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[期刊] 中国农业科学
[作者]
温文婷 贾定洪 郭勇 孙群 杨志荣 彭卫红
【目的】了解中国主栽银耳配对香灰菌的分类地位及遗传多样性,为香灰菌资源利用和育种提供分子生物学依据。【方法】采用18S-28S rDNA间隔区(ITS4/ITS5)的PCR扩增和内部简单重复序列多态性(ISSR)分子标记,对中国主栽银耳配对香灰菌的遗传多样性进行分析。【结果】16株供试菌株ITS序列分析表明,供试菌株与Annulohypoxylon stygium关系最为接近,同源性高达99%。从70个ISSR引物中筛选出了11个多态性好的引物,共获得62条ISSR标记。以相关系数0.7为阈值,将16株菌划为5个遗传组,菌株间遗传差异较大,遗传多样性较高。【结论】中国主栽银耳地区的香灰菌遗传资...
关键词：
银耳 伴生菌 遗传多样性 聚类分析
[期刊] 中国农业科学
[作者]
朱彭玲 杜秉海 丁延芹 杜志兵 于素芳 陈强
【目的】了解中国新疆地区铁载体产生菌的遗传多样性和系统发育,为筛选高效铁载体产生菌提供依据。【方法】采用BOXAIR-PCR、16S rRNA PCR-RFLP和16SrDNA全序列分析方法对分离自新疆地区棉花根际土壤的铁载体产生菌的遗传多样性进行分析。【结果】在BOXAIR-PCR分析中,68株供试菌分为11个遗传群;在16SrRNAPCR-RFLP分析中,68株供试菌分10个遗传群;代表菌株的16SrDNA全序列分析表明,供试菌分属于假单胞菌属(Pseudomonas)、肠杆菌属(Enterobacter)、不动细菌属(Acinetobacter)、芽孢杆菌属(Bacillus)、产碱杆菌...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
李霞 于汉寿 回丽静 刘淑园 阮康勤 陈永萱
利用系统发育分析和RAPD技术对我国南京及周边地区的20株昆虫和植物花螺原体的分类地位和遗传多样性进行分析。结果表明:大多数菌株与Spiroplasma melliferum聚类,位于以16S rDNA序列构建的螺原体系统发育树的Citri-Chry-sopicola-Mirum类群;菌株ZHUF0901和MF0905位于Apis群内,但二者又分为2个不同的分支。利用筛选的34条RAPD引物共检测出664个位点,其中多态性位点数644个,多态性比率为96.99%。UPGMA聚类分析表明,在相似性系数达到0.6时,与Spiroplasma melliferum聚类的18株菌可根据螺原体宿主的不同...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
杜周和 刘俊凤 刘彬斌 吴建梅 陈义安 张剑飞 鲁成
用生物信息学方法分析了家蚕α-淀粉酶基因的系统发育关系,发现Bmamy2是一个起源较早、变异丰富的基因。以之为标记基因,采用DNA序列分析法,对60个家蚕地方品种进行了遗传多样性检测,结果表明,Bmamy2基因组序列中碱基突变频率5.6%,单倍型多样度Hd=0.8294,核苷酸多样度π=0.02362±0.00122。Bmamy2是家蚕品种资源多样性分析中一个较好的标记基因。
关键词：
家蚕 淀粉酶基因 系统发育 遗传多样性
[期刊] 西南农业学报
[作者]
梁勤 温文婷 叶小金 高远强 张小平 彭卫红
从不同地区采集引进了银耳菌株共14株,利用ISSR分子标记技术对这14株银耳菌株进行了遗传多样性分析,从75条引物中筛选出14条引物,共获得105条带,其中多态性条带70条,占条带总数的67%。聚类分析结果表明:在相似水平为70%时,14个菌株可以划分为4个类群,且类群的划分与地理来源之间并无明显相关性,菌株间遗传差异较大,遗传多样性较高,表明供试菌株在DNA分子水平上存在比较显著的遗传变异。利用紫外分光光度法测定了纤维素酶活性,并采用SPSS软件进行了酶活力差异显著性分析。结果显示:供试的14株银耳菌株纤维素酶活大小在1.300～0.922间,纤维素酶活性很低,酶活力差异显著,且与地理来源无...
