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[期刊] 中国水产科学
[作者]
张菁 陆仁后 邱涛
采用人工合成的 6个串联重复寡聚核苷酸单引物 ,以及 2个加锚的二核苷酸引物 ,利用SPAR和ASSR技术 ,对中华绒螯蟹 (Eriocheirsinensis)基因组进行PCR扩增 ,结果发现 ,对于GC含量丰富的三、四核苷酸引物如(CGA) 5、(GACA) 4 ,在不同退火温度的PCR反应中 ,都能扩增出清晰的条带 ,可以作为PCR扩增引物 ;反之 ,GC含量
[期刊] 中国水产科学
[作者]
贾智英 梁利群 孙效文
采用小片段克隆法构建了方正银鲫[(Carassius auratus gibelio(Block)]部分基因组文库,并采用非影印的方法将转化子转移到硝酸纤维素滤膜上。用人工合成、并经放射性同位素[γ-32P]ATP标记的(CA)15探针对构建的基因组文库进行筛选,获得137个阳性克隆,经测序得到微卫星序列130个,其中完美型、非完美型、混合型分别占64.3%、16.9%和18.8%。应用引物设计软件Primer Primer5.0进行引物设计,得到引物103对。合成30对引物,随机选取其中5对进行PCR扩增。结果表明,这5对引物均可以稳定扩增,并且观测杂合度均较高
关键词：
雌核发育 银鲫 微卫星DNA
[期刊] 水产学报
[作者]
熊良伟 刘志强 严银龙 邱高峰
为了研究中华绒螯蟹基因组特征及评估基因组扫描方法获得的中华绒螯蟹候选微卫星标记用于构建遗传图谱的可靠性,随机选择60个候选三核苷酸微卫星标记,首先利用中华绒螯蟹一个F1家系双亲及其6个F1子代共8个样品进行PCR扩增验证和多态性检测,随后利用该家系80个子代对多态性微卫星标记的亲子遗传分离类型及连锁关系进行分析。结果显示,42个(70.00%)微卫星位点得到清晰扩增产物,家系中每个检测位点最多检测到4个等位基因,每个检测个体微卫星位点上有1或2个等位基因。42个位点中有5个单态微卫星位点和37个多态微卫星位点,多态位点中有23个位点的子代基因型比为1∶1∶1∶1,11个位点基因型比为1∶1,余...
[期刊] 华北农学报
[作者]
郭光艳 李瑞芬 张敬原 葛荣朝 赵茂林 黄占景 沈银柱
用227对小麦微卫星引物对多枝赖草基因组DNA进行PCR扩增,共有81对引物有扩增产物,占所用引物的35 7%。这81对小麦微卫星引物涉及101个微卫星位点,覆盖了小麦全部7个部分同源群。其中有76对引物可在多枝赖草和中国春及丰抗13间扩增出多态性标记。这说明多枝赖草虽然和普通小麦亲缘关系较远,但小麦SSR引物还是可以在多枝赖草上应用的,这不仅拓宽了小麦微卫星引物的使用范围,更重要的是为使用小麦微卫星引物对普通小麦与多枝赖草远缘杂交种质材料进行深入研究奠定了基础。
关键词：
小麦微卫星引物 多枝赖草
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
胡玉婷 凌俊 江河 汪焕 潘庭双 段国庆 周华兴 杨敏 李彤
为评估奇数年江苏和安徽中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)养殖群体的遗传背景，进而为后续的遗传改良及新品种培育提供科学依据，本研究利用10对微卫星标记分析了6个中华绒螯蟹养殖群体的遗传多样性和遗传结构。结果显示，所有群体的遗传多样性水平都较高且相近(等位基因数N_(a)=16.0～18.4，有效等位基因数N_(e)=10.1～12.4，观测杂合度H_(o)=0.759～0.836，期望杂合度H_(e)=0.897～0.916，多态信息含量PIC=0.870～0.892)。群体间遗传距离D_(n) (0.154～0.277)、遗传分化系数F_(st )(0.001～0.011)均较小，分子方差分析(AMOVA)结果中群体间遗传变异仅占0.47%，一致表明群体间不存在显著遗传分化。群体间系统发育树显示，6个养殖群体具有共同的祖先型，高淳群体与其他群体亲缘关系最远，结合其高的遗传多样性水平，高淳群体可作为选育基础群之一。Structure遗传结构分析显示，每个养殖群体的遗传组成多样且比例近似，结合近交系数和瓶颈效应分析表明，中华绒螯蟹养殖群体存在较大程度的外源种质混杂。综上，苏皖地区中华绒螯蟹养殖群体遗传多样性仍然较高，具有潜在的开发与利用价值，但其可能存在种质混杂，在开展后续的良种选育时，需对养殖群体进行进一步的研究，提纯种质，使其种质资源得到合理的可持续性利用。
关键词：
中华绒螯蟹 遗传多样性 微卫星 养殖群体
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
毛瑞鑫 鲁翠云 刘福军 赵莹莹 谷晶晶 常玉梅 梁利群 孙效文
利用磁珠富集和放射性杂交相结合构建了中华绒螯蟹基因组微卫星文库。并利用生物素标记的(GA)12探针进行微卫星片段的富集。将得到的片段与pGEM-T载体连接后转入DH5α大肠杆菌中,然后利用γ-32P同位素标记的(GA)12探针进行第二次筛选。结果共获得微卫星基因组文库1 500个菌,杂交前菌落PCR检测阳性克隆率为62.5(;杂交后得到的阳性克隆为447个,占29.8(。经测序,有248个克隆含有重复次数大于5次的微卫星序列。在得到的微卫星序列中,重复单元除GA/CT外,还观察到三碱基、四碱基重复单元。根据侧翼序列设计引物164对,选择合成50对,通过优化PCR反应条件,结果有21对引物可扩增...
