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[期刊] 华北农学报
[作者]
许冬梅 刘婷婷 刘依铭 刘玉芬 刘鹏 赵文阁
为了探究LEPR基因在两栖类的生物学功能，利用嗜水气单胞菌感染东北林蛙建立炎症模型，分析LEPR基因在细菌感染后的表达情况。首先利用RT-PCR技术克隆LEPR基因并进行生物信息学分析，再构建Ah感染的东北林蛙炎症模型；通过苏木精-伊红染色法(HE染色)观察感染后组织病理变化，并利用qRT-PCR技术分析生理状态和感染状态LEPR基因的组织表达规律差异，最后结合免疫组织化学染色对肾脏、皮肤和肌肉等组织中LEPR蛋白表达变化进行检测。结果显示，获得东北林蛙LEPR基因序列长度为3 604 bp,其开放读码框为3 405 bp,共编码1 134个氨基酸；亚细胞定位显示，LEPR蛋白质为具有一次跨膜结构域的膜蛋白；同源性分析证实东北林蛙与两栖类同源性在52.6%以上，表明LEPR的保守程度较低；基于qRT-PCR结果显示，LEPR mRNA在健康东北林蛙心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、皮肤、肌肉和胃等8种组织中均有表达，在皮肤组织中的相对表达量显著高于其他组织；Ah感染后LEPR基因在不同组织中显著上调，但应答时间和水平有所差异；免疫组织化学结果表明，肾脏、皮肤和肌肉LEPR蛋白表达量变化趋势与qRT-PCR结果基本一致。皮肤组织中LEPR基因应答强烈，也说明其可能参与感染过程，为进一步扩展两栖类LEPR基因的免疫学功能研究奠定了基础。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
魏智薪 辛鲁生 白昌明 李亚楠 张淑敏 李成华 王崇明
Ets蛋白是宿主MAPK信号通路下游的一类可参与调控病毒基因转录复制的重要转录因子。本研究通过基因克隆成功获得魁蚶(Scapharca broughtonii) Ets家族9条基因(分别命名为ETS-1～ETS-9),开放阅读框(ORF)大小分别为1065、1290、1569、912、1344、1404、1521、1968和1191 bp,并分别编码354、429、522、303、447、468、506、655和396个氨基酸。系统进化树分类表明,本研究所获得的基因均属Ets家族。对ETS-1和ETS-3的氨基酸序列和三维结构分析表明,其均含有高度保守的ETS结构域。在不同水温条件下,通过人工注射牡蛎疱疹病毒(OsHV-1)对魁蚶进行感染,并对病毒拷贝数和Ets的相对表达量进行定量分析。结果显示,ETS-1和ETS-3只在高温阳性组中相对表达量显著上调,与病毒拷贝数在高温条件下增长趋势呈正相关;ETS-4和ETS-8只在低温阳性组中相对表达量显著上调,但在高温阳性组中ETS-4和ETS-8的相对表达量与病毒拷贝数呈负相关;初步研究结果显示,从魁蚶Ets基因中筛选出2条Ets基因(ETS-1和ETS-3),在高温条件下(16±2)℃,其可能参与正向调控病毒Os HV-1的复制过程。本研究为进一步探索魁蚶在夏季因感染牡蛎疱疹病毒(OsHV-1)而导致的大量死亡提供了科学数据。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
李涛 陈中元 张奇亚
在新近报道大鲵蛙病毒(Andriasda vidianus ranaviurs,ADRV)基因组的基础上,我们对ADRV 6R进行了克隆、原核表达及其产物的分离,这是一个经生物信息分析表明与病毒感染相关的功能基因。先经PCR扩增长到711 bp的ADRV6R,构建含扩增片段的克隆质粒p MD18-T-6R。再构建原核表达质粒p ET-32a-6R,进行测序,并与水生动物蛙病毒相关基因同源序列进行比对,该扩增片段与预期一致,其编码分子量约为27 k D、含236个氨基酸的蛋白,与水产动物病毒US22蛋白家族(US22 family protein)成员有很高的同源性。然后对p ET-32a-6R...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
