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[期刊] 草业科学
[作者]
谢程程 马均 李璟 李西
实时荧光定量PCR(Reverse transcription quantitative real-time PCR， qRT-PCR)技术常用于基因表达分析，但其结果的准确性有赖于筛选出稳定表达的内参基因从而对数据进行均一化。为筛选出铅（Pb）胁迫下不同浓度褪黑素处理狗牙根根尖组织稳定表达的内参基因，本研究在前期生理试验基础上，对选用的8个候选内参基因(PP2A、TIP41、CACS、ACT、EF-1α、TUB、UPL7、GAPDH)在6个样本中的表达量进行qRT-PCR分析。结果发现，8个内参基因在不同样本中表达水平存在较大差异，且单个内参基因Ct值在不同样本中变化范围有显著差异。利用ΔCt 算法、NormFinder、BestKeeper和GeNorm程序对内参基因稳定性进行排序，并结合线上工具RefFinder计算得出各内参基因稳定性的综合排名。结果表明，CACS + PP2A为不同浓度褪黑素处理铅胁迫下狗牙根根尖组织最适内参基因组合。该内参基因组合将为解析褪黑素影响狗牙根Pb耐受性和吸收转运的分子机制奠定基础，进一步推动褪黑素在植物修复Pb污染土壤中的实际应用。
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
曾璟 王平 孙吉康 杨岚鹏 周韬 荣健
为筛选适用于Pb与Cd胁迫下旱柳实时荧光定量PCR的内参基因,应用荧光定量PCR技术分析UBQ1、TUB6、Actin、EF1α、18SRNA、GAPDH、TUA8和UBQ2这8个内参基因在旱柳根部的表达情况。通过Normfinder、ge Norm和Best Keeper3个软件进行综合分析,发现在Pb与Cd胁迫下表达较为稳定的内参基因均为EF1α、GAPDH和Actin,差别是在Pb胁迫下的旱柳根组织中最为稳定的内参基因是EF1α,而在Cd胁迫下的旱柳根组织应最稳定的内参基因为GAPDH。该研究结果可
关键词：
铅 镉 实时荧光定量PCR 内参基因
[期刊] 华北农学报
[作者]
郭远航 王洪博 白宝伟 张磊 赵丰年 吕东雪 贾婷 王兴鹏
为探明外源褪黑素(MT)对大豆幼苗耐盐性的调节作用，筛选出不同盐胁迫下适宜的施用浓度。以大豆品种田友-2986为试验材料，设置3个盐浓度(低盐S_3:3 g/L、中盐S_5:5 g/L、高盐S_7:7 g/L)和6个MT浓度(M_0:0μmol/L、M_1:25μmol/L、M_2:50μmol/L、M_3:75μmol/L、M_4:100μmol/L、M_5:150μmol/L),分析了大豆幼苗形态参数、生物量、抗氧化酶活性及渗透调节物质含量。随着盐胁迫程度的增大，大豆幼苗的根系形态参数、生物量、根冠比、抗氧化酶活性和渗透调节物质含量降低，丙二醛含量增加。低盐(S_3)和中盐(S_5)胁迫下，外施50μmol/L MT大豆根系总长度、侧根数、SOD和POD较不施加分别提高了52.30%,19.98%,74.10%,40.03%(低盐)和68.52%,19.24%,81.72%,37.42%(中盐);高盐(S7)胁迫下，外施75μmol/L MT分别提高了71.17%,19.11%,80.79%和27.01%。盐胁迫下，外源25～100μmol/L的MT不同程度上促进了大豆幼苗生长，提高耐盐性。隶属函数综合评价表明，在低、中盐胁迫下，50μmol/L MT的缓解盐害效果最好；高盐胁迫下，MT这一适宜浓度在75μmol/L。MT缓解大豆幼苗盐害主要在于它提高抗氧化酶活性和渗透调节物质含量，降低了丙二醛含量，从而缓解了盐胁迫下大豆的氧化胁迫和渗透胁迫。
