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[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
郭奕惠 喻达辉 黄桂菊 李莉好 符云 叶卫
对中国主要养殖的尼罗、奥利亚、莫桑比克、杂交种尼奥(尼罗×奥利亚)、奥尼(奥利亚×尼罗)和红罗非鱼(莫桑比克×尼罗)的线粒体COI基因的部分序列进行了PCR扩增、克隆和测序分析,探讨罗非鱼种间亲缘关系和种类鉴别标记。6种罗非鱼中大部分个体均获得长586~708 bp的基因序列。其碱基组成GC含量为47.7%。序列分析表明,莫桑比克罗非鱼2个个体分为2个单倍型,单倍型之间的碱基差异为1个碱基,其余几种罗非鱼均只有1个单倍型。其中,尼罗和尼奥、奥利亚和奥尼的单倍型序列相同,但种间核苷酸序列差异达4.3%~7.7%。根据聚类分析结果可将这6个(杂)种分为3个组:尼罗-尼奥,红罗-莫桑比克和奥利亚-奥...
关键词：
罗非鱼 COI基因 亲缘关系
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
郭奕惠 黄桂菊 喻达辉 李莉好 符云 叶卫
对我国主要养殖的尼罗、奥利亚、莫桑比克、杂交种尼奥(尼罗♀×奥利亚♂)和红罗非鱼(莫桑比克×尼罗)的线粒体16S rRNA部分序列进行了PCR扩增和测序分析,探讨罗非鱼种间亲缘关系和种类鉴别标记。PCR产物经直接测序,5种罗非鱼中大部分个体均获得长546 bp的基因序列。其碱基组成GC含量为47.4%。序列比对分析显示变异位点18个,没有插入/缺失位点,转换/颠换比率为2.7。序列分析表明,红和奥利亚各有2个单倍型,尼奥、莫桑比克与尼罗各有1个单倍型。其中,尼奥与尼罗的单倍型序列相同,莫桑比克与红罗非鱼的1个单倍型序列相同。表明部分红罗非鱼的母本为莫桑比克。UPGMA聚类分析表明,尼奥与尼罗聚...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
王洪秀 魏云辉 靳亮 胡中娥 李菁 陈庆隆 李胜杰 钟国祥
采用ＩＴＳ序列分析方法，对供试１８株（４株野生菌株、７株工厂化栽培菌株、５株经钴６０辐照诱变菌株和２株搭载神十的航天诱变菌株）茶树菇菌株进行研究。结果表明，供试菌种的ＩＴＳ序列长度为７０３～７２１ ｂｐ，与Ｇｅｎ ｂａｎｋ数据库中茶树菇菌种的ＩＴＳ序列相似度为９９％以上，在种的水平上证明供试菌种为茶树菇。运用构建的系统发育树将供试菌种聚为６个类群，其中Ｃｈａ３与Ｃｈａ３Ｓｈｅｎ，ａＳ－２与ａＳ－２－６００，ａＳ－１与ａＳ－１Ｓｈｅｎ、ａＳ－１－７００，分别聚在了不同的类群，说明这７株茶树菇菌株可能由于辐照或航天诱变后使得ＩＴＳ序列存在着种内的变异。ＩＴＳ序列分析结果从系统发育角度反映出了研究菌．．．
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
侯丽冰 贺伟 刘小勇 杨佐忠
首次对我国松干锈菌的核糖体DNA中的内转录间隔区 (ITS)序列进行了测定 ,并与得到普遍承认的国外柱锈菌属其它种的ITS进行了比较 .运用PAUP和TREECON软件进行系统发育分析并得到了一致的结果 :我国Cron artiumflaccidum和C .quercuum的菌株各自分别形成一个分支 ,而C .ribicola按锈孢子寄主分成了红松和华山松两个分支 ,红松上和华山松上的C .ribicola相互间遗传距离很大 ,分别和其它的种平行 ,该结果显示了原来被鉴定为C .ribicola的我国特有的华山松疱锈菌 ,可能是一个不同于C .ribicola的独立的种 .
关键词：
松干锈菌 柱锈菌属 ITS
[期刊] 中国水产科学
[作者]
费来华 李赟 陈家鑫
运用PCR扩增10种海参的16SrDNA部分序列,并测序。获得大小为566bp的序列,利用DNAsp4.0软件分析比较10种海参的碱基组成、各碱基变异位点数、插入或缺失位点数,并采用MEGA4.0软件分析彼此间的遗传距离。结果发现,10种海参富含AT碱基,A+T的含量平均为57.0%,不同种海参间发生碱基转换、颠换及发生插入或缺失变异的位点数差异很大,10种海参彼此间的遗传距离在0.007~0.316之间。所得结果与GenBank中10种海参的相应序列进行比对分析,同时用MEGA4.0和PAUP*4.0软件构建进化树,分析其亲缘关系。结果表明,利用16SrDNA序列的差异可以将分属于海参科(H...
