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[期刊] 西南农业学报
[作者]
裘波音 郑旋 李大忠 林珲 张前荣 刘建汀 朱海生 温庆放
【目的】开展苦瓜不同种质果肉厚度统计分析以及转录组测序分析，为后续研究苦瓜果实发育及相关调控机制提供理论参考。【方法】以70份苦瓜种质为对象，测定分析果肉厚度，并对差异显著材料进行高通量转录组测序和数据分析。【结果】①70份苦瓜材料果肉厚度存在品系间差异，其中LX1-3和ZK54差异显著，将前者作为厚肉型后者作为薄肉型材料用于转录组分析；②经转录组测序统计，LX1-3共得到得到234 825 400条干净序列，平均Q30值为92.74%，比对到参考基因组上的序列占总序列数的88.07%，其中，单一比对序列34 027 357条，占比86.98%，GC含量为46.54%；ZK54共得到241 318 020条干净序列，平均Q30值为92.26%；比对到参考基因组上的序列占总序列数的87.23%，其中，单一比对序列34 607 181条，占比86.06%，GC含量为46.75%；③2份种质中共发现差异基因1492个，预测到598个转录因子，GO数据库比对共得到616个注释，包括生物过程、细胞组分和分子功能三大类，参与生物过程的最多。KEGG代谢通路共富集到308个差异基因，其中上调基因中富集因子最高的为“卟啉和叶绿素代谢”途径，富集差异基因数目最多的途径为“核糖体”；下调基因中富集因子最高和富集下调差异基因最多的通路均为“苯丙素生物合成”。【结论】利用高通量测序结果推测苦瓜果肉发育可能受上调基因表达调控影响较大，这将有利于从分子水平对苦瓜发育调控机理进行深入研究，为推动苦瓜分子育种提供参考。
关键词：
苦瓜 果肉厚度 转录组 高通量测序
[期刊] 中国农业科学
[作者]
戚仁洁 宁宇 刘静 刘之洋 徐海 罗志丹 陈龙正
【目的】皂苷是苦瓜果实苦味的主要来源，具有降血糖、抗癌等多种药用价值。鉴定和挖掘参与调控苦瓜皂苷生物合成的代谢通路及基因，为进一步深入解析苦瓜皂苷形成的分子机制提供参考。【方法】以苦瓜高代自交系GK24为试验材料，分别在子房期（T1）、幼果期（T2）、商品果期（T3）和完全成熟期（T4）取果实组织，通过香草醛-冰醋酸法测定不同时期的苦瓜皂苷含量，利用转录组测序的方法鉴定差异表达基因。【结果】从T1到T4，苦瓜内源皂苷含量随着果实发育而呈现显著下降的趋势。转录组测序共鉴定到17 504个基因，在T1-vs-T2、T2-vs-T3和T3-vs-T4三组比较中，下调表达基因数量均高于上调表达基因数量。GO富集分析表明含磷复合物代谢过程、驱动蛋白复合体和2-琥珀酰-6-羟基-环己二烯-1-羧酸合成酶活性分别是生物过程、细胞组分及分子功能模块最显著富集的条目。KEGG分析显示全局与概述图谱、碳水化合物代谢和氨基酸代谢是3组比较中共同的最显著富集的代谢通路。根据表达模式可将基因划分为20个模块，其中profile 0中基因的表达量从T1到T4逐渐降低，与苦瓜果实发育过程中皂苷含量变化规律一致。从profile 0中鉴定出与苦瓜皂苷生物合成相关的基因14个，包括萜类骨架生物合成通路上的基因AAT1、HMG1、MVK、PMK、MVD2和FPS1，倍半萜与三萜生物合成途径中的基因SS12、SQE1和CPQ及后修饰酶基因CYP97A3、CYP71AN24、UGT94E5及UGT73C6。实时荧光定量PCR(qRT-PCR)结果与RNA-seq结果一致。【结论】苦瓜果实中皂苷含量随着果实不断成熟而逐渐降低。苦瓜皂苷生物合成首先通过上游的萜类骨架生物合成（ko00900）代谢途径完成萜类皂苷骨架的积累，随后通过倍半萜与三萜生物合成（ko00909）代谢途径以及下游的氧化还原酶、糖基转移酶的修饰最终生成皂苷，本研究通过转录组测序共鉴定到14个与苦瓜皂苷生物合成相关的基因。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
黄龙 邓媛元 张名位 张雁 魏振承 张瑞芬 唐小俊
【目的】比较不同苦瓜品种果肉中游离态和结合态多酚含量及其抗氧化能力差异。【方法】选用14个代表性的苦瓜品种,分析其果肉中的游离态和结合态总酚含量及其单体酚类的组成,采用铁离子还原能力(FRAP,Ferric reducing/antioxidant power)、DPPH(1,1-二苯基-2-苦基苯肼自由基,1,1-diphenyl-2-picrylhydrazy)和ABTS+.(2,2’-联氮-双-3-乙基苯并噻唑啉-6-磺酸,2,2’-azinobis-3-ethylbenzothiazoline-6-sulphonic acid diammonium salt)自由基法测定其抗氧化能力差...
