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[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
崔玲玲 李磊 韩小霞 邢俊杰 李玲龙 阳志刚 罗秀娟 李丁 谢灵灵 曹孟良
利用NBS保守结构域获得的探针及基于RecA文库富集方法的试剂盒筛选东乡野生稻液体pCAMBIA1301质粒文库,杂交筛选获得阳性克隆,在NCBI上进行BLASTN序列比对后,设计相关引物,扩增获得编码区,并利用生物信息学方法预测其编码蛋白序列,与已克隆的NBS-LRR类抗性基因建立进化树.结果分析表明,其预测蛋白除了部分氨基酸缺失及2个氨基酸不同外,与粳稻大部分序列一致,分子进化树表明其与粳稻、拟南芥RPS2基因的关系最近.
[期刊] 华北农学报
[作者]
却志群 沈春修 卢其能
根据已知的NBS-LRR类抗病基因结构中氨基酸的保守区域,设计简并引物,通过RT-PCR扩增及克隆,从东乡野生稻(Dongxiang Oryza rufipogon Griff.)中共获得7个新的NBS-LRR类抗病基因同源片段。所有7个抗病基因同源序列均含有NBS-LRR类抗病基因的保守序列,如P-loop、Kinase 2、Kinase 3a以及跨膜区域等。通过氨基酸同源性比较和分析,发现克隆到的抗病基因同源序列与已克隆的水稻白叶枯抗病基因Xa1的相应氨基酸序列存在约40%的同源性,其中的3个NBS抗病基因同源序列还与小麦抗叶锈病基因Lr1存在40%的同源性。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
肖晗 应存山 罗利军
对东乡野生稻原生境群体的形态性状进行了详细的调查,并结合聚类分析,发现东乡野生稻群体内植株存在丰富的变异,水桃树下和林场两个野生稻群落之间在表征、种子生产潜力等方面的性状上存在明显的差异,这种差异可能是由于两者所处小生境的不同水分稳定性所造成的。
关键词：
东乡野生稻 形态性状 聚类分析
[期刊] 华北农学报
[作者]
张楠 王海燕 刘大群
根据丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶类催化结构域Ⅰ和Ⅷ氨基酸保守序列设计简并引物,以TcLr19、TcLr35和感病对照Thatcher的cDNA为模板进行抗病基因同源序列的PCR扩增,得到了6条通读的抗病基因同源序列(RGAs)Lr19-RGA1、Lr19-RGA2、Lr19-RGA3、Lr35-RGA1、Lr35-RGA2和TC-RGA。在NCBI中用BLASTp比对发现,Lr19-RGA1、Lr19-RGA2、Lr19-RGA3、Lr35-RGA1和Lr35-RGA2编码的氨基酸序列具有丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(Serine-thre-onine kinase,STK)的催化结构域Ⅱ-Ⅷ。对序列分析...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
马维 巩振辉 李大伟 贾庆利
【目的】克隆和分析抗、感疫病辣椒材料的抗病基因同源序列,为辣椒抗疫病相关基因的克隆奠定基础。【方法】根据番茄抗叶霉病基因Cf2和Cf9 C端的LRR类保守结构域设计简并引物,对6个不同抗、感疫病的辣椒种质材料基因组DNA进行抗病基因同源序列的PCR扩增。【结果】得到27个抗病基因同源序列(RGAs),其在GenBank中的登录号为EF064260~EF064286。其中,21个RGAs与番茄抗叶霉病基因Cf2和Cf9有较高的相似性。感病材料的辣椒基因组中也存在抗疫病相关RGAs。【结论】上述21个RGAs可能与辣椒抗疫病作用有关,可为辣椒抗疫病相关基因的克隆提供依据。
关键词：
辣椒 LRR 抗病基因克隆 同源序列分析
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
