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[期刊] 华北农学报
[作者]
籍贵苏 张立英
利用63对SSR引物对19个甜高粱及11个其他类型的高粱进行了分析。结果表明:这些SSR引物有较高的多态性,90.5%的引物具有2～6条的扩增带,有6对SSR引物的扩增带与甜高粱有关。
关键词：
甜高粱 SSR 分子标记 相关
[期刊] 西南农业学报
[作者]
沈进娟 杨仕伟 刘雪姣 冉广葵 于晓虎 曾胜 张召荣 朱学栋
茎瘤芥先期抽薹给榨菜产量带来极大损失,是当前影响榨菜产业快速健康发展的主要因素之一。本研究采用茎瘤芥极早抽薹材料‘92’和极晚抽薹材料‘203’配制杂交组合,自交获得F2代群体,根据集团分离分析法,运用600对芸薹属SSR共有引物,进行茎瘤芥抽薹性状基因连锁的分子标记筛选。最终得到1个SSR标记Ol12-D09在早抽薹基因池中扩增出特征条带,而晚抽薹基因池中无特征条带,经F2代单株验证发现与茎瘤芥早抽薹基因紧密连锁,根据Kosambi函数估算其连锁距离为10.9 c M。本研究结果筛选的SSR标记可用于茎
关键词：
茎瘤芥 抽薹 集团分离分析法 SSR标记
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
陶爱芬 谢丽丽 祁建民 方平平 林荔辉 徐建堂 张立武 林培清
为筛选出与黄麻炭疽病抗性相关的新型分子标记,本研究在前期黄麻炭疽病抗性QTL定位结果的基础上,开发出7对可能与黄麻炭疽病抗性基因连锁的新型SNP标记.同时,在前期对重组自交系群体进行田间炭疽病抗性鉴定的基础上,分别以6个抗病株系和6个感病株系的基因组DNA构建了抗池和感池.以抗、感池的DNA为模板,对36对SSR引物和7对SNP引物进行了多态性筛选,从中初步筛选出具有多态性的SSR引物15对,SNP引物2对.继而,分别以12份抗病和感病株系的基因组DNA为模板,对上述具有多态性的SSR和SNP引物进行进一
关键词：
黄麻 炭疽病 SSR SNP 抗性鉴定
[期刊] 华北农学报
[作者]
籍贵苏 吕芃 杜瑞恒 刘国庆 侯升林 马雪 李素英 王金萍 赵秀萍
高粱在粮食安全、人类健康和生物能源的开发上具有非常重要的作用,其被认为是二倍体模式化作物和多倍体能源作物甘蔗和芒草类的参考植物,开发高粱多态性分子标记对促进分子遗传学发展及高粱分子标记辅助育种意义重大。以甜高粱与粒用高粱杂交的F2遗传群体作为研究材料,对其全基因组DNA进行酶切,然后用高通量测序法开发SLAF(Specific-locus amplified fragment sequencing)标签,并经过分析筛选多态性SNP标记。试验过程中测序的reads数达到43 528 021个,母本2 598 472个,父本3 134 524个,子代的reads数为205 083~454 258个,平均为290 732.5个。通过原始数据的评估、聚类和纠错开发的SLAF标签数,父母本分别为44 895,42 100个。测序深度分别为19.78和16.22,F2群体每个个体的SLAF标签为26 737~39 291个,平均为33 445.06个,测序深度2.24~3.72,平均为2.79。通过对聚类群中高深度片段的潜在基因型分析,得到了6 353个多态性SNP标记,其中5 829个标记成功分型,占多态性SNP标记的91.75%,剔除不适宜作图的标记,剩余有效的SNP标记2 246个,占有效标记百分比100%,F2个体的各样品完整度平均为94.99%。所以,对基因组DNA进行酶切和高通量测序,从庞大的reads中获得SLAF标签是得到全基因组SNP标记的有效途径。为高粱高密度图谱构建和QTL定位研究,以及分子标记辅助育种奠定了基础。