关键词：
苦瓜 多酚 抗氧化作用
[期刊] 中国农业科学
[作者]
王雅慧 刘晓宏 雍明丽 熊爱生 苏小俊
【目的】褐变是影响丝瓜商品价值的主要因素,酚酸类物质代谢是导致褐变的主要原因。研究丝瓜褐变过程酚酸类物质变化有助于深入了解丝瓜褐变的生理机制,为丝瓜的贮藏和加工、品种选育和种质资源利用提供依据。【方法】以耐褐变丝瓜品种‘2D-2’和易褐变丝瓜品种‘35D-7’为试验材料,测定其鲜切后放置不同时间的褐变程度、总酚含量和多酚氧化酶活性,并借助超高效液相色谱-质谱(UPLC-MS)联用的方法对沸水浴褐变前后的丝瓜果肉样品进行代谢组学分析。【结果】鲜切褐变处理后,2个品种丝瓜果肉中的多酚含量及多酚氧化酶活性均有所增加。与‘2D-2’相比,丝瓜品种‘35D-7’的褐变程度较重,放置24 h后的总酚含量约为‘2D-2’的3倍以上;多酚氧化酶活性在放置12 h时最高,达174.23 U·g~(-1)·min~(-1)。通过代谢组学对易褐变丝瓜品种‘35D-7’酶促褐变反应底物及褐变前后的差异代谢物进行分析,经检测共获得420种代谢物,其中229种为差异代谢物。经褐变处理后,140种差异代谢物含量显著下降,89种升高。KEGG通路富集分析结果表明,苯丙素类生物合成、脯氨酸代谢和类黄酮生物合成等代谢途径中的代谢物含量发生了显著变化。代谢组定性定量分析结果发现,供试样品丝瓜果肉中鉴定出的酚酸类物质中对香豆酸含量最高,其次是松柏苷和龙胆酸。经褐变处理后,共有35种差异代谢物被鉴定为酚酸类代谢物。其中,松柏醛、3-氨基水杨酸和咖啡酸苯乙酯的含量下降最明显。相反地,紫丁香苷、2,5-二羟基苯甲酸O-己糖苷和异绿原酸A的含量显著提高,log2变化倍数达10以上。【结论】易褐变丝瓜品种‘35D-7’果肉中的主要酚类物质为对香豆酸,参与丝瓜‘35D-7’果肉褐变过程的主要酚酸类代谢物有松柏醛、紫丁香苷和异绿原酸A等。
关键词：
丝瓜 果肉 酶促褐变 代谢组 酚酸
[期刊] 西南农业学报
[作者]
李玉菲 慕小倩 张立新 金保锋 叶为民 刘海轮 李天卫
【目的】本研究探讨了不同叶位烟草叶片厚度差异的原因。【方法】采用石蜡制片显微技术,对不同叶位、不同成熟度烟草叶片的解剖结构进行比较研究。【结果】所有试验材料叶片厚度、栅栏组织厚度、海绵组织厚度、单位长度栅栏细胞数均随叶片成熟度增加逐渐减小,且其减小幅度上部叶最小;上表皮厚度则随着成熟度增加增大,下表皮厚度、组织比与组织结构紧密度无明显规律。同一成熟度的下、中、上3个叶位的叶片厚度、栅栏组织厚度、海绵组织厚度、上表皮厚度均表现为上部叶>中部叶>下部叶。【结论】相关性分析表明,上部叶片较厚主要由栅栏组织与海绵
关键词：
烟草 叶片结构 叶位 成熟度
[期刊] 海洋渔业
[作者]
王永红 曾霖 吉群 谢正丽 黄伟卿 宋炜
为探讨盐度变化对大黄鱼(Larimichthys crocea)肝脏基因转录表达的影响，将体质量为(59.68±1.32) g的大黄鱼分别在盐度25（对照组）、盐度36（高盐组）、盐度10（低盐组）的水体中暴露24 h，采用Illumina Hiseq 2500对肝脏样本进行转录组测序。结果显示，从高盐vs.对照组(H vs. C)、低盐vs.对照组(L vs. C)和高盐vs.低盐(H vs. L)中分别筛选出71个、180个和438个差异基因(DEGs)。