[期刊] 华北农学报
[作者]
张丽 滚双宝 雷天云 刘丽霞 秦大伟 赵世峰
为了在分子水平上探讨马鹿的遗传多样性和系统发育,对我国5个马鹿群体43头马鹿mtDNA Cytb基因全序列进行了分析。结果表明:5个马鹿群体mtDNA Cytb基因全序列中A、T、G、C含量没有明显差别;多态位点占分析位点的7.63%,天山马鹿和塔里木马鹿的单倍型比例分别为100%,50%,单倍型多样度(Hd)分别为(1.000±0.218),(0.700±0.096),核苷酸多样度(Pi)分别为0.00333,0.00544,平均核苷酸差异数值(K)分别为3.800,6.200,其遗传多样性较丰富。对13个马鹿单倍型序列的系统发生分析表明,我国马鹿有2个母系起源。从GenBank获得33个马...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
马朋 刘萍 李健 李吉涛 陈萍
采用PCR扩增技术对脊尾白虾的莱州湾、海洲湾、象山湾的3个野生群体共计62个个体的线粒体COI基因片段进行扩增和测序,获得长度为658bp核苷酸序列。62条序列T、C、A、G和A+T的平均含量分别为31.53%、22.63%、27.30%、18.53%和58.83%,A+T含量显著高于G+C含量,这一结果与甲壳类、双壳贝类等的COI线粒体基因片段中的观察结果相似。通过统计变异位点、核苷酸多样性指数和平均核苷酸差异数进行基因序列变异分析。AMOVA分析表明,3群体间总遗传分化系数Fst=0.3611(P<0.01),群体间存在较高的遗传分化,其中象山湾群体与莱州湾群体之间的遗传分化系数最高,莱州...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
魏旭东 刘瑞林 李瑞哲 张卫忠 王启辉 赵海明 郭卫兴 许正全 尕藏当周 韩赟 雷初朝 马志杰
【目的】从全线粒体基因组水平探究柴达木牛的母系遗传多样性、群体结构及与其他黄牛品种间的遗传关系。【方法】采用全基因组重测序技术对60头柴达木牛进行重测序,获取每个个体的线粒体全基因组全序列,并从Gen Bank下载已公布的我国5个北方黄牛品种(即蒙古牛、西藏牛、哈萨克牛、延边牛和安西牛)和2个国外培育品种(荷斯坦牛和日本和牛)的共129条线粒体全基因组相应序列进行综合分析,以揭示柴达木牛线粒体基因组遗传变异,明确其母系遗传多样性水平、群体遗传结构组成、母系遗传背景及与我国北方部分地方黄牛品种、国外培育品种间的遗传关系。【结果】(1)60头柴达木牛线粒体全基因组序列比对分析共发现346个多态位点,其中单一多态位点51个,简约信息位点295个;根据序列间核苷酸变异共确定37种单倍型(H1～H37)。遗传多样性分析显示,柴达木牛线粒体基因组单倍型多样度为(0.981 0±0.006 0),核苷酸多样度为(0.003 3±0.000 2),提示其拥有丰富的母系遗传多样性。(2)系统发育分析表明,柴达木牛拥有普通牛和瘤牛2大母系支系,且以普通牛T支系为主,拥有T1、T2、T3、T4、I1和I2共6种亚单倍型组,提示柴达木牛拥有普通牛和瘤牛血统,有两个母系起源。(3)群体遗传分化分析表明,柴达木牛与蒙古牛、西藏牛、哈萨克牛、延边牛、日本和牛遗传分化程度均很弱,而与安西牛、荷斯坦牛达到中等遗传分化程度。(4)聚类分析显示,柴达木牛与蒙古牛聚类关系最近,与西藏牛、哈萨克牛、安西牛、延边牛聚类关系相对较近,与日本和牛、荷斯坦牛聚类关系较远,其聚类结果与分化程度基本一致。【结论】柴达木牛拥有丰富的母系遗传多样性,由普通牛和瘤牛两个母系支系组成,含有T1、T2、T3、T4、I1和I2共6种亚单倍型组,推测其有2个母系起源。柴达木牛与蒙古牛亲缘关系最近,与西藏牛、哈萨克牛、延边牛、安西牛遗传关系较近,而与日本和牛、荷斯坦牛遗传关系较远。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
关统伟 赵辉平 骆玉林 向文良 车振明
应用纯培养手段和基于16S rRNA基因序列的系统发育分析,对分离至杏鲍菇培养料中的可培养细菌多样性进行了研究。结果表明,获得的7株细菌可归为细菌域内的5个科(Thermaceae、Pseudonocardineae、Enterobacteriaceae、Paenibacillaceae和Bacillaceae)、7个属(Geobacillus、Bacillus、Brevibacillus、Enterobacter、Serratia、Thermus和Pseudomonas)。多数菌株属于Bacillus菌属(36.7%)和Thermus菌属(28.2%),它们是杏鲍菇菌袋培养料中的优势细菌类群...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
刘杰 汪玲玲 汪恩涛 李颖 陈文新
【目的】了解中国北方地区花生根瘤菌的多样性状况。【方法】采用16SrDNAPCR-RFLP、16S～23SIGSPCR-RFLP和16SrRNA基因的序列分析方法对分离自河北地区的58株花生根瘤菌以及Rhizobium、Agrobacterium、Sinorhizobium、Mesorhizobium和Bradyrhizobium的参比菌株进行系统发育多样性比较分析。【结果】16SrDNAPCR-RFLP方法在细菌属水平上聚群良好;而16S～23SIGSPCR-RFLP则适于属和种水平上的聚群。3种方法在系统发育上得到基本一致的结果。其中有38株花生根瘤菌是与Bradyrhizobium关系密...
