记FSICAPS-2。
关键词：
西瓜 果形基因 图位克隆 分子标记
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
向福 余龙江 栗茂腾 刘智
基于bioperl设计了大规模获取基因序列的方法程序,成功实现了Genbank中种子植物18SrRNA基因序列的大规模获取,解决了构建种子植物18SrRNA基因序列二级数据库的大规模数据获取问题。同时,该程序为不同类型序列的大规模获取都提供了一种较好的解决办法。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
徐善良 周剑君 王丹丽 孙雪
采用PCR和DNA测序技术扩增和测序了2003~2008年间采自浙江省宁波、杭州、温州和金华4个地区7个地点桃花水母(Craspedacusta)核糖体小亚基rRNA(18S rRNA)基因,并与已知索氏桃花水母(Craspedacusta sow-erbyi)和中华桃花水母(Craspedacusta sinensis)18S rRNA基因序列进行了比对。结果显示:这7个地点的桃花水母与索氏桃花水母序列极为相似,相似度达99.67%~100%,遗传距离为0~0.002,而与同属中华桃花水母的遗传距离为0.013~0.015。分子系统学分析显示这7个地点桃花水母与索氏桃花水母分支的置信度高达1...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
杨承剑 韦升菊 梁辛 梁贤威 邹彩霞
选取3头5岁左右的健康雌性德昌水牛作为试验动物,采用机械破壁法提取瘤胃内容物总DNA,用产甲烷菌特异性引物Met86F/Met1340R扩增16S rRNA基因,构建16S rRNA基因克隆文库,分析德昌水牛瘤胃产甲烷菌区系组成。结果表明:试验共获得99个16S rRNA基因序列,RDP分析表明94.2%的序列为甲烷短杆菌属(Methanobrevibacter)16S rRNA序列,按照97%的相似性划分为19个分类操作单元,其中96个序列(17个OTUs)占总序列的97.0%,与已知细菌的16S rRNA序列的相似性≥97%;3个序列(2个OTUs)占总序列的3.0%,与已知细菌16S r...
[期刊] 世界农业
[作者]
俞志华
基因是染色体上具有一定座位的遗传单位,是ＤＮＡ分子中一定长度的核苷酸序列。植物的生长发育是在多种代谢和生理过程基础上所发生的基因在时空上表达的综合现象,开发和分离潜在的各种有价值的基因并深入研究其表达机理,对作物品种的改良具有重要意义。因此对植物基因的?..
[期刊] 中国水产科学
[作者]
薛蓓 张培 李志辉 赵莲 赖晓芳 高焕 李健 阎斌伦
为比较甘油醛-3-磷酸脱氢酶(glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase,GAPDH)、18S rRNA和β-actin基因在脊尾白虾(Exopalaemon carinicauda)作内参基因的优劣,本研究采用同源克隆和RACE技术,克隆了脊尾白虾GAPDH基因全长cDNA序列(GenBank登录号:KX893516),通过实时荧光定量PCR(quantative real-time PCR,qPT-PCR)技术,检测3种基因在脊尾白虾不同组织及不同蜕壳后时间点的表
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
杨永超 王中元 杨小振 王永琦 张宇 张显
【目的】克隆西瓜自交系M08的ClP5CS基因(Cla006553和Cla017928)cDNA序列全长,探究其在抵御干旱和盐胁迫中的作用。【方法】利用西瓜基因组信息,以M80幼叶为材料,克隆Cla006553和Cla017928的编码序列,对其氨基酸序列进行生物信息学分析和同源分析;构建这2个基因的过表达载体转化农杆菌,采用浸花法浸染拟南芥,选取相应转基因T2拟南芥株系,检测其在脱落酸(ABA)、甘露醇、NaCl及干旱胁迫下的发芽率、根长、成活率及脯氨酸含量,研究Cla006553和Cla017928对拟南芥抗逆性的影响。