GO (Gene Ontology)和KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)分析发现，H vs. C中的DEGs显著富集在三羧酸循环、MAPK信号通路、内质网蛋白加工和Toll样受体信号通路等；L vs. C中的DEGs显著富集在FoxO信号通路、戊糖磷酸途径、mTOR信号通路、RNA降解、P53信号通路和内质网蛋白加工等，表明大黄鱼对高盐和低盐胁迫的响应均涉及到糖类代谢、内质网应激、细胞凋亡和自噬等生理功能。H vs. L中的DEGs显著富集在内质网蛋白加工、FoxO信号通路、甘油脂代谢、糖酵解/糖异生、吞噬体和P53信号通路等，表明大黄鱼在高盐和低盐适应过程中，内质网应激、脂类代谢、糖类代谢、细胞凋亡和自噬等生理功能存在差异。研究结果可为深入研究鱼类对盐度胁迫的响应机制奠定基础。
关键词：
大黄鱼 肝脏 盐度胁迫 转录组 差异基因
[期刊] 海洋渔业
[作者]
曾霖 宋炜 谢正丽 熊逸飞 张惠 黄伟卿
为探讨盐度变化对大黄鱼(Larimichthys crocea)肝脏基因转录表达的影响，将体质量为(59.68±1.32) g的大黄鱼从盐度25转入盐度36或10的水体中暴露24 h，采用Illumina Hiseq 2500对肝脏样本进行转录组测序。结果显示，从高盐vs.对照组(H vs. C)、低盐vs.对照组(L vs. C)和高盐vs.低盐(H vs. L)中分别筛选出71个、180个和438个差异基因(DEGs)。GO (Gene Ontology)和KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)分析发现，H vs. C中的DEGs显著富集在三羧酸循环、MAPK信号通路、内质网蛋白加工和Toll样受体信号通路等；L vs. C中的DEGs显著富集在FoxO信号通路、戊糖磷酸途径、mTOR信号通路、RNA 降解、P53信号通路和内质网蛋白加工等，表明大黄鱼对高盐和低盐胁迫的响应均涉及到糖类代谢、内质网应激、细胞凋亡和自噬等生理功能。H vs. L中的DEGs显著富集在内质网蛋白加工、FoxO信号通路、甘油脂代谢、糖酵解/糖异生、吞噬体和P53信号通路等，表明大黄鱼在高盐和低盐适应过程中，内质网应激、脂类代谢、糖类代谢、细胞凋亡和自噬等生理功能存在差异。本结果可为深入研究鱼类对盐度胁迫的响应机制奠定基础。
关键词：
大黄鱼 肝脏 盐度胁迫 转录组 差异基因
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
李斌 李守义 沙玉霞 张晓飞
【目的】研究2种不同体型拱坝在基本荷载和特殊荷载组合的几种工况下,拱坝结构各个部位的受力和位移情况,为拱坝在选型期体型的确定以及大坝运行期的极限承载力和破坏机理研究提供参考依据。【方法】应用大型有限元软件ANSYS建立拱坝三维有限元模型,模拟并分析方案1和方案2不同体型坝体在各个工况下的应力应变情况,利用有限元等效应力分析方法,对计算结果进行二次计算,以消除有限元计算中出现的应力集中现象。【结果】2种不同体型坝体在工况1条件下,除第1主拉应力外,其他部位均满足基本荷载组合的拉应力控制标准,第3主压应力均满足基本荷载组合的压应力控制标准;使用等效应力法计算后,方案1左右坝肩的应力集中范围由高程1...
