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[期刊] 水产学报
[作者]
许燕 王印庚 张正 姜燕 廖梅杰 李彬 王凯 李文生
为了研究不同健康程度和抗生素氟苯尼考干预下斑石鲷肠道菌群结构的差异及其与养殖环境中菌群结构的相关性,采用Illumina Hi Seq PE250高通量测序的方法对健康、亚健康、典型黑身病和口服氟苯尼考条件下的斑石鲷肠道、养殖水体和颗粒饵料中的细菌多样性及群落结构进行了分析比较。结果显示,养殖水体中细菌多样性高于肠道和颗粒饵料。不同健康程度及氟苯尼考干预下斑石鲷肠道中细菌均以变形菌门、厚壁菌门和软壁菌门为主,且对应的操作分类单元(OTU)占样品全部OTU的比例均达到85%以上。黑身病的发生可影响斑石鲷肠道
[期刊] 水产学报
[作者]
熊向英 王贤丰 彭银辉 王志成
为研究病害发生后卵形鲳鲹肠道菌群结构的差异及其与养殖环境的关系,分析不同样品中的菌群组成和细菌多样性。实验采用Illumina HiSeq高通量测序技术和生物信息学分析手段,分别构建了健康鱼水样、患病鱼水样、健康鱼肠道、患病鱼肠道和饵料颗粒5个样品中菌群的16S rRNA基因测序文库。研究表明,与健康鱼肠道细菌组成相比,患病鱼肠道中螺旋体门相对丰度显著升高,厚壁菌门和拟杆菌门相对丰度显著降低;患病后肠道中的细菌种类仅为健康鱼肠道细菌种类总数的54.94%;健康卵形鲳鲹肠道菌群中有73.46%的可操作分类单元(OTUs)与水体样品中OTUs一致,有70.58%与饲料样品一致,而患病后分别只有17.98%和38.95%的OTUs与水体和饲料样品一致。健康卵形鲳鲹肠道中黑海弧菌的相对丰度为17.19%,患病后该菌的相对丰度大幅提高,达到78.90%;健康鱼肠道中鳆发光杆菌占比54.53%,患病鱼肠道中不含鳆发光杆菌。健康和患病鱼肠道菌群种类组成类似,但存在一定差异,病害的发生会导致肠道细菌多样性显著降低。健康鱼肠道菌群与养殖环境和颗粒饲料中菌群组成关系密切,而患病后鱼肠道细菌多样性受环境中菌群的影响较小。黑海弧菌在患病鱼肠道中的大量增殖可能是引起其患病的重要原因。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
万有娣 万艳 陈雅飞 朱梦洁 雷治海 苏娟
[目的]研究流感感染小鼠使用抗生素后肠道微生物、代谢物及肠道紧密连接蛋白的变化。[方法]30只雄性BALB/c小鼠随机分为3组：对照组、感染组和抗生素组。感染组和抗生素组同时感染流感病毒，抗生素组感染1 d后饮水中添加组合抗生素，3组小鼠感染9 d后取样。16S rRNA基因测序进行微生物组学分析；气相色谱-飞行时间质谱(GC-TOF/MS)进行代谢组学分析；免疫组化法和免疫印迹法进行结肠紧密连接蛋白的分析。[结果]感染组微生物多样性指数、细菌丰度和代谢物主成分分析(PCA)与对照组无显著差异。与感染组相比，抗生素组微生物多样性指数(Chao1，Shannon，Simpson)均显著下降(P<0.01)。拟杆菌门和变形菌门显著增加(P<0.01)，厚壁菌门显著减少(P<0.001)。抗生素组与对照组在PCA中完全分离，有机酸代谢与筛选差异出的微生物具有较强相关性。感染组和抗生素组紧密连接蛋白(Claudin-1，Occludin)的表达均显著减少(P<0.01)，抗生素组Claudin-1的表达与感染组相比显著减少(P<0.001)。[结论]抗生素降低肠道微生物的多样性，增加致病菌的侵入，减少有益菌的繁殖，加剧流感诱导的肠道菌群失调，减少有机酸的产生，导致更严重的肠道屏障功能损伤。
[期刊] 水产学报
[作者]
郁维娜 戴文芳 陶震 熊金波
