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[期刊] 海洋渔业
[作者]
乔玉宝 田晓清 唐莹莹 樊成奇 马丽艳 陆亚男
在前期研究发现星座短腹海鞘(Aplidium constellatum)脂溶性提取物具有降血脂功效的基础上,为深入了解该海鞘的生物学背景,开展了其共附生微生物的多样性研究,为进一步从该海鞘及相关共附生微生物中发现可能存在的降血脂活性次生代谢产物奠定基础。通过Illumina Mi Seq高通量测序技术,分析了星座短腹海鞘样品中共附生微生物的物种多样性和物种丰度信息。测序共获得37 911条序列,310个OTU;稀释曲线表明测序深度足够;多样性指数Simpson值为0.373,Shannon值为2.494。样品共附生细菌分属于24个门,优势门有变形菌门(Proteobacteria,78.86%)、放线菌门(Actinobacteria,6.01%)、拟杆菌门(Bacteroidetes,4.67%)、蓝藻门(Cyanobacteria,2.62%)、厚壁菌门(Firmicutes,1.79%)、柔膜菌门(Tenericutes,1.76%)、螺旋菌门(Spirochaetae,1.33%);分属于197个属,优势属有Ruegeria(60.83%)、SAR116_clade科下未知属(3.27%)、Rhodococcus(2.40%)、Cyanobacteria纲下未知属(2.26%)、Candidatus_Hepatoplasma(1.76%)、Pe M15目下未知属(1.61%)、Spirochaetaceae科下未分类属(1.33%)等10个。通过纯培养技术共分离获得15株可培养共附生菌,分属于8个属,分别为弧菌属Vibrio(7株)、希瓦氏菌属Shewanella(2株),以及Pseudomonas、Pseudovibrio、Thalassobius、Exiguobacterium、Flavobacterium、Thalassospira属各一株。本研究首次为星座短腹海鞘提供了准确的共附生微生物背景数据,为进一步开展活性次生代谢产物研究提供了丰富的微生物菌株材料;同时研究还提示该海鞘有水产病原菌感染,在开发利用过程中应格外关注水产病原菌的安全风险防控。
[期刊] 海洋渔业
[作者]
张建同 陆亚男 杨桥 马丽艳 樊成奇 田晓清
以星座短腹海鞘(Aplidium constellatum)为研究对象,采用正交试验法对其脂溶性成分的提取工艺进行优化。以提取率和类胡萝卜素含量为指标评定工艺的优劣,并通过气相色谱对提取物中二十碳五烯酸(EPA)与二十二碳六烯酸(DHA)进行相对含量分析。结果表明,采用料液比1∶1.5(W/V)、提取时间8 min、溶剂(正丁醇/乙酸乙酯)配比1∶2(V/V)工艺条件最佳。正交试验提取物的总不饱和脂肪酸的相对含量达63.40%~65.00%,其中EPA和DHA总量在15.20%~16.30%。综合2个指标,正交试验法优化星座短腹海鞘脂溶性成分的提取工艺是可行的;利用该提取方法获得的星座短腹海鞘...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
陈玲 万韦韬 刘兵 徐文静 顾泽茂
为探究稻虾共作对稻田水体微生物多样性和群落结构的影响,基于16S rDNA扩增子高通量测序,结合生物信息分析,比较稻虾共作模式(RC)和水稻单作模式(RM)中水体微生物的多样性和群落结构。结果显示,RC中水体微生物的多样性极显著高于RM。水体微生物的群落结构在2种模式中差异显著,且水体理化性质,如总氮、亚硝酸盐氮等的含量与2种模式中水体微生物群落结构的差异显著关联。相比于RM,RC水体中放线菌门(Actinobacteria)和蓝细菌门(Cyanobacteria)的相对丰度更高,而变形菌门(Proteobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)的相对丰度更低。放线菌目(Actinomycetales)、根瘤菌目(Rhizobiales)、聚球藻目(Synechococcales)等为RC主要的水体微生物标志物,而黄杆菌目(Flavobacteriales)、β-变形菌目(Betaproteobacteriales)、红环菌目(Rhodocyclales)等则为CM主要的水体微生物标志物。在稻田水体微生物群落中鉴定出6个基石种,主要属于伯克氏菌科(Burkholderiaceae)、腐螺旋菌科(Saprospiraceae)和多囊菌科(Polyangiaceae)等。通过功能预测及其相对丰度比较,发现RC中水体微生物的代谢通路的相对丰度高于RM,尤其是能量代谢通路的相对丰度极显著地高于RM。以上研究表明,相比于水稻单作,稻虾共作显著提高了稻田水体微生物的多样性,塑造了组成更健康、功能更强大的水体微生物群落,提高了稻田生态系统的物质循环能力和能量利用效率,有利于稻田水体净化,并维持稻田生态系统稳定。
