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[期刊] 水产学报
[作者]
董新培 穆淑梅 周楠 康现江 罗青 白俊杰
为研究乌鳢群体的遗传多样性和控制区结构,实验采用PCR和DNA测序技术对其线粒体DNA控制区序列进行比较。结果显示,用于分析的线粒体DNA控制区全长序列为905~908 bp。104个序列中共发现了37个多态位点,定义了27种单倍型。同时对控制区结构进行分析,识别了其终止序列区(ETAS)、中央保守区(CD)和保守序列区(CSB)的关键序列。3个地理群体的单倍型多样性(Hd)、核苷酸多样性(Pi)和平均核苷酸差异数(k)分别为0.875、0.003 27和2.939。群体间的平均Kimura双参数遗传距离(Kimura 2-parameter distance,K 2-P)、遗传分化指数(Fs...
关键词：
乌鳢 线粒体DNA控制区 遗传多样性
[期刊] 淡水渔业
[作者]
秦钦 许志强 边文冀 王明华 蔡永祥 葛家春
经克隆测序获得了我国5个批次引进的40尾斑点叉尾(Ictalurus punctatus)群体的线粒体控制区全序列,研究控制区序列结构和群体遗传变异。结果显示:比对长度包括906个位点,共有变异位点28个,简约信息位点21个。通过与GenBank中其它鱼类的mtDNA控制区序列进行结构分析,将斑点叉尾的控制区分为终止序列区、中央保守区和保守序列区3个区域;并找到了一系列保守序列:包括终止相关序列TAS,中央保守区的CSB-F、CSB-E、CSB-D和保守序列区的CSB-1、CSB-2、CSB-3。样本总体遗传多样性指数较高,40尾个体含有25个单倍型,其总体单倍型多样性指数(H)为0.920...
[期刊] 水产学报
[作者]
彭银辉 周于娜 刘旭佳 黄国强 蔡小辉 潘英
为了解光裸方格星虫的群体遗传结构和种质资源状况,对北部湾海域光裸方格星虫6个地理野生群体(广西北海、湛江、钦州、防城港、海南儋州,以及越南海防)共93个个体的线粒体DNA(mtDNA)控制区序列进行分析。共检测到107个变异位点,定义了85个单倍型,序列对AT有明显的偏倚性,群体总的单倍体多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.998和0.018 89。单倍型邻接聚类树分析6个群体无明显分支,各单倍型分布于单倍型网络中介图中亦没有明显的地理分支。各群体间的遗传分化系数Fst值为–0.018 130.
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
刘红 张海强 蔡生力 戴习林
运用线粒体ＤＮＡ（ｍｔ ＤＮＡ）控制区部分基因序列测序技术对６个凡纳滨对虾养殖群体（Ｓ１、Ｓ２、Ｇ１、Ｇ２、Ｋ１和ＳＧ）的遗传多样性和系统进化关系进行了分析。结果显示，在检测到的１４６个单倍型中，１４４个为单群体特有，其余两个为群体Ｓ１和Ｓ２共享。６个群体的单倍型多样性（ＨＤ）为０．４２–０．９９，核苷酸多样性（π）为０．００–０．０８，其中，单倍型多样性最高的是群体Ｋ１（ＨＤ＝０．９９±０．０１），核苷酸多样性最高的是群体Ｓ２（π＝０．０８±０．０４）。综合考虑，遗传多样性最低的为群体Ｓ１（ＨＤ＝０．４２±０．０８，π＝０．００），遗传多样性最高的是群体Ｓ２（ＨＤ＝０．８８±０．０２，π＝０．．．
[期刊] 水产学报
[作者]
周伟 高天翔 王俊 宋娜