王铎 刘长远 赵奎华 梁春浩 关天舒 王辉
辣椒RGA的分离将为进一步从辣椒中分离功能性抗病基因和抗病机理分析打下基础,为辣椒相关抗病基因的克隆提供依据。根据已知抗病基因保守氨基酸结构域设计简并引物,以高抗辣椒品种88为试材,通过PCR扩增抗病基因同源序列。结果表明:从辣椒基因组DNA中分离出1条辣椒抗病基因同源序列WD1。对其编码的氨基酸序列进行分析表明:该序列同时含有P-环(GGVGKTT)、kinase-2(VLDD)、kinase-3(GSRII)及HD(即GLPLAL)保守域结构,分离的辣椒抗病基因同源序列(RGA)与已报道的辣椒抗病基因同源序列A5和A13都有99%的同源性。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
王钰 王荣富 何国浩
对根据紫花苜蓿(Medicago truncatula)NBS区域的保守序列等设计的16对简并引物进行优化,筛选出6对简并引物,以甘薯的基因组DNA为模板进行PCR扩增,克隆甘薯抗病基因同源序列(RGA)。结果克隆出342个不同的甘薯RGA,这342个甘薯RGA和已知的抗病基因L6、N、RGC1等具有高度同源性(Evalue
[期刊] 中国农业科学
[作者]
张丽英 陈儒钢 张俊红 欧阳波 肖景华 李汉霞 叶志彪
【目的】利用同源序列法分离辣椒抗病基因同源序列。【方法】根据已知植物抗病基因的NBS-LRR保守结构域设计简并引物,以辣椒品系PR205基因组DNA为模板对抗病基因同源序列进行扩增。【结果】获得了25个抗病基因同源序列(resistance gene analogs,RGAs),聚类分析将其分为7个不同的类别。由其核酸序列推导的氨基酸序列与Mi-1.2、prf、Hero、I2C-1、RPM1基因相应区域的同源性为27.4%～98.2%。其中RGA-p20与Mi-1.2基因的核苷酸和氨基酸序列相似性均达到99%,确认RGA-p20为抗根结线虫基因的一部分,即辣椒中也含有与Mi基因同源的根结线虫抗...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
丁新华
水稻白叶枯病和稻瘟病分别是由白叶枯病菌(Xanthomonas oryzae pv. oryzae,Xoo)和稻瘟病菌(Magnaporthe grisea)引起,是世界水稻生产中的两大重要病害,造成的损失巨大。通过改良水稻自身防御体系来控制病害,是一种既经济又绿色的方法。鉴定水稻抗病相关基因,研究水稻抗病机理对改良水稻有着重要的理论意义和应用前景。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
魏环宇 童文杰 蔺忠龙 莫笑晗 张丽芳 何元胜 郑元仙 王继明 许银莲 陈小龙 钟宇 余磊 邓小鹏
【目的】探索烟草NBS-LRR类基因在烤烟(红花大金元)抗病中的分子作用机制。【方法】利用生物信息学手段,参考已知植物抗病基因的NBS-LRR类保守结构域,筛选并合成简并引物,扩增烟草中的NBS-LRR类抗病基因。【结果】获得4条具有连续阅读框和NBS结构域的抗病基因同源序列(TRGAH:MN027515、MN027516、MN027517、MN027518);BLAST X分析显示,均与已知植物抗病基因的NBS区域具有高度相似性,氨基酸相似性为64%～98.89%;聚类分析结果表明,4条TRGAHs与已知植物R基因P-loop-GLPL区域氨基酸序列相似性为29%～52%,包含了non-TIR-NBS-LRR和TIR-NBS-LRR两大类抗病基因。【结论】该研究利用分子克隆技术获得烟草抗病基因同源序列,为进一步筛选和构建烟草抗病候选基因及抗病品种的选育提供科学依据。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
王彦华 侯喜林 申书兴 陈雪平 王梅
