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[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
范元婵 王杰 孙明会 吴鹰 余岢骏 王心蕊 叶亚萍 钱加珺 张凯遥 王思懿 陈大福 郭睿
为获得东方蜜蜂微孢子虫(Nosema ceranae)的NCRBL-081基因序列,并对NCRBL-081编码蛋白进行预测和分析。本研究利用RT-PCR克隆NCRBL-081基因,利用相关生物信息学工具对NCRBL-081编码蛋白进行预测。结果表明:NCRBL-081共含有630个核苷酸,可编码含209个氨基酸的亲水性蛋白;NCRBL-081编码蛋白含有1个信号肽,6个明显的丝氨酸,5个酪氨酸磷酸化位点及1个跨膜结构域;该蛋白含有20.10%的α螺旋,8.61%的β折叠,25.84%的延伸链及45.45%的无规卷曲,且具有Ⅱ型核糖体失活蛋白家族的典型特征;同一个微孢子虫物种的不同RBL蛋白之间进化距离较近,而不同微孢子虫物种的RBL蛋白之间进化距离较远;东方蜜蜂微孢子虫的NCER_100581与AAJ76_100008081之间亲缘关系较近。研究结果解析了东方蜜蜂微孢子虫NCRBL-081的序列,并揭示了东方蜜蜂微孢子虫NCRBL-081编码蛋白的分子特征,可为后续功能探究提供依据。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
郭睿 张凯遥 张佳欣 郭思佳 张浩宇 何旭江 赵红霞 付中民 陈大福
对东方蜜蜂微孢子虫RCDP 42基因进行分子克隆，并通过生物信息学解析RCDP 42蛋白的分子特性，进而对东方蜜蜂微孢子虫和其他物种的RCDP 42蛋白进行保守基序和结构域预测及分析。结果表明，成功克隆到东方蜜蜂微孢子虫RCDP 42基因的CDS区，RCDP 42基因在孢子中真实表达，含有540个核苷酸，可编码179个氨基酸；RCDP 42蛋白的分子质量约为20.3 ku,分子式为C_(915)H_(1416)N_(230)O_(274)S_(10),脂溶系数为86.03,等电点为6.57;包含的亲水氨基酸数量多于疏水氨基酸，但不含信号肽与跨膜结构域，说明RCDP 42可能为亲水性蛋白、胞内蛋白和非跨膜蛋白，可能包含16个磷酸化位点、63个α-螺旋、43条延长链、11个β-转角及62个无规则卷曲。在东方蜜蜂微孢子虫、蚱蜢脑炎微孢子虫和肠脑炎微孢子虫的RCDP 42蛋白中均鉴定到3个保守基序(motif 1、motif 2和motif 3)与1个结构域(Rho)。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
张凯遥 赵浩东 张艺琼 赵萧 高旭泽 邹培缘 张奎昊 陈大福 郭睿 牛庆生
[目的]对前期鉴定所获得的东方蜜蜂微孢子虫的nce-miR-11248进行表达和序列验证,预测、分析其靶基因,并检测nce-miR-11248及其靶基因在东方蜜蜂微孢子虫侵染意大利蜜蜂工蜂过程中的表达谱,为进一步开展nce-miR-11 248调控东方蜜蜂微孢子虫侵染的功能及作用机制研究提供参考。[方法]利用Stem-loop RT-PCR和Sanger测序验证nce-miR-11248的真实性;利用相关生物信息学软件预测nce-miR-1 1248的靶基因,并分析其编码蛋白的分子特性;使用MEME和TBtools软件预测SGT1蛋白的保守基序和结构域,通过Mega 11.0软件进行氨基酸序列多重比对,采用邻接法构建系统进化树。采集东方蜜蜂微孢子虫孢子侵染1,2,4,6和8 d的意蜂工蜂中肠组织,采用RT-qPCR检测nce-miR-11248及其靶基因SGT1的表达谱。[结果]nce-miR-11248在东方蜜蜂微孢子虫孢子中真实存在,其序列长度为25 bp。nce-miR-11248的靶基因为SGT1。