为了解乌鳢群体遗传变异规律,本研究对8个群体共212个个体的mtDNA控制区全序列进行群体遗传多样性、遗传结构和群体历史动态分析。结果显示,乌鳢控制区全序列长度为907 bp,乌鳢群体单倍型多样性水平变化较大,中国黄河及以北的乌鳢群体单倍型多样性水平比淮河和长江等南方群体相对较低,所有群体表现出较低的核苷酸多样性水平(h<0.5%)。基于单倍型构建的系统发育树和群体聚类树结果均未显示出与地理位置相对应的谱系结构。单倍型网络图显示存在多个主单倍型。遗传结构分析显示,不同水系间存在显著的遗传差异,相同水系间遗
[期刊] 西南农业学报
[作者]
张露 樊威 苏建 焦晓磊 周剑 黄志鹏 赵瀚 赵仲孟 段元亮 李强 杜军 卓婷 苏全森 吴俊 罗煜
【目的】为了解7个不同地理位置的4个乌鳢（Channa argus）群体和3个白化乌鳢育成群体的群体遗传多样性和遗传分化特点。【方法】采用20对微卫星引物对4个乌鳢群体和3个白化乌鳢育成群体，共计350尾个体的微卫星位点进行了分型检测，分析了所有微卫星标记的多态性及遗传多样性信息，并分析了群体间遗传分化特点。【结果】所有20对微卫星引物共检测出356个等位基因，等位基因数（N_(a)）介于4～40个，每个位点平均有17.8个等位基因。观测杂合度（H_(o)）介于0.000～0.791，平均值为0.578；期望杂合度（H_(e)）介于0.31～0.91，平均值为0.732；多态信息含量（PIC）介于0.271～0.901，平均值为0.700，且所有乌鳢群体的N_(a)、H_(o)、H_(e)、PIC均高于白化乌鳢群体。7个群体的遗传分化指数（F_(ST)）在0.07 876～0.40 303，所有群体间的遗传分化均达显著水平（P<0.05）。将4个乌鳢群体和3个白化乌鳢群体分为两组进行分子方差分析（AMOVA），发现这几个群体的遗传变异主要来源于个体内，占遗传变异来源总量的69.65%。而UPGMA系统发育树聚类结果显示4个乌鳢群体和3个白化乌鳢群体分别被聚类到了2个独立分支上。【结论】本研究的3个白化乌鳢群体的遗传多样性均相对低于4个乌鳢，在繁育过程中应加强白化乌鳢遗传多样性保护，尽量避免近亲交配，本研究为乌鳢和白化乌鳢的遗传资源保护及综合利用提供理论依据。
关键词：
乌鳢 白化乌鳢 微卫星 遗传多样性
[期刊] 中国水产科学
[作者]
杨洁 何安元 何学军 唐首杰 王成辉
利用线粒体DNA控制区部分序列对中国8个尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)养殖群体(埃及、吉拉达、美国、鹭业、吉诺玛、宝路、广东、新吉富)的遗传多样性和相互间遗传关系进行了分析。在所分析的237个样本中,可归结为15种单倍型,其中单倍型BL1为宝路(BL)、埃及(EGY)、吉拉达(GLD)、吉诺玛(GNM)和鹭业(LY)5个群体所共享,但没有一个单倍型为所有群体共享。8个群体内的核苷酸多态位点数(S)在4~83,平均核苷酸差异数(K)的范围为0.50~37.26,单倍型多样性(h)为0.190 8~0.802 3,核苷酸多样性(π)为0.000 8~0.056 9。AMO...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
赵刚 周剑 杜军 刘光迅 陈先均 朱健 李建林
对采自泸州(长江干流)、南溪(长江干流)、柏溪(金沙江段)、攀枝花(雅砻江段)、重庆(嘉陵江段)4个流域的45尾长薄鳅(Leptobotia elongata)的线粒体DNA控制区部分序列(798 bp)进行了扩增,共检测出19个单倍型,未发现群体间有共享的单倍型,5群体单倍型多样性在0.833~1.000之间,显示不同流域的长薄鳅群体单倍型类型较为丰富。分析了D-Loop的碱基组成、变异情况和核苷酸序列差异,计算了核苷酸多样性(π)、单倍型多样性(h)、FST值和基因流数值(Nm),构建了长薄鳅不同单倍型分子系统树和中间网络图。5个群体内各序列核苷酸多样性指数(π)在0.276%~0.905...
