【目的】研究不同生长阶段大口黑鲈(Micropterus salmoides)肠道微生物结构变化。【方法】在大口黑鲈9个不同生长阶段(5、6、7、9、10、12、14、15、16月龄)采集肠道黏膜样品,利用高通量测序方法,对肠道微生物进行16S rRNA分析。【结果】大口黑鲈生长前期OTU数量、Chao1指数、Shannon指数和Simpson指数均高于生长中后期,在6月龄均为最大;在各生长阶段微生物相对丰度大于2%的有9门17属,优势菌群有差异;随着生长阶段的推移,变形菌门(Proteobacteria)在生长前中期呈现出增加的趋势,随后上下波动;梭杆菌门(Fusobacteria)在生长前中期呈现降低的趋势,在中后期升高,随后降低;厚壁菌门(Firmicutes)在前中期呈现降低的趋势,随后上下波动;鲸杆菌属(Cetobacterium)在整个生长阶段表现出先降低后升高再降低的趋势,后期丰度大幅度提高;假单胞菌属(Pseudomonas)呈现前期升高后升高—降低交替变化的趋势。支原体属(Mycoplasma)所占比例在前期升高,中期降低,后期降低—升高交替变化;不同生长阶段的肠道微生物丰度差异标记类群存在一定的差异,生长前期主要为蓝细菌门(Cyanobacteria)、栖热菌门(Thermi)、披毛菌科(Gallionellaceae),中期主要为肠杆菌科(Enterobacteriaceae)、假单胞细菌科(Pseudomonadaceae)。【结论】大口黑鲈不同生长阶段肠道微生物菌群结构存在差异。在养殖过程中有可能通过精准利用微生态试剂来提高养殖效益。

为了解加州鲈(Micropterus salmoides)仔稚鱼类的肠道微生物随食性转化演替变化规律,连续采集分别代表摄食生物饵料时期(LP)、第1个转饵期(CP1)、第2个转饵期(CP2)及完全配合饲料时期(FP)的13、19、24和46日龄的加州鲈肠道内容物,采用16S r RNA扩增子测序,探究摄食不同饵料时期加州鲈仔稚幼鱼肠道微生物的物种多样性和相对丰度差异。结果分析表明,各时期肠道微生物Goods＿coverage均为1,表明测序结果可反映肠道真实存在的微生物。饵料转换显著影响加州鲈仔稚鱼肠道微生物多样性,转饵期(CP1、CP2)肠道微生物种类变化显著,结构组成呈单一化,而摄食活饵和完全配合饲料时期微生物均匀度分布较高。其中,FP阶段微生物物种最丰富、结构最复杂,属水平菌群相对丰度高于1%的菌群平均达16种,LP期平均有8种,而CP1、CP2两时期均不超过2种。假单胞菌属(Pseudomonas)平均相对丰度CP1、CP2两时期分别为93.27%、97.33%,占绝对优势,摄食不同饵料时期优势菌相对丰度存在显著差异,表明加州鲈仔稚鱼转饵对肠道相关功能的微生物产生显著影响,这可能是肠道对成分复杂的饵料吸收利用的响应。探究转饵成功的加州鲈仔稚鱼肠道微生物多样性组成,为加州鲈转饵驯化的机制研究提供了基础资料,也为从肠道微生态调控来改善或优化加州鲈转饵技术提供新视角。

