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[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
王琼 王飞飞 边佳胤 肖南燕 吴惠仙
为了解船舶压载水沉积物中微生物多样性,利用Illumina Mi Seq 2500高通量测序平台对上海港到港船舶压载水沉积物中细菌基因样本进行测序,并进行生物信息分析。从11份压载水沉积物样品中共检测到420 069条有效序列,微生物群落分析结果显示共有38门、98纲、226目、393科、704属细菌,优势类群为变形菌门(Proteobacteria 72.98%)、放线菌门(Actinobacteria 9.11%)、拟杆菌门(Bacteroidetes 8.71%)、绿弯菌门(Chloroflexi 4.06%)、芽单胞菌门(Gemmatimonadetes 1.47%)、酸杆菌门(Acidobacteria 1.18%)和其他(2.50%)。本次研究在压载水沉积物中检测到了分枝杆菌属(Mycobacterium)、游动球菌属(Planococcus)、假单胞菌属(Paenibacillus)、类芽孢杆菌属(Streptomyces)和链霉菌属(Inquilinus)的致病菌或条件致病菌。结果显示压载水沉积物中微生物多样性丰富,要充分重视我国到港船舶压载水沉积物中微生物以及致病菌的研究,为阐明外来致病菌通过压载水途径入侵的机制和防控奠定基础。
关键词：
上海港 压载水沉积物 细菌 多样性
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
李倩 王晓媛 吴惠仙
利用Illumina HiS eq 2500高通量测序平台对船舶压载水及沉积物微生物进行测序,共获得67 255条有效序列,736个OTU,通过生物信息分析,研究了压载舱中沉积物和压载水细菌群落结构及其多样性。结果显示:船舶压载舱沉积物中可培细菌总数较压载水中可培细菌总数高3个数量级。压载水中优势类群是变形菌(Proteobacteria 70.20%)、拟杆菌(Bacteroidetes 13.38%)、放线菌(Actinobacteria 10.33%)和Marinimicrobia_SAR406_clade 2.81%。压载舱中沉积物的优势类群为变形菌(Proteobacteria 95.45%)、厚壁菌(Firmicutes 2.23%)。
关键词：
压载水 沉积物 细菌 高通量测序技术
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
李一心 丁嘉苇 颜鲁杨 尹卫 高子韩 宋倩 王乐 梁健
【目的】研究玛柯河河流沉积物中细菌多样性、群落结构,以及环境因子对细菌群落分布的影响,了解玛柯河水体环境变化演替的趋势,为保护和治理玛柯河水体环境、保护珍稀鱼类物种提供了理论依据。【方法】于丰水期和枯水期,分别在玛柯河青海段设置8个采样点,采集河床底部向下1～2 cm处的沉积物,利用高通量测序分析技术对8个典型区域的河流沉积物细菌多样性进行分析,包括宏基因组测序及18S r DNA扩增子测序,利用生物信息学手段进行分析。【结果】在丰水期,玛柯河青海段河流沉积物中细菌物种数目低于枯水期,但物种多样性显著高于枯水期。变形菌门(Proteobacteria)是丰水期和枯水期的主要优势门;δ-变形菌纲(Betaproteobacteria)、γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria)和α-变形菌纲(Alphaproteobacteria)是丰水期和枯水期主要优势纲。8个采样点间细菌群落组成差异大于组内差异,且不同分组之间差异极显著。枯水期和丰水期的8个采样点中分别有83个类群和73个类群表现出显著差异,组间差异贡献较大的均是α-变形菌纲和γ-变形菌纲。沉积物Ni含量、水体NH4+是影响丰水期和枯水期河流沉积物细菌群落分布的重要环境因子,Cu、TN、TP是影响细菌群落多样性及丰富度的主要环境因子。【结论】枯水期与丰水期各采样点基于门水平的第一优势菌门均为变形菌门,丰水期细菌物种数目低于枯水期,但物种多样性显著高于枯水期,TN和TP是影响细菌群落多样性及丰富度的重要因素。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
