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[期刊] 水产学报
[作者]
周发林 江世贵 姜永杰 黄建华 马之明
对中国南海海域5个斑节对虾野生群体三亚群体(SY)、深圳群体(SZ)、阳江群体(YJ)、湛江群体(ZJ)、北海群体(BH)——100个样品的16S rRNA序列进行PCR扩增,并对扩增产物进行了测序。用CLUSTAL_X排序软件对测序所得的100个16S rRNA序列进行比对。通过ARLEQUIN软件对所得100个16S rRNA序列进行比较分析,共检测出28个变异位点,19种单倍型。三亚、深圳、阳江、湛江以及北海等5个野生群体的核苷酸多样性(π)依次分别为0.004 35,0.005 86,0.010 50,0.010 81,0.011 68。三亚、深圳、阳江、湛江以及北海等5个野生群体的单...
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
姜石生 贺一原 朱道弘 曹元清
摘要对湖南桃江、广东广宁、广西桂林、重庆永昌、四川长宁等5个黄脊竹蝗Rammeacris kiangsu Tsai地理种群线粒体16S rRNA基因进行测序,并经Clustal X同源排序后得506 bp序列。对获得的序列分析表明,A,T,G,C平均含量分别为32.0%,37.7%,17.6%,12.6%,其中保守位点数504个,变异位点数2个,自裔位点2个,所有碱基转换总数为1,颠换总数为1。利用MEGA4.0软件重建系统发生树,发现其中这5个黄脊竹蝗种群分化程度很低。从而可以说明其群体遗传多样性单一。
[期刊] 水产学报
[作者]
毛智超 段亚飞 刘萍 李健 陈萍
为调查研究哈氏仿对虾浙江象山群体的种质资源、物种间的亲缘关系及遗传多样性状况，采用ＰＣＲ扩增获得哈氏仿对虾线粒体ＤＮＡ的１６Ｓ ＲＲＮＡ和ＣＯⅠ基因片段，分别对其进行序列比较和系统进化分析。１６Ｓ Ｒ ＲＮＡ基因片段的Ｔ、Ｃ、Ａ和Ｇ的含量分别是３５．７６％、１９．４８％、２６．７４％和１７．８８％；ＣＯⅠ基因片段的Ｔ、Ｃ、Ａ和Ｇ的含量分别是３５．３６％、１２．６８％、３０．５４％和２１．４３％；Ａ＋Ｔ含量显著高于Ｇ＋Ｃ含量。１６Ｓ ＲＲＮＡ基因片段长度为５５８ ｂＰ，共检测出１种单倍型，没有多态性位点；ＣＯⅠ基因片段长度为６８８ ｂＰ，共检测出７种单倍型，６个多态性位点。ＣＯⅠ基因片段比１６Ｓ．．．
[期刊] 水产学报
[作者]
刘萍 段亚飞 毛智超 李吉涛 高保全 李健
为研究中华虎头蟹野生群体的种质资源及遗传多样性状况,采用PCR扩增获得中华虎头蟹线粒体DNA的16S rRNA和COⅠ基因片段,分别对其进行序列比较及系统进化分析。16S rRNA和COⅠ基因片段的A+T平均含量分别为67.7%和61.4%,A+T含量显著高于G+C含量。长度为515 bp的16S rRNA基因片段共检测出单倍型4种,多态性位点4个,均为单一变异位点;长度为653 bp的COⅠ基因片段共检测出单倍型11种,多态性位点23个,其中简约信息位点5个和单一变异位点18个。COⅠ基因片段比16S rRNA基因片段具有较大的变异,更适于中华虎头蟹种群的遗传多样性分析。基于16S rRNA...
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
牛东红 李家乐 汪桂玲 姜志勇 张文博 沈玉帮 冯冰冰
采用PCR技术扩增了缢蛏线粒体DNA的16SrRNA基因片段,PCR产物经纯化、测序、同源序列比对获得长度为440bp的核苷酸序列。利用16SrRNA基因片段分析了江浙沪地区三个野生群体(江苏射阳、上海崇明、浙江象山)和三个养殖群体(江苏射阳、上海奉贤、浙江象山)的遗传多样性,共检测到了19个单倍型和41个核苷酸多态位点。序列分析结果显示,三个野生群体之间出现了明显的遗传分化,其中崇明群体遗传多样性最高,其次为射阳群体,象山群体遗传多样性最低,表明崇明群体未受到养殖群体基因的污染。在养殖群体之间则没有达到遗传分化,且单倍型混杂,聚类结果显示与象山野生群体亲缘关系最近,这表明长期的养殖过程在一定...