为探究病害发生后健康与患病凡纳滨对虾肠道菌群结构和功能的差异,并筛选肠道指示菌群来评估宿主健康状况,评价凡纳滨对虾肠道菌落的功能冗余性。实验采集健康和患病凡纳滨对虾样品,通过Illumina高通量测序技术测定肠道菌群组成,并利用PICRUSt进行功能预测,以此比较健康与患病凡纳滨对虾肠道微生物的群落结构和功能差异,并预测功能与群落组成的相关性。结果显示,病害的发生伴随着肠道菌群结构的显著变化,而多样性无显著差异。与健康凡纳滨对虾肠道细菌组成相比,患病凡纳滨对虾肠道中放线菌门(Actinobacteria)
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
魏清甜 李平华 汪涵 石磊 牛清 林明新 吴望军 周波 黄瑞华
为研究粪肠球菌替代饲用抗生素的可行性,将150头25日龄断奶仔猪[(8.41±0.17)kg,杜×长×大],随机分为基础日粮、100 g·t-1粪肠球菌(处理Ⅰ组)、200 g·t-1粪肠球菌(处理Ⅱ组)、400 g·t-1粪肠球菌(处理Ⅲ组)和抗生素组共5组,每组4个重复,每个重复7或8头仔猪。试验1~14 d和15~28 d测定各组猪只生长性能和腹泻率;试验开始和结束时测定基础日粮组、抗生素组和处理Ⅱ组血清IgA、IgM、IgG含量,同时试验结束时测定上述3组肠道微生物数量。结果表明:1~14 d阶段,各处理组平均日增重、料肉比和腹泻率较基础日粮组均显著改善(P<0.05),且与抗生素组差...
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
周俊雄 马荣琴 李冬松 田容川 李敏昱 罗艺彬 刘平平 田宝玉
采用微生物培养和影印法对家养禽类鸡、鸭和肉鸽肠道可培养细菌抗生素抗性的种类、数量和分布进行了调查．结果表明：在调查的鸡、鸭和肉鸽３种禽类中，肠道可培养细菌抗生素抗性的分布非常普遍，所有测试细菌至少可以抗一种抗生素，抗５种以上抗生素的细菌占测试细菌的比例分别为７５．０％、５８．９％和９７．４％；个别细菌对测试的１０种抗生素均具有抗性．在抗生素方面，肠道可培养细菌对萘啶酮酸、盐酸四环素、盐酸克林霉素、磺胺嘧啶和红霉素的抗性分布比较广泛．提取细菌基因组并扩增１６Ｓ ｒｒＮＡ基因，并对这些细菌进行分子鉴定的结果表明，分离的肠道可培养细菌为埃希氏大肠杆菌．在美国国家生物技术信息中心数据库进一步搜索的结果．．．
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
闫倩倩 李彬 廖梅杰 王印庚 张正 于永翔 荣小军 李德军
为解析目前刺参(Apostichopus japonicus)苗种携带耐药菌及耐药基因现状,本研究从烟台、威海、青岛3个刺参主要养殖区的6家养殖场采集了幼参,对其肠道内容物中常用抗生素的耐药菌数量、占比和种类进行检测。利用荧光定量PCR技术,对样本中4类抗生素的7种耐药基因分布情况进行分析。结果显示,所检测的6个采样点中均有6种抗生素耐药菌的检出,从耐药菌占比来看,耐药菌占比最高的种类是乙酰甲喹、萘啶酸和四环素耐药菌,占比分别为0.05%～40.06%、2.16%～39.94%和0.06%～23.15%,氟苯尼考、庆大霉素和链霉素耐药菌的占比均不高,占比范围为0.01%～4.15%。由所分离到的98株耐药菌的鉴定结果可以看出,可培养的抗生素耐药菌分为4门5纲30属,主要集中在弧菌属、芽孢杆菌属和嗜冷杆菌属,占检出率的15.30%、13.27%和12.25%。基于属水平的不同抗生素耐药菌种类的分布统计结果显示,各采样点耐药菌种类差异较大,而且弧菌属、芽孢杆菌属和嗜冷杆菌属中均存在同一菌属中有耐多种抗生素的情况。对6个样本7种抗生素耐药基因的丰度检测结果显示,同一类抗生素的不同耐药基因的含量差异显著,除氨基糖苷类抗生素耐药基因aadA的相对拷贝数比例和链霉素以及庆大霉素耐药菌占比之间存在显著相关性(P0.05)。研究表明,苗期刺参中存在一定的携带耐药菌和耐药基因的风险。