姚佳俊 李忠 梁宏伟 罗相忠 王丹 邹桂伟
为了解c型溶菌酶基因与长丰鲫(Chang Feng Carassius auratus)的抗菌效应关系,本研究利用同源克隆方法获得长丰鲫c型溶菌酶基因cDNA全长序列。结果显示:c型溶菌酶基因全长698 bp,包括5'端非翻译区60 bp,3'端非翻译区200 bp,开放阅读框438 bp,编码145个氨基酸。长丰鲫c型溶菌酶基因在肾脏组织中表达量最大,在脾脏、肠道、心脏和脑中大量表达,在肝脏和鳃中表达量相对较低,在皮肤和肌肉中几乎不表达。长丰鲫在感染迟钝爱德华氏菌、嗜水气单胞菌和金黄色葡萄球菌后,在肝脏
[期刊] 水产学报
[作者]
林强 杨淞 李宁求 方翔 付小哲 刘礼辉 郭慧芝 李万里 吴淑勤
为了研究鳜ＩＲＡＫ４生物学特性及其在抗病毒免疫应答中的作用，根据鳜转录组数据中筛选出的ＩＲＡＫ４ ｕｎＩｇｅｎｅ序列设计引物，利用ＳＭＡＲＴ－ＲＡＣｅ技术克隆得到ＣＤＳ全长为１３８９ ｂｐ的Ｃ ＤｎＡ（命名为ＳＣ ＩＲＡＫ），编码４６２个氨基酸，含有１个ｎ端死亡结构域和１个保守的中央蛋白激酶结构域。采用荧光定量ＲＴ－ｐＣＲ方法分析了ＳＣ ＩＲＡＫ４在健康鳜各组织中的表达差异及病毒感染后在脾脏中的表达变化，结果显示，健康鳜中ＳＣ ＩＲＡＫ４在肝脏中表达量最大，与其他组织差异显著，而在血液、脑和胃中表达量最低；传染性脾肾坏死病毒（ＩｎｆｅＣＴＩｏｕＳ Ｓｐｌｅｅｎ ＡｎＤ ＫＩＤｎｅｙ ｎｅＣＲｏ．．．
关键词：
鳜 Sc IRAK4 基因克隆 组织表达
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
史晓丽 孟宪红 孔杰 栾生 罗坤 曹宝祥 曹家旺 陈宝龙
醛缩酶(FBA)是糖酵解和糖异生中的关键酶,参与多种生物过程。本研究采用RACE技术,克隆获得中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)FBA基因(Fc FBA)的全长c DNA序列,并对其进行生物信息学分析。结果显示,中国明对虾Fc FBA基因的c DNA全长为2496 bp,其中,ORF长1098 bp,5~′UTR长79 bp,3~′UTR长1319 bp。完整的阅读框编码365个氨基酸,分子量为39.8 k Da,预测的理论等电点为6.6。同源性及系统进化分析表明,Fc FBA与节肢动物的FBA聚为一类,与卤虫(Artemia franciscana)、家蚕(Bombyx mori)、沙漠蝗(Schistocerca gregaria)的相似度分别是86%、79%和78%。荧光定量PCR结果显示,Fc FBA在肌肉中的相对表达量最高,肝胰腺中最低。WSSV感染后,该基因在鳃、肝胰腺和肌肉中呈现出不同的时空表达特点。ds RNA干扰24 h以后,抑制效率达到最大。与PBS对照组相比,Fc FBA干扰组(ds RNA组)加快了对虾染病后的死亡速度。本研究表明,Fc FBA基因可能参与了中国明对虾生物胁迫的应答反应。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
史晓丽 孟宪红 孔杰 栾生 罗坤 曹宝祥 曹家旺 陈宝龙
醛缩酶(FBA)是糖酵解和糖异生中的关键酶,参与多种生物过程。本研究采用RACE技术,克隆获得中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)FBA基因(Fc FBA)的全长c DNA序列,并对其进行生物信息学分析。结果显示,中国明对虾Fc FBA基因的c DNA全长为2496 bp,其中,ORF长1098 bp,5′UTR长79 bp,3′UTR长1319 bp。完整的阅读框编码365个氨基酸,分子量为39.8 k Da,预测的理论等电点为6.6。同源性及系统进化分析表明,Fc FBA与节