SGT1蛋白分子式为C_(765) H_(1213)N_(195)O_(241)S_4,分子质量约为17.10 ku,脂溶系数为82.67,等电点为5.50,亲水系数为-0.709,不含典型的信号肽和跨膜结构域,可同时定位于细胞核、线粒体和过氧化物酶体。东方蜜蜂微孢子虫、家蚕微孢子虫、泛胞虫、肠脑炎微孢子虫和蚱蜢脑炎微孢子虫的SGT1中均含有4个保守基序(Motif 1、Motif 2、Motif 3和Motif 4)和1个结构域(SGT1超家族结构域)。东方蜜蜂微孢子虫、家蚕微孢子虫、肠脑炎微孢子虫和蚱蜢脑炎微孢子虫的SGT1聚为一支,且东方蜜蜂微孢子虫与家蚕微孢子虫的SGT1进化距离最近。相较于侵染东方蜜蜂微孢子虫后1 d,侵染后2,4,6和8 d nce-miR-11248的表达量均显著下调(P
[期刊] 中国农业科学
[作者]
眭顺照 李琳莉 祝钦泷 马婧 李名扬
【目的】克隆蜡梅凝集素基因并研究其抗蚜虫和抗蛞蝓活性,为植物抗虫基因工程提供理论依据和试验材料。【方法】通过随机挑选克隆测序的方法,从蜡梅花cDNA文库中克隆蜡梅凝集素基因,并构建植物表达载体,用农杆菌介导的叶盘法转化烟草,并对转基因植株进行抗蚜和抗蛞蝓试验。【结果】从蜡梅花cDNA文库中克隆到了一个凝集素基因CpLEC(GenBank登录号:DQ352145),该基因全长871 bp,ORF框长558 bp,编码185个氨基酸。该基因DNA分析表明其不含内含子。具有单子叶植物甘露糖凝集素基因家族的特征,有2个典型的甘露糖结合位点(QXDXNXVXY),和1个变异的可能结合位点(HXGXNXV...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
沈淑芳 朱玲 李加琦 薛素燕 李阳 陈琼琳 毛玉泽 庄志猛 方建光
通过cDNA末端快速扩增(Rapid amplification of c DNA ends,RACE)技术克隆得到魁蚶(Scapharca broughtonii)C型凝集素(C-type lectin,Sb-Lec1)基因,该基因全长为700 bp,其中,5′-UTR为29 bp,3′-UTR为167 bp,开放阅读框长度为504 bp,编码167个氨基酸,包括长度为23个氨基酸的信号肽序列、129个氨基酸的糖识别结构域(CRD)以及参与二硫键形成的6个半胱氨酸。预测蛋白分子量为19.11 k Da,
[期刊] 华北农学报
[作者]
杨在君 刘玲玲 彭正松
为克隆盾叶半夏凝集素基因，并对其功能进行分析。采用ＲＡＣＥ技术从盾叶半夏中克隆得到盾叶半夏凝集素基因的全长ＣＤＮＡ序列，命名为ｐｐｌ。同时，构建了ｐｐｌ基因的原核表达载体，并成功实现了３３ ｋ ＤＡ重组蛋白在Ｅ．Ｃｏｌｉ Ｂｌ２１中的表达。纯化后的重组蛋白ｐｐｌ用于凝血和体外抗癌试验。该基因的全长ＣＤＮＡ序列为１ ５０４ Ｂｐ，其中开放性阅读框（ｏＲＦ）８１３ Ｂｐ，编码２７０个氨基酸，具有３个甘露糖结合识别位点。ｐｐｌ具有凝血活性，这种凝血活性可受甘露糖抑制。ｐｐｌ对人鼻咽癌细胞（ＣＮＥ）、人宫颈癌细胞（ＨＥｌＡ）及人乳腺癌细胞（ＢＣＡｐ－３７）的生长均具有抑制作用，其中对ＨＥｌＡ细胞的抑制．．．
关键词：
盾叶半夏 凝集素 基因克隆 功能分析
[期刊] 华北农学报
[作者]
李明想 柏素花 张玉刚 祝军 戴洪义
以苹果幼叶为试验材料,通过同源克隆和RT-PCR方法分离出B_LECTIN基因家族中的一个基因,命名为MdMBL。分析结果表明,克隆得到的MdMBL长度为1 181 bp,包括20 bp的5'非编码区、81 bp的3'非编码区和一个长度为1 080 bp编码359个氨基酸的开放阅读框,推测该蛋白质分子量为39.76 kDa,其等电点为8.72。在构建的MBL系统进化树中,MdMBL与葡萄的MBL的关系最近,其次为橹豆的MBL,与苹果的MBL2同源基因进化关系最远。相对荧光定量RT-PCR分析表明,MdMBL具有组织特异性,在茎中表达量最高,在花中表达量最低;低温胁迫促使MdMBL表达量升高,M...