本研究旨在探讨食性对鱼类肠道菌群组成和多样性的影响，并预测特定菌群对不同营养素的潜在功能。实验采用高通量16S rRNA基因测序技术，提取获得滇池高背鲫(Carassius auratus)、草鱼(Ctenopharyngodon idellus)、鳜鱼(Siniperca chuatsi)、昆明裂腹鱼(Shizothorax grahami) 4种不同食性鱼类的肠道内容物，12个样品的16S rRNA，构建文库并测序，分析这4种鱼类肠道微生物的菌落组成和多样性。结果显示，鱼类肠道菌群多样性受到食性的显著影响(P<0.05)，综合表现为杂食性(滇池高倍鲫) > 草食性(草鱼) > 滤食性(昆明裂腹鱼) > 肉食性(鳜鱼)。4种鱼类具有一些相同的优势菌群：变形菌门(Proteobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes)。然而，优势菌群在属水平上存在一定差异，如不动杆菌属(Acinetobacter)为鳜鱼的优势菌群，拟杆菌属(Bacteroides)为草鱼的优势菌群等。功能预测发现，鳜鱼肠道中以革兰氏阴性菌为主；草鱼抗病潜力略高于其他3种鱼类；约氏不动杆菌(A.＿ johnsonii)、鲁氏不动杆菌(A. lwoffii)和施氏假单胞菌(Pseudomonas stutzeri)可能有助于宿主对蛋白质的消化，而拟杆菌属中的某些菌群可能有助于宿主消化纤维素。综上所述，食性是影响鱼类肠道菌群组成和多样性差异化的主要因素之一，分析食性与肠道优势菌群之间的关联，探讨特异菌群的功能，可为研究鱼类营养代谢的微生物效应奠定理论基础。

选取1日龄AA肉仔鸡母雏360只,随机分为3个处理组,分别饲喂以玉米、小麦、大米为单一淀粉源配制等能等氮饲粮,饲养28 d,利用末端限制性片段长度多态性(T-RFLP)技术测定不同饲粮类型对肉仔鸡肠道微生物群落多样性的影响。结果显示,限制性片段T-RF 160、T-RF 253和T-RF 292所代表的菌群是十二指肠、空肠和回肠中的优势菌群,大米饲粮组T-RF 253和T-RF 292片段所代表菌群优势度较玉米饲粮组和小麦饲粮组稍低,盲肠中优势菌群结构和含量与小肠存在较大差异。不同饲粮组间肉仔鸡肠道微生物群落的香侬-威纳指数、辛普森指数和均匀度指数均无显著差异(P>0.05),但大米饲粮组较玉...

凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)养殖过程多使用微生态制剂来调节水质，为避免破坏池塘菌群结构，养殖过程中很少使用抗生素。为了解凡纳滨对虾肠道细菌耐药性与不同生长阶段的关系，本研究选取江苏地区4种主要养殖模式凡纳滨对虾成虾和虾苗作为研究对象，利用K-B纸片法和qRT-PCR技术，研究了对虾样本肠道可培养细菌对四环素等12种抗生素的耐药性和tetA等9种抗生素耐药基因(ARGs)的丰度。结果显示，不同养殖模式中凡纳滨对虾肠道可培养细菌优势属为弧菌属(Vibrio)；成虾肠道内可培养细菌种类和数量较虾苗显著上升(P<0.05)；不同养殖模式之间规律不明显。研究表明，各模式下成虾肠道细菌耐药性和ARGs丰度均低于虾苗，提示，养殖过程中通过施用微生态制剂来减少抗生素使用量的方法能降低凡纳滨对虾肠道可培养细菌的耐药性。

以商品饲料为对照组(A组)、喷涂市售光合细菌菌液(B组)、红假单胞菌菌液(C组)和红螺菌菌液(D组)饲料为试验组,研究饲料喷涂不同光合细菌对凡纳滨对虾幼虾[(1.21±0.24) g]生长、肝胰腺消化酶活性及肠道微生物群落组成的影响。结果显示:光合细菌处理组(B、C和D组)的增重率高于对照组,但差异不显著(P>0.05); C组和D组对虾肝胰腺淀粉酶活力显著高于对照组(P0.05)。高通量测序结果表明,随着对虾的生长,其肠道微生物丰富度和多样性均提高。摄食喷涂光合细菌饲料后对虾肠道γ-变形细菌纲所占百分比减少,其中C组和D组γ-变形细菌纲比例显著低于对照组(P<0.05)。各组对虾肠道中检测到的占比大于0.5%的主要微生物属有9个,分别为希瓦氏菌属(Shewanella)、气单胞菌属(Aeromonas)、嗜冷菌属(Algoriphagus)、纤维弧菌属(Cellvibrio)、GpXIII、小梨形菌属(Pirellula)、浮霉状菌属(Planctomyces)、假单胞菌属(Pseudomonas)和红细菌属(Rhodobacter)。使用光合细菌没有显著改变对虾肠道微生物群落的整体丰富度和多样性,但在一定程度上丰富对虾肠道微生物属水平的组成。

