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[期刊] 水产学报
[作者]
高天翔 张秀梅 渡边精一
参考果蝇和蚤状的线粒体DNA 12SrRNA序列进行了中华绒螯蟹与日本绒螯蟹的线粒体DNA12SrRNA基因片段的引物设计、PCR扩增及序列测定。两种的碱基序列长度相同 ,为 45 7bp ,其A、T、G、C含量相似 ,分别为 15 9bp (34.79% )、177bp (38.73 % )、5 1bp (11.16 % )、70bp (15 .32 % )和15 9bp(34.79% )、178bp(38.95 % )、5 0bp(10 .94% )、70bp(15 .32 % )。中华绒螯蟹与日本绒螯蟹间有 5处碱基序列差异 ,在 98bp、15 1bp、317bp和 417bp碱基处...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
高天翔 吉崎悟朗 渡边精一
首次进行了中华绒螯蟹（ Ｅｒｉｏｃｈｅｉｒ ｓｉｎｅｎｓｉｓ）线粒体 ＤＮＡ １２ＳｒＲＮＡ的序列分析。参考果蝇、蚤状溞序列对中华绒螯蟹线粒体ＤＮＡ １２ＳｒＲＮＡ基因片段做了引物设计、ＰＣＲ扩增及序列测定，结果得到 ４５７ ｂｐ的碱基序列，其Ａ、Ｔ、Ｇ、Ｃ含量分别为 １５９ｂｐ（３４．７９％）、１７７ｂｐ（３８．７３％）、５１ｂｐ（１１．１６％）、７０ｂｐ（ １５． ３２％），与果蝇、蚤状溞的相同基因片段的序列含量基本相似。
[期刊] 水产学报
[作者]
高天翔 王玉江 刘进贤 渡边精一 伏屋玲子
对采自泰国、马达加斯加和日本各地的青蟹属的3种青蟹Scyllaserrata(Forskl)、S.oceanica(Dana)和S.tranquebarica(Fabricius)的线粒体12SrRNA基因片段序列进行了测定,分析研究了其种间遗传差异及系统发育关系。研究结果显示:S.serrata、S.oceanica及S.tranquebarica在12SrRNA基因片段上存在长度差异,3种青蟹的序列长度分别为422bp、426bp、425bp;种内个体间无序列差异或差异极小,种间序列差异远大于种内差异。以日本虫寻和底栖短桨蟹为外群,采用距离法和最大简约法重新构建了3种青蟹的分子系统树,得到...
[期刊] 水产学报
[作者]
陈合格 刘文彬 张轩杰
对中华鳖和砂鳖线粒体DNA12SrRNA基因进行了引物设计、PCR扩增、序列测定和PCRRFLP分析。研究结果表明:中华鳖、砂鳖线粒体DNA12SrRNA基因片段的碱基序列长度相同,均为562bp,其A、T、C、G含量相似,分别为209个(37.2%)、121个(21.5%)、145个(25.8%)、87个(15.5%)和207个(36.8%)、120个(21.4%)、145个(25.8%)、90个(16%)。两序列间共有13处碱基不同,序列差异率为2.31%,中华鳖与砂鳖各自个体间的平均核苷酸序列差异率分别为0.53%和0.36%,种间差异显著;用内切酶MspI酶切两种鳖的12SrRNA基因...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
李瑶瑶 刘云国 刘晓玲 刘凌霄 马超
东北亚地区不同地理种群魁蚶(Scapharca brouhtonii)的分类学地位仍存在较大争议。为探讨魁蚶中国群体的分类地位,测定了魁蚶中国群体线粒体基因组COⅠ和12S rRNA序列,并从GenBank中下载了蚶科26种贝类的同源序列进行分析。以贻贝科的贻贝(Mytilus edulis)为外群,用邻近法和最大简约法构建了蚶科贝类的分子系统进化树,分析其分子系统进化关系和分类等级。结果显示,魁蚶中国群体的COⅠ和12S rRNA基因的碱基组成、密码子使用率及变异位点等与魁蚶日本群体和粗饰蚶属的Anadara sativa相似,且遗传距离很小,进化树中聚为一支,亲缘关系很近,初步确定魁蚶中国群体的分类地位和魁蚶日本群体一致。本研究结果初步阐明了魁蚶中国群体的分子系统进化地位,有利于掌握魁蚶的遗传背景和资源状况,以应用于自然资源的保护和推动养殖业的发展。
[期刊] 海洋渔业
[作者]
王晓谕 彭祖焜 朱久阳 黄开 朱国平 王丛丛