[期刊] 统计与决策
[作者]
桂文林 徐芳燕
极端值模型是准确估计"厚尾"分布金融资产回报市场风险的有力工具。主要有分块样本极大值模型(BMM)和阈顶点模型(POT)。文章对阈顶点模型中广义Pareto分布尾部厚度和应用进行分析。结果表明,当0<ε≤1时,分布的尾部厚度为"厚尾"且随着形状参数的增加而变厚,此时最适合于金融资产时间序列"厚尾"分布建模。
关键词：
广义帕累托分布 形状参数 VaR
[期刊] 水产学报
[作者]
张波 姜丹 张东玲 王志勇 方铭
为了探究大黄鱼生长性状的分子调控机制，实验从同一个网箱内养殖的大黄鱼中选取生长速度较快的体质量均值为(527.1 ± 83.6) g的个体182尾、生长速度较慢的体质量均值为(238.4 ± 52.3) g的个体230尾，共412尾进行研究。对其肌肉组织进行总RNA提取和转录组测序，并对2组进行基因差异表达分析。以Padj < 0.05、abs(log_(2)FoldChange) > 1为标准，共筛选到227个差异表达基因，包括125个上调基因、102个下调基因。差异表达基因在NCBI-nr和Uniprot（Swiss-Prot）数据库的注释率分别为99.12%、81.94%。通过差异表达基因的功能注释结果，初步筛选出了可能与肌肉生长相关的候选功能基因，如gdf9、ckm、tnni2和des等。GO和KEGG分析预测出了一些与肌肉生长相关的信息，如GO term有肌动蛋白丝组织、肌动蛋白细胞骨架组织、肌动蛋白丝基过程、微管组织中心和发育生长等，KEGG通路有细胞和生长因子、脂肪酸生物合成、转化生长因子-β信号通路（TGF-β信号通路）、胰岛素信号通路和肌动蛋白细胞骨架的调控等。WGCNA分析发现，purple模块与体质量性状相关性较强，其核心基因myoz1、tpm1和tnni2可能与肌肉生长相关。这些研究结果可以为后续相关基因功能的深度挖掘验证以及大黄鱼生长性状的分子调控机制解析提供参考。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
袁洁 何登骥 何加太 詹庆才 周昆 何艳 阳永建 魏颖娟 陶湘林 唐汉军
针对花粉管通道法导入苦瓜DNA的籼稻子代D9和受体RT,采用IlluminaHiSeq TM平台进行全基因组重测序,分析了精米的基本营养成分、总皂苷成分以及膨胀势和米饭的食味品质。结果表明:苦瓜的部分DNA片段被整合进了受体水稻的DNA中,使生理活性成分总皂苷含量显著提高;苦瓜基因对水稻的营养成分有改善作用,使脂肪含量增加,膳食纤维与灰分的含量有所减少。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
袁洁 何登骥 何加太 詹庆才 周昆 何艳 阳永建 魏颖娟 陶湘林 唐汉军
针对花粉管通道法导入苦瓜DNA的籼稻子代D9和受体RT,采用IlluminaHiSeq TM平台进行全基因组重测序,分析了精米的基本营养成分、总皂苷成分以及膨胀势和米饭的食味品质。结果表明:苦瓜的部分DNA片段被整合进了受体水稻的DNA中,使生理活性成分总皂苷含量显著提高;苦瓜基因对水稻的营养成分有改善作用,使脂肪含量增加,膳食纤维与灰分的含量有所减少。
[期刊] 华北农学报
[作者]
吕丽华 王怀松 付秋实 朱慧芹