为探究不同温度下中华绒螯蟹(Eriocheirsinensis)肠道微生物与生长间的关系，通过16S rRNA高通量测序研究四个温度下（26 ℃、29 ℃、32 ℃、35 ℃）中华绒螯蟹的生长及肠道菌群的组成差异。结果表明：四个水温组的中华绒螯蟹蜕壳次数分别为2、2、2、1；成活率分别为82.81%、84.38%、87.50%、25.00%；平均蜕壳间隔随水温升高而逐渐缩短；蜕壳增重率随水温升高先升后降；四个水温组的肥满度不存在显著性差异（P > 0.05）。肠道菌群的测序结果表明：四个水温组分别获得了929、744、680、518个代表性的菌群运算分类单元（OTU）；α多样性结果显示肠道微生物丰度及多样性随水温升高而降低；β多样性结果显示四个水温组的肠道微生物菌群组成差异显著（P< 0.05）。在门水平，四个水温组的肠道优势菌群均为厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidota）和变形菌门（Proteobacteria），三者占整个中华绒螯蟹肠道菌群的96.26%；26 ℃水温组的髌骨菌门（Patescibacteria）（0.92%）和疣微菌门（Verrucomicrobia）（0.35%）、29 ℃水温组的厚壁菌门（58.04%）和放线菌门（Actinobacteriota）（3.44%）、32 ℃水温组的拟杆菌门（41.84%）在各自肠道微生物中丰度显著高于其他水温组（P< 0.05）；在属水平，26℃水温组的芽孢杆菌属（Gemmobacter）（3.55%）、29 ℃水温组的柠檬酸杆菌属（Citrobacter）（3.56%）、32 ℃水温组的布拉格菌属（Pragia）（8.47%）、35 ℃水温组的假单胞菌属（Psuedomonas）（8.77%）在各自肠道微生物中丰度显著高于其他水温组（P< 0.05）。本研究结果综合表明：中华绒螯蟹在30 ℃左右时生长最好，肠道微生物多样性和丰度均随着水温的升高而下降，高温会导致弯曲杆菌（Campilobacterota）和疟疾杆菌属（Malaciobacter）等有害菌群增加，影响中华绒螯蟹的蜕壳和生长。

对草鱼(Ctenopharyngodon idellus)先饲喂人工饲料再饲喂苏丹草,运用PCR-DGGE的方法,比较了食物改变引起的草鱼肠道微生物菌群结构的变化过程。结果显示,饲喂同种饲料的草鱼后肠与前、中肠样品间菌群结构存在显著差异(TH0-F0=-2.268,P<0.05),饲喂不同种食物的相同肠段样品间菌群结构也存在着显著差异(P

【目的】探究初烤阶段添加外源酶制剂后烟叶品质及微生物多样性的变化规律。【方法】以汉中烟区云烟97(B2F等级烟叶)为试验材料,在初烤阶段变黄期末期(42℃)喷施外源酶制剂,以喷施等量蒸馏水为对照,通过测定烤后烟叶的化学成分、中性香气物质以及16S r DNA测序,分析了外源酶制剂对烟叶中细菌群落物种多样性组成、指示物种及其相关性的影响。【结果】与对照相比,喷施外源酶制剂处理烤后烟叶的烟碱、总氮含量显著降低,而还原糖和钾含量增加,中性致香物质总量提升了18.9%,苯丙氨酸类致香物质和美拉德反应产物总量显著提高。微生物多样性分析结果表明,与对照相比,在细菌门水平上,喷施外源酶制剂处理后,放线菌门(Actinobacteriota)、绿弯菌门(Chloroflexi)、奇球菌门(Deinococcota)和梭杆菌门(Fusobacteriota)的相对丰度都有较大提高,其中奇球菌门和梭杆菌门提高较为明显;在细菌属水平上,喷施外源酶制剂处理的鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)、克雷伯氏菌属(Klebsiella)、甲基杆菌属(Methylobacterium-Methylorubrum)、阿尔塔米拉金色单胞菌属(Aureimonas)、根瘤菌属(Rhizobium)、马赛菌属(Massilia)和寡养单胞菌属(Stenotrophomonas)的相对丰度都有明显提高。与对照相比,喷施外源酶制剂烟叶存在指示物种和差异显著的细菌菌群,在细菌门水平上,喷施外源酶制剂烟叶的指示物种为杆菌门(Armatimonadota)、硝化菌门(Nitrospirota)和芽单胞菌门(Gemmatimonadota);在细菌属水平上,其指示物种有67种,主要有厌氧芽孢杆菌属(Anoxybacillus)、热杆菌属(Thermicanus)、水生泉芽胞杆菌属(Fontibacillus)、乳球菌属(Lactococcus)。【结论】在初烤阶段喷施外源酶制剂能够协调烟叶化学成分和增加致香物质含量,烟叶中细菌群落多样性也显著提高。