[期刊] 华北农学报
[作者]
张学军 杨永 李寐华 杨俊涛 伊鸿平
为了研究甜瓜抗霜霉病资源Ｔ１１５抗性遗传规律，找到与抗病基因连锁的分子标记，并对抗病基因进行定位。以抗病资源Ｔ１１５和感病哈密瓜农家品种ＳＰ红心脆、Ｆ１、ＢＣｒ、ＢＣＳ、Ｆ２为材料，苗期接种甜瓜霜霉病进行抗性鉴定，基于ＩＣｕ ＧＩ已构建遗传连锁图谱，应用集团分离法和１ ０９０对甜瓜ＳＳｒ引物进行连锁遗传分析。结果表明，Ｔ１１５对霜霉病的抗性属显性单基因控制，引物ＤＭ００７３扩增出的特异性片段与抗病基因表现连锁关系，该片段大小为１２０ ＢＰ，与抗病基因遗传连锁距离为３．６ Ｃ Ｍ，并将抗病基因定位在ＬＧ１上。ＤＭ００７３可作为甜瓜抗霜霉病分子育种的分子标记。
关键词：
甜瓜 霜霉病 抗病基因 SSR分子标记
[期刊] 华北农学报
[作者]
张学军 杨俊涛 李寐华 杨永 伊鸿平
为了研究野生甜瓜ＰＩ４１４７２３抗性遗传规律，找到与抗病基因连锁的分子标记，并对抗病基因进行定位。以野生甜瓜ＰＩ４１４７２３和新疆哈密瓜农家品种卡拉克赛为材料构建ＢＣｒ、ＢＣｓ和Ｆ２，苗期接种甜瓜霜霉病进行抗性鉴定、统计分析，基于ＩＣｕ ＧＩ已构建遗传连锁图谱，应用集团分离法和１ ０９０对甜瓜ｓｓｒ引物进行连锁遗传分析。结果表明：ＰＩ４１４７２３对霜霉病的抗性由隐性单基因控制，引物ＤＭ０２３１扩增出的多态性条带与抗病基因表现连锁关系，该多态性片段大小为２２６ ＢＰ，遗传连锁距离为２．６７ Ｃ Ｍ，并将抗病基因定位在ＬＧ９上。ＤＭ０２３１可作为甜瓜抗霜霉病分子育种的分子标记，也为进一步对抗霜霉病．．．
关键词：
甜瓜 霜霉病 抗病基因 SSR分子标记
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
马海财 马雄 柳剑丽 巩红冬
以中国甜瓜地方品种自交系4G21与3A823杂交产生的114个F2单株为作图群体,采用SSR法构建了一张包含14个连锁群、196个标记位点的甜瓜遗传连锁图谱,新增加48个SSR标记.构建的遗传图谱覆盖基因组总长度806 cM,平均间距7.54 cM,最小间距1 cM,最大间距29 cM.将48个SSR标记定位于甜瓜遗传图谱,可作为锚定引物与不同群体构建的甜瓜遗传图谱整合.
关键词：
甜瓜 遗传图谱 SSR标记
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
吕佳淑 赵立宁 臧巩固 程超华 唐晴 李育君 杨明 郭鸿彦
利用扩增片段长度多态性(amplified fragment length polymorphism,AFLP)分子标记,用8个EcoRⅠ-NNN和8个MseⅠ-NNN组成64对引物,对大麻10个品种混合组成的雌性、雄性植株基因池进行筛选,并将筛选到的引物在此10个品种中进行验证,引物E-ACT/M-CTA在10个品种的雄株中均扩增出1条特异条带,雌株中均没有此带,对此引物扩增得到的特异性条带回收、克隆、测序,获得1条大小为348bp的雄性特异性条带,得到的序列进行GenBank序列比对,数据库中没有与此特异条带同源的序列.该条特异条带可作为分子遗传标记用于大麻早期性别鉴定的参考.
