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[期刊] 中国水产科学
[作者]
田璐 李永吉 张艳春 李文辉 梁志强 谢仲桂 易大庆 易湘开 肖光明
为了解加州鲈(Micropterus salmoides)仔稚鱼类的肠道微生物随食性转化演替变化规律,连续采集分别代表摄食生物饵料时期(LP)、第1个转饵期(CP1)、第2个转饵期(CP2)及完全配合饲料时期(FP)的13、19、24和46日龄的加州鲈肠道内容物,采用16S r RNA扩增子测序,探究摄食不同饵料时期加州鲈仔稚幼鱼肠道微生物的物种多样性和相对丰度差异。结果分析表明,各时期肠道微生物Goods＿coverage均为1,表明测序结果可反映肠道真实存在的微生物。饵料转换显著影响加州鲈仔稚鱼肠道微生物多样性,转饵期(CP1、CP2)肠道微生物种类变化显著,结构组成呈单一化,而摄食活饵和完全配合饲料时期微生物均匀度分布较高。其中,FP阶段微生物物种最丰富、结构最复杂,属水平菌群相对丰度高于1%的菌群平均达16种,LP期平均有8种,而CP1、CP2两时期均不超过2种。假单胞菌属(Pseudomonas)平均相对丰度CP1、CP2两时期分别为93.27%、97.33%,占绝对优势,摄食不同饵料时期优势菌相对丰度存在显著差异,表明加州鲈仔稚鱼转饵对肠道相关功能的微生物产生显著影响,这可能是肠道对成分复杂的饵料吸收利用的响应。探究转饵成功的加州鲈仔稚鱼肠道微生物多样性组成,为加州鲈转饵驯化的机制研究提供了基础资料,也为从肠道微生态调控来改善或优化加州鲈转饵技术提供新视角。
关键词：
加州鲈 仔稚鱼 转饵 肠道微生物 多样性
[期刊] 西南农业学报
[作者]
但言 余凤琴 李双 陈元坤 陈红霖 李燕 王恕桥
【目的】研究不同生长阶段大口黑鲈(Micropterus salmoides)肠道微生物结构变化。【方法】在大口黑鲈9个不同生长阶段(5、6、7、9、10、12、14、15、16月龄)采集肠道黏膜样品,利用高通量测序方法,对肠道微生物进行16S rRNA分析。【结果】大口黑鲈生长前期OTU数量、Chao1指数、Shannon指数和Simpson指数均高于生长中后期,在6月龄均为最大;在各生长阶段微生物相对丰度大于2%的有9门17属,优势菌群有差异;随着生长阶段的推移,变形菌门(Proteobacteria)在生长前中期呈现出增加的趋势,随后上下波动;梭杆菌门(Fusobacteria)在生长前中期呈现降低的趋势,在中后期升高,随后降低;厚壁菌门(Firmicutes)在前中期呈现降低的趋势,随后上下波动;鲸杆菌属(Cetobacterium)在整个生长阶段表现出先降低后升高再降低的趋势,后期丰度大幅度提高;假单胞菌属(Pseudomonas)呈现前期升高后升高—降低交替变化的趋势。支原体属(Mycoplasma)所占比例在前期升高,中期降低,后期降低—升高交替变化;不同生长阶段的肠道微生物丰度差异标记类群存在一定的差异,生长前期主要为蓝细菌门(Cyanobacteria)、栖热菌门(Thermi)、披毛菌科(Gallionellaceae),中期主要为肠杆菌科(Enterobacteriaceae)、假单胞细菌科(Pseudomonadaceae)。【结论】大口黑鲈不同生长阶段肠道微生物菌群结构存在差异。在养殖过程中有可能通过精准利用微生态试剂来提高养殖效益。
关键词：
大口黑鲈 肠道微生物 16S rRNA
[期刊] 华北农学报
[作者]
田亚东 张大为 李敬 孙桂荣 韩瑞丽 蒋瑞瑞 康相涛
选取1日龄AA肉仔鸡母雏360只,随机分为3个处理组,分别饲喂以玉米、小麦、大米为单一淀粉源配制等能等氮饲粮,饲养28 d,利用末端限制性片段长度多态性(T-RFLP)技术测定不同饲粮类型对肉仔鸡肠道微生物群落多样性的影响。结果显示,限制性片段T-RF 160、T-RF 253和T-RF 292所代表的菌群是十二指肠、空肠和回肠中的优势菌群,大米饲粮组T-RF 253和T-RF 292片段所代表菌群优势度较玉米饲粮组和小麦饲粮组稍低,盲肠中优势菌群结构和含量与小肠存在较大差异。不同饲粮组间肉仔鸡肠道微生物群落的香侬-威纳指数、辛普森指数和均匀度指数均无显著差异(P>0.05),但大米饲粮组较玉...