[期刊] 资源科学
[作者]
章家恩 许荣宝 全国明 徐华勤 秦钟
鸭稻共作起源于我国传统的稻田养鸭,作为一种环境友好型的生态农业技术,许多研究表明该模式具有良好的生态效应。为了进一步探讨鸭稻共作对稻田土壤微生物群落的影响,于2005年在华南农业大学增城教学科研基地进行了田间试验,共设计鸭稻区、浑水区、清水区和常规区4个处理,采用平板培养法和BIOLOG技术研究了其对稻田土壤微生物群落动态及功能多样性的影响效应。结果表明,鸭稻共作能够增加水稻生长中后期稻田土壤可培养的微生物总数以及细菌、放线菌和真菌数量;与常规区相比,土壤微生物总数、细菌、放线菌在抽穗期、成熟期的差异显著,真菌数量在乳熟期、成熟期的差异显著。BIOLOG分析显示,与清水区相比,稻田放鸭能够提高...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
李玉新 赵忠 陈金泉 刘恩田
【目的】研究不同林龄沙棘人工林土壤微生物多样性的差异,为沙棘林分的衰败机制研究奠定基础。【方法】采用BIOLOG-ECO微平板法,对不同林龄(8,13,18年生)沙棘人工林表层土(0～10cm)微生物利用碳源的动力学特征和土壤微生物多样性进行研究,比较分析土壤微生物利用碳源能力、土壤微生物多样性与沙棘人工林林龄的相关性。【结果】18年生沙棘人工林表层土在短期内(培养24～60h)对单一碳源底物的利用能力高于13和8年生沙棘林表层土,说明13和8年生沙棘人工林表层土中微生物生长的启动速度较慢,生长停滞期较长。随着林龄的延长,土壤微生物群落的Shannon指数(H′)、Simpson指数(D)和M...
关键词：
沙棘林 林龄 表层土 微生物功能多样性
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
谭益民 何苑皞 郭文平
土壤微生物多样性是维系土壤功能的重要因素,但是由于传统的研究方法存在一定的局限性,使得过去研究其多样性及群落结构成为一个难题。随着分子生物学方法的应用,现在可以同时对可培养微生物和不可培养微生物进行研究,解决了传统培养方法存在的问题。综述了土壤微生物多样性的分子生物学研究方法,对比了各方法的优缺点,为选择合适的方法进行土壤微生物多样性研究提供了参考。
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
乔海莉 田呈明 骆有庆 冯晓峰 孙建华 赵新丽
为了探明新疆天然胡杨林土壤微生物类群的生态分布情况,该文研究了幼龄林、中壮林、过熟林、衰亡林4个不同发育阶段胡杨林内的土壤细菌、真菌及放线菌的数量和类群组成.结果表明:4种林地内土壤微生物的数量和种类组成有明显差异,不同土壤层的微生物数量随着土层深度的增加逐渐减少,其中以31~40 cm范围内为最少.细菌在不同胡杨林的各个土层中均有分布,数量明显高于放线菌和真菌,而在部分林地内的土层中,没有分离到放线菌和真菌.在林地内共分离出土壤真菌11属,其中,曲霉属为4个不同发育阶段胡杨林土壤中的优势菌属.
关键词：
土壤微生物 真菌 胡杨 新疆
[期刊] 林业科学
[作者]
徐秋芳 姜培坤 邬奇峰 王纪杰 吴家森
在研究区采集不同栽培历史的板栗林土壤样品,用氯仿熏蒸法和Biolog法分析土壤的微生物量碳和微生物多样性,同时与天然灌木林进行比较。结果表明板栗林集约化栽培5、10、20年后,土壤微生物量碳含量比天然灌木林下降了15.89%、49.16%和55.13%,差异显著。板栗林集约栽培初期,土壤微生物量碳占总有机碳比率与天然灌木林无显著差异;到集约经营10年时,比率明显下降;但集约经营10年后,比率又趋于稳定。灌木林改为集约栽培板栗林后,土壤微生物群落功能多样性呈下降趋势,板栗集约经营5、10和20年后,反映土壤微生物碳源利用能力的AWCD值分别只是灌木林的79.26%、63.20%和68.50%,差...