[期刊] 水产学报
[作者]
洪斌 牛犇 陈萍 李薇 刘海泉 潘迎捷 赵勇
探究凡纳滨对虾和罗氏沼虾肠道微生物及抗生素抗性基因(antibiotic resistance genes, ARGs)种类的差异。通过高通量测序和变性梯度凝胶电泳(denaturing gradient gel electrophoresis, DGGE)技术分析2种虾肠道微生物群落结构差异和微生物多样性,并运用PCR方法检测了2种虾肠道细菌常见38种ARGs的携带情况。结果显示,获得凡纳滨对虾和罗氏沼虾肠道细菌有效序列分别为42 795和40 713条,物种注释单元(operational taxonomic unit, OTU)数目分别为124和82,分类地位明确的细菌种类分别隶属5个门、17个属和5个门、16个属。凡纳滨对虾肠道细菌的优势类群为变形菌门,所占比例为75.45%,优势菌属为副球菌属(25.83%)和不动杆菌属(25.24%);罗氏沼虾肠道细菌的优势类群是厚壁菌门(49.74%),优势菌属为乳球菌属(49.01%)和弧菌属(29.98%)。凡纳滨对虾肠道细菌(2.19)Shannon指数高于罗氏沼虾肠道细菌(1.78),表明前者肠道细菌多样性大于后者。DGGE图谱的分析结果与高通量测序一致,2种虾肠道细菌种类差异很大。PCR结果显示,凡纳滨对虾肠道细菌携带15种ARGs,罗氏沼虾肠道细菌携带14种ARGs。本实验表明凡纳滨对虾肠道细菌的群落种类多样性、OTU丰富度、物种总数和ARGs种类均高于罗氏沼虾肠道细菌,为后续肠道微生物资源的挖掘提供了理论依据。
[期刊] 水产学报
[作者]
何家鑫 杨婷婷 郭凯 关舒 郜卫华 罗凯 迟淑艳
为了探究饲料添加酸化剂对大口黑鲈生长性能、抗氧化能力和肠道健康的影响，用含不同酸化剂水平（0%、0.05%、0.10%、0.15%和0.20%）的5组等氮等脂饲料投喂初始体重为（21.31 ± 0.18）g的大口黑鲈64 d。结果显示，大口黑鲈增重率和特定生长率随着饲料中酸化剂添加量的提高呈先升后降的变化，在0.15%组均达到最大值。与对照组相比，饲料添加0.10%～0.15%的酸化剂显著降低了大口黑鲈饲料系数，显著提高了大口黑鲈全鱼粗脂肪含量和蛋白质沉积率以及对饲料干物质、粗脂肪和总能的表观消化率。在饲料酸化剂添加量为0.15%时，大口黑鲈肠道脂肪酶活性显著高于对照组。相比于对照组，0.15%组的甘油三酯含量和总胆固醇含量显著降低，0.15%组的高密度脂蛋白胆固醇含量显著升高。饲料中酸化剂添加量在0.10%～0.15%时，大口黑鲈血清总抗氧化能力以及肠道总抗氧化能力和超氧化物歧化酶活性显著提高，血清谷草转氨酶活性和肝脏丙二醛含量显著降低。0.15%组肠道绒毛长度、绒毛宽度、肌层厚度均显著大于对照组。与对照组相比，饲料中添加0.15%的酸化剂显著上调了大口黑鲈肠道抗氧化相关因子（nrf2、cat和sod1）基因的mRNA表达水平，显著上调了抑炎因子（il-10）基因的mRNA表达水平，饲料中添加0.20%的酸化剂显著下调了促炎因子（tnf-α、il-1β）基因的mRNA表达水平。以增重率和饲料系数为评价指标，基于折线模型结果表明大口黑鲈饲料中酸化剂适宜添加量为0.148%～0.152%。总之，饲料中添加0.15%的酸化剂能够促进大口黑鲈的生长，提高抗氧化能力，降低肠道炎症水平以及维持肠道健康。
[期刊] 水产学报
[作者]