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
汪毅 闫明磊 李航 黄旭雄 李松林
以商品饲料为对照组(A组)、喷涂市售光合细菌菌液(B组)、红假单胞菌菌液(C组)和红螺菌菌液(D组)饲料为试验组,研究饲料喷涂不同光合细菌对凡纳滨对虾幼虾[(1.21±0.24) g]生长、肝胰腺消化酶活性及肠道微生物群落组成的影响。结果显示:光合细菌处理组(B、C和D组)的增重率高于对照组,但差异不显著(P>0.05); C组和D组对虾肝胰腺淀粉酶活力显著高于对照组(P0.05)。高通量测序结果表明,随着对虾的生长,其肠道微生物丰富度和多样性均提高。摄食喷涂光合细菌饲料后对虾肠道γ-变形细菌纲所占百分比减少,其中C组和D组γ-变形细菌纲比例显著低于对照组(P<0.05)。各组对虾肠道中检测到的占比大于0.5%的主要微生物属有9个,分别为希瓦氏菌属(Shewanella)、气单胞菌属(Aeromonas)、嗜冷菌属(Algoriphagus)、纤维弧菌属(Cellvibrio)、GpXIII、小梨形菌属(Pirellula)、浮霉状菌属(Planctomyces)、假单胞菌属(Pseudomonas)和红细菌属(Rhodobacter)。使用光合细菌没有显著改变对虾肠道微生物群落的整体丰富度和多样性,但在一定程度上丰富对虾肠道微生物属水平的组成。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
荣华 谢雨晴 赵涛 殷红 袁莉芸 刘襄河 杨子寒 石宇 李修峰 张雷
本研究旨在探讨食性对鱼类肠道菌群组成和多样性的影响，并预测特定菌群对不同营养素的潜在功能。实验采用高通量16S rRNA基因测序技术，提取获得滇池高背鲫(Carassius auratus)、草鱼(Ctenopharyngodon idellus)、鳜鱼(Siniperca chuatsi)、昆明裂腹鱼(Shizothorax grahami) 4种不同食性鱼类的肠道内容物，12个样品的16S rRNA，构建文库并测序，分析这4种鱼类肠道微生物的菌落组成和多样性。结果显示，鱼类肠道菌群多样性受到食性的显著影响(P<0.05)，综合表现为杂食性(滇池高倍鲫) > 草食性(草鱼) > 滤食性(昆明裂腹鱼) > 肉食性(鳜鱼)。4种鱼类具有一些相同的优势菌群：变形菌门(Proteobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes)。然而，优势菌群在属水平上存在一定差异，如不动杆菌属(Acinetobacter)为鳜鱼的优势菌群，拟杆菌属(Bacteroides)为草鱼的优势菌群等。功能预测发现，鳜鱼肠道中以革兰氏阴性菌为主；草鱼抗病潜力略高于其他3种鱼类；约氏不动杆菌(A.＿ johnsonii)、鲁氏不动杆菌(A. lwoffii)和施氏假单胞菌(Pseudomonas stutzeri)可能有助于宿主对蛋白质的消化，而拟杆菌属中的某些菌群可能有助于宿主消化纤维素。综上所述，食性是影响鱼类肠道菌群组成和多样性差异化的主要因素之一，分析食性与肠道优势菌群之间的关联，探讨特异菌群的功能，可为研究鱼类营养代谢的微生物效应奠定理论基础。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
郝耀彤 吴山功 王桂堂 邹红 李文祥