[期刊] 海洋渔业
[作者]
乔玉宝 樊成奇 唐莹莹 田晓清
分别对采集自防城港白龙的皱瘤海鞘(Styela plicata)和北海南汅的冠瘤海鞘(Styela canopus)样品的共附生真菌Purpureocillium sp. FBZ-1和Penicillium sp. BNG-1进行研究。通过显微镜观察鉴定其形态,并通过分析生物学特征鉴定其种属。通过对两种真菌的次级代谢产物进行分离和结构鉴定,共分离鉴定28个小分子化合物,从中未发现新的化合物,主要的化合物类型是芳香胺类、生物碱类和二酮哌嗪类,分别为:lumichrome、 1,2,3,4-四氢-β-咔啉-3-羧酸、β-咔啉、环(异亮氨酸-脯氨酸)、环(亮氨酸-羟基脯氨酸)、环(色氨酸-缬氨酸)、环(亮氨酸-脯氨酸)、环(苯丙氨酸-脯氨酸)、环(异亮氨酸-丙氨酸)、环(色氨酸-亮氨酸)、苯乙胺、N-乙酰苯乙胺、吲哚乙胺、N-甲基色胺、N-(4-羟基)丁酰苯乙胺、对羟基苯乙胺、 5,7,4-三羟基异黄酮、 7,4-二羟基异黄酮、 5,7,3,4-三羟基异黄酮、邻苯二甲酸异辛酯、 2,4-N,N-dimethyl-lumichrome、 3,4-二氢-3-甲基-β-咔啉-1-酮、色氨酸、 2-羟基-3-吲哚丙酸、环(缬氨酸-脯氨酸)、环(亮氨酸-丙氨酸)、环(苯丙氨酸-5-甲基-3,4-脱氢脯氨酸)、环(色氨酸-天冬酰胺)。研究结果对利用我国丰富的海鞘及其共附生微生物资源并研究其次级代谢产物结构多样性,发现其中可能含有的结构新颖的化学物质以开发抗菌、抗病毒及抗肿瘤新药,具有十分重要的理论意义和潜在的应用价值。
关键词：
海鞘共附生微生物 次级代谢产物 分离鉴定
[期刊] 淡水渔业
[作者]
但言 沈子伟 余凤琴 张闯 倪朝辉 黎春
为了解嘉陵江合川段秋季微生物多样性,通过16S rRNA基因扩增和测序分析了2017年9月嘉陵江合川段利泽、渠江口、涪江口、草街4个监测点水样和底泥微生物的多样性和种类结构。结果显示:河流上下游水体中微生物物种组成相似、有延续性,利泽和涪江口,渠江口和草街水体中微生物组成均呈现相似;底泥中微生物组成与小区域水文环境相关,涪江口和渠江口水文环境相似,底泥中微生物群落结构也呈现相似;缓流环境更适应微生物生存繁殖,处于监测尾端的草街水体和底泥中微生物数量最多;环境影响因子中总磷、总氮和pH对水体中微生物群落结构组成表现出较大影响;水体中变形菌门、放线菌门、拟杆菌门和蓝细菌门较为丰富,显示该水域有富营养化的趋势。
[期刊] 海洋渔业
[作者]
李涵 樊成奇 陈莎 周进 周俊芳 陆亚男 马丽艳 田晓清
为探究南海北部表层海水微生物的多样性及部分真菌代谢产物的活性，采取平板涂布稀释的方法对南海北部8个站位表层海水样品进行分离，基于16S rRNA和ITS序列测定对纯培养的微生物进行初步鉴定，共分离到162株细菌和43株真菌。其中162株细菌分属于4个门，5个纲，15个目，21个科，35个属的61个种，变形菌门和放线菌门为优势门；43株真菌分属于子囊菌门和担子菌门的5个纲，7个目，7个科，7个属的14个种，曲霉属为优势属。从分离得到的真菌中选取16株真菌进行培养，对其粗提物进行组蛋白去乙酰化酶抑制活性、抗肿瘤活性和抑菌活性筛选，结果表明：在100 μg·mL~(-1)浓度下具有组蛋白去乙酰化酶抑制活性，抑制率在44% ～ 54%之间；在60 μg·mL~(-1)浓度下对人宫颈癌细胞的抑制率在2% ～ 37%之间；在200 μg·mL~(-1)浓度下对嗜水气单胞菌Aeromonas hydrophila和维氏气单胞菌Aeromonas Vickers两株指示菌未显示抑菌效果。研究结果表明，南海局部地区表层海水可培养微生物多样性高；对部分真菌的活性测试结果为后续筛选天然产物来源的海洋药物提供了一定的参考。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
但言 余凤琴 李双 陈元坤 陈红霖 李燕 王恕桥