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
宋煜 李开敏 徐文腾 陈松林 王磊
为探究斑石鲷(Oplegnathus punctatus)干扰素调节因子irf7在虹彩病毒(Iridovirus)感染过程中的作用机制，本研究通过PCR扩增获得了斑石鲷irf7基因CDS区序列，对其序列特征进行分析，并在组织水平和细胞水平研究该基因在病毒感染中的表达模式。结果显示，Opirf7基因CDS区全长为1332 bp，编码443个氨基酸的多肽，具有干扰素调节因子家族的保守结构域。荧光定量PCR (qRT-PCR)结果显示，Opirf7基因在健康个体的不同组织中均有表达，在肝脏中表达量最高，在皮肤和肠等免疫组织中的表达量也较高。对斑石鲷腹腔注射虹彩病毒诱导抗病毒免疫反应，在组织水平检测Opirf7对病毒感染的响应模式。与对照组(0 h)相比，Opirf7在免疫组织中的表达水平有不同程度的升高。在细胞水平，建立poly I: C感染的斑石鲷脑细胞系模型，利用qRT-PCR检测Opirf7的表达变化。结果显示，poly I: C刺激后，脑细胞系Opirf7的表达量显著升高。结果表明，Opirf7在斑石鲷抗病毒病的免疫应答过程中发挥重要作用。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
隋娟 张志峰 邵明瑜 胡景杰
vasa基因编码DEAD-box家族成员中一种ATP依赖的RNA解旋酶,在生殖系分化过程中发挥着重要的作用。本研究采用同源克隆和cDNA末端快速扩增技术(RACE),从刺参(Apostichopus japonicus)精巢中克隆得到vasa的全长cDNA序列。该cDNA序列全长2167bp,开放阅读框1593bp,编码530个氨基酸,具有DEAD-box家族蛋白的全部9个保守域。经同源比对和系统进化分析,确定其属于DEAD-box家族的VASA亚家族成员。利用半定量RT-PCR检测,vasa mRNA专一性的在刺参性腺中表达,据此,刺参vasa基因有望用于其生殖系起源和分化的研究。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
徐琪 陈阳 李秀 黄正洋 张扬 李欣钰 童一宇 段修军 陈国宏
【目的】克隆鸭血清白蛋白(duck serum albumin,DSA)基因,并对其进行生物信息学分析和mRNA表达规律研究。【方法】以前期抑制性消减杂交技术筛选的白蛋白(albumin,ALB)基因为候选基因,通过构建雏鸭肝炎病毒和聚肌苷酸胞苷酸(polyinosinic polycytidylic acid,Poly(I:C))感染模型,利用RT-PCR、RACE技术和基因组步移技术分别克隆ALB基因cDNA序列和5′侧翼序列,并对其进行生物信息学分析;同时利用RT-qPCR检测ALB基因各组织时空表达量。【结果】①ALB cDNA全序列长为2 107 bp,包括47 bp的5′UTR、2...
关键词：
鸭 ALB基因 克隆 基因表达
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
张艳艳 刘小林 黄海洪 钱昭英 王宪宗 相建海 李义军
【目的】研究凡纳滨对虾Crustin-like基因(即CL基因)的结构和功能,探明CL基因是否参与副溶血弧菌侵染条件下的免疫应答,为进一步研究凡纳滨对虾的免疫机制和抗病育种奠定基础。【方法】采用RT-PCR技术克隆凡纳滨对虾CL基因;用DNAstar、Clustalx、MEGA 5.0、PROSITE、TMpred和SignalP软件,分析CL基因序列及其蛋白结构,并预测蛋白功能;利用副溶血弧菌进行攻毒试验和实时定量PCR,检测CL基因在病原侵染条件下的表达情况。【结果】克隆获得了凡纳滨对虾CL基因(登录号:JQ824114)的cDNA,全长为501bp,含有33bp的5′非翻译区(1～33b...