对草鱼(Ctenopharyngodon idellus)先饲喂人工饲料再饲喂苏丹草,运用PCR-DGGE的方法,比较了食物改变引起的草鱼肠道微生物菌群结构的变化过程。结果显示,饲喂同种饲料的草鱼后肠与前、中肠样品间菌群结构存在显著差异(TH0-F0=-2.268,P<0.05),饲喂不同种食物的相同肠段样品间菌群结构也存在着显著差异(P
[期刊] 水产学报
[作者]
孙光
随着鱼类仔稚鱼的生长发育,其营养生理、消化系统结构、口径大小、捕食能力及水中分布等都发生变化,从而影响其对不同饵料生物的摄食,加之其长期系统发育中所形成的本能和嗜好,从而形成其对饵料生物的选择性。优良的饵料生物则需满足(1)形态及大小适于仔稚鱼摄食,(2)游泳速度及分布便于仔稚鱼摄食,(3)易消化吸收、营养价值高等要求。鱼种不同,对饵料生物的选择性亦不同。在鱼类的苗种生产中,弄清仔稚鱼对饵料生物的选择性,对合理有效地利用现用饵料、开发新的饵料生
关键词：
真鲷 育苗 饵料生物 选择性
[期刊] 水产学报
[作者]
郁二蒙 张振男 夏耘 谢骏 王广军 余德光
为了探究投喂冰鲜杂鱼和人工配合饲料对大口黑鲈肠道菌群的影响,本研究采用变性梯度凝胶电泳技术(PCR-DGGE)对摄食不同饵料的2组鲈鱼肠道内容物的细菌群落结构进行了比较分析。结果显示,冰鲜组与饲料组的大口黑鲈肠道菌群组成相似性较低(相似性24%),且冰鲜组肠道菌群多样性高于饲料组。对2组大口黑鲈中共有条带和特异性条带进一步测序分析显示,2组大口黑鲈肠道共有菌有红螺菌、梭菌、保科爱德华菌、嗜麦芽窄食单胞菌和蓝细菌。冰鲜组大口黑鲈肠道中的特异性菌归属为拟杆菌、肉食杆菌、魏斯氏菌和邻单胞菌;饲料组大口黑鲈肠道中的特异性菌归属为黄杆菌、鲸杆菌、柠檬明串珠菌、缺陷短波单胞菌。研究表明,与投喂冰鲜杂鱼的大...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
吴金平 杨代勤 杜浩 罗江 熊伟 刘源 朱建强 危起伟
为了解锌对长江鲟(Acipenser dabryanus)类肠道菌群的多样性及群落结构组成的影响,本研究配制了14.77,57.71和364.5 mg/kg的3种不同锌水平的饲料,养殖长江鲟幼鱼8周,采集了后肠粪便,测定了后肠粪便的肠道α-多样性、群落结构组成与OTU数量。结果显示:随饲料锌水平的升高,基于丰度的覆盖估计值(ACE指数)、Observed species指数、Chao1丰富度估计指数(Chao1指数)出现了下降的趋势,364.5 mg/kg组最低,364.5 mg/kg组与14.77 mg/kg组之间差异显著,与57.71mg/kg组之间无显著差异。香浓多样性指数、辛普森多样性指数与普系α-多样性(Phylogenetic diversity, PD-whole tree)值也表现出随饲料锌水平的升高而下降的趋势,且三种指数均在364.5 mg/kg时最低,但各组之间无显著性差异。在科水平上,梭杆菌科、肠杆菌科与梭菌科类的总和分别占前10种科的80.82%、92.89%、93.37%,表明在不同锌饲料处理水平下,上述3个菌科在鱼类肠道菌群的组成中占据优势。在属水平上,鲸杆菌属(Cetobacterium)、梭菌属类(unidentified_Clostridiales)、邻单胞菌属(Plesiomonas)与柠檬酸杆菌属(Citrobacter)总和分别占前10种属的总和百分比分别达78.32%、81.56%、89.28%,表明这4种细菌属是优势属。三个处理组的总OTU数随饲料锌水平的升高而出现了下降的趋势,三个处理组的OTU数分别为1 160、790、654。上述结果表明,饲料锌含量对长江鲟幼鱼肠道的α-多样性、群落结构组成及OTU数量产生了影响,且饲料锌含量过高时会影响长江鲟幼鱼肠道的α-多样性、群落结构丰度及OTU数。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
