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[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
伏晓玉 柳苗苗 杨雅楠 闫尊强 王欣荣
【目的】完善和优化绵羊(Ovis aries)基因组注释信息,解析绵羊睾丸组织在不同繁殖力水平的遗传机理。【方法】以高繁殖力绵羊品种湖羊和低繁殖力绵羊品种藏绵羊(各3只)为研究对象,采集其睾丸组织,提取RNA,构建c DNA文库,进行RNA-Seq测序,对测序数据进行组装。利用Cuffcompare软件对重新组装的测序数据与绵羊参考基因组进行比对分析,优化已注释基因的结构,并挖掘新转录本,对新转录本进行GO和KEGG通路分析。使用DESeq软件挖掘差异表达新转录本,对其进行GO和KEGG通路分析。随机选取表达显著上调和下调的新转录本各5个,采用实时荧光定量PCR(RT-q PCR)对其表达水平进行验证。【结果】对6只供试羊构建了6个独立的c DNA文库,共获得266 009 566个原始读段,质量控制后得到133 004 783个过滤后读段;6个c DNA文库过滤后读段的GC含量在49.61%~51.14%,符合碱基组成规律,Q30比例≥92.96%。对4 273个已注释基因的结构进行了优化,其中5'非翻译区域(UTR)延伸基因2 027个,3'UTR延伸基因1 907个,5'和3'UTR同时延伸基因339个。挖掘到12 178个新转录本,GO功能分析显示,2 416个新转录本注释到生物学过程、细胞组成和分子功能;KEGG富集发现新转录本显著富集在单纯疱疹病毒Ⅰ型感染、过氧物酶体、河马信号通路。与湖羊相比,藏绵羊睾丸组织中有155个新转录本表达差异显著,其中103个表达上调,52个表达下调;GO功能分析显示,差异新转录本富集在细胞过程、膜部分、绑定等条目;KEGG富集发现差异新转录本显著富集在钙信号通路和核因子-κB炎症信号通路等。10个差异表达新转录本的RT-q PCR验证试验结果与RNA-Seq结果趋势一致。【结论】从湖羊和藏绵羊睾丸组织中共挖掘出12 178个新转录本,其中155个差异表达。这些新转录本主要通过参与细胞功能、生物调节和代谢途径,以及通过核因子-κB炎症信号和钙信号通路广泛参与调控生殖细胞的增殖与分化、睾酮的分泌、免疫应答、Ca2+跨膜转运等途径,进而调控绵羊睾丸的发育和精子的发生。
关键词:
湖羊 藏绵羊 睾丸 新转录本 家畜繁殖
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
王正文 张凌云 安雪姣 张小强 杨雅楠 蔡原 赵生国
[目的]挖掘肉牛(Bos taurus)新转录本,探讨其潜在功能,为进一步探明牛肉品质差异的遗传机制提供思路。[方法]以平凉红牛、杂交和牛(和牛×平凉红牛)和西门塔尔牛为研究对象,采集其背最长肌,进行RNA-seq测序,构建cDNA文库,将重新组装的测序数据与牛参考基因组序列进行比对分析,优化已注释转录本的信息,挖掘新转录本并对其进行功能富集分析。随机挑选9个显著差异表达的新转录本进行RT-qPCR验证。[结果]对1 081个转录本的5'非翻译区域(UTR)和1 586个转录本的3'UTR分别实现了延伸,并对1 038个转录本的5'和3'UTR都实现了延伸。挖掘新转录本442个,其中92个新转录本在不同群体间表达差异显著(P<0.05);GO分析显示,表达差异显著的新转录本在代谢过程、酶催化活性和细胞部分等显著富集;KEGG富集发现,显著差异表达的新转录本显著富集在味觉转导、过氧化物酶、河马(Hippo)和MAPK等信号通路中。RT-qPCR结果与RNA-seq结果在定量方面存在差异,但变化趋势一致,说明转录组测序结果可靠。[结论]新转录本通过各种代谢途径和通路广泛参与调控牛肌肉生长、脂肪沉积、疾病和免疫等各项生命活动。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
李晓林 牛志刚 陈莹 塔纳普·别克 夏江涛 魏玉刚 史洪才 贾斌
【目的】阿勒泰羊是新疆北部地区重要的产多羔绵羊品种,但一直未找到影响其高繁殖力的主效基因。以影响排卵数的BMP15基因作为候选基因,从分子水平上对阿勒泰的多胎机制进行研究。【方法】以PCR直接测序法获得SNP位点,分析突变位点的特性,并通过大规模的群体检测统计推断其遗传效应。【结果】阿勒泰羊在BMP15基因的内含子667 bp和外显子2的755 bp处发生突变,2个位点均只有2种基因型,且纯合子为优势基因。与产羔数关联分析发现仅外显子2的755 bp处位点2种基因型差异显著,经群体验证得到同样结果,TC型
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
段国庆 江河 胡王 潘庭双 胡玉婷 凌俊
比较不同来源黄鳝(Monopterus albus)的个体繁殖力,研究了其个体繁殖力分布特征、变化规律及与生物学指标的关系。以怀卵量作为绝对繁殖力的表征参数,对雌性黄鳝进行解剖测定。结果显示,野生黄鳝绝对繁殖力(F)为181–729粒,人工培养黄鳝F值为165–589粒,人工繁育黄鳝F值为135–352粒;野生黄鳝基于体重的相对繁殖力(FW)为5.4–11.8粒/g,人工培养黄鳝FW为3.5–9.3粒/g,人工繁育黄鳝FW为4.96–8.55粒/g;野生黄鳝基于体长的相对繁殖力(Fl)为5.8–17.2粒/MM,人工培养黄鳝Fl为4.85–15.00粒/MM,人工繁育黄鳝Fl为4.35–9.0...