[期刊] 水产学报
[作者]
郑宗林 张进 徐靖琳 刘伟 于文博 方媛林 张景森 段聪 周朝伟
为探究稀有鮈鲫MHC Ⅱβ基因的分子特征及其表达特点，采用PCR扩增技术获得了稀有鮈鲫（Gobiocypris rarus）MHC Ⅱβ cDNA序列810 bp，包括开放阅读框（ORF）759 bp，编码252个氨基酸。生物信息分析表明，MHC Ⅱβ氨基酸序列存在4个保守的半胱氨酸残基和GXXGXXXGXXXXXXG结构，与其他亲缘鱼类的一致性为51.78%～80.56%，其编码的蛋白质分子包括1个信号肽、1个MHC Ⅱβ（β-1）结构域、1个IGc1（β-2）结构域和1个跨膜螺旋区域。实时荧光定量PCR（qRT-PCR）结果表明，MHC Ⅱβ在脾脏表达量最高，头肾、鳃、皮肤表达量较高。人工感染鲁氏耶尔森菌后，6 h时头肾表达呈极显著上调，肝脏在12 h开始出现极显著上调，皮肤在24 h和48 h表达极显著，鳃在6～24 h表达极显著，脾脏则是在6 h出现极显著下调，于96 h接近对照组表达水平。初步研究表明，MHC Ⅱβ在鱼类抵御细菌感染的免疫反应中发挥着重要作用，为进一步揭示稀有鮈鲫MHC家族的功能提供了参考依据。
关键词：
稀有鮈鲫 MHCⅡβ 细菌感染 基因表达
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
马艳 朱馨蕾 杨长庚 张富春 尹伟伦
为深入研究胡杨的抗盐分子机制,并获得与之相关的抗逆基因,采用SMART技术构建了胡杨盐胁迫处理cDNA文库。经随机测序,得到一个编号为SSL061的EST序列,与欧美杨的脱水素基因有较高相似性,通过PCR快速扩增文库的方法获得了胡杨脱水素基因(Pedhn)。分析表明,该cDNA的长度为813 bp,拥有681 bp的开放读码框,共编码227个氨基酸。该序列包括两个重复的富含赖氨酸的K片段和由7个连续的丝氨酸残基组成的S片段,但是缺乏Y片段。RT-PCR结果表明,胡杨在未受胁迫的情况下脱水素基因的转录水平较低,而随着盐胁迫浓度的升高,脱水素基因的转录水平总体呈上升趋势。
关键词：
胡杨 cDNA文库 脱水素 盐胁迫
[期刊] 华北农学报
[作者]
罗睿雄 赵志常 高爱平 黄建峰 刘宽亮
４－香豆酸：辅酶Ａ连接酶（４ＣＬ）是植物类黄酮类化合物和木质素等生物合成途径的一种关键酶，为了研究其在芒果果实中的作用机理，采用ＲＡＣＥ方法，从芒果果实克隆得到了一个类黄酮合成相关的４ＣＬ基因。该基因全长Ｃ ＤＮＡ序列为１ ７４０ ｂｐ，开放阅读框为１ ６５３ ｂｐ，编码５５０个氨基酸，分子量为６０．４７ ｋ ＤＡ，等电点为９．５１。对基因组扩增得到了２ ３１８ ｂｐ长度的片段分析发现，该基因含有５个内含子，分别在１ ０１３～１ １３９ ｂｐ，１ ３３０～１ ４１５ ｂｐ，１ ５６４～１ ６５３ ｂｐ，１ ７２２～１ ８０２ ｂｐ，１ ９０５～２ ０００ ｂｐ。通过在线软件对其二级结构和三级结．．．
关键词：
芒果 4CL 基因克隆
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
彭婷 王艺琴 陈曼曼 冯蓝萍 包满珠 张俊卫
为揭示梅花WRKY基因的功能,采用RT-PCR技术从梅花品种‘雪梅’(Prunus mume ‘Xuemei’)中分离得到1个WRKY转录因子基因PmWRKY40。序列分析结果显示,该基因cDNA全长1 072bp,完整开放阅读框972bp,编码323个氨基酸,包含1个WRKY结构和1个C2H2型锌指结构。系统进化分析结果显示,梅花PmWRKY40蛋白与欧洲甜樱桃亲缘关系最近。实时荧光定量PCR分析表明:PmWRKY40基因受低温、氧化胁迫诱导,但诱导程度存在差异。此外,SA处理显著提高PmWRKY40的表达,ABA处理则抑制该基因表达。推测PmWRKY40可能在梅花响应低温胁迫过程中起重要作用。
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