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[期刊] 华北农学报
[作者]
张莘 常国斌 郑圣晗 王统苗 陈博雯 张扬 王志秀 陈国宏
BLEC1基因(C-type lectin-like receptor 1)编码C型凝集素样受体区域,与CD69家族的激活抗原相关,密切联系于禽类的先天性免疫功能。为了探究BLEC1基因在鸡中的遗传多样性以及不同鸡品种之间的抗病性差异,用苯酚和氯仿法提取26个不同鸡品种的DNA,对其BLEC1基因序列进行目标捕获测序,然后以NCBI上红色原鸡的BLEC1基因序列作为参考序列,序列号为NC_006103. 4,通过MEGA 6软件对26个鸡品种的BLEC1基因序列进行序列比对分析,筛选出不同鸡种BLEC1基因序列上的SNPs位点和Indels位点以及对应氨基酸的变化,并根据基因序列的差异运用邻接法系统聚类分析构建进化树。在26个鸡品种中共检测到14个SNPs位点和12个Indels位点,其中有5个SNPs位点和3个Indels位点在外显子上,外显子上的3个Indels位点在鸡种中广泛存在,且Indel1存在于除黑狼山鸡以外的所有鸡种中,这些SNPs位点和Indels位点导致氨基酸发生极大改变,外显子中氨基酸有3个发生错义突变,其余为同义突变。邻接法系统聚类分析将26个鸡品种分为3大类,其中,安卡鸡、SPF-来航鸡和泰和乌骨鸡聚为一类;萧山鸡单独为一类;其余鸡种聚为一类。综上表明,BLEC1基因在我国地方鸡品种中有着丰富的遗传多样性,且与不同鸡种的先天性免疫功能和抗病性相关。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
刘本帅 郑圣晗 原小雅 陈颖 张莘 王统苗 陈博雯 张扬 王志秀 常国斌 陈国宏
[目的]DMB2(major histocompatibility complex,class Ⅱ,DM beta 2)基因是鸡MHCⅡ类的典型基因座,通过比较不同鸡品种的DMB2基因序列探究该基因对鸡的免疫反应和抗病性的作用和意义。[方法]本研究对25个不同鸡种的DMB2基因序列进行目标捕获测序,以NCBI上Gallusgallus的DMB2基因序列作为参考序列,通过MEGA6软件进行序列比对分析,筛选出不同鸡种DMB2基因序列上的SNPs和Indels位点以及氨基酸的变化,并根据基因序列的差异构建系统进化树,探究不同鸡种的同源性。[结果]结果表明DMB2基因表现其遗传多态性的同时呈现出较高的保守性,外显子上突变和插入缺失较少。进化树分析显示抗病性较强的鸡种广西黄鸡、SPF-来航鸡、藏鸡、雪山草鸡的同源性较高。[结论]不同鸡种中DMB2基因呈现出较高的保守性,在进化过程中不易发生突变,该基因在鸡的免疫反应中具有重要作用。
[期刊] 华北农学报
[作者]
王海微 韩云飞 朱琳 曲悦 何沈雨 张忠臣 金正勋
为了比较分析OsRSR1表达特点及序列和功能变异与性状遗传变异关系,选用籽粒直链淀粉含量很高的籼稻品种和极低的糯稻品种及遗传背景相似,但籽粒直链淀粉含量存在显著差异的粳稻亲本和杂交子代超亲变异系等为供试材料,进行转录因子基因OsRSR1的克隆、表达量测定及生物信息学分析。结果表明,灌浆初始阶段和后期阶段OsRSR1表达量大,灌浆中期表达量小,呈V字形变化,籽粒OsRSR1表达量高的品种其籽粒直链淀粉含量低,反之表达量低的品种籽粒直链淀粉含量高,二者间呈负相关关系,而且品种间有性杂交子代OsRSR1表达量会出现超亲变异;籽粒直链淀粉含量不同的水稻品种间OsRSR1全长DNA碱基序列及mRNA碱基序列和氨基酸序列并不完全一致,存在着多态性,与亲本相比有性杂交后代DNA碱基序列无论是在外显子区还是内含子区都可发生变化,而且DNA转录mRNA过程中也发生个别碱基的变化,形成与DNA碱基序列不配的mRNA碱基序列,最终形成同义或非同义的三联体密码,是性状产生遗传变异和基因多态性的重要途径; OsRSR1由8个外显子和7个内含子组成,基因序列的碱基变化均未改变基因的完整结构,籽粒直链淀粉含量差异显著的6个供试材料间的个别氨基酸差异并未导致OsRSR1蛋白的基本元件和功能变化,该蛋白结构域保守性很强。为深入研究基因转录水平的分子调控和遗传变异机制提供理论依据。
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
李新华 胡兰 谷文峰 郝文博 杨晓宇
