旨在从基因水平分析LncRNA对公母滩羊肌肉发育的影响，因肌肉的生长发育是养殖业经济效益的重要指标，而骨骼肌的发育与产肉性能显著相关。为初步揭示影响肌肉发育差异的分子机理，从而进行转录组测序分析，筛选与绵羊肌肉发育相关的LncRNA。通过对公母滩羊各3头(8月龄)的背最长肌组织进行全转录组测序(RNA-seq)和分析，从而筛选出可能与滩羊肌肉发育相关的LncRNA。结果显示：鉴定到的8 513个LncRNAs中共筛选出45个组间差异表达LncRNAs,其中18个上调，27个下调。预测DELncRNA的co＿location靶基因并进行GO功能富集分析结果显示：靶基因显著富集在268个GO条目中，其中有促生长激素分泌细胞分化、典型的Wnt受体信号通路参与对细胞凋亡过程的负向调节、对生长激素分泌的正向调节、cAMP介导的信号传递等条目；KEGG通路富集分析结果表明，DEGs富集在AMPK、NF-KB、PI3K-AKT、MAPK、cAMP、FOXO等信号通路，进一步筛选出TCONS＿00017263、TCONS＿00147966、TCONS＿00163484、TCONS＿00079802、TCONS＿00079803这5个可能参与肌肉发育相关的LncRNA。对随机挑选的6个DELs进行实时荧光定量PCR验证，其结果的表达趋势与转录组测序结果趋势一致，进一步验证了测序结果的准确性。研究获得的这些DELncRNA可能造成了滩羊公母肌肉生长发育上的差异，同时这些相关LncRNA为调控肌肉发育提供了更多信息，并为今后宁夏地区不同性别滩羊肉用性能的分子育种提供了科学依据。

【目的】通过RNA-Seq技术筛选不同性别滩羊肌肉生长发育相关的候选基因，初步揭示滩羊背最长肌差异形成的分子机理，为其肌肉生长发育研究提供理论依据。【方法】以相同饲养条件下的8月龄滩羊为研究对象，通过转录组测序对滩羊背最长肌肉品质进行分析比较，采用Illumina HiSeqTM4000平台进行mRNA转录组测序和分析，发掘对肌肉生长发育有差异影响的相关调控基因，并对筛选的差异基因进行RT-qPCR验证。【结果】利用RNA-Seq技术测序共筛选出37个差异表达基因，其中上调基因10个，下调基因27个。对差异基因进行GO功能注释分析结果显示，其显著富集在41个GO条目中（P <0.05）；同时KEGG富集分析表明DEGs富集在28条通路中，包括FoxO、PI3K-Akt、调控干细胞多能性、嘌呤代谢、肌动蛋白细胞骨架的调节、Notch信号、蛋白质消化吸收和钙信号等通路，进一步筛选出6个基因(KSR2、ENAH、COL9A1、IFIT1、B3GAT2和TACR1)。取6个差异基因进行实时荧光定量PCR验证，结果与转录组测序表达趋势一致，说明测序结果可靠。【结论】研究获得的KSR2、ENAH、COL9A1、IFIT1、B3GAT2和TACR1候选基因为肌肉生长发育提供更多参考资料，从而为后续宁夏优质肉羊肌肉生长发育的研究奠定理论基础。

生长发育性状是受遗传和环境因素共同作用和/或相互作用的复杂性状,尽管利用全基因组关联研究可分析基因组上全部基因,筛选出与某类性状关联的SNP,但很难综合评价某个基因对其确切的作用。寻找与生长发育相关的精准基因是育种研究的目标之一。长链非编码RNA(long noncoding RNA,LncRNA)在细胞增殖分化、个体发育、信号转导、干细胞维持、代谢等几乎所有重要生命活动中发挥关键的调控作用,在表观遗传水平、转录水平及转录后水平等方面具有控制基因表达的作用,与多种重大疾病的发生密切相关。LncRNA是一类长度大于200个nt,且不表现出蛋白质编码潜能的RNAs,通过多种机制发挥生物学功能,参与...