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
王倩颖 常鹏杰 申亚梅 张超 董彬 时宝柱
高温对景宁木兰Magnolia sinostellata生长产生严重影响。通过筛选景宁木兰热胁迫下稳定表达的内参基因,可以为景宁木兰在高温条件下基因表达研究提供准确数据,达到对目的基因进行准确量化的目的。以热胁迫下景宁木兰1年生实生苗的根、茎、叶组织为材料,从转录组数据库中选取13个管家基因ACTIN-7(肌动蛋白基因-7),CYP(亲环蛋白基因),EF-1α(延伸因子-1α蛋白基因),GAPDH(甘油醛-3-磷酸脱氢酶基因),GTB(GTP结合蛋白基因),NAC(NAC域蛋白基因),NADP(异柠檬酸脱氢酶基因),TEF(翻译延伸因子基因),UBC(泛素化酶基因),UBQ(多聚泛素蛋白基因),α-TUB(α微管蛋白基因),β-TUB(β微管蛋白基因)和18S(18S核糖体RNA),通过Primer 5.0进行引物设计,琼脂糖电泳和溶解曲线分析验证引物特异性;利用实时荧光定量聚合酶链式反应(qRTPCR)技术和geNorm, NormFinder和BestKeeper等3个内参分析软件研究候选内参基因在热胁迫下不同组织中的表达稳定性,并通过CSLD3和KOR 2个目的基因的表达分析验证其可靠性。13个内参基因的电泳结果均显示单一条带,溶解曲线也均显示单一峰,证明引物特异性良好;13对引物的扩增效率均在100%左右;内参软件综合分析得到,UBC, EF-1α和ACTIN-7是景宁木兰在热胁迫下较为稳定的内参基因,以3个单独的内参基因以及内参组合(EF-1α和ACTIN-7)为参照对CSLD3和KOR的表达模式进行校准,也显示了一致的表达水平。通过qRT-PCR技术和内参软件分析,UBC, EF-1α和ACTIN-7等3个内参基因在景宁木兰热胁迫下不同组织中稳定性较高,CSLD3和KOR等2个目的基因的表达也证实了其可靠性。因此,UBC, EF-1α和ACTIN-7可以作为景宁木兰热胁迫下稳定表达的内参基因。图4表3参34
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
刘伟灿 王骐 周永刚 邓宇 赵利旦 王兴超 靳京 董园园 王南 王法微 陈欢 李晓薇 李海燕
【目的】通过分析大豆中候选内参基因的稳定性，筛选大豆干旱胁迫处理条件下适合成熟ｍｉＲＮＡ、前体ｍｉＲＮＡ及靶基因ｍＲＮＡ荧光定量ＰＣＲ的内参基因。【方法】以干旱胁迫处理后的大豆根和叶片为材料，选择了５个成熟ｍｉＲＮＡｓ和５个传统的看家基因作为候选内参基因，利用ＧｅＮｏＲｍ和ＮｏＲｍＦｉＮｄｅＲ程序对１０个候选内参基因的稳定性进行评价。【结果】在干旱胁迫下，大豆根、叶片中，成熟ｍｉＲＮＡ定量最合适的单个内参基因分别为ｍｉＲ１５６Ａ、ｍｉＲ１６７Ａ，最合适的内参基因组合分别为ｍｉＲ１５２０ｄ与ｍｉＲ１５６Ａ、ｍｉＲ１５２０ｄ与ｍｉＲ１６７Ａ。前体ｍｉＲＮＡ和靶基因ｍＲＮＡ定量最合适的单个内参基因分．．．
[期刊] 中国农业科学
[作者]
卞凤娥 肖秋红 郝桂梅 孙永江 陆文利 杜远鹏 翟衡
【目的】研究NaCl胁迫下内源褪黑素(melatonin,MT)及其关键代谢物的响应以及施加外源MT对NaCl胁迫下葡萄叶片的光抑制缓解作用,为MT的应用提供参考。【方法】以一年生盆栽‘威代尔’葡萄(Vitis vinifera cv.Vidal Blanc)为试材,进行100 nmol·L(-1) NaCl和100 nmol·L(-1) NaCl+MT处理,测定不同处理植株、不同器官内源MT、MT合成前体物质5-羟色胺(5-hydroxytryptamine,5-HT)和MT的主要代谢产物2-羟基褪黑素
[期刊] 草业科学
[作者]
于飞 马海天才 钟沃秀 陈舒雨 谢程程 李西