南极鱼亚目鱼类种类繁多，且同科鱼类在外形特征上相似，为了对其进行准确的物种鉴定，本研究收集了101尾南极鱼类，利用DNA条形码技术，从分子水平分析南极鱼亚目鱼类间的系统进化关系，并验证了12S rRNA基因作为DNA条形码对南极鱼亚目鱼类物种鉴定的适用性，为南极鱼亚目鱼类的分类鉴定和保护提供科学依据。结果表明，采集的101尾鱼类包括3科13属13种南极鱼类，13种南极鱼类的种间平均遗传距离为0.0391，是种内平均遗传距离的11.7倍，符合作为DNA条形码的基本要求。NJ进化树拓扑结构显示，除了头带冰鱼(Chaenocephalus aceratus)和眼斑雪冰鱼(Chionodraco rastrospinosus)，其余序列均能形成独立的单支，同科物种聚类在一支上，具有较高的节点支持率。综上所述，基于线粒体12S rRNA基因的DNA条形码能够对南极鱼亚目鱼类进行准确的物种鉴定，在科的水平上展现出清晰的系统进化关系。
[期刊] 水产学报
[作者]
刘萍 段亚飞 毛智超 李吉涛 高保全 李健
为研究中华虎头蟹野生群体的种质资源及遗传多样性状况,采用PCR扩增获得中华虎头蟹线粒体DNA的16S rRNA和COⅠ基因片段,分别对其进行序列比较及系统进化分析。16S rRNA和COⅠ基因片段的A+T平均含量分别为67.7%和61.4%,A+T含量显著高于G+C含量。长度为515 bp的16S rRNA基因片段共检测出单倍型4种,多态性位点4个,均为单一变异位点;长度为653 bp的COⅠ基因片段共检测出单倍型11种,多态性位点23个,其中简约信息位点5个和单一变异位点18个。COⅠ基因片段比16S rRNA基因片段具有较大的变异,更适于中华虎头蟹种群的遗传多样性分析。基于16S rRNA...
[期刊] 水产学报
[作者]
周发林 江世贵 姜永杰 黄建华 马之明
对中国南海海域5个斑节对虾野生群体三亚群体(SY)、深圳群体(SZ)、阳江群体(YJ)、湛江群体(ZJ)、北海群体(BH)——100个样品的16S rRNA序列进行PCR扩增,并对扩增产物进行了测序。用CLUSTAL_X排序软件对测序所得的100个16S rRNA序列进行比对。通过ARLEQUIN软件对所得100个16S rRNA序列进行比较分析,共检测出28个变异位点,19种单倍型。三亚、深圳、阳江、湛江以及北海等5个野生群体的核苷酸多样性(π)依次分别为0.004 35,0.005 86,0.010 50,0.010 81,0.011 68。三亚、深圳、阳江、湛江以及北海等5个野生群体的单...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
王鹭骁 柯才焕 王志勇 刘波 蔡明夷 王艺磊
用PCR技术克隆耳鲍(Haliolis asinina)、羊鲍(H.ovina)和多变鲍(H.varia)的线粒体16S rRNA基因的片段,并将PCR产物直接进行测序,得到长度530 bp左右的片段。将这些序列与杂色鲍(H.diversicolor diversicolor)、九孔鲍(H.diversicolor supertexte)、大鲍(H.gigantea)、盘鲍(H.discus discus)、皱纹盘鲍(Haliotis discus hannai)等5种鲍的相应片段进行序列比较。结果表明,不同种鲍间16S rRNA基因的序列同源性较高,同源性范围为87.36%~90.77%,这...
[期刊] 水产学报
[作者]
毛智超 段亚飞 刘萍 李健 陈萍
为调查研究哈氏仿对虾浙江象山群体的种质资源、物种间的亲缘关系及遗传多样性状况，采用ＰＣＲ扩增获得哈氏仿对虾线粒体ＤＮＡ的１６Ｓ ＲＲＮＡ和ＣＯⅠ基因片段，分别对其进行序列比较和系统进化分析。１６Ｓ Ｒ ＲＮＡ基因片段的Ｔ、Ｃ、Ａ和Ｇ的含量分别是３５．７６％、１９．４８％、２６．７４％和１７．８８％；ＣＯⅠ基因片段的Ｔ、Ｃ、Ａ和Ｇ的含量分别是３５．３６％、１２．６８％、３０．５４％和２１．４３％；Ａ＋Ｔ含量显著高于Ｇ＋Ｃ含量。１６Ｓ ＲＲＮＡ基因片段长度为５５８ ｂＰ，共检测出１种单倍型，没有多态性位点；ＣＯⅠ基因片段长度为６８８ ｂＰ，共检测出７种单倍型，６个多态性位点。ＣＯⅠ基因片段比１６Ｓ．．．
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
高俊娜 刘萍 李健 潘鲁青 高保全 陈萍
采用PCR扩增技术对三疣梭子蟹日本北海道群体、韩国东海岸群体和我国山东即墨市会场村群体3个野生群体的16S rRNA和COI基因片段进行了扩增和测序,分别得到了长度为523和658bp的片段。通过统计变异位点、平均核苷酸差异数和核苷酸多样性指数,分析比较了不同群体间的序列差异和遗传多样性水平。结果显示,我国会场三疣梭子蟹野生群体的遗传多样性水平较低。用MEGA4.0软件中的NJ法构建的分子进化树,基于16S rRNA片段构建的NJ系统树所反映的分类关系与基于COI基因片段构建的系统树并不一致,主要不同在于与日本蟳的分类关系上,基于16S rRNA基因片段构建的NJ系统树显示梭子蟹科的3个属聚为...
