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[期刊] 水产学报
[作者]
施志仪 杨显祥 陈晓武 李勇
alpha-2巨球蛋白是河蚌体内重要的天然免疫因子,参与广泛的免疫防御和调节。通过RACE法克隆了三角帆蚌α2M全长cDNA序列,提交Genbank,获得核苷酸序列登陆号:DQ993157.1。同时,采用生物信息学方法对alpha-2巨球蛋白进行了系统分析。该基因cDNA全长5124bp,其中编码区4836bp,5′端非编码区35bp,3′端非编码区为253bp(含polyA尾31bp),该基因能编码1611个氨基酸,其中前23个氨基酸残基为信号肽序列,成熟蛋白分子量为177571.8u,等电点为5.49。蛋白的不稳定系数为39.53,表明该蛋白是稳定的。在此基础上,以18S作为内标,利用半定...
[期刊] 水产学报
[作者]
袁一鸣 李家乐 汪桂玲 白志毅 李西雷
采用RT-PCR和快速扩增cDNA末端(rapid amplification of cDNA ends,RACE)技术首次克隆了三角帆蚌β-肌动蛋白基因的cDNA全序列,该序列全长为1483bp,由长92bp的5′非翻译区(untranslated region,UTR),257bp的3′非翻译区,和1134bp的开放阅读框(open reading frame,ORF)组成。阅读框共编码377个氨基酸,推算的分子量约为41.9ku,理论等电点为5.3。三角帆蚌β-actin氨基酸序列中Met178,Ser305,Ser321,Pro325,Val331,Pro346等6个氨基酸残基具有特异...
[期刊] 水产学报
[作者]
罗红瑞 白志毅 刘晓军 李清清 董绍建 曾仕梅 李家乐
为寻找珍珠层颜色形成相关基因,以转录组文库中标注的序列为模板,利用cDNA末端快速扩增(rapid amplification of cDNA ends,RACE)方法,获得了三角帆蚌HcCUBDC基因的全长cDNA序列,共5 158 bp,开放阅读框(ORF)1 920 bp,编码639个氨基酸,5'端非编码区576 bp,3'端非编码区2 662 bp,Gen Bank登录号为KP067952。生物信息学分析表明,三角帆蚌HcCUBDC蛋白含有一个由19个氨基酸组成的信号肽和4个CUB结构域,但未能比对上已知的蛋白。经荧光定量PCR检测,HcCUBDC基因在紫色和白色蚌前端缘膜、后端缘膜、...
[期刊] 水产学报
[作者]
罗红瑞 白志毅 刘晓军 李清清 董绍建 曾仕梅 李家乐
为寻找珍珠层颜色形成相关基因，以转录组文库中标注的序列为模板，利用ｃＤＮＡ末端快速扩增（ｒＡｐｉＤ ＡｍｐｌｉｆｉｃＡｔｉｏＮ ｏｆ ｃＤＮＡ ｅＮＤｓ，ｒＡｃｅ）方法，获得了三角帆蚌ＨｃｃＵＢＤｃ基因的全长ｃＤＮＡ序列，共５ １５８ Ｂｐ，开放阅读框（ｏｒｆ）１ ９２０ Ｂｐ，编码６３９个氨基酸，５＇端非编码区５７６ Ｂｐ，３＇端非编码区２ ６６２ Ｂｐ，ＧｅＮ ＢＡＮｋ登录号为ｋｐ０６７９５２。生物信息学分析表明，三角帆蚌ＨｃｃＵＢＤｃ蛋白含有一个由１９个氨基酸组成的信号肽和４个ｃＵＢ结构域，但未能比对上已知的蛋白。经荧光定量ｐｃｒ检测，ＨｃｃＵＢＤｃ基因在紫色和白色蚌前端缘膜、后端缘膜、．．．
[期刊] 水产学报
[作者]
袁一鸣 李西雷 白志毅 汪桂玲 李家乐
采用RT-PCR和cDNA末端快速扩增技术(rapid amplification of cDNA ends,RACE)首次克隆了三角帆蚌过氧化氢酶(CAT)基因的cDNA全长序列,为2 804 bp,包含112 bp的5'非翻译区(untranslated region,UTR),1 303 bp的3'UTR和1 388 bp的开放阅读框(open reading frame,ORF)。ORF区共编码462个氨基酸,推算的分子量约为52.7 ku,理论等电点为6.35。多序列比对结果显示,有一段CAT氨基酸高度保守的催化位点序列FDRERIPERVVHAKGAG。三角帆蚌CAT基因有12个与...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
王有昆 刘萍 段亚飞 李吉涛 李健