为筛选miR-133a-5p影响鸡肌肉发育的关键靶基因，本研究利用在线数据库预测miR-133a-5p靶基因，并对靶基因进行富集分析和构建蛋白-蛋白相互作用(Protein-protein interaction, PPI)网络，寻找网络图中有意义的模块。通过单因素方差分析，比较分析肌肉和其他组织中的miR-133a-5p表达量；再依据microRNA与靶基因负相关的作用机制，将miR-133a-5p靶基因与肌肉中相对下调基因取交集，筛选关键靶基因。最后，通过RNA22 v2对筛选结果进行评估。结果表明：1)共获得157个靶基因；2)GO富集分析显示，靶基因参与多个生物合成过程的调控和代谢过程；KEGG富集结果包括MAPK信号通路等多种信号通路，也包括肌动蛋白细胞骨架等与肌肉发育直接相关的通路；3)PPI网络图共筛选到4个有意义模块，涉及17个基因；4)miR-133a-5p在肌肉中表达显著上调(相对肺、肝脏和肾脏),与肌肉相对下调基因取交集后，筛选到SOX5(SRY-box 5)、PRTFDC1(Phosphoribosyl transferase domain containing 1)、THRB(Thyroid hormone receptor beta)、THBS2(Thrombospondin 2)和ARRDC3(Arrestin domain containing 3)5个基因；5)在GSE93855的表达谱中，PRTFDC1和THRB在肌肉中表达量最低，而RNA22 v2评估结果显示，仅SOX5和THRB存在P<0.05的结合位点。综上，miR-133a-5p很可能是通过SOX5、PRTFDC1、THRB、THBS2和ARRDC3影响肌肉发育，其中SOX5和THRB尤为重要。本研究为进一步研究鸡miR-133a-5p提供了理论基础和数据支撑。

为探讨不同鸭种胚胎期和初生早期胸肌和腿肌中甲状腺激素受体(TRα)基因表达水平的发育性变化及其对胸肌质量、腿肌质量和胚质量(或体质量)的影响,选用生长速度差异较大的高邮鸭和金定鸭为研究材料,采用实时荧光定量PCR方法检测两鸭种13、17、21、25、27胚龄和出雏后7日龄时胸肌和腿肌中TRαmRNA的表达水平。结果表明:在鸭胚胎期和初生早期,两鸭种肌肉TRαmRNA的表达趋势较为一致,即在胸肌中呈"W"形,在腿肌中呈前高后低的表达规律。在13、17和21胚龄时两鸭种胸肌TRαmRNA的表达量均极显著低于腿肌(P<0.01),而在25、27胚龄和7日龄时则均高于腿肌。相关性分析表明:两鸭种胸肌中...

【目的】探讨肉质特性的构成实质和调控机制,为地方猪种的选育和利用提供依据。【方法】以30～90kg体重莱芜猪和40～100kg体重鲁莱黑猪共84头去势公猪为试验对象(每组6头),研究肌肉中胶原蛋白含量和性质(交联度)的发育性变化及其与肉质特性的关系。【结果】莱芜猪肌肉总胶原蛋白含量(TC)、不溶性胶原蛋白含量(IC)和胶原蛋白的溶解度(CS)以及肉质特性的大理石纹(MS)和剪切值(SF)在不同体重组间存在显著(P<0.05)或极显著(P<0.01)的差异。鲁莱黑猪肌肉中TC、IC、CS和可溶性胶原蛋白含量(SC)以及肉质特性的MS、熟肉率(CP)和拿破率(NY)在不同体重组间存在显著(P<0....

用相对定量RT-PCR方法研究大白猪和二花脸猪背最长肌中肌肉生长抑制素(Myostatin)和生肌调节因子(Myo-gen in)基因表达的发育性变化并进行品种及性别间比较。研究结果表明:大白猪公猪MyostatinmRNA表达水平在20日龄时达到高峰且显著高于相同日龄二花脸公猪(P<0.05),而二花脸公猪在45日龄时才显著升高,其他日龄品种间差异不显著。二花脸公猪和母猪出生后MyostatinmRNA表达水平均表现为上升,45日龄时达到高峰,120日龄时公母猪间差异显著(P<0.05)。二花脸公猪与大白猪公猪MyogeninmRNA的表达发育模式基本相同,均在20日龄达到最高值,品种间差异...

[目的]探究Hippo信号通道中Lats2基因与湖羊肌肉生长发育的关联性。[方法]以湖羊作为试验材料,用RT-qPCR技术分析Lats2基因在不同性别、不同生长阶段(2、60、180日龄)、不同肌肉组织(比目鱼肌、背最长肌、腓肠肌和趾长伸肌)的时空表达规律,及其与Lats1、YAP1(Yes相关蛋白1)基因和肌肉生长相关基因在不同生长阶段的相关性。[结果]根据Hippo信号通道中Lats2基因的时空表达规律可以发现:在不同肌肉组织中,Lats2基因在趾长伸肌中相对表达量最高;在不同生长阶段,Lats2基因在60日龄的表达量最高;在不同性别中,Lats2基因的表达表现为公羊高于母羊。相关性分析结果表明:在2日龄肌肉组织中,Lats2基因的表达与MSTN基因间正相关(P<0.05);在60日龄的肌肉组织中,Lats2基因的表达与Lats1基因正相关(P<0.05);在180日龄肌肉组织中,Lats2基因的表达与MyoG基因间极显著正相关(P<0.01),与YAP1基因间显著负相关(P<0.05)。[结论]Hippo信号通道中Lats2基因的表达受不同性别、年龄和肌肉组织的影响,可能通过下调YAP1基因的表达抑制肌肉生长发育,可作为肌肉生长发育调控研究的候选基因。