陈泽斌 李冰 夏体渊 王定康 余磊 任禛 靳松 何峰
从滇池沉积物中提取好氧氨氧化细菌（ａｅｒｏｂｉｃ ａｍｍｏｎｉｕｍ－ｏｘｉｄｉｚｉｎｇ ｂａｃｔｅｒｉａ，ａｏｂ）的ｄｎａ，通过构建硝化作用氨单加氧酶基因（ａｍｏ ａ）文库并划分操作分类单元（ｏｔｕ）的方法，揭示好氧氨氧化细菌群落结构多样性。获得了８０个ａｍｏ ａ基因克隆，利用ｍｏｔｈｕｒ软件将相似度不小于９７％的序列归为１个ｏｔｕ，共得到２２个ｏｔｕｓ，其中ｏｔｕ１、ｏｔｕ２、ｏｔｕ３单元最大，分别包含了２７、１２、９条序列。对２２个ｏｔｕｓ的代表序列进行系统发育分析表明，其序列都属于变形杆菌的β－亚纲，分布于亚硝化螺菌属、亚硝化弧菌属、亚硝化单胞菌属、亚硝化叶菌属４个属；优势种群为ｎｉｔｒ．．．
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
张波 张乐
船舶压载水公约已于2017年9月8日生效实施,规定了船舶压载水排放标准。目前,船舶需要通过安装压载水处理设备的方式满足公约的排放要求。但是,船用压载水处理设备性能的不稳定性及港口国监督检查的严苛,成为现阶段制约船舶有效履行公约的最大障碍。试从航运业的实际操作出发,结合压载水公约应急措施导则的要求,探讨使用压载水港口接收处理设施作为补充,来提升船舶履行公约能力的可行性。通过对压载水港口接收处理设施技术的必要性和可行性分析,对该技术与传统压载水处理技术进行了详细比较,并对其优势及应用前景进行了客观地探索和分析。可以预见,压载水港口接收处理设施作为一种新型的船舶压载水处理技术和港口应急技术,有着更为绿色、经济和高效的特点,在为船舶提供新的选择方案的同时,也为进一步保护海洋生态环境提供了有力的保障,体现了社会、经济及生态效益的高效统一。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
吴惠仙 边佳胤 王飞飞 马金 袁长春 薛俊增
随着中国外向型经济的发展,从20世纪80年代初,加快了沿海港口的建设。港口和航运业的快速发展,导致世界各地大量的船舶压载水到达中国沿海港口,提高了压载水生物入侵的风险。有关中国大陆港口到港船舶压载水的研究,早期从卫生防疫的角度关注病原菌的入侵,从赤潮防控的角度关注有害藻类的入侵,在此基础上逐渐扩展到压载水生物多样性的研究,但主要是在压载水生物种类调查的层面。随着《国际船舶压载水和沉积物控制与管理公约》的生效,必将推动船舶压载水生物的研究逐步深入到压载水生物适应机制和入侵机制方面,并推动船舶压载水检测技术的研发创新,为公约履约和港口国监督检测提供技术支撑和保障。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
于清武 胡丽琴 李菲 易湘茜 孙玉林 高程海
模拟低温（１０℃）环境分离纯化培养南海深海沉积物中的细菌，基于１６Ｓ ｒｒＮＡ基因序列对南海深海沉积物可培养细菌多样性进行分析，并利用滤纸片扩散法测试可培养细菌发酵液的抑菌生物活性。结果表明，从南海深海沉积物中共分离获得相关可培养细菌３２株，分属于３个菌门（变形菌门、厚壁菌门和拟杆菌门）的１９个种，其中以芽孢杆菌为优势菌群。分离获得的南海深海沉积物可培养菌株中有１７株的代谢物对大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、枯草芽孢杆菌和蜡状芽孢杆菌４种指示菌均表现出抑制作用，占分离菌株种类的８９．５％。说明低温环境下对深海沉积物可培养细菌多样性和活性均存在一定影响。
[期刊] 水产学报
[作者]
刘晶晶 杜萍 曾江宁 陈全震 江志兵 寿鹿 廖一波
为探讨紫菜和网箱两类海水养殖活动对沉积物异养细菌生态分布的影响,于2006年1月和2006年10月对象山港紫菜养殖区、网箱养殖区沉积物细菌数量和群落结构进行了研究,并与周边非养殖海域对照点进行了比较。结果显示,沉积物异养细菌数量呈现10月份>1月份,网箱养殖区>网箱对照区>紫菜养殖区和紫菜对照区的分布特点,各区异养细菌数量平均值依次为(9.6×104±2.0×105)、(1.5×104±2.4×104)、(4.3×103±1.6×103)和(4.7×103±3.0×103)cfu/g。紫菜养殖区分离细菌109株,归属于17个属,其中芽孢杆菌属(Bacillus)、棒状杆菌属(Corynefor...