探究凡纳滨对虾和罗氏沼虾肠道微生物及抗生素抗性基因(antibiotic resistance genes, ARGs)种类的差异。通过高通量测序和变性梯度凝胶电泳(denaturing gradient gel electrophoresis, DGGE)技术分析2种虾肠道微生物群落结构差异和微生物多样性,并运用PCR方法检测了2种虾肠道细菌常见38种ARGs的携带情况。结果显示,获得凡纳滨对虾和罗氏沼虾肠道细菌有效序列分别为42 795和40 713条,物种注释单元(operational taxonomic unit, OTU)数目分别为124和82,分类地位明确的细菌种类分别隶属5个门、17个属和5个门、16个属。凡纳滨对虾肠道细菌的优势类群为变形菌门,所占比例为75.45%,优势菌属为副球菌属(25.83%)和不动杆菌属(25.24%);罗氏沼虾肠道细菌的优势类群是厚壁菌门(49.74%),优势菌属为乳球菌属(49.01%)和弧菌属(29.98%)。凡纳滨对虾肠道细菌(2.19)Shannon指数高于罗氏沼虾肠道细菌(1.78),表明前者肠道细菌多样性大于后者。DGGE图谱的分析结果与高通量测序一致,2种虾肠道细菌种类差异很大。PCR结果显示,凡纳滨对虾肠道细菌携带15种ARGs,罗氏沼虾肠道细菌携带14种ARGs。本实验表明凡纳滨对虾肠道细菌的群落种类多样性、OTU丰富度、物种总数和ARGs种类均高于罗氏沼虾肠道细菌,为后续肠道微生物资源的挖掘提供了理论依据。

【目的】为揭示万寿菊与烟草套作体系中不同生长期烟草根际微生物多样性。【方法】采用Illumina Mi Seq高通量测序技术测定烟草团棵期、旺长期、现蕾期和成熟期根际土样的16S-V4区及ITS1区序列。利用Flash软件拼接、Qiime软件过滤原始序列,整理各样品有效序列和分类操作单元,对物种多样性进行分析。【结果】本研究得到260 578条细菌序列,划分为14 360个OTUs;得到189 716条真菌序列,划分为3288个OTUs。现蕾期细菌香农指数最大,且套作处理香农指数高于单作,说明现蕾期细菌种类最丰富,套作可提高细菌多样性;对于真菌而言,套作处理香农指数呈现先升高后降低最终又升高的趋势,与单作变化趋势相同,并且在成熟期达到最大值,说明套作可增加成熟期的真菌种类多样性。【结论】套作降低了旺长期食碱菌属(Alcanivorax)和海杆菌属(Marinobacter)的丰度,且增加了团棵期锥盖伞属(Conocybe)的丰度,降低了成熟期Microidium属的丰度,改变了不同生长期的真菌群落组成结构。