关键词：
海参 16SrDNA 系统发生
[期刊] 水产学报
[作者]
马朋 刘萍 李健
对脊尾白虾的莱州湾、海洲湾、象山湾3个野生群体共计62个个体的核糖体RNA转录单元内间隔区ITS1基因片段进行克隆和测序,对序列特点进行分析,并结合GenBank数据库中已有的长臂虾亚科ITS1同源序列虾类进行系统分析。结果显示,脊尾白虾的ITS1序列具有长度多态性,其长度为345~384 bp,62条序列GC的平均含量显著高于AT含量;共检测到79个变异位点,39种单倍型,多态位点比例为21.7%;海洲湾群体遗传多样性指数最高,象山湾群体次之,莱州湾群体最低。在脊尾白虾ITS1序列中发现微卫星序列共有8处,重复序列类型为(GC)n、(AG)n、(GGC)n、(GGA)n、(AT)n、(GA)...
关键词：
脊尾白虾 ITS1 遗传多样性 系统进化
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
徐家洪 曾晴 叶富余 胡杨阳 时寰宇 张璇 陈金辉
【目的】琼岛杨是我国热带地区发现的一种杨树,至今其分类和进化鲜有报道。本研究旨在通过三代全长转录组测序等方法了解琼岛杨在杨属中的分类与进化。【方法】基于Pacbio Sequel测序技术获取的热胁迫下琼岛杨、加杨和小叶杨完整全长转录本数据,通过直系同源基因计算非同义替换值(Ka)、同义替换值(Ks)及Ka/Ks值,比较直系同源基因在热胁迫下的表达模式,并结合毛果杨和簸箕柳的直系同源基因,构建了5个树种的进化树来分析杨树亲缘关系。通过克隆琼岛杨核基因(nrDNA:UDP-SQ和POPTRDRAFT_575699)和叶绿体基因(cpDNA:atpⅠ和trnF),分析基因序列在琼岛杨种群中的多态性,计算琼岛杨种内遗传距离,及与19个树种(5个杨树组和1个类外群组)的种间遗传距离。基于最大似然法和最小进化法构建了琼岛杨与19个树种的进化树,以分析琼岛杨在杨属的亲缘关系。【结果】三代转录组测序共获得660组琼岛杨、小叶杨和加杨的直系同源基因,Ks平均值为0.150 5,峰值为0.02,Ka/Ks <1,占比97.27%,这显示了3种杨树较近的亲缘关系。直系同源基因表达模式分析发现,3种杨树在热胁迫下具有相同的表达模式。利用遗传距离法计算琼岛杨与19个树种中atpⅠ、trnF、UDP-SQ和POPTRDRAFT_575699等4种基因遗传距离的平均值,发现琼岛杨与白杨组具有最近亲缘关系,平均值为0.011。【结论】基于三代全长转录组测序获得的直系同源基因分析显示出,琼岛杨与其他杨树具有较近亲缘关系。克隆cpDNA和nrDNA基因,计算遗传距离和构建的进化树均表明琼岛杨与白杨组具有最近亲缘关系。cpDNA的多态性以及进化分支置信度明显高于nrDNA,表明在琼岛杨中cpDNA比nrDNA基因更具备物种鉴别能力。
[期刊] 水产学报
[作者]
彭士明 施兆鸿 侯俊利
运用线粒体D-loop区与COI基因片段序列比较分析了养殖与野生银鲳群体的遗传多样性。研究结果显示,线粒体D-loop区片段中,A、T、C与G4种核苷酸的平均含量分别为40.00%、30.55%、16.75%和12.70%,A+T的含量为70.55%,明显高于G+C的含量。COI基因片段中,A、T、C和G的平均含量分别为25.85%、33.90%、21.30%和18.85%,A+T的含量(59.75%)同样高于G+C的含量。基于D-loop序列分析所得出的两群体总的变异位点、单倍型数、单倍型多样性、核苷酸多样性及平均核苷酸差异数分别为19、15、0.895、0.007和2.505。基于COI基...
[期刊] 水产学报
[作者]
马凌波 张凤英 乔振国 何利军 马春艳
对我国东南沿海5个地区的72个青蟹个体的线粒体细胞色素氧化酶亚基I(COI)部分序列序列进行了测定和分析。获得的72个细胞色素氧化酶亚基I(COI)序列可分为12个单倍型,与GenBank中已知的ScyllaparamamosainCOI序列的相似性达到98%以上,与其它3种青蟹的差异为7.36%~15.54%。这些序列与S.paramamosain的遗传距离仅为0.00783,但是与S.serrata、S.olivacea和S.tranquebarica的遗传距离却分别达到0.116590、.17812和0.08423。序列特征、遗传距离和系统进化等分析结果都表明本文研究的青蟹为S.para...