【目的】研究绵羊肌肉中脂蛋白脂酶(lipoprotein lipase,LPL)基因mRNA的发育性变化规律及其对肌内脂肪沉积的影响。【方法】选取2、30、60、90和120日龄的雄性哈萨克羊和新疆细毛羊各6只(120日龄只有新疆细毛羊),屠宰后取背最长肌检测肌内脂肪含量,用荧光实时定量PCR法检测肌肉LPL基因mRNA表达水平,分析在不同时期的变化及其与肌内脂肪含量的关系。【结果】随着日龄的增加,雄性哈萨克羊的IMF(IntramuscularFat)含量持续上升,各生长时期差异显著(P0.05),雄性哈萨克羊的IMF含量30...

Myostatin (Mstn)即肌肉生长抑制素，在脊椎动物中是胚胎期肌肉形成和成体肌肉生长的主要调控因子之一，通过抑制肌细胞的扩增和分化而抑制肌肉的生长和发育。为了筛选在中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)中Mstn调控的肌肉生长相关的基因，为肌肉生长调控机理奠定基础，本研究利用RNA-Seq技术对PBS对照组和Mstn表达抑制组进行了测序分析。结果显示，Mstn表达被抑制后共筛选到1657个差异表达基因，其中，805个显著上调，852个显著下调。参考脊椎动物Mstn调控的肌肉生长经典信号通路TGF-β/Smad和MAPK通路和差异基因功能的已有报道，初步筛选出29个Mstn调控的与肌肉生长相关的基因。在涉及TGF-β/Smad和Mapk通路的16个基因中，除ActRI被检测到略微上调外，其他基因均表现出不同程度的下调；在另外13个涉及蜕皮、肌肉生长等过程的基因中，促进肌肉生长的基因显示为上调。前期的研究表明，Mstn可能同脊椎动物功能类似，在中国对虾中负向调控肌肉生长，而本研究结果提供了进一步的证据，为阐明对虾的肌肉发育调控机制提供了重要基础。

选取了初生、1～6月龄湖羊公羔和12月龄的周岁公羊各5只,采用real-time PCR检测湖羊不同部位肌肉黑素皮质激素受体4基因(MC4R)mRNA表达水平,分析MC4R mRNA表达的发育性变化及其与肌肉肌内脂肪含量的关系。结果发现:湖羊不同肌肉部位MC4R基因表达的发育性变化模式均为先上升后下降。其中3月龄背最长肌、后腿股二头肌和前腿肱二头肌的MC4R mRNA表达水平达到最大,与其余各月龄相比差异显著,而2月龄腰大肌的MC4R mRNA表达水平达到最大,5月龄MC4R mRNA表达水平在湖羊不同部位肌肉间表现有明显差异,但无明显规律,其后各月龄间均无显著差异。结论:湖羊背最长肌、腰大肌...

【目的】探究在放牧、舍饲条件下幼龄山羊肌肉品质及抗氧化能力的发育性变化。【方法】选择体况良好、体重相近的经产湘东黑山羊母羊25头,进行同期发情处理,怀孕后产羔,获得36头羔羊,不记公母。出生后20 d内所有羔羊均仅喂以母乳。在0、7、14 d,每个时间点分别随机选取4头屠宰;21 d时,将剩余的24头羔羊随机分为放牧组和舍饲组,每组12头,除母乳外,放牧组以牧草为食,舍饲组补给精料及与放牧组相同的牧草,40 d断奶;在42、56、70 d时,两组每个时间点分别随机选取4头进行屠宰。称量宰前活重、胴体重,采集背最长肌,测定肌肉中粗蛋白(CP)、肌内脂肪(IMF)、氨基酸(AA)、脂肪酸(FA)的...

【目的】探究原肌球蛋白(tropomyosin,TM)是否在猪背最长肌生长发育过程中发挥生物学功能。【方法】采用SYBR Green Ⅱ荧光法进行荧光定量PCR分析TPM1基因在通城猪和长白猪中的组织表达谱,以及出生前和出生后背最长肌发育中(28个发育点)的表达变化。【结果】TPM1基因在两种猪中背肌和心肌中都有丰富地表达,在背最长肌发育过程中的表达趋势相似,即TPM1基因的表达量先增加后减少,但出现峰值的时间不同(通城猪中,TPM1基因在胚胎期75 d的表达量显著高于其它时间点,P<0.05)。【结论】TPM1...