【目的】探讨衡阳紫色土丘陵坡地不同植被恢复阶段土壤微生物群落多样性的变化特征，明确土壤微生物群落多样性对植被恢复的响应规律，探明研究区域退化生态系统恢复机制，为构建该区域生态系统恢复技术体系提供理论依据。【方法】采用空间序列代替时间序列方法，在研究区域内选择立地基本相似的裸荒地、草本群落、灌木群落与乔木群落４种典型的植被类型表示恢复的４个阶段，运用Ｂｉｏｌｏｇ－ＥＣｏ微平板技术，对４个阶段的土壤微生物群落多样性进行研究。【结果】植被恢复后土壤微生物群落代谢活性显著升高（Ｐ灌木群落＞草本群落＞祼．．．

为比较紫海胆不同家系间幼体生长发育的差异，本研究构建了9个紫海胆全同胞家系，比较了其受精率、孵化率、幼体存活率、变态率、开口率、幼胆生长、性腺发育和消化道微生物组成。方差分析表明，各个家系的受精率均在95%以上没有显著性差异（P>0.05），而其他指标在不同家系间均存在显著性差异（P<0.05）。孵化率、早期幼体存活率、晚期幼体存活率、变态率和开口率最高的家系分别为3号（58%）、1号（83%）、4号（90%）、2号（75%）和9号（100%），最低的家系分别为6号（0%）、3号（42%）、2号(76%)、9号（6%）和5号（24.5%）。幼胆生长率最快是3号家系为146%；最慢的是5号家系为76%。3号家系在实验结束时，性腺发育明显；而其他家系性腺未见发育。3号家系的消化道微生物拟杆菌门丰度较高，而变形菌门丰度低；生长较慢的5号家系则与之相反。研究结果表明紫海胆不同家系间的生产性状存在差异，具有选育改良的潜力，论文为紫海胆良种培育积累了相关数据。

为研究饲料维生素A(VA)水平对黄鳝生长性能、肠道微生物组成和肠道结构发育的影响，实验以VA醋酸酯(50万IU/kg)作为添加源，制作添加水平分别为0(3 201)、500(3 620)、1 000(4 010)、2 000(4 730)、4 000(6510)、8 000(9720)、16 000(16 890)IU/kg(括号内为VA在饲料中的实测值)7种不同水平饲料，编号为A～G组，用7种不同水平饲料分别投喂(7.32±0.02)g的黄鳝，每组4个重复，每重复45尾，养殖70 d。实验结束后比较七组黄鳝生长性能、肠道组织结构，并基于生长性能比较A组、D组、G组肠道微生物变化。结果显示：与A组相比，B～D组黄鳝增重率、特定生长率显著提高；B～G组绒毛高度和C组微绒毛高度显著升高，C～D组肌层厚度和C～E组粘液细胞数量显著升高。以黄鳝特定生长率为评价指标，得出黄鳝VA适宜需求量为3 849.96 IU/kg。A、D、G三组的优势菌门均为变形菌门、厚壁菌门、拟杆菌门。其中D组黄鳝肠道菌群的物种多样性和丰富度最高，提高了黄鳝肠道厚壁菌门、放线菌门等有益菌的丰度，降低了变形菌门、邻单胞菌属等有害菌的丰度。菌群功能预测发现D组显著提高与碳水化合物代谢、内分泌系统和其他氨基酸的代谢相关功能基因表达量以及糖酵解/糖异生代谢相关功能基因表达量；G组显著降低与甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸代谢相关功能基因表达量。综上，饲料中添加适宜VA水平可改善黄鳝肠道结构和肠道微生物环境，提高黄鳝生长性能。综合考虑黄鳝生长性能和肠道健康，本实验饲料中适宜VA水平为3 620～4 730 IU/kg。

为分析水解单宁对凡纳滨对虾生长及其肠道微生物菌群结构的影响,以基础饲料为空白组,在基础饲料中分别添加0.1%、0.2%和0.3%的水解单宁作为实验组,进行为期60 d的养殖实验后,统计生长性能,并取其肠道内容物提取DNA,用Illumina MiSeq测序平台进行16S rDNA基因V3～V4区高通量测序,检测对虾肠道内菌群结构及变化情况。结果表明:(1) 3个水解单宁添加组的增重率、特定生长率和肥满度与对照组相比均显著升高(P<0.05),肝体比均显著降低(P