黄垚 秦真东 陈嘉俊 杨敏璇 徐子正 杨友成 黎烽 詹凡玢 李亚男 李清清 林蠡 施斐
为探究抗菌素对草鱼免疫和肠道菌群的影响，本实验以草鱼为研究对象，设置基础饲料（对照组）、基础饲料添加恩诺沙星或氟苯尼考3组饲料，投喂草鱼2周后，通过肠道酶活检测、qRT-PCR和高通量测序技术分析饲料中添加抗菌素对草鱼肠道免疫及肠道菌群多样性影响。分析结果显示，（1）饲料中添加恩诺沙星和氟苯尼考降低了草鱼肠道谷胱甘肽过氧化物酶（GPx）、过氧化氢酶（CAT）、超氧化物歧化酶（SOD）的含量，提高丙二醛（MDA）的含量，导致草鱼肠道氧化应激。（2）氟苯尼考组中的TNF-α、IL-1β、IL-12、NF-κB-P65、MHC Ⅱ、sIgM等免疫因子和ZO-1、ZO-2、occludin、CLDN-1、JAM3等黏膜相关蛋白的mRNA表达量显著下降，恩诺沙星组的免疫因子TNF-α、IL-1β、IL-12、TLR4、MHC Ⅱ和黏膜相关基因ZO-2、occludin、CLDN-1、JAM3的mRNA表达量显著下降。（3）通过16S rRNA高通量测序来揭示拌食投喂抗菌素对草鱼肠道微生物群落结构的影响，分析结果显示饲料中添加恩诺沙星或氟苯尼考对草鱼肠道α多样性无显著差异，但对β多样性出现显著变化（P < 0.05），表明2种抗菌素对肠道菌群丰富度没有显著影响，但会改变群落多样性。综上所述，本研究结果揭示饲料中添加恩诺沙星和氟苯尼考会导致草鱼肠道氧化应激、调控黏膜免疫应答，并影响肠道菌群的结构与多样性。本研究为草鱼病害防控相关研究及草鱼的绿色健康养殖提供了参考。
[期刊] 水产学报
[作者]
王淼 卢迈新 衣萌萌 李忠徽 高风英 刘志刚 可小丽 曹建萌
研究在尼罗罗非鱼养殖池塘中添加复合乳杆菌对养殖池塘环境、尼罗罗非鱼肠道和鳃健康的影响,为乳杆菌在尼罗罗非鱼健康养殖中的应用提供基础。在尼罗罗非鱼养殖池塘水体中泼洒复合乳杆菌(对照组:0;实验组:1.0×104 CFU/mL),实验周期为10周。复合乳杆菌的成分为干酪乳杆菌和酸鱼乳杆菌,比例为1:2.2。监测池塘水质指标、罗非鱼肠道和鳃的免疫及抗氧化指标,并运用高通量测序技术(Illumina MiSeq),比较对照组和实验组水体、底泥、尼罗罗非鱼肠道和鳃黏膜共生菌群落结构差异。结果显示,从第7周开始,实验组水体中的硝酸盐含量始终低于对照组,实验组比对照组降低了72.68%、72.00%、26.27%和21.46%;实验组水体中的总氮含量在从第6周开始低于对照组,分别降低了43.39%、44.64%、15.64%、37.57%和34.49%;实验组水样中的总磷含量从第4周开始低于对照组,分别降低了40.91%、33.33%、50.00%、33.33%、17.39%、39.29%和25.71%。与对照组相比,实验组尼罗罗非鱼肠道的碱性磷酸酶(AKP)活性提高了45.04%,实验组尼罗罗非鱼鳃的总超氧化物歧化酶(SOD)和AKP分别提高了58.26%和60.99%。复合乳杆菌的添加对尼罗罗非鱼养殖池塘水体菌群结构影响较大,并未影响池塘底泥的菌群结构,影响了尼罗罗非鱼肠道和鳃的菌群结构,其中条件致病菌不动杆菌属、泛菌属细菌的相对丰度降低,而有益细菌鲸杆菌属的相对丰度增加。因此,在养殖水体中泼洒适当浓度的复合乳杆菌可以改善池塘水质,提高尼罗罗非鱼肠道和鳃的免疫力、抗氧化能力,同时调节养殖水体、尼罗罗非鱼肠道和鳃的菌群结构。
[期刊] 水产学报
[作者]
梁伟兴 王嘉 谭北平 迟淑艳