[期刊] 海洋渔业
[作者]
卢丽锋 章群 杨喜书 黄镇宇 唐楚林 周琪
为探讨中国近海绿鳍鱼(Chelidonichthys kumu)遗传多样性和种群结构,测定了辽宁、山东、江苏、浙江以及广东等中国沿海5个省6个地理群体112尾样本线粒体控制区838bp全序列,共检测到15个变异位点,22个单倍型,总体呈现高单倍型多样性(h=0.849±0.019)与低核苷酸多样性(π=0.001 85±0.000 12)特点。在邻接树和单倍型网络图中,没有出现明显的谱系结构和地理结构。群体间遗传分化系数Fst值小而不显著(-0.034 61~0.038 28,P>0.05);AMOVA分析显示不同地理群体、不同海域间与台湾海峡南北两侧都不存在明显遗传分化(-0.32~1.19),遗传变异主要存在群体内个体之间(99.08%~100.40%),表明中国近海绿鳍鱼为母系随机交配群体,推测原因可能是绿鳍鱼为洄游性鱼类,且所产漂浮性卵受海流携带能进行远距离传播。中性检验呈极显著负值(Fs=-16.099 6,P=0),核酸不配对分布图为单峰分布,推测绿鳍鱼整体及除吕四群体外的其它群体在3.00万年~10.00万年前发生种群扩张,可能是受到晚更新世冰期与间冰期影响。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
李珊 陈敦学 马秀慧 安苗
为探讨苗岭作为地理屏障对斑鳜(Siniperca scherzeri)遗传结构及其多样性的影响,本研究运用mtDNA D-Loop测序技术,检测其两侧柳江、沅江和乌江3水系7个野生斑鳜种群的遗传多样性,并分析其遗传变异及种群动态。结果显示,365条序列共有57个多态位点和56个单倍型,高频hap3是3水系共享的祖先单倍型,苗岭斑鳜可划分为南北2个不同地理种群,南部柳江种群遗传变异程度低,遗传多样性匮乏,北部沅江和乌江的种群变异程度高,拥有丰富的遗传多样性,2个地理群体间存在显著的遗传分化和基因交流障碍。研究表明,南部斑鳜属封闭的小群体,因近交衰退效应,始终保持祖先的原始种群结构;北部种群规模庞大,生境理想,进化潜力大。推测苗岭斑鳜在中更新世间冰期种群扩张后,因苗岭阻隔和生境差异,沿不同方向发展进化,塑造出南北两个遗传分化明显的地理种群。柳江种群面临生存危机,可视为1个独立的ESU单元,沅江上游适宜建立斑鳜种质资源保护区。本研究从分子水平揭示了地理屏障对苗岭山区野生斑鳜种群遗传结构及其多样性的影响,丰富了我国斑鳜遗传背景资料,可为斑鳜种质保护和挖掘利用提供理论依据。
[期刊] 海洋渔业
[作者]
薛丹 章群 郜星晨 宫亚运 曹艳
对中国东南沿海福建平潭和广东汕头、闸坡3个群体38 ind三线矶鲈(Parapristipoma trilineatus)线粒体控制区的914 bp序列进行分析,发现22个变异位点,共有33个单倍型。3个群体总体的单倍型多样性和核苷酸多样性均较高(H=0.991 0±0.009,π=0.005 8±0.000 4),其中平潭和汕头群体分别表现出最低和最高的核苷酸多样性(π=0.004 9±0.000 5和0.006 6±0.000 9)。3个群体间的Fst值为0.056 6~0.105 3,Nm值为4.248 3~8.333 4,表明3个群体间存在较低分化,可作为1个管理单位进行保护,建议优先...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
王锦锦 廖梅杰 李彬 王印庚 荣小军 张正 葛建龙