关键词：
大麻 扩增片段长度多态性 性别鉴定
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
张建成 陈瑞丹 曲春苗 吕晓倩
利用SSR分子标记技术对以‘淡丰后’(或‘丰后’)为母本,分别与其他梅花品种及近缘种杂交的F1代及其亲本进行杂种鉴定。用47对从梅花近缘种(包括桃、李、杏、酸樱桃、甜樱桃)中已开发出的SSR引物和3对梅花EST-SSR引物对亲本进行SSR-PCR扩增,其中8对引物(aprigms18、BPPCT001、BPPCT002、BPPCT004、BPPCT034、UDP96005、UDP98409、PES16)对23个父本中的21个有稳定、特异扩增(相对于母本),包括12个梅花品种和9个近缘种,有效扩增率为91.3%。再用以上8对引物对10个杂交组合进行扩增,有6对引物(BPPCT001、BPPCT0...
关键词：
梅花 SSR 筛选 杂种鉴定
[期刊] 西南农业学报
[作者]
杨洋 田时炳 王永清 罗章勇 王之劲 王鹤冰 汝学娟 张世才 朱利泉
本研究通过分析茄子热胁迫抑制性消减杂交(SSH-cDNA)上调表达文库中获得EST序列以及基因组数据库中收集到的与耐热相关的EST序列,对茄子耐热相关的EST-SSR分子标记进行了搜索分析。在茄子热胁迫SSH-cDNA文库中找到了9个SSR位点,结合收集到的耐热EST序列中的25个位点,共设计了32对SSR引物。进一步的引物筛选结果表明,引物对EG6靶向文库EST序列YP249,在不同茄子材料中扩增显示多态性。YP249经实时荧光表达验证确定为热胁迫上调表达序列,考虑EG6的扩增位点为茄子热胁迫相关的SSR多态性候选位点。
关键词：
茄子 耐热 EST-SSR
[期刊] 水产学报
[作者]
范彩霞 陈松林 王磊 刘洋 张英平
为了筛选出中国牙鲆群体的抗淋巴囊肿病相关SSR标记,实验采用分群分析法对102个牙鲆个体(感病56个,抗病46个)进行了抗淋巴囊肿病相关SSR标记的筛选。首先构建了抗、感基因池(抗病个体和感病个体各15个),并利用178对微卫星引物对其进行了扫描;对于在抗、感池间扩增出差异条带的引物,用构建基因池的30个个体对其进行了第一次单个体验证;对于在第一次单个体验证中差异显著的引物用102个个体进行了第二次验证。结果显示,有4对引物(scaffold440_22585、scaffold826_5003、scaffold703_4284和scaffold185_597)在抗、感基因池间扩增出了差异条带;...
关键词：
牙鲆 淋巴囊肿病 微卫星标记 分群分析法
[期刊] 中国农业科学
[作者]
胡光明 张琼 韩飞 李大卫 李作洲 汪志 赵婷婷 田华 刘小莉 钟彩虹
【目的】基于猕猴桃全基因组数据，开发、筛选一批多态性高、通用性强的SSR引物，为猕猴桃属种质资源遗传多样性分析、品种鉴定等奠定基础。【方法】基于‘红阳’猕猴桃全基因组序列，设计并合成435对SSR引物，采用荧光标记毛细管电泳进行等位变异检测。首先，采用遗传差异较大的5份猕猴桃种质资源对引物进行有效性筛选；其次，选择9个物种或杂交组合的16份猕猴桃种质资源开展引物复筛；最后，利用所选引物对国家猕猴桃种质资源圃内猕猴桃属51个类型共225份种质资源进行基因分型及亲缘聚类分析。【结果】从435对引物中初筛到216对有效性引物，经复筛确定分布于29条染色体上的67对引物为最终核心引物。