关键词：
青蟹 细胞色素氧化酶亚基I 种类鉴别
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
高雪 史明艳 侯文通 张英汉
应用聚丙烯酰胺凝胶电泳 (PAGE)检测了新疆驴、凉州驴、云南驴、关中驴、庆阳驴、佳米驴、德州驴、晋南驴 8个驴品种 2个血液蛋白质位点 ,并用座位平均杂合度、平均有效等位基因数度量了 8个群体的遗传变异程度。结果显示 ,新疆驴、凉州驴、云南驴的平均杂合度较高 ,分别为 0 .6 14 ,0 .6 0 1和 0 .4 93,平均有效等位基因数较多 ,分别为 2 .96 ,2 .85和 1.99。这 3个品种受人工选择影响小 ,遗传多样性好 ,而关中驴等 5个大、中型驴平均位点纯合度较高 ,受人工选育影响较大。用最小距离法对 8个驴种 2个血液蛋白质多型座位基因频率进行聚类的结果显示 ,8个驴品...
关键词：
驴种 亲缘关系 遗传变异 聚类分析
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
孙娜 郭晓华 刘广纯
对金龟总科(Scarabaeoidea)6种金龟子线粒体细胞色素氧化酶I(COI)基因部分序列进行了PCR扩增和序列测定,并从GenBank中检索4个种的COI基因序列,比较其同源性并获得了长度为624bpCOI片段。10个种的COI序列分析结果表明:该基因序列共有440个变异位点,192个简约信息位点,表现出明显的A+T偏倚(63.6%)。转换(TV)和颠换(TS)在科内、科间存在明显差异。科内种间TV+TS小,各科不同种与外群之间TV+TS较大;TV/TS则呈现相反的趋势。以黑蜣科(Passalidae)的具角黑艳甲(Odontotaenius disjunctus)作为外群,采用P-di...
关键词：
金龟总科 COI基因 序列分析
[期刊] 中国农业科学
[作者]
张加强 陈常理 骆霞虹 金关荣
【目的】探讨新中国成立以来中国育成黄麻主要品种间的亲缘关系和遗传多样性。【方法】选用1949年以来,在中国有一定的推广面积和具有清晰系谱关系资料记录,以引进或育成的20个长果种和40个圆果种黄麻品种为供试材料,采用亲缘系数与聚类分析的方法,对中国60多年来黄麻生产上历经6次品种更替的主要品种间进行亲缘关系和遗传多样性分析。【结果】在长果黄麻中,20份供试品种共组成190对组合,31.58%存在亲缘关系,COP总和为38.5625,平均为0.0964,表明2/3的品种在系谱上的遗传关系较少;在圆果黄麻中,40份供试品种共组成780对组合,其中50.26%存在亲缘关系,COP平均为0.1179,表...
[期刊] 华北农学报
[作者]
牟少华 孙振元 彭镇华
利用通用引物,采用PCR技术从24个鸢尾样品中扩增了叶绿体基因组trnL-F间隔区的DNA片段,进行了序列测定,序列长度为1003～1113bp,比较长度为954bp,其中共有92个位点发生了单个碱基的置换,14个位点发生了缺失,因此有进化意义的位点共106个,约占总序列比较长度的11.11%。运用DNAMAN软件分析了这些鸢尾的亲缘关系,可分为2个相对独立的大组。第一大组可以分为2组:3个种源马蔺关系很近形成一组,粗根鸢尾、溪荪和喜盐鸢尾聚成一组。第二大组也分为2组:6个种源的马蔺与野鸢尾聚在一起,再和小鸢尾聚成一组;3个种源的鸢尾、高原鸢尾、德国鸢尾、矮鸢尾、野鸢尾、扇形鸢尾、红籽鸢尾和I...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
秦梦雪 孙新颖 万晓媛 刘庆慧 黄倢
为了解我国白斑综合征病毒(WSSV)流行变异特征,本研究对2015年410月期间在山东、江苏、天津、浙江、海南和广东6省市采集到的57份WSSV阳性的样本,通过特异性的扩增目的片段,根据测序结果分析比较不同地区、不同分离株之间在ORF14/15、ORF23/24上的缺失变异情况,以及ORF75、ORF94和ORF125上的重复单元(Repeat unit,RU)数目差异。结果显示,在ORF14/15扩增中,分别有6530、5908和5725 bp的片段缺失,而在ORF23/24扩增中均有12070 bp大
关键词：
WSSV ORF 缺失 变异
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
秦梦雪 孙新颖 万晓媛 刘庆慧 黄倢
为了解我国白斑综合征病毒(WSSV)流行变异特征,本研究对2015年410月期间在山东、江苏、天津、浙江、海南和广东6省市采集到的57份WSSV阳性的样本,通过特异性的扩增目的片段,根据测序结果分析比较不同地区、不同分离株之间在ORF14/15、ORF23/24上的缺失变异情况,以及ORF75、ORF94和ORF125上的重复单元(Repeat unit,RU)数目差异。结果显示,在ORF14/15扩增中,分别有6530、5908和5725 bp的片段缺失,而在ORF23/24扩增中均有12070 bp大
关键词：
WSSV ORF 缺失 变异
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