[期刊] 华北农学报
[作者]
赵欢
为了克隆掌叶半夏凝集素基因(Pinellia pedatisecta agglutinin,PPA),并对其进行生物信息学分析和亚细胞定位。采用PCR技术扩增掌叶半夏凝集素基因的ORF序列,构建pCAMBIA1300-35S-PPA-e GFP重组载体,导入农杆菌GV3101并在烟草中进行瞬时表达,采用激光扫描共聚焦显微镜观察其亚细胞定位。克隆获得的PPA基因全长由777个核苷酸组成,编码258个氨基酸,含有3个甘露糖结合位点和2个保守的B-lectin结构域,Gen Bank登录号为KF154981,氨
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
张凯遥 冯佩林 宓诗雨 郭思佳 张艺琼 荆欣 陈大福 郭睿 付中民
【目的】通过对东方蜜蜂微孢子虫和其他物种的Rad18-like重组与DNA修复蛋白(Rad18-like recombination and DNA repair protein, RRDRP)进行系统进化分析，为进一步研究其功能提供理论依据。【方法】利用Protparam、ProtScale和SWISS-model等软件分析RRDRP的理化性质、亲水性和三级结构。利用SignalP 4.1 Server、NetPhos 3.1 Server、TMHMM和SOPMA等软件预测RRDRP的信号肽、磷酸化位点、跨膜结构域及二级结构。使用PSORTⅡ软件预测RRDRP蛋白的亚细胞定位。使用MEME软件预测东方蜜蜂微孢子虫和其他物种RRDRP的保守基序。通过Mega 11.0软件对东方蜜蜂微孢子虫和其他物种的RRDRP进行氨基酸序列多重比对，并采用邻接法构建系统进化树。【结果】东方蜜蜂微孢子虫RRDRP基因含有2 928个核苷酸，可编码975个氨基酸，分子质量约11.50 ku,脂溶系数93.58,等电点6.63,分子式C_(5135)H_(8253)N_(1377)O_(1545)S_(34),平均亲水系数为-0.627,可同时定位于细胞核、细胞质、过氧化物酶体和细胞骨架；RRDRP包含55个磷酸化位点、678个α-螺旋、99条延长链、22个β-转角及176个无规则卷曲；RRDRP不含信号肽与跨膜结构域。东方蜜蜂微孢子虫、兔脑炎微孢子虫、颗粒病微粒子虫等11个物种的RRDRP中均含有5个相同的保守基序(Motif 1、Motif 2、Motif 3、Motif 4和Motif 5)。东方蜜蜂微孢子虫与颗粒病微粒子虫在进化树上聚为一支，同源性较高。【结论】东方蜜蜂微孢子虫RRDRP是潜在的亲水性蛋白和胞内蛋白，在东方蜜蜂微孢子虫以及其他微孢子虫和真菌中高度保守。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
任志华 夏娟 刘欢欢 余树民 沈留红 曹随忠 左之才 邓俊良 马晓平
［目的］本试验通过对犬前松弛素原基因的分析推导获得犬松弛素基因序列，为犬松弛素多克隆抗体的制备及临床应用提供理论基础。［方法］以北京犬和吉娃娃新生胎盘、贵宾犬卵巢为材料，分别提取总ＲＮＡ，经ＲＴ－ＰＣＲ扩增，获得犬前松弛素原基因，应用生物信息学方法初步分析犬前松弛素原基因的结构及功能。［结果］完整克隆了从所获样品中扩增到的预期大小目的片段，包含一个５３４ ｂＰ的开放阅读框，编码１７７个氨基酸。扩增片段序列分析结果显示，与ＮＣｂＩ核酸数据库检索的犬前松弛素原的Ｃ ＤＮＡ序列同源性为９９．６％，均有３个核苷酸位点发生改变，从而引起相应氨基酸改变，但并未引起蛋白结构的变化。进化树分析结果显示，所获３．．．
[期刊] 华北农学报
[作者]
于小清 陈段芬
为了探索植物凝集素在分子水平的作用机理,利用RT-PCR技术从中国水仙(Narcissus tazettavar.chinensis)金盏银台中克隆到一个新的编码凝集素的基因。序列分析与预测结果表明,该基因cDNA片段总长为609 bp,含有一个由25个氨基酸残基组成的信号肽和一个519 bp的完整开放阅读框;编码172个氨基酸,分子量为18 712.31 Da;前体蛋白在氨基酸水平上与杂种多花水仙凝集素、雪花莲凝集素、石蒜凝集素的一致性分别为83%,81%和77%;其二级结构以α-螺旋、不规则盘绕和延伸链为主;三级结构与雪花莲凝集素极其相似,是一种能与D-甘露糖特异性结合的B型凝集素。
[期刊] 华北农学报
[作者]
曾国敏 杜晓华 杨阳 梁春花 孙雪婧 刘霞