采集1日龄寿光鸡腿肌,提取RNA进行RT-PCR反应、TA克隆和测序,序列测定结果表明:寿光鸡腿肌中存在3种不同大小的MSTN cDNA。第1种MSTN cDNA由1128bp组成,将该序列命名为csMSTN-1,与已报道的鸡MSTN cDNA序列(gb:AF019621.1)同源性为99%;第2种MSTN cDNA由985bp组成,命名为csMSTN-2,与csMSTN-1相比,缺失了374～517处的143个碱基,并且在6处存在碱基变化;第3种MSTN cDNA由754bp组成,命名为csMSTN-3,与csMSTN-1相比,缺失了374～748处的374个碱基,并且存在26处碱基变化。这...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
孙建和 陆苹 蒋静
分别用鸡传染性法氏囊病病毒感染和用ConA免疫刺激健康鸡 ,无菌取处理鸡的脾脏 ,匀浆后用Tr izol抽提细胞总RNA ,应用随机引物反转录获得cDNA ,设计引物 ,经PCR扩增获得鸡白介素 - 6 (ChIL - 6 )基因 ,应用pGEM -T载体克隆该基因 ,经测序 ,表明其与GeneBank中公布的唯一的一个ChIL - 6基因为同源基因。
关键词：
鸡 ChIL-6基因 基因克隆
[期刊] 华北农学报
[作者]
陈文 李素雅 黄艳群 王彦斌 孙桂荣 韩瑞丽 康相涛
TLR3是发现的TLR家族中识别dsRNA的唯一成员,越来越多的数据显示TLR3基因具有重要的抗病毒感染的功能,而关于鸡TLR3的研究较少。本研究通过生物信息学进行了鸡TLR3基因的序列特性分析。结果表明,鸡TLR3至少有两种转录产物,均包含4个编码外显子,一种预测1个896氨基酸蛋白,另一种为缺失大部分外显子3的可变剪接产物,预测编码1个214氨基酸蛋白。TLR3序列比较分析表明,TLR3基因物种间的核苷酸同源性高于氨基酸序列,利用不同物种的TLR3氨基酸进行进化分析,表明TLR3氨基酸序列可很好反映物种间的遗传距离。
关键词：
鸡 TLR3 基因结构 遗传距离
[期刊] 西南农业学报
[作者]
张玉霞 袁小远 徐怀英 亓丽红 翟荣玲 王友令 艾武
从产蛋率下降的蛋鸡群中分离到1株具有血凝性的病毒,经HI交叉抑制试验证实为H9N2病毒,命名为A/Chicken/Shandong/JN/11,病毒对SPF鸡基本无致病性,IVPI为0。对其HA基因进行克隆测序,HA基因裂解位点的序列为RSSR↓GL,与弱毒基序一致;有7个潜在糖基化位点;受体结合位点除198位有变异外,其余均较保守;A/Chicken/Shandong/JN/11分离株分GenBank上发表的近几年来山东参考株HA基因的核苷酸之间的同源性为89.9%~97.4%,氨基酸序列之间的同源性为93.4%~97.5%。系统进化树分析表明,该毒株与近年来国内流行的A/Chicken/z...
关键词：
H9N2病毒 HA基因 序列分析
[期刊] 中国水产科学
[作者]
刘庆慧 黄倢 韩文君 王清印
根据已测序的WSSV VAP1全基因序列设计1对引物,经PCR扩增及琼脂糖凝胶电泳分析,扩增出约838bp的特异条带,将其回收后克隆入pGAPZαA载体中,并进行序列测定与分析。结果表明,扩增序列与GeneBank登录序列(GenBankNo AF411634)核苷酸同源性100%。序列分析表明,WSSV VAP1基因编码蛋白无跨膜区域,有多个蛋白激酶C、酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点和糖基化位点,并含有RGD序列,预示其为WSSV浸染中的一个重要蛋白。
[期刊] 水产学报
[作者]
王琳 梁旭方 李光照 刘秀霞 林群 白俊杰
从分子水平上探讨了鳜解偶联蛋白1、2(UCP1,2)基因结构、组织表达水平及与产热、脂肪代谢等生理机能的关系。通过与脊椎动物UCP1、UCP2基因序列进行比对,设计简并引物与特异引物进行PCR和RACE扩增、测序、拼接序列,获得UCP1、UCP2的基因组序列和内含子/外显子结构。基因组步行法克隆鳜肝脏UCP1、UCP2基因5′侧翼序列。应用半定量RT-PCR的方法,以β-肌动蛋白作为外参照,在其指数期增长的范围内得到鳜不同组织UCP1、UCP2的相对表达水平。结果表明,UCP1基因组全序列为3146bp,5′侧翼调控区为1333bp,含有5个内含子和6个外显子,开放阅读框(ORF)长942bp...