通过盆栽试验,设置不同浓度梯度Pb~(2+)(0、250、500、1 000、2 000、4 000mg·kg~(-1))污染土壤,研究Pb胁迫下金发草(Pogonatherum paniceum)和狗牙根(Cynodon dactylon)的生长及生理指标,分析比较两种园林中常见草种对Pb的耐受能力,为城市生态修复筛选出优良耐Pb胁迫的草本植物提供一定的理论依据。结果表明,随着Pb胁迫浓度的增大,金发草和狗牙根的生长受到抑制,叶片外观质量、生物量、净光合速率(Pn)及叶绿素含量均下降,与同期对照相比均差异显著(P<0.05);两种草的相对电导率(REC)显著升高(P
[期刊] 林业科学
[作者]
刘文哲 牛明月 李秀云 林二培 黄华宏 童再康
【目的】利用定量ＰＣＲ和表达分析软件研究候选内参基因在光皮桦不同组织中的表达稳定性，并通过目的基因的表达分析验证其可靠性，以获得可用于光皮桦定量ＰＣＲ的稳定内参基因。【方法】选取１６个常用的看家基因作为候选内参基因，设计引物，通过普通ＰＣＲ、溶解曲线及琼脂糖凝胶电泳验证引物的特异性；通过实时荧光定量ＰＣＲ及软件ｇｅ ＮｏＲｍ、ＮｏＲｍ ＦｉＮｄｅＲ和Ｂｅｓｔ ＫｅｅＰｅＲ分析候选内参基因在光皮桦１６个不同组织中的表达稳定性，根据分析结果筛选出最佳的内参基因和组合，并进一步通过２个目的基因ＣｓＬｄ和ＫｏＲ对内参基因的稳定性进行验证。【结果】ＰＣＲ和电泳结果显示，候选内参基因ＰＣＲ目的片段条带清晰．．．
关键词：
光皮桦 内参基因 实时荧光定量PCR
[期刊] 水产学报
[作者]
昌晶 陈陆丹 徐燕 纪德华 陈昌生 谢潮添
为了筛选不同高光光强胁迫下坛紫菜中表达水平最为稳定的内参基因,本研究采用qRT-PCR技术测定了植物中常用的6种内参基因UBC、TUB、18S、EF2、ACT和GAPDH在不同光照强度下培养的坛紫菜藻体中的绝对表达水平,并采用比较Ct值法、Ge Norm、Bestkeeper和NormFinder软件分析4种方法对6种候选内参基因的表达稳定性进行评估。结果显示,UBC的Ct值变化范围最小,18S的Ct值变化范围最大;ge Norm软件分析结果显示最稳定的内参基因为UBC和EF2;Bestkeeper和No
[期刊] 西南农业学报
[作者]
杨雨婷 谭淑端 董方旭 陈镔
【目的】通过测定狗牙根的形态指标、叶绿素、丙二醛含量、保护酶活性及镉含量,探讨其对镉的耐受潜力。【方法】本文以未遭受镉污染的海南野生狗牙根为试验材料,采取盆栽法,对其施加不同浓度的外源镉(10、20、30 mg/kg)。【结果】实验发现,镉胁迫下,株高,地上、地下部分生物量,植株中镉含量,POD活性,前后期SPAD值均高于对照。镉浓度≥20 mg/kg时,促进作用最强;但对茎节长、SOD有抑制作用。镉浓度0～20 mg/kg时,镉富集系数大于转移系数,地下部分镉含量大于地上部分;而叶长、叶宽、茎基直径、MDA、CAT及中期SPAD值对镉胁迫无显著变化。【结论】镉胁迫对狗牙根生长有一定的促进作用,其镉积累量较高,狗牙根是用于重金属污染土壤修复的较好物种之一。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
梁蕤 徐雷锋 毕蒙蒙 王静 唐玉超 郝泽慧 刘一洁 杨盼盼 明军 杜方
为筛选柠檬色百合(Lilium leichtlinii)实时荧光定量PCR稳定的内参基因，以柠檬色百合不同发育时期花被片、根、茎、叶和鳞片为试验材料，测定比较总类胡萝卜素含量；使用RT-PCR和荧光定量PCR检测9个候选内参基因(AP4、Actin、β-TUB、CYP、eIF、GAPDH、RH2、UBC和18S)特异性及表达水平，利用geNorm、NormFinder、Bestkeeper、ΔC_T程序和RefFinder网站综合评估候选内参基因表达稳定性；选用八氢番茄红素酶基因PSY对内参基因稳定性进行验证，最终确定合适且稳定的内参基因。