【目的】研究不同生长阶段大口黑鲈(Micropterus salmoides)肠道微生物结构变化。【方法】在大口黑鲈9个不同生长阶段(5、6、7、9、10、12、14、15、16月龄)采集肠道黏膜样品,利用高通量测序方法,对肠道微生物进行16S rRNA分析。【结果】大口黑鲈生长前期OTU数量、Chao1指数、Shannon指数和Simpson指数均高于生长中后期,在6月龄均为最大;在各生长阶段微生物相对丰度大于2%的有9门17属,优势菌群有差异;随着生长阶段的推移,变形菌门(Proteobacteria)在生长前中期呈现出增加的趋势,随后上下波动;梭杆菌门(Fusobacteria)在生长前中期呈现降低的趋势,在中后期升高,随后降低;厚壁菌门(Firmicutes)在前中期呈现降低的趋势,随后上下波动;鲸杆菌属(Cetobacterium)在整个生长阶段表现出先降低后升高再降低的趋势,后期丰度大幅度提高;假单胞菌属(Pseudomonas)呈现前期升高后升高—降低交替变化的趋势。支原体属(Mycoplasma)所占比例在前期升高,中期降低,后期降低—升高交替变化;不同生长阶段的肠道微生物丰度差异标记类群存在一定的差异,生长前期主要为蓝细菌门(Cyanobacteria)、栖热菌门(Thermi)、披毛菌科(Gallionellaceae),中期主要为肠杆菌科(Enterobacteriaceae)、假单胞细菌科(Pseudomonadaceae)。【结论】大口黑鲈不同生长阶段肠道微生物菌群结构存在差异。在养殖过程中有可能通过精准利用微生态试剂来提高养殖效益。
关键词：
大口黑鲈 肠道微生物 16S rRNA
[期刊] 林业科学
[作者]
向泽宇 张莉 张全发 刘伟 王根绪 王长庭 胡雷
利用常规实验室分析法和Biolog-Eco微平板法研究青海省不同林型土壤养分与微生物功能多样性。结果表明:大通1#、湟中和尖扎的土壤有机质、全氮和碱解氮含量较高,大通2#、循化和乐都的土壤有机质、全氮和碱解氮含量居中,民和的土壤有机质、全氮和碱解氮含量则较低;土壤全磷含量表现为民和最低,其他林型间差异不显著;土壤速效磷含量表现为循化、尖扎、湟中>大通1#、大通2#、乐都>民和;土壤速效钾含量表现为大通2#、民和>乐都>大通1#、湟中、循化、尖扎;各林型的土壤全钾含量变化均不显著;不同林型条件对土壤养分的积累总体表现为大通1#、尖扎!湟中!循化!大通2#!乐都!民和,4种林木对土壤养分的分布和改...
[期刊] 林业科学研究
[作者]
孙涛 王雪庆 赵遵岭 于淑慧 杨璞
[目的]了解白蜡虫越冬时体内微生物的多样性,比较昆明与长春越冬虫体内微生物种类和数量的差异,为了解白蜡虫低温适应机制提供有用信息。[方法]采用Miseq高通量测序方法对昆明越冬雌成虫(KM)和长春越冬雌成虫(CC)体内细菌16s rRNA及真菌ITS基因进行测序,利用Usearch软件进行细菌和真菌OTU(Operational Taxonomic Unit)划分,并利用Mothur软件对OTU进行分类学分析和多样性指数分析。[结果]细菌KM和CC样品中共得到344个OTU,真菌KM和CC样品中共得到23
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
王雷 吴惠仙 王琼 袁林 刘亮
利用高通量测序技术分析了三艘公海交换压载水、一艘近岸交换压载水的远洋船舶微生物的群落组成,共检测出27门、61纲、138目、249科、481属、836种;黄海远岸的压载水样检测到的细菌种类最多,达到564种;东海远岸的压载水样细菌种类最少,只有406种。主要优势类群为变形菌门(Proteobacteria),拟杆菌门(Bacteroidetes),其中变形菌门(Proteobacteria)占主导地位。假交替单胞菌属(Pseudoalteromonas)为γ-变形菌纲中绝对优势属,分布于各海域压载水样中,同温度和营养盐有一定的正相关性,同盐度、p H有较强的负相关性;蓝细菌门(Cyanobacteria)和浮霉菌门(Planctomycetes)是南海远岸交换的压载水样中检测出的优势门类,远高于其它海域压载水样,其所对应的原绿球藻属和浮霉状菌属同环境因子溶解氧(DO)有显著的正相关性,与温度、营养盐呈负相关性;Salinimicrobium是黄海远岸压载水样品独有优势属,与p H和溶解氧呈正相关性,与营养盐呈负相关性;不同海域海洋微生物及其海洋环境对压载水微生物的多样性起决定作用,压载舱独特的环境对压载水微生物有一定的选择作用。依据IMO准则结合本文研究,在公海交换压载水对压载水微生物群落组成结构有很大的影响,且对海洋环境的保护,防止生物入侵和致病菌传播具有重要的作用。
关键词：
压载水 微生物 公海换水 生物多样性
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