目的利用同源序列法分离不结球白菜抗病基因同源序列。方法根据植物抗病基因TIR-NBS-LRR保守区设计简并引物,对不结球白菜基因组DNA及cDNA进行PCR扩增。结果获得了10个具有通读氨基酸序列的片段。同源性比较发现,该10个片段均属于TIR-NBS-LRR类抗病基因同源序列(RGA),与已知R基因相应区段的氨基酸序列一致性为50%～66%。与已知抗病基因聚类分析结果显示,该10个RGA序列可以分为5大类。利用RGA950作为探针进行Southern杂交,结果表明,其在基因组中存在多拷贝。结论本研究成功获得了不结球白菜RGA序列,为进一步克隆不结球白菜的R基因奠定了基础。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
陈新 陈华涛 万建民 翟虎渠
利用简并引物从小豆中扩增出1条与植物几丁质酶基因高度同源的片段,命名为VaAC1,通过RACE技术延伸VaAC1基因的3'端和5'端,VaAC1基因完整ORF长度为885 bp,编码294个氨基酸,拥有几丁质酶蛋白家族典型保守结构域GH18_chitinase-like。RT-PCR分析表明,VaAC1基因在小豆根、茎和叶中均有表达,且在叶中的表达相对较高;大豆花叶病毒处理后,VaAC1基因在叶中的表达量显著增强,显示小豆VaAC1基因与病毒病密切相关。
关键词：
小豆 基因克隆 VaAC1基因 表达分析
[期刊] 华北农学报
[作者]
王慧珍 张朝政 黄一鸣 黎耀心 程子洋 乐超银
为探究RPM1在高粱抗病过程中的作用，以高粱抗黑穗病品种SX44B为材料，采用同源克隆法获得一个高粱SbRPM1基因。生物信息学分析结果显示：该基因的cDNA全长2 802 bp,预测共编码933个氨基酸。该基因编码蛋白的理论分子质量为106.1 ku,等电点为7.11,为亲水性蛋白质；该蛋白无跨膜结构，亚细胞定位在细胞质中。保守结构域分析显示，SbRPM1蛋白含有RX-CC-like、NB-ARC和LRR结构域，属于NLRs受体蛋白家族中的CNL类蛋白。系统发育关系分析表明，SbRPM1蛋白与南荻RPM1蛋白亲缘关系最近。通过实时荧光定量PCR技术检测SbRPM1基因的表达模式，结果表明，该基因在叶和花序中表达量较高，其次是根，在茎中表达量最低。在接种丝黑穗病原菌后24～72 h抗病品种中SbRPM1基因的表达显著上调，表明该基因受病原菌诱导表达，在高粱抗病反应中扮演着重要角色。首次在高粱中克隆得到SbRPM1基因CDS序列，解析了该基因的结构、性质与表达的特征。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
阮小蕾 李华平
根据植物抗病基因编码氨基酸序列的核苷酸结合区(nucleotide binding site,NBS)和富含亮氨酸重复区(leucine-rich repeat,LRR)等保守区域的特点,设计PCR简并引物,从香蕉华农7号中克隆得到1个1 139bp的DNA片段。BLAST分析发现,其编码的氨基酸序列与多种植物来源的NBS-LRR类抗病蛋白及抗病蛋白同源物的相似性为40%~50%,并具有NBS-LRR类抗性基因所拥有的保守结构域:P-环、激酶2a、激酶3a和疏水结构域等区段。该抗病基因相似片段可作为分子标记来筛选香蕉的抗病基因。
关键词：
香蕉 抗病基因相似序列 克隆
[期刊] 华北农学报
[作者]
李培纲 李红梅 张帅 李劲松 陈志雄 刘向东
为了研究ADF基因对药用野生稻非生物胁迫的影响,利用药用野生稻干旱胁迫转录组数据分析的基础,通过PCR技术克隆OoADF1基因,序列分析结果表明,OoADF1的开放阅读框长度为453 bp,无内含子,编码150个氨基酸残基,具有典型的ADF结构域。qRT-PCR技术分析表明,OoADF1在四叶期的叶片、叶鞘和根,以及抽穗期的叶片、叶鞘、茎和幼穗等7个组织中均表达,四叶期根部表达量最高,抽穗期叶鞘表达量最高。干旱和高盐胁迫后,OoADF1表达量分别上调了17.9,40.0倍。将OoADF1完整的编码序列融合
关键词：
药用野生稻 水稻 抗逆性 ADF
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