[期刊] 海洋水产研究
[作者]
童馨 杜博 喻达辉 龚世园 郭奕惠 黄桂菊 李莉好
PCR扩增100个浅色黄姑鱼个体的线粒体16SrRNA基因片段序列,得到大约620bp的扩增产物。将其中5个个体的扩增产物进行测序和同源比对,得到468bp可供比对分析的片段。比对结果表明,5条序列包括两个单倍型,两个单倍型之间有1个碱基突变。PCR-RFLP分析结果显示,两个种群的100个样品中98%的个体为其中一种单倍型,只有2%的个体呈另一种单倍型,表明这两个种群的遗传多样性较低。两个单倍型平均碱基组成为:T22.0%,C26.3%,A29.8%,G21.9%,GC含量平均为48.2%。与GenBank中石首鱼科7属9种的11条同源序列比对,得到429个比对位点,其中包括69个简约信息位...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
张俊丽 高天翔 韩志强 郭焱 董崇智
对黑龙江水域的乌苏里白鲑(Coregonus ussuriensis)和由俄罗斯引种的贝加尔凹目白鲑(C.autumnalis migrato-rius)和高白鲑(C.peled)的线粒体细胞色素b(Cytb)和16S rRNA基因片段进行了扩增和序列测定,分析比较了3种白鲑间的序列差异。在402 bp的Cytb基因片段中,3个乌苏里白鲑个体中出现了2种单倍型,种内个体间有2个碱基的差异,而贝加尔凹目白鲑和高白鲑的个体各出现1种单倍型;在577 bp的16S rRNA基因片段中,3个乌苏里白鲑个体出现了2种单倍型,种内个体间存在1个碱基的差异,而贝加尔凹目白鲑和高白鲑2个种的序列完全相同。研究...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
孙超 刘志鸿 杨爱国 周丽青 吴彪 严加坤 侯丫 董春光
对光滑河蓝蛤Potamocorbula laevis、黑龙江河蓝蛤P.amurensis、焦河蓝蛤P.ustulata、红肉河蓝蛤P.rubromuscula4个野生种共40个个体的线粒体COI和16SrRNA基因片段进行了扩增和测序,经过筛选和剪切,得到长度为650bp和450bp的片段。序列分析显示,序列的碱基组成中G+C含量较低,16SrRNA基因种间和种内的变异较低,COI基因片段种内和种间的变异较高。以沙海螂Mya arenaria为外群,用MEGA 4.0软件中的NJ法构建了系统进化树,通过遗传距离和系统进化树可以看出,4种河蓝蛤未能达到不同种之间显著的遗传分化。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
王鹭骁 柯才焕 王志勇 刘波 蔡明夷 王艺磊
用PCR技术克隆耳鲍(Haliolis asinina)、羊鲍(H.ovina)和多变鲍(H.varia)的线粒体16S rRNA基因的片段,并将PCR产物直接进行测序,得到长度530 bp左右的片段。将这些序列与杂色鲍(H.diversicolor diversicolor)、九孔鲍(H.diversicolor supertexte)、大鲍(H.gigantea)、盘鲍(H.discus discus)、皱纹盘鲍(Haliotis discus hannai)等5种鲍的相应片段进行序列比较。结果表明,不同种鲍间16S rRNA基因的序列同源性较高,同源性范围为87.36%~90.77%,这...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
高天翔 李健 王清印 刘进贤
中国对虾(Fenneropenaeuschinensis)是我国海洋渔业重要的经济虾种之一。本研究以相应引物对野生群体和人工培育第1代、第4代、第5代、第6代群体(CP1、CP4、CP5、CP6)的各2个个体的线粒体16SrRNA基因片段进行了PCR扩增和序列测定分析。分析结果表明,测得的16SrRNA基因片段长为520bp,10个中国对虾个体间无碱基差异,其A、T、G、C含量分别为171bp(32.88%)、176bp(33.85%)、104bp(20.00%)、69bp(13.27%),AT含量明显高于GC含量。利用其中长度为413bp的同源序列,以环斑鼓虾(Alpheusarmillat...