关键词：
中华绒螯蟹 微卫星 磁珠富集
[期刊] 水产学报
[作者]
冯建彬 马克异 李家乐 华雪铭 丁怀宇
采用(CT)15、(CA)15两种生物素标记及磁珠富集法构建了太湖日本沼虾基因组微卫星富集文库。120个微卫星克隆中83个位点的核心序列重复在10个以上,长度介于191～580bp,平均为311bp;重复类型中,(CA/GT)n及(AG/TC)n分别占59.09%及20.45%,还检测到(GC)n、(AAG)n、(ACAA)n和(GGCAGA)n等17种类型,包括25.75%完美型、20.45%非完美型和53.80%复合性。用其中12条微卫星引物扩增吴江、滨湖、宜兴和吴兴4个群体240个个体的基因组DNA,各位点表现出较高的遗传多样性,除Mni86、Mni103和Mni114外,其它群体位点大...
关键词：
日本沼虾 微卫星引物 筛选 遗传多样性
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
郝君 孙效文 孟雪松
用红鳍东方(Takifugu rubripes)微卫星标记对两个不同群体红鳍东方的DNA多态性进行分析。经20对引物的扩增,得到每个个体的微卫星片段,其中16对引物能扩增出较好的谱带。用2%的琼脂糖凝胶电泳检测微卫星标记的PCR扩增产物,并对扩增结果进行了统计分析。计算得到两个群体的平均等位基因数分别为1.875 0和2.437 5;多态信息含量(PIC)平均值分别为0.275 1和0.379 4;平均杂合度观测值分别为0.025和0.200。统计结果初步表明两个不同群体平均杂合度较低,遗传多态性不高。
关键词：
红鳍东方鲀 微卫星 多态性 DNA
[期刊] 水产学报
[作者]
韩智科 刘萍 李健 高保全 陈萍
采用微卫星标记技术分析不同世代三疣梭子蟹选育家系的遗传结构。利用16个多态性微卫星位点分析了三疣梭子蟹家系F1到F4 4个选育家系的遗传结构与遗传多样性变化情况。结果显示,随着选育的进行,4个世代家系遗传多样性指标值逐渐下降,F1到F4 16个微卫星位点的平均多态信息含量从0.675 3下降到0.406 1,平均等位基因数从3.500 0下降到2.133 3,平均观测杂合度从0.643 5下降到0.4774,平均等位基因纯合率从0.566 9下降到0.402 4。对各个位点进行H-W检验,每个世代出现不同程度的平衡偏离。对各家系进行F-检验,结果表明,各家系存在不同程度的遗传分化,19.07%...
关键词：
三疣梭子蟹 选育家系 微卫星 遗传多样性
[期刊] 中国水产科学
[作者]
宋来鹏 刘萍 李健 刘振辉
对三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)部分基因组DNA文库测序,获得了总长度为622409个碱基的基因组DNA序列,从中找到微卫星重复序列(1~6bp重复)697个。统计微卫星重复类型,以两碱基重复数目最多,为445个,占微卫星序列总数目的63.84%;其次是三碱基重复152个,占21.81%;再次分别是单碱基重复45个,占6.46%;四碱基重复31个,占4.45%;五碱基重复14个,占2.01%;六碱基重复10个,占1.43%。在单碱基重复类型中,重复拷贝类别全部为A;两碱基重复类型中,AG重复数目最多,其次是AC和AT;三碱基重复类型中以ACT最多,其次是AGG和...