为了研究荚膜甲基球菌蛋白(MBM)替代鱼粉对珍珠龙胆石斑鱼生长性能和肠道健康的影响，实验以鱼粉含量40%为对照组(MBM0)，在饲料中添加2%、4%、8%和12%的荚膜甲基球菌蛋白(MBM)，分别替代饲料中鱼粉含量的5%(MBM5)、10%(MBM10)、20%(MBM20)和30%(MBM30)，配制5组等氮等脂饲料，投喂初始体质量为(28.85±0.04) g的石斑鱼8周。结果显示，各组石斑鱼存活率均为100%；各替代组增重率、特定生长率、摄食率、饲料系数和蛋白质效率与对照组相比无显著差异；各替代组血清甘油三酯、总胆固醇含量、低密度脂蛋白含量和谷草转氨酶活性显著低于对照组，各组间血清白蛋白和高密度脂蛋白含量无显著性差异；各替代组肠道总抗氧化能力和超氧化物歧化酶活性高于对照组，丙二醛含量低于对照组，但均无显著性差异；各组肠道肌层厚度无显著差异，MBM10、MBM20和MBM30组肠道绒毛高度和宽度与对照组相比无显著差异，MBM10、MBM20、MBM30组和对照组肠道绒毛高度显著高于MBM5组，MBM30组肠道绒毛宽度显著高于MBM5组。实验表明，当基础饲料中鱼粉含量为40%时，MBM可替代30%的鱼粉，对珍珠龙胆石斑鱼的存活率、生长性能和饲料利用率不产生负面影响，并对降低石斑鱼血脂水平和提高肠道抗氧化能力有一定的促进作用。本研究证实了荚膜甲基球菌蛋白在珍珠龙胆石斑鱼饲料中使用的可行性，对节省石斑鱼饲料鱼粉的使用，降低养殖成本具有推动作用。
[期刊] 水产学报
[作者]
汤上上 韩凤禄 周利 刘世誉 徐畅 陈立侨 李二超
为研究低盐胁迫(盐度3)下,饲料添加不同含量的甘露寡糖(mannan oligosaccharide, MOS)对凡纳滨对虾生长性能、抗氧化能力、免疫力和肠道微生物的影响。低盐条件下,给实验组对虾(0.68±0.01)g分别饲喂含有2、4和8 g/kg MOS的实验饲料,并将在盐度25和3条件下饲喂0 g/kg MOS饲料的对虾作为海水对照组和低盐对照组,养殖周期42 d。结果显示:(1)相比于低盐对照组,海水对照组、4和8 g/kg MOS组对虾生长性能显著升高。(2)与海水对照组相比,低盐条件下各处理组对虾肝胰腺总超氧化物歧化酶、谷胱甘肽硫基转移酶活力显著降低(P
[期刊] 中国水产科学
[作者]
孙豪 时云朵 倪学勤 刘倩 曾东
采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)和荧光定量-聚合酶链式反应(Q-PCR)技术分析高体重(high weight,HW)和低体重(low weight,LW)斑点叉尾鮰鮰(Ietalurus punetaus)皮肤、鳃和胃肠道菌群多样性,为斑点叉尾鮰微生态研究及筛选斑点叉尾鮰源益生菌提供理论依据。结果显示,斑点叉尾鮰菌群丰富度由低到高依次为鳃、皮肤、前肠、后肠和胃。肠杆菌科(Enterobacteriaceae)和气单胞菌属(Aeromonas)是皮肤的优势菌群;肠杆菌科(Enter
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
段颖 赵玉鑫 潘翠玲 秦顺义 陈甫 黄克和
将400羽罗曼蛋鸡随机均分为4组,每组5个重复,对照组饲喂基础日粮,其他各组在基础日粮中分别添加富硒益生菌、亚硒酸钠和益生菌,进行35d的饲养试验。结果表明:试验15d和35d,富硒益生菌和亚硒酸钠均能显著提高蛋鸡全血谷胱甘肽过氧化物酶(GSH-Px)活性、血浆超氧化物歧化酶(SOD)活性和血浆总抗氧化能力(T-AOC)(P<0.01);试验35d富硒益生菌提高全血GSH-Px活性和血浆T-AOC的效果优于亚硒酸钠(P<0.05)。日粮中添加富硒益生菌组和益生菌组蛋鸡盲肠内容物中乳杆菌(P<0.01)和双歧杆菌(P<0.05)的数量均显著增加,而肠杆菌(P<0.01)、葡萄球菌(P<0.01)...
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