【结果】Cla006553编码序列长2 166bp,编码721个氨基酸;Cla017928编码序列长2 145bp,编码714个氨基酸。Cla006553与Cla017928的核苷酸和氨基酸序列之间的相似性为分别为74.19%和77.12%,其氨基酸序列中含有ATP结合位点、脯氨酸反馈抑制位点、亮氨酸拉链、谷氨酰激酶结构域、NAD(P)H结合位点、亮氨酸结构域、谷氨酸半醛脱氢酶结构域。转Cla006553和Cla017928基因的拟南芥植株在ABA、甘露醇、NaCl和干旱胁迫下的发芽率、根长、脯氨酸含量、成活率等均高于对照,具有较好的耐旱和耐盐能力。【结论】克隆了西瓜P5CS的2个编码基因Cla006553和Cla017928,这2个基因均可增强转基因拟南芥植株的抗逆能力。
关键词：
西瓜 ClP5CS 拟南芥 渗透胁迫
[期刊] 华北农学报
[作者]
刘金亮 王凤婷 魏毅 潘洪玉 张世宏
为从分子水平鉴定山东聊城的一表现明显花叶、黄化、蕨叶及果实畸形的南瓜病毒病的病原。采用RT-PCR的方法,用TMV外壳蛋白(CP)基因的特异引物,对该样品进行了检测,克隆到的基因序列进行分析,并使其在大肠杆菌中表达。结果表明,从该样品中扩增到了TMV的CP基因,说明该样品受到TMV的侵染,首次发现TMV自然侵染南瓜。对CP基因序列测定及分析表明,与GenBank上其他TMV分离物CP基因核苷酸序列的同源性为86.5%～99.0%,推导的氨基酸序列同源性为93.7%～99.4%。根据完整CP基因核苷酸序列构建的系统进化树显示:32个TMV分离物可分为5个组,其中TMV-liaocheng与Nak...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
刘佳 徐秉良 薛应钰 张树武 陈荣贤
【目的】克隆有壳美洲南瓜种皮PAL基因(CP-PAL),研究PAL基因在有壳和裸仁美洲南瓜种皮发育过程中的表达特性,为揭示美洲南瓜种皮发育机理及木质素积累在南瓜种皮发育中的作用等方面提供理论依据。【方法】利用RT-PCR,结合RACE技术克隆CP-PAL的全长序列并进行生物信息学分析;利用实时荧光定量PCR技术,采用2-△△Ct方法对种皮发育过程中PAL基因的表达进行分析。【结果】CP-PAL序列全长为1 720 bp,含有一个1 359bp的ORF,114 bp 5′端非翻译区、236 bp 3′端非翻译区及11 bp polyA结构,可编码452个氨基酸,分子量为48.86 kD,等电点为...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
卜宗元 傅洪拓 孙盛明 乔慧 金舒博 张文宜 龚永生 蒋速飞 熊贻伟 吴滟
本研究应用RACE技术克隆了青虾(Macrobrachium nipponensis)Ran(Ras related nuclear protein,Ras相关核蛋白)基因全长cDNA序列,该基因cDNA全长1191 bp,包括218 bp的5'UTR,648 bp的开放阅读框(ORF),405 bp的3'UTR,编码215个氨基酸。青虾Ran基因属于P-loop-NTPase超级家族,拥有PTZ00132跨结构域,多肽分子量约为24.57 kDa,理论等电点7.13。系统进化树分析表明,在动物界进化中非
[期刊] 淡水渔业
[作者]
王朋云
采用透射电镜对丛粒藻(Botryococcus braunii)藻株AGB-Bb02和AGB-Bb03进行了亚显微结构观察,以rbcL和18S rRNA序列为目标基因进行克隆,结合研究从GenBank获取的黄藻纲、绿藻纲和共球藻纲13株相关微藻的rbcL、18S rRNA基因序列,运用Clustal X 1.8和MEGA4.0软件进行分析,用邻接法构建了系统发育树,并计算bootstrap值以评估其可靠性。结果显示,丛粒藻细胞由多层细胞壁包被,细胞内壁和外壁的腔隙中含有烃类物质,独特而发达的内质网膜系统与细胞质膜部分相连,叶绿体基质类囊体平行紧贴、无基粒结构,脂滴的分布与内质网和叶绿体相关;A...
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