关键词：
三疣梭子蟹 基因组 微卫星
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
刘汝 许强华
采用磁珠富集法筛选三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)的微卫星序列。经Sau3AI酶切后的200～1000bp DNA纯化片段,与两端已知序列的人工接头连接,用含有生物素标记的(CA)12和(GA)12探针杂交,根据磁珠的链酶亲和素与生物素特异结合的特性,捕获含微卫星序列的单链DNA,以此为模板用人工接头序列为引物进行PCR扩增,随后将获得的片段连接到PMD18-T载体上,转化至DH5α感受态细胞中,成功构建了微卫星富集文库。测序其中的60个阳性克隆,得到42条微卫星序列(基因登录号为:HQ283153-HQ283194),除探针使用的CA/GT、GA/CT重复外,还...
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
文亚峰 韩文军 周宏
杉木是我国南方重要的用材林树种,但其分子标记开发滞后于其他树种。文章利用种(属、科)间扩增法,从来源于黑松、日本柳杉等的21个叶绿体微卫星(SSR)位点中为杉木筛选适合的标记。结果表明:候选标记位点中有10个能够成功扩增,其中2个位点(CJCP1m_004和CJCP2m_002)具有多态性,其单倍型数量(A)分别为2和6,多样性指数(H)为0.233和0.733。多态性位点的单倍型序列分析结果表明,源于日本柳杉的CJCP2m_002在杉木中属高变异位点,其SSR重复单元类型为(AT)n··(T)n,不同于来源物种的重复单元类型(AT)n。筛选得到的叶绿体微卫星(SSR)标记在杉木分子遗传学研究...
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
朱翔杰 周冰峰 吴显达 徐新建 夏晓翠
为研究福建中华蜜蜂的遗传多样性及其种群的遗传分化,采用5个微卫星DNA分子标记测定了福建11个样点的607只中华蜜蜂,结果表明,永定中华蜜蜂遗传多样性最低,其次为武夷中华蜜蜂,平均杂合度分别为0.3771和0.4535.其他各样点中华蜜蜂遗传多样性水平均为中度多态,平均杂合度在0.5040-0.5540之间.福建中华蜜蜂遗传分化结果表明,武夷与政和中华蜜蜂,将乐、武平与光泽中华蜜蜂,尤溪与福州中华蜜蜂在该5个微卫星位点上未发生明显分化,分化系数小于0.01;龙岩、永定、漳州和宁德4个样点中华蜜蜂各具显著独特的遗传结构,与其他样点分化明显.
[期刊] 水产学报
[作者]
丁海燕 朱明 彭冲 林根妹 汤志宏 王亚梅 杨官品
为有效管理和合理利用我国的泥鳅资源,用6个微卫星标记分析了安徽(AH)、甘肃(GS)、广东(GD)、广西(GX)、黑龙江(HLJ)、江苏(JS)和重庆(CQ)7个泥鳅群体的遗传多样性。6个微卫星摘自泥鳅微卫星连锁图谱,不存在连锁不平衡,在HLJ群体中处于哈代-温伯格平衡,适用遗传多样性分析。结果发现,6个微卫星共检测到69个等位基因,每位点7~16个,有效等位基因数(Ne)3.0~5.5个,观察杂合度为0.202~0.408,期望杂合度为0.673~0.820,揭示的多样性信息含量(PIC)在0.643~0.796。研究表明,7个泥鳅群体遗传多样性丰富。群体间遗传分化系数(Fst)达到0.49...
关键词：
泥鳅 微卫星 遗传多样性
[期刊] 水产学报
[作者]
丁怀宇 姜虎成 冯建彬 孙骥 李家乐
利用磁珠富集法筛选了河蚬10对中高度多态性的微卫星引物,并分析了洪泽湖河蚬4个野生群体的遗传结构。结果表明,每个群体至少有4个位点经Bonferroni校正后显示杂合不足,显著偏离了Hardy-Weinberg平衡(P<0.013);4个群体平均期望杂合度均大于0.752,显示出较高的遗传多样性水平,蒋坝、临淮群体遗传多样性高于高良涧和老子山群体;突变-漂移平衡分析结果显示,4个群体在IAM模型下偏离了突变-漂移平衡,高良涧群体在TPM模型下偏离了突变-漂移平衡,且表现杂合过剩,说明少数群体即将或曾经经历瓶颈效应,群体数量已出现波动;群体间AMOVA分析表明,洪泽湖河蚬群体间遗传分化程度较低(...
关键词：
河蚬 微卫星 遗传结构 洪泽湖
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