关键词:
黄鳝 繁殖力 来源 体色
[期刊] 西南农业学报
[作者]
侯衍猛 葛仕豪 魏军强 王树迎 刘晓东 韩小康
比较高繁殖力的济宁青山羊和低繁殖力的沂蒙黑山羊不同季节血浆中褪黑素(melatonin,MT)的分泌变化规律,分析MT与山羊繁殖力之间的关系。采用放射免疫分析法(RIA)测定血浆MT浓度,结果表明:MT昼夜分泌峰值出现在00:00时,峰值以夏至为最高(P<0.05),济宁青山羊达到极显著水平(P<0.01);两羊种春分和秋分之间的峰值差异均不明显。除冬至外的其它三个季节济宁青山羊在各个采样点的激素浓度均高于沂蒙黑山羊,冬至结果与之相反。夜间褪黑素的平均含量济宁青山羊均极显著高于沂蒙黑山羊(P<0.01),但冬至时结果亦相反。
关键词:
济宁青山羊 沂蒙黑山羊 季节 褪黑素
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
杨晓慧 朱政财 徐放 王海华 李文业 杨振意 陈小金 朱报著
【目的】木棉是我国南方地区重要的观赏植物,研究不同时期花蕾和花朵的花瓣基因表达差异,揭示花色变异的遗传调控机制,为建立花色定向育种技术提供科学依据。【方法】以木棉不同发育时期深红色花和黄色花的花瓣为研究对象,利用Illumina HiSeqTM 4000开展转录组测序;分别采用DESeq2和Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)数据库进行差异表达基因鉴定和通路富集分析。【结果】测序共获得75 190个单基因,4 772个单基因能被公共数据库注释;基因功能富集分析显示,基因主要富集在基本功能预测、信号转导机制和转录后修饰、蛋白折叠、分子伴侣等通路。共获得不同时期差异表达基因10 397个,显著富集在29个生物学通路,主要包括光合作用、代谢和植物激素信号转导通路等。其中,参与苯丙烷生物合成通路的差异表达基因有72个,参与类胡萝卜素、黄酮类生物合成通路和苯丙氨酸代谢通路的差异表达基因分别为25个,这些通路和基因均与花青素的生物合成相关;另有4个差异表达基因显著富集在甜菜碱的生物合成通路中。qRT-PCR数据验证了转录组数据的可靠性。【结论】(1)光合作用、代谢、植物激素信号转导、黄酮类生物合成、苯丙烷生物合成、苯丙氨酸代谢及能量代谢等通路相关基因可能参与花瓣的发育过程。(2)黄酮类生物合成通路相关基因在深红色花发育的花蕾中期与花朵期显著高表达,可能是花色呈现红色的主要原因。(3)类胡萝卜素生物合成通路的关键合成酶基因的部分家族成员在黄色花发育的花蕾期和花蕾中期显著高表达,可能是导致花色呈现黄色的主要原因。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
庄永林 沈晋良 陈峥
用稻茎浸渍法测定了三唑磷对褐飞虱的毒力, 并用其亚致死剂量 (约为 L C1 ) 处理褐飞虱三龄若虫, 存活若虫饲养至羽化后按翅型分成单对继续饲养, 观察并记录其繁殖力。结果表明, 三唑磷处理三龄若虫对其存活的长翅型和短翅型成虫的产卵均有明显的刺激作用, 如施用三唑磷防治水稻螟虫会促使褐飞虱在本地和迁入地猖獗发生。为此, 对如何科学合理地应用三唑磷防治水稻螟虫进行了讨论。
关键词:
三唑磷 褐飞虱 繁殖力
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
曹少先 杨利国 姜勋平 茆达干 赵文魁 张兆伯
用 10个随机引物对 11个波尔山羊精液样本DNA进行随机扩增 ,得到 113个标记 ,其中多态标记 31个。分析DNA多态标记与公羊总采精量、平均每次射精量、冻前活力、冻后活力、稀释倍数等的关系 ,发现OPK0 9 4标记阳性组山羊总采精量和平均每次射精量显著高于阴性组山羊 (P
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
刘小红
以水杉原生种为材料,提取其幼嫩植株的根、茎和叶的总RNA,经m RNA纯化、反转录、全长转录组文库构建等过程,再采用SMRT技术测定其全长转录本序列,运用生物信息学对获得的原始转录组数据进行分析。结果显示:提取的总RNA符合建库要求;全长转录组测序共获得了包含5 914 711个亚读段(subreads)的14.0 Gb的数据,质量控制处理后包括236 130个全长非嵌合读段(reads)和97 626个一致性reads;转录本经去冗余处理后共获得61 057个全长一致性读段(unigenes),其中有54 099个被成功注释到7个数据库中,注释比达88.60%;对水杉unigenes作CDS(coding sequence)长度分布及转录因子分析,其CDS长度范围为144~6477 nt,平均长度约为679 nt;共检测到2386个转录因子,这些转录因子可以归类为29个家族。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