[期刊] 华北农学报
[作者]
乔新安 杨国宇 王艳玲 王月影 韩立强 朱彦彩 都军霞 范沛
基于电子延伸序列,克隆并分析了绵羊Gastorkine-1基因。提取皱胃黏膜组织总RNA,利用设计的引物进行RT-PCR,PCR产物与pMD19-T载体连接后转化E.coliJM109感受态细胞,检测阳性克隆并测序。克隆的绵羊Gas-torkine-1基因长619 bp,编码185个氨基酸,与人、小鼠、猪、牛的同源性分别为82.0%,48.8%,85.4%,96.9%,推测的氨基酸序列信号肽为1~20 aa,BRICHOS结构域为54~150 aa,结构特征与人、小鼠、猪、牛的Gastorkine-1相一致。
关键词：
绵羊 胃黏膜保护因子 克隆 序列分析
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
王鹤 张高华 王旭达 丰明 李怀梅 李树英
采用RT-PCR和RLM-RACE方法从单子叶盐生植物獐茅(Aeluropus littoralis(Gouan)Parl)中克隆了质膜Na+/H+逆向转运蛋白基因(AlSOS1,JN936862),并对其基因序列进行了分析。Southern杂交试验显示:AlSOS1基因在獐茅基因组中以单拷贝形式存在。AlSOS1基因cDNA全长3 641bp,其中编码区3 420bp,编码一个1 139氨基酸的蛋白。AlSOS1编码蛋白与芦苇、水稻质膜Na+/H+逆向转运蛋白亲缘关系最为接近,达到82%和77%,与双子叶植物拟南芥的亲缘关系仅为58%;系统发育分析显示AlSOS1基因编码蛋白与其他植物质膜型...
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
刘凯 谭晓风 龙洪旭 陈鸿鹏 曾艳玲 张琳
DGAT酶是催化TAG合成途径即Kennedy途径中唯一的限速酶。根据已报道油茶DGAT1基因部分cDNA序列设计引物,利用RT-PCR和RACE技术,对油茶DGAT1基因进行克隆及序列分析。结果表明:该基因序列全长为2 046 bp,包含1个完整的1 548 bp ORF及269 bp 5’UTR和229 bp 3’UTR,编码515个氨基酸;该基因被命名为co-dagt1。经过比对分析,发现油茶的DGAT1基因具有DGAT1基因特有的保守序列和相关特征,而且与其他植物的DGAT1基因具有较高的相似性,并对其蛋白质序列和理化性质进行了分析。
[期刊] 浙江林学院学报
[作者]
王正加 黄有军 夏国华 郑炳松 金松恒 黄坚钦
根据植物花分生组织及花器官形成过程中起重要作用的APETALA1(AP1)基因的高度保守区序列,设计合成一对长度为23 bp的聚合酶链式反应(PCR)引物,以山核桃Carya cathayensis基因组DNA为模板,采用PCR方法扩增出长为486 bp的DNA片段,克隆到pMD18-T载体。测序和序列分析结果表明,获得了山核桃AP1同源基因中的1个片段,该片段序列包含2个内含子,长度分别为86 bp和291 bp,编码区共编码36个氨基酸。其序列已在GenBank中注册(注册号为EU155118),在GenBank中进行同源性检索结果表明,其氨基酸序列与其他植物AP1同源基因的氨基酸序列同源...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
李芒 雷朝亮
利用反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)和快速扩增cDNA末端(RACE)技术扩增得到肚倍蚜体内的1型漆酶基因(LAC-1)。基因全长为2 327 bp包含1 773 bp的完整开放阅读框(ORF),5′和3′末端非翻译区域(UTR)分别为449 bp和105 bp。根据序列推导出该基因由591个氨基酸残基构成,理论分子质量约为67 ku,等电点为6.31,该序列具有4个氨基酸保守区:HWHGHH、THFWHSH、HPFHLHGH和WLFHCHIEFH。系统发育分析表明,扩增出的基因与其他昆虫LAC基因有较高的同源性。
关键词：
肚倍蚜 漆酶 cDNA克隆 序列分析
[期刊] 华北农学报
[作者]
柯晓静 郭润芳 于宏伟 贾英民
为了进一步研究多种植酸酶之间的相互作用,利用PCR技术,从黑曲霉WP1中克隆出植酸酶PhyB基因,该基因长1 560 bp,含有3段内含子,共编码460个氨基酸,与已报道的ALKO243的植酸酶Aph基因(GeneBank Acces-sion:L02420)相比较,编码的氨基酸序列同源性为99.13%,因此将其命名为PhyB1。该基因含有植酸酶保守序列“RHGXRXP”和“HD”。黑曲霉WP1植酸酶PhyB1基因序列已在国际基因库中注册,注册号为:DQ836360。
关键词：
黑曲霉 PhyB基因 PCR 序列分析
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