[期刊] 水产学报
[作者]
陈合格 刘文彬 张轩杰
对中华鳖和砂鳖线粒体DNA12SrRNA基因进行了引物设计、PCR扩增、序列测定和PCRRFLP分析。研究结果表明:中华鳖、砂鳖线粒体DNA12SrRNA基因片段的碱基序列长度相同,均为562bp,其A、T、C、G含量相似,分别为209个(37.2%)、121个(21.5%)、145个(25.8%)、87个(15.5%)和207个(36.8%)、120个(21.4%)、145个(25.8%)、90个(16%)。两序列间共有13处碱基不同,序列差异率为2.31%,中华鳖与砂鳖各自个体间的平均核苷酸序列差异率分别为0.53%和0.36%,种间差异显著;用内切酶MspI酶切两种鳖的12SrRNA基因...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
程汉良 彭永兴 王芳 孟学平 阎斌伦 董志国
对文蛤(Meretrix meretrix)、青蛤(Cyclina sinensis)、江户布目蛤(Protothaca jedoensis)、薄片镜蛤(Dosinia corrugata)、紫石房蛤(Saxidomus purpuraus)和菲律宾蛤仔(Ruditapes philippinarum)6种帘蛤科(Veneridae)贝类的18S rRNA基因序列进行了PCR扩增并测序,以期获得这一序列的基本特征,评估其种间变异程度,探讨这一序列在种类鉴定和分子系统发育等研究中的应用价值。测序结果表明,文蛤、青蛤、江户布目蛤、薄片镜蛤、紫石房蛤和菲律宾蛤仔18S rRNA基因序列全长分别为19...
[期刊] 水产学报
[作者]
高天翔 王玉江 刘进贤 渡边精一 伏屋玲子
对采自泰国、马达加斯加和日本各地的青蟹属的3种青蟹Scyllaserrata(Forskl)、S.oceanica(Dana)和S.tranquebarica(Fabricius)的线粒体12SrRNA基因片段序列进行了测定,分析研究了其种间遗传差异及系统发育关系。研究结果显示:S.serrata、S.oceanica及S.tranquebarica在12SrRNA基因片段上存在长度差异,3种青蟹的序列长度分别为422bp、426bp、425bp;种内个体间无序列差异或差异极小,种间序列差异远大于种内差异。以日本虫寻和底栖短桨蟹为外群,采用距离法和最大简约法重新构建了3种青蟹的分子系统树,得到...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
高俊娜 刘萍 李健 潘鲁青 高保全 陈萍
采用PCR扩增技术对三疣梭子蟹日本北海道群体、韩国东海岸群体和我国山东即墨市会场村群体3个野生群体的16S rRNA和COI基因片段进行了扩增和测序,分别得到了长度为523和658bp的片段。通过统计变异位点、平均核苷酸差异数和核苷酸多样性指数,分析比较了不同群体间的序列差异和遗传多样性水平。结果显示,我国会场三疣梭子蟹野生群体的遗传多样性水平较低。用MEGA4.0软件中的NJ法构建的分子进化树,基于16S rRNA片段构建的NJ系统树所反映的分类关系与基于COI基因片段构建的系统树并不一致,主要不同在于与日本蟳的分类关系上,基于16S rRNA基因片段构建的NJ系统树显示梭子蟹科的3个属聚为...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
马英 关瑞章 郭松林 邓德波 张俊荣
对从福建省不同鳗鲡养殖场发病鳗鲡肝脏中分离并经感染证实的35株致病菌的16S rRNA基因进行序列测定和系统进化分析。用CTAB法提取各菌株DNA,以细菌16S rDNA通用引物进行PCR扩增,用限制性片段长度多态性分析1、6S rDNA序列分析和系统进化分析对其进行分子鉴定,构建系统进化树。结果表明:35株致病菌分别属于γ-变形菌纲和厚壁菌门2大类群的6个属和1个科,主要种类是气单胞菌属的嗜水气单胞菌、维氏气单胞菌、简氏气单胞菌和豚鼠气单胞菌等,占63%;其次是芽孢杆菌属细菌;少量为鲁氏耶尔森菌、弗氏柠檬酸杆菌、克雷伯氏菌属、假交替单胞菌属细菌和肠杆菌科细菌。
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