刘小红
以水杉原生种为材料,提取其幼嫩植株的根、茎和叶的总RNA,经m RNA纯化、反转录、全长转录组文库构建等过程,再采用SMRT技术测定其全长转录本序列,运用生物信息学对获得的原始转录组数据进行分析。结果显示:提取的总RNA符合建库要求;全长转录组测序共获得了包含5 914 711个亚读段(subreads)的14.0 Gb的数据,质量控制处理后包括236 130个全长非嵌合读段(reads)和97 626个一致性reads;转录本经去冗余处理后共获得61 057个全长一致性读段(unigenes),其中有54 099个被成功注释到7个数据库中,注释比达88.60%;对水杉unigenes作CDS(coding sequence)长度分布及转录因子分析,其CDS长度范围为144~6477 nt,平均长度约为679 nt;共检测到2386个转录因子,这些转录因子可以归类为29个家族。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
袁新程 戴习林 朱其建 李玉峰 胡彦杰 周迅 丁福江
为探讨罗氏沼虾繁殖性能,本实验通过测定5个罗氏沼虾专门化品系选择系(A、B、C、D、E系)连续3次抱卵的单位体质量抱卵量(F_W)、卵巢发育周期(C_O)、受精卵卵径(D_E)、卵黄蛋白原(VTG)含量、组织蛋白酶D(CTSD)活性等指标,比较分析5个选择系的繁殖力,以期筛选出高繁殖力品系罗氏沼虾。结果显示:罗氏沼虾绝对抱卵量(F)、F_W与体质量正相关显著(P<0.05),F与F_W呈极显著正相关(P0.05);C_O范围为18.823.8 d,第二次大于第一次(28 d),各系间无差异(P>0.05)
[期刊] 华北农学报
[作者]
李冬杰 魏景芳 王淳 李世杰
采用AS系列负氧离子 (O- 2 )发生器 ,使蓖麻蚕、家蚕 1~ 5龄生活在空气富含O- 2 (浓度 >5× 10 4 N/cm2 )的蚕室中 ,按蛹、蛾、卵、蚁蚕、蚕系列生殖发育顺序 ,系统地研究了负氧离子对它的影响与作用。结果表明 :处理组比对照组出蛾齐一 ,羽化率增高 ,产卵速度加快 ,总产卵量增多 ,良卵率加大 ,不受精卵率减少 ,胚子发育整齐 ,孵化齐一 ,孵化率增高 ,并在一定程度上能增进次代蚕的强健度。另外 ,幼虫期和卵期环境中都补充O- 2 ,可使实用孵化率极显著地高于对照 11 38个百分点 (家蚕 )和 9 0 8个百分点 (蓖麻蚕 ) ,而只在卵期补充负氧离子 ,也可有...
关键词:
负氧离子 家蚕 蓖麻蚕 繁殖力
[期刊] 中国水产科学
[作者]
凌建忠 严利平 林龙山 李建生 程家骅
根据2003年东海区渔业资源监测网的调查数据,利用单位补充量繁殖力和单位补充量亲鱼资源生物量估算模型,对东海带鱼(Trichiurus japonicusTemminck et Schlegel,1844)渔业资源现状进行分析,结果表明:(1)根据单位补充量繁殖力的估算,当tc=0.5龄、F≥1.15时和当tc=1龄、F≥2.30时,带鱼渔业处在高危险区;而当tc≥1.5龄时,可以承受较大的捕捞压力。(2)根据单位补充量亲鱼资源生物量的估算,当tc=0.5龄、F≥1.22时和当tc=1龄、F≥2.40时,带鱼渔业处在高危险区;而当tc≥1.5龄以上时,可以承受较大的捕捞压力。(3)目前(200...
关键词:
带鱼 繁殖力 合理利用 东海
[期刊] 中国水产科学
[作者]
朱新平 陈永乐 魏成清 刘毅辉 黄善衔 陈炎星
在自然温度、人工环境及人工饲养条件下 ,黄喉拟水龟可以自然产卵 ,产卵高峰期在 5~ 6月份。产卵时间有逐年集中并前移的趋势。饲养 2年半中 ,产卵次数、产卵量及受精率逐年提高 ,产卵量增长了134 % ,受精率提高了 7.8% ,产卵次数增加了 99%。产卵高峰期、受精率高峰期与日粮需求高峰期时间一致。环境的适应及饲料的质和量是决定繁殖力高低的主要因子。
关键词:
黄喉拟水龟 人工饲养 繁殖力
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