β-胡萝卜素的QTL定位为开展相关基因克隆,应用分子标记辅助育种培育高品质甜瓜品种奠定基础。应用2种果肉颜色差异较大的甜瓜品种200930与200932杂交得到的F2群体构建富含β-胡萝卜素含量特征的遗传图谱。构建的基因图包含154对SSR标记,其中77对标记是由EST序列新开发的EST-SSR引物。该图谱包括17条连锁群,覆盖基因组长度1 663.5 cM,标记间的平均距离为10.8 cM。定位到3个与β-胡萝卜素含量有关的QTL位点,分别位于第1,4(Chr4),7(Chr7)连锁群上,2个QTL贡献率超过15%。位于第1连锁群的QTLβ-car1贡献率最大,为26.9%。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
李昂 苗玉乐 孟君仁 牛良 潘磊 鲁振华 崔国朝 王志强 曾文芳
【目的】比较溶质型和硬质型桃在果实成熟过程中肽段和前体蛋白的差异，为挖掘决定或调控成熟过程的关键多肽提供理论依据。【方法】通过多肽组学的方法，对溶质型（‘CN13’）和硬质型（‘CN16’）桃内源性多肽特征以及前体蛋白功能进行分析，对比两种肉质桃果实在成熟衰老过程中前体蛋白和多肽的相对含量，并对差异肽段前体蛋白进行富集分析。【结果】本研究分别提取了‘CN13’和‘CN16’两个时期（S3和S4Ⅲ）的内源性肽样品进行质谱检测，共鉴定到473个前体蛋白，包含特异性肽段序列2 580条。对肽段的分子量、等电点以及剪切位点进行归纳整理，并对内源性肽段所对应的高丰度前体蛋白进行COG功能注释和pathway富集分析，结果显示前体蛋白主要参与一般功能预测、翻译后修饰、蛋白质转换、能量产生和转换以及碳水化合物运输与代谢等过程。差异肽段前体蛋白的富集分析表明，‘CN13’在成熟过程中差异肽段前体蛋白与氧化还原、活性氧代谢和电子传递链等生物学过程相关，主要参与糖酵解/糖异生、磷酸戊糖途径和RNA转运等途径；而‘CN16’差异肽段前体蛋白是与金属离子反应、无机物反应和镉离子反应等生物学过程相关，主要参与多种环境下微生物新陈代谢、剪接体和RNA转运等途径；同处在S4Ⅲ时期的‘CN16’和‘CN13’差异肽段前体蛋白与基因表达、翻译和细胞大分子生物学过程相关，主要参与RNA降解、RNA转运和剪接体等途径。【结论】‘CN13’和‘CN16’果实在成熟过程中多肽差异显著，差异肽段前体蛋白主要涉及淀粉/蔗糖代谢、糖酵解和核糖体合成等途径，暗示这些代谢途径与桃果实成熟衰老关系密切，为进一步挖掘调控桃果实成熟衰老过程的关键多肽提供了理论参考。
关键词：
桃 溶质 硬质 果实成熟 多肽组学
[期刊] 中国水产科学
[作者]
李月 王云龙 欧阳珑玲
浮游虫黄藻可与共生虫黄藻一起维持珊瑚群落的健康。前期研究表明1株营浮游生活的虫黄藻(Symbiodinium sp.ECSFRI081109)在不同磷酸盐浓度培养下的生长速率和碱性磷酸酶活性有所差异。为了解其对不同磷酸盐浓度的响应机制,本研究利用RNA-Seq技术对高磷酸盐初始浓度(35μmol/L)和低磷酸盐初始浓度(0.15μmol/L)下不同培养时间(第0天、第5天和第10天)的虫黄藻进行转录组测序并做比较分析。结果显示:测序组装后获得80955个Unigenes,其中在NR、GO、KEGG、eggNOG、SwissProt以及Pfam数据库中共同注释的有4407个。对5个实验组的转录组数据进行比较分析,得到23个与磷利用相关的差异表达基因,主要有磷脂酶A2、磷脂酶B、磷脂酶C、磷脂酶D、碱性磷酸酶、酸性磷酸酶、无机磷酸盐转运体、Na~+依赖型磷酸盐转运体、线粒体磷酸盐转运蛋白基因。根据不同磷酸盐初始浓度培养下上述基因的表达量变化,推测在低磷环境下,虫黄藻可通过增强对无机磷酸盐的转运能力及利用磷酸酶分解有机磷以缓解磷胁迫,从而维持细胞生长。本研究旨为深入了解浮游虫黄藻响应不同磷酸盐浓度的分子调控机制提供基础数据。
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