结果表明：1)柠檬色百合花被片发育过程中Actin和AP4为9个候选内参基因中最稳定的内参基因，UBC为最不稳定的内参基因。2)柠檬色百合不同器官间eIF和AP4为候选内参基因中最稳定的内参基因，18S为最不稳定的内参基因。3)在柠檬色百合花被片发育过程和不同器官间，以筛选出最稳定的内参基因为参照计算所得PSY基因表达情况与实际测得总类胡萝卜素含量变化趋势一致；以筛选出最不稳定的内参基因作为参照计算所得PSY基因表达情况与总类胡萝卜素含量变化趋势不同甚至相反。研究表明在试验中不能随意使用内参基因，需要在使用前对其进行筛选、评价和验证，同时研究结果为柠檬色百合花被片发育过程和不同器官间基因表达分析提供了稳定的内参基因。
[期刊] 草业科学
[作者]
李苏涛 李妍 张磊 陈思齐 韩雪林 张娟 苏德伟 罗海凌 周晶
以巨菌草(Pennisetum giganteum)的叶片、茎、根为试验材料，通过分析8个基因18s rRNA、Actin、GAPDH、ACTB、EF-1α、UBQ、CYP、TUB在正常生长、干旱以及盐碱胁迫下荧光定量PCR中稳定性表达情况，筛选巨菌草的稳定内参基因。利用geNorm、NormFinder和BestKeeper软件计算内参基因的表达稳定值并进行排序，最终通过赋值法综合排序确定稳定内参基因。结果表明，内参基因的稳定性在不同处理下存在差异。其中，ACTB稳定性好，为本研究筛选出巨菌草的内参基因。本研究筛选出的内参基因，为后续巨菌草功能基因表达分析奠定了基础。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
宫建文 李琪 于红
实时荧光定量PCR已广泛用于基因表达的分析,合适的内参基因选择是获得准确分析结果的关键。本研究选用正常生理状态下岩牡蛎(Crassostreanippona)的鳃、外套膜、闭壳肌和内脏团4种组织以及盐度10、20和30暂养1周后的鳃组织为材料,对已报道的常见内参基因(EF1A、GAPDH、RO21、TUB和TUA)的稳定性通过3种方法(geNorm、NormFinder和BestKeeper)进行分析和筛选,发现针对鳃单一组织在不同盐度胁迫下,GAPDH和RO21可以作为合适内参基因,而在不同组织中,需要更多的内参基因联合分析才能获得准确的定量表达结果。本研究是首次利用q-PCR对岩牡蛎进行内参基因的筛选和验证,为今后该物种低盐胁迫相关的基因表达和功能基因的研究提供重要依据。
[期刊] 林业科学
[作者]
杨帆 丁菲 杜天真
转录因子是指那些专一性地结合于DNA特定序列上、能激活或抑制其他基因转录的蛋白质(王少峡等,2004)。DREB(dehydration responsive element binding protein)转录因子是一种特异性的转录因子,当植物在干旱、低温及盐等逆境胁迫下,DREB转录
[期刊] 草业科学
[作者]
胡宁宁 郭慧琴 李西良 孔令琪 武自念 张继泽 常春 万东莉 臧辉 任卫波
为筛选羊草(Leymus chinensis)不同组织实时定量PCR(qRT-PCR)试验体系中的最佳内参基因,以羊草叶、茎、根、穗为研究材料,利用qRT-PCR技术分析TUA、TUB、18SrRNA、EF-1α、APRT、CYP、Actin和CBP20共8个常用候选管家基因的表达情况,并使用geNorm和NormFinder软件进行综合评价,以期筛选出羊草不同组织中最稳定的内参基因。结果表明,8个候选内参基因在羊草不同组织表达稳定性不同,其中,叶片中稳定性较高的内参基因是Actin;茎中稳定性较高的内参
关键词：
羊草 qRT-PCR 内参基因 组织
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