周文豪 陈孝煊 张冬晓 陈昌福
对草鱼摄食人工配合饲料和紫背浮萍后其肠道内好氧和兼性厌氧细菌的数量和组成进行了研究。将摄食后的草鱼分别于３、６、１２、２４、４８和７２ｈ取样，对其前、中、后肠内的细菌数量和组成进行了分析。结果发现：摄食前，草鱼肠道中的细菌数量为１０５ｃｆｕ／ｇ～１０６ｃｆｕ／ｇ，摄食人工配合饲料和紫背浮萍后，细菌数量呈现先增加（达到１０６ｃｆｕ／ｇ～１０８ｃｆｕ／ｇ）后减少的趋势。人工配合饲料和紫背浮萍中的细菌数量分别为１０４ｃｆｕ／ｇ和１０６ｃｆｕ／ｇ。摄食后，肠道菌群的组成发生变化，其组成与人工配合饲料或紫背浮萍相似。饵料中的菌群在摄食后４８ｈ内可以影响草鱼的肠道中的菌群的数量及组成。
关键词：
草鱼 摄食 肠道菌群
[期刊] 水产学报
[作者]
洪斌 牛犇 陈萍 李薇 刘海泉 潘迎捷 赵勇
探究凡纳滨对虾和罗氏沼虾肠道微生物及抗生素抗性基因(antibiotic resistance genes, ARGs)种类的差异。通过高通量测序和变性梯度凝胶电泳(denaturing gradient gel electrophoresis, DGGE)技术分析2种虾肠道微生物群落结构差异和微生物多样性,并运用PCR方法检测了2种虾肠道细菌常见38种ARGs的携带情况。结果显示,获得凡纳滨对虾和罗氏沼虾肠道细菌有效序列分别为42 795和40 713条,物种注释单元(operational taxonomic unit, OTU)数目分别为124和82,分类地位明确的细菌种类分别隶属5个门、17个属和5个门、16个属。凡纳滨对虾肠道细菌的优势类群为变形菌门,所占比例为75.45%,优势菌属为副球菌属(25.83%)和不动杆菌属(25.24%);罗氏沼虾肠道细菌的优势类群是厚壁菌门(49.74%),优势菌属为乳球菌属(49.01%)和弧菌属(29.98%)。凡纳滨对虾肠道细菌(2.19)Shannon指数高于罗氏沼虾肠道细菌(1.78),表明前者肠道细菌多样性大于后者。DGGE图谱的分析结果与高通量测序一致,2种虾肠道细菌种类差异很大。PCR结果显示,凡纳滨对虾肠道细菌携带15种ARGs,罗氏沼虾肠道细菌携带14种ARGs。本实验表明凡纳滨对虾肠道细菌的群落种类多样性、OTU丰富度、物种总数和ARGs种类均高于罗氏沼虾肠道细菌,为后续肠道微生物资源的挖掘提供了理论依据。
[期刊] 水产学报
[作者]
罗雅静 董立学 田娟 陆星 郭忠宝 罗永巨 文华 蒋明
为研究饲料不同磷水平对吉富罗非鱼营养代谢及肠道微生物的影响，实验以磷酸二氢钙作为磷源，配制成总磷含量为0.26%(低磷组)、0.81%(适磷组)和1.51%(高磷组)的3组等氮等能饲料，每种饲料为一处理，每处理设置4个重复，每个重复30尾鱼，用3种饲料分别饲喂初始体重为(8.42±0.09) g的吉富罗非鱼8周。结果显示，适磷组罗非鱼的增重率和特定生长率显著高于低磷组和高磷组，饲料系数在适磷组最低。脏体比、肝体比和肥满度随饲料磷水平的升高呈逐渐下降趋势。随着饲料磷水平的增加，吉富罗非鱼干物质、粗蛋白、粗脂肪、磷的表观消化率显著降低。