根据本实验室前期获得的脊尾白虾(Exopalaemon carinicauda)α2-巨球蛋白基因EST序列,采用c DNA末端快速扩增(Rapid amplification of c DNA end,RACE)技术克隆获得脊尾白虾α2-巨球蛋白基因c DNA全长,命名为Ecα2M基因。该基因全长4823 bp,由4413 bp的开放阅读框、64 bp的5'端非编码区以及346 bp的3'端非编码区组成。开放阅读框编码1470个氨基酸,分子量为163.0 k Da,理论等电点为5.03。序列分析显示,Ecα2M序列N端含有23个氨基酸组成的信号肽。同源性分析显示,脊尾白虾Ecα2M氨基酸序列...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
王有昆 刘萍 段亚飞 李吉涛 李健
根据本实验室前期获得的脊尾白虾（ＥｘｏｐａｌａＥｍｏｎ ｃａｒｉｎｉｃａｕｄａ）α２－巨球蛋白基因ＥＳＴ序列，采用ｃ ｄｎａ末端快速扩增（ｒａｐｉｄ ａｍｐｌｉｆｉｃａＴｉｏｎ ｏｆ ｃ ｄｎａ Ｅｎｄ，ｒａｃＥ）技术克隆获得脊尾白虾α２－巨球蛋白基因ｃ ｄｎａ全长，命名为Ｅｃα２ｍ基因。该基因全长４８２３ ｂｐ，由４４１３ ｂｐ的开放阅读框、６４ ｂｐ的５＇端非编码区以及３４６ ｂｐ的３＇端非编码区组成。开放阅读框编码１４７０个氨基酸，分子量为１６３．０ ｋ ｄａ，理论等电点为５．０３。序列分析显示，Ｅｃα２ｍ序列ｎ端含有２３个氨基酸组成的信号肽。同源性分析显示，脊尾白虾Ｅｃα２ｍ氨基酸序列．．．
[期刊] 水产学报
[作者]
夏秀琳 汪桂玲 白志毅 李家乐
为研究淡水珍珠形成相关基因及调控机理,以三角帆蚌为研究对象,借助cDNA末端快速扩增(RACE)技术获得了三角帆蚌的钙网蛋白基因(calreticulin,HcCRT)cDNA序列,该序列长1 437 bp,包含231 bp的5'非编码区(untranslated region,UTR)和615 bp 3'UTR以及591 bp的开放阅读框(ORF),共编码196个氨基酸残基,包含一段由21个氨基酸组成的信号肽和一段由175个氨基酸的成熟肽,分子量约为22.4 ku,理论等电点5.01。氨基酸序列分析表明,该序列不存在跨膜结构,疏水性分析显示该蛋白整体为亲水性蛋白。氨基酸列比对分析显示,HcC...
[期刊] 水产学报
[作者]
王俊南 汪桂玲 白志毅 李家乐
为了探究ＲＡＣＫ１基因在三角帆蚌免疫系统中的调控机制，采用ＲＡＣＥ技术克隆得到三角帆蚌ＲＡＣＫ１基因（命名为ＨＣＲＡＣＫ１）的Ｃ ＤＮＡ全序列，并对该序列进行分析。结果显示，ＨＣＲＡＣＫ１基因全长为１２４９ ｂｐ，其中开放阅读框９５７ ｂｐ，编码３１８个氨基酸。蛋白质结构域分析显示ＨＣＲＡＣＫ１含有ＲＡＣＫ１家族特有的７个ＷＤ４０结构域。运用荧光定量ｐＣＲ技术分析ＨＣＲＡＣＫ１在正常组织中及受到嗜水气单胞菌侵染和重金属镉暴露后相关组织表达量的变化。结果显示，ＨＣＲＡＣＫ１在各个组织中均有表达，其中闭壳肌中表达量最高；嗜水气单胞菌侵染后，ＨＣＲＡＣＫ１在血淋巴中的表达量逐渐上升，２４ Ｈ时达到峰．．．
[期刊] 水产学报
[作者]
祁晓翔 李文娟 尚朝 周子睿 尚攀 施志仪
为了发掘更多三角帆蚌具有ＥＦ－ｈａｎｄ结构域的功能基因及其蛋白质，本研究运用ＲａＣＥ－ＰＣＲ技术，克隆得到了三角帆蚌包含ＥＦ－ｈａｎｄ结构域钙结合蛋白１基因（ＥＦ－ｈａｎｄ ＣａｌＣｉｕｍ－ｂｉｎｄｉｎｇ ｄｏｍａｉｎ－Ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ ＰＲｏｔＥｉｎ １，ＥＦＣｂ１）的Ｃ ｄｎａ全长并进行了生物信息学分析；通过ＲＥａｌ－ｔｉｍＥ Ｑ－ＰＣＲ技术，分析了ＥＦＣｂ１基因在三角帆蚌１０个组织，以及内脏团、外套膜插核后不同时间点的时空表达特点。结果表明三角帆蚌ＥＦＣｂ１基因Ｃ ｄｎａ序列全长９８１ ｂＰ，ｏＲＦ为５３１ ｂＰ，编码１７６个氨基酸残基，５＇－ｕｔＲ ２３９ ｂＰ和３＇－ｕｔＲ ２１．．．
[期刊] 水产学报
[作者]
祁晓翔 李文娟 尚朝 周子睿 尚攀 施志仪
为了发掘更多三角帆蚌具有EF-hand结构域的功能基因及其蛋白质,本研究运用RACE-PCR技术,克隆得到了三角帆蚌包含EF-hand结构域钙结合蛋白1基因(EF-hand calcium-binding domain-containing protein 1,EFCB1)的c DNA全长并进行了生物信息学分析;通过real-time Q-PCR技术,分析了EFCB1基因在三角帆蚌10个组织,以及内脏团、外套膜插核后不同时间点的时空表达特点。结果表明三角帆蚌EFCB1基因c DNA序列全长981 bp,ORF为531 bp,编码176个氨基酸残基,5'-UTR 239 bp和3'-UTR 21...