67对引物在16份种质中共得到842个等位变异，每个位点检测到等位变异6—18个，平均等位基因数（Na）为12.57个；有效等位基因数（Ne）为3.27(A-Geo-149)—13.84(A-Geo-407)个，平均为8.18个；观测杂合度（Ho）为0.60(A-Geo-073)—0.93(A-Geo-158)，平均为0.77；期望杂合度（He）为0.72(A-Geo-149)—0.92(A-Geo-101、A-Geo-158)，平均为0.85；多态性信息含量（PIC）为0.67(A-Geo-149)—0.92(A-Geo-158)，平均为0.84;Shannon’s信息指数（I）为1.47(A-Geo-149)—2.73(A-Geo-101)，平均为2.22，说明引物的多态性极高，适用于猕猴桃属种质资源的亲缘关系及遗传多样性分析，225份种质资源聚类结果能明确揭示猕猴桃属植物的亲缘关系。【结论】筛选出的SSR引物稳定、可靠，多态性与通用性高，可作为核心引物用于猕猴桃属植物种质资源鉴定、指纹图谱构建、核心种质挖掘和遗传多样性分析等研究。
关键词：
猕猴桃 SSR 引物 基因组 遗传多样性
[期刊] 西南农业学报
[作者]
王为 何晓兰 潘宗瑾 王海洋 郭士伟 张大勇 高进 蔡立旺 王永慧 陈建平 汪保华
甜高粱是集生物能源、酿酒、饲料等多用途的一种抗盐碱、耐贫瘠、高光效的C4作物。在粮棉争地的大背景下,为了解甜高粱在江苏沿海盐碱地适应性情况,本研究引进3个甜高粱品种进行示范种植。结果表明:引进的3个甜高粱品种中相对早熟的是雅津201,糖锤度相对较高的是雅津71,雅津71、雅津95秸秆产量相对较高、耐盐碱性强、长势长相好、抗病虫性突出,但株高相对较高,且生育期较长。故需引进早熟、株高适中的品种,种植行向也应改变,同时后期加强施肥、培土等。初步形成江苏沿海盐碱地的甜高粱育种目标并完成开发产业链的初步探索。通过引进合适的品种并结合栽培技术集成在江苏沿海盐碱地种植甜高粱是可行的,产业链开发也将有广阔前...
关键词：
甜高粱 沿海盐碱地 适应
[期刊] 水产学报
[作者]
孙效文 鲁翠云 曹顶臣 梁利群
根据性状相关分子标记的QTL分析结果进行品种培育是分子标记用于水产育种研究的重要方向之一。利用镜鲤与体重相关的3个基因座(HLJ302,HLJ338,HLJ343)作为快速生长的标记,筛选出一批镜鲤亲本进行繁殖,对得到的子代进行基因分型,并将基因分型结果与检测的最大10尾个体与最小10尾个体进行比较。结果表明,最大10尾具有优势基因型为每尾1.7个,最小10尾具有优势基因型为每尾0.7个,生长速度快群体与生长速度慢群体在体重相关基因型的富集上呈现显著性差异。同时选出具有富集体重相关优势基因型的子代且生长速度快的群体一个,2008年生产出子二代。综合性状好生长速度更快的镜鲤新品系正在培育之中。
关键词：
镜鲤 生长 分子标记 筛选 培育
[期刊] 水产学报
[作者]
董迎辉 姚韩韩 林志华 肖国强 柴雪良
以浙江乐清泥蚶养殖群体为育种基础群,经过2代连续选育获得了泥蚶快速生长品系,生长对比试验发现其在壳长、壳高、壳宽、总体质量等性状上都表现出了显著的生长优势。为了研究快速生长品系的遗传结构并筛查生长性状相关的分子标记,利用AFLP标记技术对泥蚶快速生长品系和对照组群体的基因组DNA进行了PCR扩增和电泳检测。采用40对多态性丰富的引物组合在64个个体中共扩增出2180条带谱,扩增位点总多态性比例达85.6%。从Nei’s基因多样性和Shannon’s信息指数反映的遗传多样性来看,选育品系的遗传多样性略高于对照组群体。群体遗传分化系数GST(0.0224)和基因流Nm(22.2811)数据显示,两...
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