为了丰富牦牛ＦＡＭ１３４Ｂ基因研究的基础数据，进一步探讨ＦＡＭ１３４Ｂ基因的生理功能，通过ＰＣＲ扩增和测序技术并结合生物信息学分析软件，对牦牛ＦＡＭ１３４Ｂ基因进行克隆、测序以及相关生物信息学分析。克隆获得１ ０７９ ＢＰ的牦牛ＦＡＭ１３４Ｂ基因，其中ＣＤＳ区全长１ ０７１ ＢＰ（Ｇｅｎ ＢＡｎｋ登录号：ｋＭ５８７６９３），编码３５６个氨基酸残基组成的蛋白质。与普通牛比对，牦牛ＦＡＭ１３４Ｂ基因在ＣＤＳ区存在３个碱基突变，其中第７２７位上碱基Ｃ→Ｔ的突变导致密码子ＣＣＣ→ＴＣＣ，使编码的氨基酸由脯氨酸变成丝氨酸。牦牛ＦＡＭ１３４Ｂ基因编码蛋白的分子式为Ｃ１７０５Ｈ２６８６ｎ４４８Ｏ５７５Ｓ１３．．．
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
周倪红 王海朋 周丁丁 付中民 祝智威 范元婵 张曦 熊翠玲 郑燕珍 陈大福 郭睿
基于前期已获得的意大利蜜蜂(Apis mellifera ligustica)工蜂中肠转录组数据,在全转录组水平上对意大利蜜蜂的可变剪接基因(alternatively spliced gene, ASG)进行鉴定和分析,旨在揭示ASG在宿主响应东方蜜蜂微孢子虫(Nosema ceranae)胁迫中的作用.在正常意大利蜜蜂7和10日龄工蜂中肠(Am7CK、Am10CK)和东方蜜蜂微孢子虫胁迫的意大利蜜蜂7和10日龄工蜂中肠(Am7T、Am10T)样品中检测到可变剪接事件数分别为73 383、85 618、79 813和74 693次,对应的基因数分别为9 586、10 063、9 829和9 622个,平均每个ASG上发生的可变剪接事件数分别为7.66、8.50、8.12和7.76次.各样品的可变剪接事件中外显子跨越的数量最多,分别为4 411、5 247、4 993和4 629个.Venn分析结果显示,Am7CK、Am10CK、Am7T和Am10T中的共有ASG数为9 056个,特有ASG数分别为100、153、275和95个.GO分类结果显示,这些共有ASG分布在50个功能条目,特有ASG分别分布于26、30、33和24个功能条目.KEGG代谢通路富集分析结果显示,上述共有ASG富集在325个代谢通路,包括内质网蛋白加工、核糖体和RNA转运等;特有ASG分别富集在31、104、126和22个代谢通路.研究结果提供了意大利蜜蜂响应东方蜜蜂微孢子虫胁迫过程中的ASG数量和种类信息,揭示宿主ASG在胁迫响应中参与了新陈代谢和细胞免疫,为关键ASG的筛选和功能研究建立了数据基础.
[期刊] 水产学报
[作者]
徐晓荣 施鹏 徐继林 廖凯 冉照收 严小军
本研究利用cDNA末端快速扩增（RACE）技术获得了缢蛏半乳糖凝集素基因（ScGL）。ScGL全长为1 282 bp，5′非编码区35 bp，3′非编码区329 bp，开放阅读框918 bp，编码305个氨基酸。氨基酸序列分析显示ScGL无跨膜结构域；与已报道的缢蛏半乳糖凝集素含1个糖识别结构域（CRD）不同，ScGL具有2个CRD。相似性分析显示，ScGL与其他软体动物的半乳糖凝集素具有较高的相似性，与菲律宾蛤仔相似性最高，达65%；与已报道的2个缢蛏半乳糖凝集素相似性分别为39.74%和44.76%。系统进化上ScGL与菲律宾蛤仔半乳糖凝集素聚为一支。重组表达发现ScGL在包涵体表达，分子量约34.4 ku。荧光定量PCR分析显示，ScGL在缢蛏鳃、肠、唇瓣、外套膜、出水管、入水管、足和内脏团中均表达；其中肠、内脏团、唇瓣和足中表达量较高，出水管和入水管中表达量最低。消化腺ScGL表达量分别在金黄色葡萄球菌感染后3和48 h显著高于对照组；鳃ScGL表达量分别在鳗弧菌和金黄色葡萄球菌感染后6和48 h显著高于对照组，说明ScGL参与了病原诱导的缢蛏免疫应答。本研究为深入探索ScGL在缢蛏免疫中的作用奠定基础。
[期刊] 水产学报
[作者]
王敏 吴萍 叶元土 石桃丹 魏育红
C型凝集素是一类Ca2+依赖活性的糖蛋白,在虾蟹类的免疫防御中发挥着重要作用。采用RT-PCR及RACE技术首次克隆了秀丽白虾C型凝集素家族4个基因(EmCTL-1、EmCTL-2、EmCTL-3、EmCTL-4)的cDNA全长。这4个C型凝集素基因的cDNA全长分别为1 390、1119、1 364和1 299 bp,分别含996、969、1 026和1 044 bp的开放阅读框,各编码332、322、341和347个氨基酸的蛋白。其氨基酸序列与罗氏沼虾相应的C型凝集素的相似性分别为40%、37%、69%和73%,与其他海水虾类的相似性在30%~41%之间。阳性选择模型分析显示虾类的C型凝集...
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