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
董姝君 汪桂玲 白志毅 李家乐
以三角帆蚌(Hyriopsis cumingii)为研究材料,根据实验室构建的三角帆蚌cDNA文库中已标注的EST序列,利用RACE克隆了三角帆蚌AMP基因的cDNA全序列。该cDNA序列全长为970 bp,5′端非翻译区123 bp,3′端非翻译区526 bp,开放阅读框(ORF)长为300 bp,共编码99个氨基酸,包含一段由27个氨基酸组成的信号肽和72个氨基酸的成熟肽,分子量为10 924.7 u。氨基酸序列分析表明,该序列存在明显的跨膜结构和疏水区。同源性分析表明,该基因编码的蛋白与海兔(Aplysia californica)theromacin氨基酸序列的相似度最高为56%,而与...
关键词：
三角帆蚌 AMP基因 RACE 分子特征
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
刘斐斐 崔晓羽 董赛赛 段胜华 汪桂玲 李家乐
为进一步了解WNT4在三角帆蚌性别决定过程中的作用，通过RACE（Rapid-amplification of cDNA ends）技术克隆获得了三角帆蚌WNT4基因的全长cDNA，共1560 bp，其中5’-UTR 396 bp、3’-UTR 24 bp，开放阅读框（ORF）为1140 bp，可以编码379个氨基酸，且该序列含有Wnt家族特有结构域。对WNT4的氨基酸序列进行同源性分析后，发现该基因在物种间的进化关系和结构功能具保守性。通过实时荧光定量PCR(qRT-PCR)分析发现WNT4基因在三角帆蚌雌雄多个组织中(外套膜、闭壳肌、鳃、性腺、斧足和肝)均有表达，表明其参与了多样的生物学过程，在腮、斧足、肝中表达量较高，在性腺、闭壳肌、斧足中雌雄间有显著性差异，且雌性三角帆蚌的性腺、闭壳肌表达量显著高于雄性。原位杂交结果显示，WNT4在雌性三角帆蚌的卵母细胞上有明显的杂交信号，推测WNT4基因与性别决定相关。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
孟艳青 党广成 刘洋 王启龙 沙珍霞
本研究克隆了斑点叉尾中血浆铜蓝蛋白基因全长cDNA序列,其中5′非翻译区(5′-UTR)25bp、3′非翻译区(3′-UTR)860bp、开放阅读框(Open reading frame,ORF)3 225bp,编码一条含有1 074个氨基酸的多肽链。与其他真核生物血浆铜蓝蛋白成员进行同源性比较,表现出较高的保守性。本研究利用荧光实时定量PCR技术分析了斑点叉尾血浆铜蓝蛋白基因在正常组织和被不同病菌感染后的肝脏、肠、头肾及脾脏中的表达。结果发现,正常组织中血浆铜蓝蛋白基因在正常肝脏中表达最强烈。4种病原(迟钝爱德华氏菌、海豚链球菌、嗜水气单胞菌和斑点叉尾呼肠孤病毒)引起的血浆铜蓝蛋白基因...
关键词：
斑点叉尾 血浆铜蓝蛋白 感染 差异表达
[期刊] 水产学报
[作者]
李西雷 李卿青 任名栋 白志毅 李家乐
清道夫受体(SR)是一类对化学修饰的脂蛋白具有很强结合活性的糖蛋白家族。本研究通过RACE方法克隆得到三角帆蚌hcSRCR1基因cDNA序列,该序列全长1 000 bp,其中开放阅读框819 bp,编码272个氨基酸,预测分子量为28.16 ku,理论等电点为5.55;预测含有2个SRCR结构域和6个保守的半胱氨酸残基。qRT-PCR和Western blot结果显示,hcSRCR1 mRNA和蛋白表达模式基本相同,均在三角帆蚌外套膜中表达量最高,在其他组织中的表达量普遍较低,且在紫色选育系外套膜组织中的表达量显著高于白色选育系。外套膜原位杂交结果显示,hcSRCR1基因主要在外套膜外褶的内、外上皮细胞层以及腹膜处的上皮细胞层中表达。研究表明,三角帆蚌hcSRCR1基因与贝壳珍珠质颜色形成具有一定相关性,可为进一步研究该基因在珍珠颜色形成过程中的调控机理提供基础资料。
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