【目的】研究福清山羊与努比亚黑山羊背最长肌组织转录组差异表达水平,为地方山羊品种肉质、生长性状的遗传机制和遗传改良提供理论基础。【方法】分别测定周岁内羯羊育肥的福清山羊与努比亚黑山羊日增重(ADG)以及2个品种周岁背最长肌样品的肌内脂肪含量(inter-muscular fat,IMF);同时利用转录组测序方法对2个品种周岁背最长肌组织进行高通量测序,筛选品种间的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),并对DEGs功能进行注释和测序结果的荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qRT-PCR)验证。【结果】在羯羊育肥条件下,福清山羊周岁内ADG为65.6g·d~(-1),极显著低于努比亚黑山羊的127.4g·d~(-1)(Sig.=0.000);而福清山羊周岁背最长肌IMF含量为3.69%,极显著高于努比亚黑山羊的1.83%(Sig.=0.003)。2个品种6个样品的背最长肌转录组测序共得到44.76Gb Clean Data,各样品的Clean reads与参考基因组(山羊)的比对效率在84.65%-86.17%之间。DESeq分析发现了努比亚黑山羊和福清山羊背最长肌的DEGs 608个,其中上调基因61个,下调基因547个。608个DEGs中的518个基因能够被GO(gene ontology)数据库注释,148个DEGs能够被COG(Cluster of Orthologous Groups of proteins)数据库注释,418个DEGs能够被KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes)数据库注释。KEGG通路分析表明DEGs共富集到222条信号通路中,44条通路显著富集。经过文献检索和对筛选通路相关基因功能的分析,初步判断可能与羊肉质和生长性状相关的通路包括肌动蛋白细胞骨架调节(Regulation of actin cytoskeleton)、Jak-STAT信号转导通路{Janus kinase/signal transducer and activator of transcription(Jak-STAT)signaling pathway}、MAPK信号转导信号通路{mitogen-activated protein kinase(MAPK)signaling pathway}和Ⅰ型糖尿病通路(TypeⅠdiabetes mellitus);IGF1(Insulin-like growth factor 1,类胰岛素一号增长因子)、ACSL5(Long-chain fatty acyl-CoA synthetases 5,长链酯酰辅酶A合成酶5)、PCK2(phosphoenolpyruvate carboxykinase 2,磷酸烯醇丙酮酸羧激酶2)、PPARGC1A(Hepatic peroxisome proliferator-activated receptor gamma,coactivator 1 alpha,过氧化物酶体增殖激活受体γ共激活因子1α)、JAK2(Janus Kinase 2,Janus激酶2基因)、STAT4(signal transducer and activator of transcription 4,信号转导子和转录激活子4)、IRF8(interferon regulatory factor 8,干扰素调节因子8)、MAP4K1(mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1,有丝分裂原激活蛋白激激激激酶1)等DEGs可作为控制福清山羊肉质、生长性能的候选基因。进一步与参考基因组序列比对分析,共发掘707个新基因(转录本),其中15个基因(转录本)为2个品种的DEGs。经qRT-PCR验证,所选基因(转录本)表达变化模式与转录组测序结果一致,表明测序结果可靠。【结论】在转录组水平上筛选出了福清山羊和努比亚黑山羊周岁羯羊背最长肌组织的608个DEGs,发掘了707个新基因(转录本),初步认为肌动蛋白细胞骨架调节等4个信号通路在山羊肉质形成和生长发育过程中发挥了重要作用,为进一步探索山羊骨骼肌生长发育和IMF沉积的相关机理提供参考依据。

为阐明肌间刺缺失对斑马鱼(Danio rerio)胚胎发育时期肌肉发育的影响,采用qRT-PCR的方法,检测分析了斑马鱼不同肌间刺表型间5个肌肉特异性基因(mef2、myf5、myod、myog和sox6)在囊胚期(3hpf,hourspost fertilization)、原肠胚期(6 hpf)、体节期(12 hpf)、咽囊期(24 hpf)和孵化期(72 hpf)5个发育时期的表达情况,对比分析了肌间刺缺失对斑马鱼胚胎发育过程中肌肉发育特异性基因的时序表达差异和肌肉发育的影响,以及对受精率、孵化率和畸形率的影响。结果显示, 5个特异性基因在肌间刺缺失突变型与野生型斑马鱼各发育时期的表达量无显著性差异(P>0.05)。其中,myf5、myod基因在原肠胚期表达量升高,在体节期和咽囊期开始逐步下降;mef2、myog和sox6基因在囊胚期和原肠胚期表达量很低,在体节期和咽囊期表达量迅速升高,并在孵化期开始下降。此外,受精率、孵化率和畸形率的统计结果显示,肌间刺突变型与野生型间亦无显著性差异(P>0.05)。综上,推测肌间刺的缺失对斑马鱼胚胎发育及胚胎发育过程中肌肉的发育没有影响。