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
牛东红 李家乐 汪桂玲 姜志勇 张文博 沈玉帮 冯冰冰
采用PCR技术扩增了缢蛏线粒体DNA的16SrRNA基因片段,PCR产物经纯化、测序、同源序列比对获得长度为440bp的核苷酸序列。利用16SrRNA基因片段分析了江浙沪地区三个野生群体(江苏射阳、上海崇明、浙江象山)和三个养殖群体(江苏射阳、上海奉贤、浙江象山)的遗传多样性,共检测到了19个单倍型和41个核苷酸多态位点。序列分析结果显示,三个野生群体之间出现了明显的遗传分化,其中崇明群体遗传多样性最高,其次为射阳群体,象山群体遗传多样性最低,表明崇明群体未受到养殖群体基因的污染。在养殖群体之间则没有达到遗传分化,且单倍型混杂,聚类结果显示与象山野生群体亲缘关系最近,这表明长期的养殖过程在一定...
[期刊] 海洋水产研究
[作者]
童馨 杜博 喻达辉 龚世园 郭奕惠 黄桂菊 李莉好
PCR扩增100个浅色黄姑鱼个体的线粒体16SrRNA基因片段序列,得到大约620bp的扩增产物。将其中5个个体的扩增产物进行测序和同源比对,得到468bp可供比对分析的片段。比对结果表明,5条序列包括两个单倍型,两个单倍型之间有1个碱基突变。PCR-RFLP分析结果显示,两个种群的100个样品中98%的个体为其中一种单倍型,只有2%的个体呈另一种单倍型,表明这两个种群的遗传多样性较低。两个单倍型平均碱基组成为:T22.0%,C26.3%,A29.8%,G21.9%,GC含量平均为48.2%。与GenBank中石首鱼科7属9种的11条同源序列比对,得到429个比对位点,其中包括69个简约信息位...
[期刊] 水产学报
[作者]
吴仁协 李超 刘静
为探讨鲳亚目鱼类的系统进化关系,通过测定中国沿海8种鲳亚目鱼类的线粒体16SrRNA基因部分序列,并结合GenBank上其他鲳亚目鱼类的同源序列,对其序列变异和分子系统进化树进行分析。结果表明,鲳亚目5科13属32种鱼类的16S rRNA基因序列的碱基组成为T 22.2%、C 24.5%、A 30.0%、G 23.3%;科间遗传距离为0.060～0.120,属间遗传距离为0.009～0.125,种间遗传距离为0.000～0.163;长鲳科位于系统进化树的基部,鲳科的鲳属处于系统进化树的顶端,无齿鲳科、方尾鲳科、双鳍鲳科与鲳科的低鳍鲳属和真鲳属聚类。结合形态学研究结果,认为:长鲳科是鲳亚目中最先...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
马春艳 马凌波 倪勇 沈盎绿 张永 张凤英 赵云龙
对6种棱鳀属(ThryssaCuvier1829)鱼类共21个个体的16SrRNA基因进行PCR扩增,经比对校正得到572bp的基因片段,共检测到8个单倍型,棱鳀属6个种所有单倍型之间共存在8个插入/缺失;此外有99个变异位点,其中简约信息位点87个;多态位点比例为17.3%;序列中转换多于颠换,转换/颠换之比为1.6;A+T含量(53.6%)明显高于C+G含量(46.4%),序列表现出明显的T偏倚。基于Kimura双参数法,计算的种间遗传距离介于0.4%[黄吻棱鳀(T.vitrirostris)与中颌棱鳀(T.mystax)]到11.33%[黄吻棱鳀与赤鼻棱鳀(T.kammalensis)]...
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