关键词：
花生根瘤菌 系统发育多样性 河北
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
陈文新
[期刊] 中国农业科学
[作者]
张涛 郑家奎 徐建第 蒋开锋 吴先军 汪旭东
【目的】研究香稻品种的遗传多样性。【方法】利用分布于12条水稻染色体上的60个SSR引物和22个水稻功能基因标记检测了32个香稻品种的遗传多样性。【结果】60对SSR引物共检测出188个等位基因,其中有效等位基因数126个。每对引物等位基因数在2～6之间,平均为3.13个。多态性信息含量(PIC)变幅为0.116～0.744,平均为0.467±0.175。32个品种间的遗传相似系数在0.51～0.96之间,平均为0.697。聚类分析将32个香稻品种在遗传相似系数0.58处分为籼、粳两类,分类结果与品种系谱分析比较吻合。【结论】SSR分子标记在香稻品种遗传多样性分析和育种应用方面具有重要价值。功...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
应正河 林衍铨 马璐 江晓凌
对4个绣球菌栽培菌株进行遗传多样性和亲缘关系RAPD和SRAP分析,筛选出了15个扩增谱带清晰、多态性好的RAPD和SRAP引物,获得31条明显的多态性条带,聚类分析结果表明,遗传相似系数变异范围为0.15~1.00,遗传差异较大,相似系数为0.79时,4个菌株聚为3个群,相似系数为1.00时,菌株SpA和菌种SpD未能分开。
关键词：
绣球菌 遗传多样性 RAPD SRAP
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
许莎莎 唐峰华 任慧敏 李治洪 何利军
通过测定东印度洋北部、赤道、南部3个鸢乌贼(Sthenoteuthis oualaniensis)群体的线粒体DNA细胞色素b(Cytb)基因序列,分析了东印度洋鸢乌贼的系统发育关系。研究表明,东印度洋鸢乌贼整体具有高单倍型多样性(h=0.939)和高核苷酸多样性(π=0.015)。3个鸢乌贼群体间的F_(st)值为0.661,群体间遗传分化水平很高,具有明显的遗传分化现象,可分为以东印度洋北部群体为主的谱系1(东印度洋北部谱系)和主要由东印度洋赤道与南部群体组成的谱系2(东印度洋南部谱系),且谱系2经历过群体扩张。东印度洋巨大的南北水文差异可能是鸢乌贼产生南北谱系分化的原因,在东印度洋鸢乌贼资源的利用和管理方面应考虑南北谱系的差异和特点。
[期刊] 水产学报
[作者]
安苗 周其椿 曹恒源 郭健康
分布于贵州省普安县青山镇和威宁县草海的鲫，系喀斯特山区彼此隔离的２个地理群体，为探明其遗传结构，探讨彼此间系统关系及遗传分化情况，本研究对其ｍｔ ＤＮＡ Ｄ－ｌｏｏｐ区进行测序分析。结果显示：普安鲫有９１９和９２１～９２７ｂｐ ８种序列长度类型，分属２７种基因型和１４种单倍型；草海鲫有９２３～９２５ｂｐ ３种序列类型，分属１１种基因型和６种单倍型；序列差异因碱基替换和缺失／插入不同所致。普安鲫是银鲫和鲫指名亚种及其所含３个亚类群的混生群体；草海鲫为鲫指名亚种２个亚类群的混合群体。普安鲫及其指名亚种群体遗传多样性水平中等，草海鲫及其指名亚种群体遗传多样性偏低，普安的银鲫群体遗传多样性水平极低。研．．．
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