为评价不同海域不同体色特征刺参群体的遗传结构,本研究采用PCR技术扩增了中国、韩国和俄罗斯沿海8个刺参(Apostichopus japonicus)群体的16S rDNA、COⅠ和D-loop序列。根据所获得的16Sr DNA、COⅠ和D-loop序列分析这8个群体的遗传多样性和遗传进化关系。结果显示,16S rDNA、COⅠ和D-loop序列长度分别为543 bp、656 bp和509～527 bp。16S rDNA序列中共检测到16个多态位点,16种单倍型,单倍型多样性指数为0.629,核苷酸多样性指数为0.0016,平均核苷酸差异数0.880。COⅠ序列共检测到62个多态位点,38种单倍型,单倍型多样性指数为0.958,核苷酸多样性指数为0.0073,平均核苷酸差异数为4.796。D-loop序列共检测到200个多态位点,61种单倍型,单倍型多样性指数为0.922,核苷酸多样性指数为0.0157,平均核苷酸差异数为6.834。3个线粒体片段对于不同群体的遗传多样性检测结果显示,D-loop和COⅠ序列的多态位点数、单倍型数和核苷酸多样性均显著高于16S rDNA序列,更适用于同一物种不同群体遗传结构的解析。韩国浦项地区3个群体遗传多样性最高,这可能与其所处地理位置洋流影响有关。利用COⅠ基因对采自浦项的3种体色刺参进行遗传分化分析,遗传分化系数Fst<0.05,不存在遗传分化。对所采集的群体构建的系统进化树结果显示,青岛海参群体与烟台海参群体聚为一支,再与韩国群山黑参群体聚为一支,然后与韩国木浦黑参群体聚在一起,向外依次为俄罗斯群体及韩国浦项的3个群体,不同种群的遗传结构受洋流影响最大,其次跟其地理分布有关。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
申绍祎 田辉伍 汪登强 陈大庆 刘绍平
红唇薄鳅(Leptobotia rubrilabris)是长江上游特有鱼类,近年来资源量不断下降。本研究利用线粒体控制区序列片段(896 bp)分析了长江上游红唇薄鳅的遗传多样性及遗传结构,为其资源保护提供科学依据。共采集了119尾样本,来自长江上游江津、四川南溪、岷江下游蕨溪等。结果显示,共检测到58个单倍型,平均单倍型多样性为0.967,平均核苷酸多样性0.006 7,表明红唇薄鳅种群具有较高的遗传多样性。单倍型NETWORK网络关系图和分析系统树结果显示红唇薄鳅单倍型不按地理分布聚类,但是明显分成了
[期刊] 中国水产科学
[作者]
薛丹 章群 郜星晨 宫亚运 曹艳
80尾鯻(Therapon theraps)样本采自广东碣石、阳江,广西东兴,海南临高、陵水,测定其线粒体控制区951 bp序列,发现42个变异位点,60个单倍型。南海北部近岸鯻总体的单倍型多样性(0.986±0.007)和核苷酸多样性相对较低(0.009±0.000),其中陵水群体核苷酸多样性最高(0.010),碣石、阳江、东兴群体最低(0.008)。单倍型网络图与邻接树没有形成明显不同的谱系分支和地理聚群,表明不存在谱系结构和地理结构。大陆沿岸碣石、阳江和东兴群体间的遗传分化系数(Fst)为–0.017 5~0.008 9(P>0.05),基因流(Nm)值为–14.54~27.84;海南岛...
[期刊] 海洋渔业
[作者]
吕金磊 章群 杨喜书 宫亚运 曹艳
为探讨中国南海重要经济鱼类卵形鲳鲹(Trachinotus ovatus)的遗传多样性,测定了广东闸坡、乌石、安铺和广西东兴以及海南新盈等5个地理群体97 ind样品的线粒体控制区5'端359 bp序列,发现47个变异位点,32个单倍型,总体呈现高单倍型多样性(h=0.951)和高核苷酸(π=0.020 9)多样性的特点。在邻接树和单倍型网络图中出现2个分化显著但不存在明显地理聚群的分支,推测二者的分化时间约为6018万年前(中更新世),可能是中更新世冰期海平面下降形成边缘海而导致隔离,间冰期海平面上升后
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