对筛选到的差异代谢物进行KEGG注释和富集分析发现，饲料磷缺乏时下调的差异代谢物主要富集的代谢通路为氰胺酸代谢、葡萄糖酸酯的生物合成、丙氨酸、天冬氨酸和谷氨酸代谢，上调的差异代谢物主要富集的代谢通路为脂肪酸合成；当饲料磷过量时下调的差异代谢物主要富集代谢通路为精氨酸和脯氨酸代谢、苯丙酸的生物合成，上调的差异代谢物主要富集代谢通路为氨基糖和核苷酸糖的代谢。Ace、Chao1和Shannon指数表明吉富罗非鱼肠道菌群丰度和多样性随着饲料磷水平的升高呈现升高趋势。厚壁菌门、放线菌门、变形菌门和拟杆菌门为吉富罗非鱼肠道菌群中的优势菌门。罗姆布茨菌属、鲸杆菌属等有益菌属的丰度在适磷组最高，分枝杆菌属和拟杆菌属的丰度随饲料磷含量的增加呈下降趋势。本研究表明，饲料中适量的磷能提高吉富罗非鱼对饲料的表观消化率，磷缺乏和过量会抑制罗非鱼的氨基酸代谢，磷缺乏会加快脂肪酸合成进程；饲料中适量磷可以提高菌群丰度和多样性，有利于肠道健康。
关键词：
磷 吉富罗非鱼 营养代谢 肠道微生物
[期刊] 海洋渔业
[作者]
田晓清 张衡 马丽艳 樊成奇 苑丽东 杨桥
利用东海水产研究所开展的2012年东南太平洋智利竹鱼(Trachurus murphyi)渔场生态环境调查,对该海域75个站点进行了海洋微生物样品的采集;通过菌株的16S rRNA测序及GenBank数据库比对,分析了从所采样品中分离获得的海洋微生物菌株的物种多样性;通过菌株发酵、代谢产物提取及其抗菌滤纸扩散分析,对其发酵代谢产物粗提物进行了抗菌活性筛选;通过类胡萝卜素合成通路中八氢番茄红素合成酶(crtB)及脱氢酶(crtI)基因分析,对筛选到的抗菌活性菌株进行了基因筛选。结果表明,累计分离获得可培养海洋微生物菌株628株,其隶属12个属,其中的优势菌属包括亚硫酸盐杆菌属(Sulfitob...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
赵玉蓉 王红权 贺建华 范志勇
选取64头胎次相同、28日龄断奶、体重相近(7.5 kg左右)、健康的三元杂交仔猪(杜×长×大),随机分为2个处理组,即基础日粮组和添加1%谷氨酰胺(Gln)试验组,每组32头猪(公母各半),平分成4栏进行30 d饲养.饲养试验结束后,每栏分别取1头体重相近的小公猪进行屠宰,分别取直肠、盲肠、结肠内容物进行肠道菌群分析;取十二指肠、空肠和回肠制光镜切片,观察小肠绒毛、隐窝的变化.结果表明:添加1%Gln能改善肠道微生态菌群和小肠黏膜形态,减少致病菌.与对照组相比,直肠、盲肠、结肠内容物中乳酸杆菌分别增加2.8%(P<0.05)、4.1%(P<0.05)和4.0%(P<0.05),双歧杆菌分别增...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
杨会玲 高玉鹏 周利勇 许尧兴 李艳丽 许少春
【目的】研究合生素对肉仔鸡盲肠微生物区系的影响。【方法】选择1日龄肉仔鸡450只,随机分成5个日粮处理,分别为基础日粮、基础日粮+抗生素、基础日粮+益生素、基础日粮+益生元、基础日粮+合生素。每个处理3个重复,每个重复30只。在21和42日龄,每个重复选择4只屠宰,无菌采集盲肠内容物,提取细菌基因组总DNA,PCR扩增16s rDNA,用DGGE方法分析盲肠细菌群落结构的变化,用实时荧光定量PCR检测肠道中总菌、乳酸杆菌、双歧杆菌和大肠杆菌数量。【结果】在21和42日龄,日粮添加合生素比单独应用益生素、益生元或抗生素提高了肉仔鸡的平均日增重和饲料转化率(P<0.05),肉仔鸡盲肠DGGE条带数...
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