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
屈建航 曹书娟 袁红莉
以富营养化官厅水库(北京)和天然Rupa湖(尼泊尔)沉积物为对象,使用16Sr DNA克隆文库的分子生态学方法,鉴定并比较了其中的细菌群落结构。分析表明:二者pH及各形态磷含量参数差异显著。在细菌组成上,二者的主要种群均为变形杆菌门,且均以β-变形杆菌纲为主(比例高于50%),但Rupa湖沉积物中以α-变形杆菌次多,而官厅水库沉积物以γ-变形杆菌次多,2个样品中δ-变形杆菌的含量均相对较少。其他种群组成上,官厅水库沉积物中绿弯菌纲(9.21%)含量高于Rupa湖(1%),并特有芽单胞菌纲(12.2%)、放线菌纲(1.3%)和芽孢杆菌纲(0.8%)。而Rupa湖沉积物中特有的种群为螺旋菌纲(2%...
关键词：
水资源 细菌群落 沉积物 富营养化
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
尹冰玉 章守宇
提取枸杞岛海藻场沉积物样品总DNA,以细菌16S rDNA通用引物进行PCR扩增,经分子克隆、测序与序列分析,构建了沉积物细菌16S rDNA文库和系统发育树,进行沉积物中细菌多样性及系统发育分析。结果表明,沉积物中细菌分属5个类群,分别为变形细菌门(Proteobacteria,48.2%)、厚壁菌门(Firmicutes,22.2%)、放线菌门(Actinobacteria,14.8%)、绿屈挠菌门(Chloroflexi,3.7%)和酸杆菌门(Acidobacteria,3.7%),还有一些尚未确定其分类(7.4%)。在枸杞岛海藻场沉积物变形细菌门类群中,γ-变形菌占主导地位,约为46....
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
张驰 薛俊增 邵于豪 沈辰 吴惠仙
通过模拟实验,比较了夏季和冬季2个季节条件下4种采样方法(采水器法、隔膜泵法、潜水泵法和管道法)和4种采样体积(1 L、10 L、100 L和1 000 L)对船舶压载水浮游植物采样效果的影响。夏季4种采样方法采集到的浮游植物密度分别为1 180.00±20、971.00±20、964.00±20和676.00±20 cells/L,冬季为152.00±20、120.00±20、80.00±20和200.00±20 cells/L。夏季4种采样体积下采集到的浮游植物密度为1 000.00±50、288.40±20、45.24±10和0.05±0.01 cells/L,冬季为168.00±20、25.20±10、3.32±1和0.05±0.01 cells/L。结果显示不论夏季还是冬季,不同的采样方法和采样体积下采集到的船舶压载水浮游植物数量差异显著,因而采样方法和采样体积影响着船舶压载水浮游植物的采样效果,亟需在国际层面推动通过系统的科学研究,建立起统一准确的船舶压载水采样方法,为压载水港口国检测提供技术支撑,保护港口和海洋生态环境。
关键词：
船舶压载水 采样方法 采样体积 浮游植物
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
吴惠仙 邵于豪 刘亮 沈辰 薛俊增
研究压载环境下细菌群落结构以及多样性的变化特征,为科学评估压载水排放的生态风险评估提供科学依据。通过对压载水中细菌群落进行连续30 d压载,采用Illumina Miseq高通量测序技术分析鉴定细菌类群,探讨压载环境下细菌群落结构演变规律。测序共获得有效序列413 806条,总计1 334个OTUs。不同压载时间的多样性指数及丰度指数存在较大差异,OTU数量和多样性指数随压载时间而波动性上升,30 d时多样性最为丰富。细菌优势门分别为变形菌门和拟杆菌门,变形菌门中γ-变形菌优势尤为显著,且在压载中期(10 d)丰度迅速增加。黄杆菌是实验初始的优势分类单元,相对丰度比例表现出先增加后减少的变化趋势,第5天时上升至最高比例后逐渐下降。假替单胞菌比例在第10天急剧增加至50.16%,随后菌群优势减弱。UPGMA聚类分析表明,压载条件下各水龄阶段之间的细菌群落变化情况的差异性较对照舱具有更大的波动性。NMDS和PCo A分析进一步证明压载环境以及压载时间会对细菌群落结构造成一定程度的影响。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
李娟英 胡谦 陈美娜 曹宏宇 何培民
以上海临港新城主城区为研究区域,分析了交通区、商居混合区和文教区地表沉积物的粒径组成和重金属污染,监测了不同功能区的地表径流水质;同时估算了地表沉积物和地表径流中6种重金属(Cu、Cd、Pb、Cr、Hg和As)单位面积污染负荷和径流年污染负荷。结果表明:不同功能区地表沉积物样品粒径分布较为相似,65%~85%以上的颗粒质量集中在直径300μm以下的细沙中;不同功能区地表沉积物中,交通区Cu、Pb、Cr浓度较高,商居混合区和文教区的Hg和As的浓度较高,Cd在各功能区分布较为平均;不同功能区地表径流瞬时水样重金属浓度波动范围较大,文教区径流水质重金属污染较为严重。文教区沉积物6种重金属单位面积污...
关键词：
地表沉积物 地表径流 重金属 污染负荷
[期刊] 淡水渔业
[作者]
唐会元 董纯 杨志 朱其广 罗安红 朱正强 陈小娟
为探究不同生境条件下细菌群落结构特征及其对沉积物重金属污染的响应，在三峡库区及上游共4个江段，采集21个表层沉积物样品，利用高通量测序技术研究其细菌群落结构和多样性，并利用冗余分析和相关性分析等方法分析重金属与细菌群落结构和多样性之间的响应关系。结果显示：研究江段沉积物细菌群落共检出65门179纲446目784科和1 926属；优势菌门为变形菌门(Proteobacteria),优势菌纲为γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria),其相对丰度分别为42.35%～54.56%和12.65%～28.30%;细菌群落多样性表现为：库区江段>库区上游江段，但没有显著差异；重金属As、Pb、Cr和Cu含量与绿弯菌门(Chloroflexi)相对丰度呈显著正相关，与厚壁菌门(Firmicutes)相对丰度呈显著负相关。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
周亦 边佳胤 王晓媛 王琼
选取9艘停泊于洋山深水港、在太平洋公海海域进行压载水交换的到港船舶,分析其压载水中浮游植物的种类组成和丰度,共检测出浮游植物4门18属29种(包括变种或变型),其中硅藻门占主要优势地位,共计13属21种,占总种类数72.4%,包括未定种8种;甲藻门3属6种,占总种类数20.7%,其中未定种1种;绿藻门1属1种,占总种类数3.5%,其中未定种1种;蓝藻门1属1种,占总种类数3.5%。所有船舶压载水样品中均发现有赤潮藻,存在潜在外来种入侵风险。在公海海域进行压载水交换后浮游植物丰度远小于在国内沿岸海域交换压载水的丰度,显示公海换水可有效降低压载水内浮游植物的密度,但仍有适应港口环境的种类存在,未能完全消除外来藻类入侵的潜在生态风险。
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