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[期刊] 水产学报
[作者]
王俊南 汪桂玲 白志毅 李家乐
为了探究ＲＡＣＫ１基因在三角帆蚌免疫系统中的调控机制，采用ＲＡＣＥ技术克隆得到三角帆蚌ＲＡＣＫ１基因（命名为ＨＣＲＡＣＫ１）的Ｃ ＤＮＡ全序列，并对该序列进行分析。结果显示，ＨＣＲＡＣＫ１基因全长为１２４９ ｂｐ，其中开放阅读框９５７ ｂｐ，编码３１８个氨基酸。蛋白质结构域分析显示ＨＣＲＡＣＫ１含有ＲＡＣＫ１家族特有的７个ＷＤ４０结构域。运用荧光定量ｐＣＲ技术分析ＨＣＲＡＣＫ１在正常组织中及受到嗜水气单胞菌侵染和重金属镉暴露后相关组织表达量的变化。结果显示，ＨＣＲＡＣＫ１在各个组织中均有表达，其中闭壳肌中表达量最高；嗜水气单胞菌侵染后，ＨＣＲＡＣＫ１在血淋巴中的表达量逐渐上升，２４ Ｈ时达到峰．．．
[期刊] 水产学报
[作者]
袁一鸣 李家乐 汪桂玲 白志毅 李西雷
采用RT-PCR和快速扩增cDNA末端(rapid amplification of cDNA ends,RACE)技术首次克隆了三角帆蚌β-肌动蛋白基因的cDNA全序列,该序列全长为1483bp,由长92bp的5′非翻译区(untranslated region,UTR),257bp的3′非翻译区,和1134bp的开放阅读框(open reading frame,ORF)组成。阅读框共编码377个氨基酸,推算的分子量约为41.9ku,理论等电点为5.3。三角帆蚌β-actin氨基酸序列中Met178,Ser305,Ser321,Pro325,Val331,Pro346等6个氨基酸残基具有特异...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
赵巍 王茜 郝志敏 王青 宋文静 韩建民 董金皋
【目的】克隆蛋白激酶C基因(PKC)及其启动子,验证该基因拷贝数,同时对PKC的表达规律进行研究,了解该基因在信号转导途径中的激活条件,为进一步研究该基因的功能奠定基础。【方法】首先通过简并引物PCR法获得PKC的同源片段,再利用Genome walking技术克隆片段的3′端和5′端侧翼序列,采用RT-PCR法扩增基因全长,并对基因结构和上游调控元件进行生物信息学分析。利用Southern blotting验证基因拷贝数。最后,利用半定量RT-PCR技术研究玉米大斑病菌在不同碳源、氮源培养以及非生物胁迫条件下,PKC的表达量的变化规律。【结果】获得PKC全长序列及其上游部分启动子区,生物信息...
[期刊] 华北农学报
[作者]
边鸣镝 吴忠义 张秀海 王永勤 曹鸣庆 黄丛林
应用电子克隆的方法获得了玉米的一个Pti1(Pto-interacting 1)同源基因的全长cDNA,命名为ZmPti1-1(Gen-Bank接受号为EF158035)。推断ZmPti1-1蛋白含有362个氨基酸,分子量为39.00 kDa,pI为8.14,包含蛋白激酶催化结构域保守的11个亚结构域。在水杨酸(Salicylic acid,SA)、甘露醇、氯化钠、脱落酸(Abscisic acid,ABA)和4℃低温的诱导下,ZmPti1-1在玉米幼苗叶片中的表达量明显上调。同时,在玉米不同发育时期、不同组织器官内,ZmPti1-1的表达水平也有很大差异,在子房中表达量最高,在雄蕊中检测不到...
关键词：
玉米 Pti1 生物胁迫 非生物胁迫
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
王步勇 问荣荣 马玲 周天华 张萌
应用BLAST比对技术,在松材线虫基因组数据中鉴定得到模式线虫pdk–1的同源基因Bxpdk–1。结合RT–PCR技术进行Bxpdk–1基因完整蛋白编码区(CDS)扩增,得到CDS区全长2298bp。Bx PDK–1蛋白含有"STKc_PDK1""PH_PDK1"2个保守结构域,属于磷酸肌醇激酶超家族。序列比对及进化树分析显示,松材线虫Bx PDK–1蛋白与捻转血矛线虫PDK–1蛋白(CDJ88126.1)同源性为50%,进化树聚在同一小分支上,亲缘关系较近。原位杂交试验表明,Bxpdk–1基因主要在线虫的头部神经元及咽部神经处表达。q PCR结果分析显示,Bxpdk–1基因表达响应鱼藤酮药剂胁迫处理。RNAi试验显示,Bxpdk–1在dsRNA处理12 h时,基因表达量显著下降,基因被沉默。
[期刊] 水产学报
[作者]
郑碧琪 刘学良 黄辉洋 巩杰 叶海辉
采用qRT-PCR、RACE等方法,获得了拟穴青蟹丝裂原活化蛋白激酶激酶(MAPKK)基因cDNA全长序列。该基因全长1 558 bp,开放阅读框长度为1 224 bp,编码407个氨基酸残基。同源分析显示,该基因编码的蛋白与昆虫的相似性高达70%,推测MAPKK基因在节肢动物具有较高的保守性。经荧光定量PCR检测,MAPKK基因在拟穴青蟹多个组织中有表达,且在脑神经节和卵巢中表达量较高。在拟穴青蟹卵巢发育过程中,MAPKK基因在卵巢发育期(Ⅲ期)表达量最高,发育期为卵母细胞快速生长期,推测MAPKK具有促进卵母细胞快速生长的作用。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
杨娇馥 史偈君 梁燕 郑旭 张涛 秦毅 王志钢 刘东军
【目的】克隆内蒙古白绒山羊AKT基因cDNA并分析其基本表达模式。【方法】RT-PCR克隆AKT基因cDNA。通过在线软件BLAST进行核酸序列分析,用SMART与Psite进行氨基酸序列分析。半定量RT-PCR检测AKT基因在绒山羊组织中的表达特异性。Western blotting检测绒山羊胎儿成纤维细胞中AKT表达。【结果】克隆到的内蒙古白绒山羊AKT基因cDNA片段长1 443 bp,包含了编码480个氨基酸残基的全长ORF,氨基酸序列与绵羊(NM_001161857.1)同源性为97%。SMART分析表明,ORF编码的蛋白包含了可与3-磷酸肌醇结合的PH结构域及具有丝氨酸/苏氨酸激酶...
[期刊] 水产学报
[作者]
罗红瑞 白志毅 刘晓军 李清清 董绍建 曾仕梅 李家乐
为寻找珍珠层颜色形成相关基因,以转录组文库中标注的序列为模板,利用cDNA末端快速扩增(rapid amplification of cDNA ends,RACE)方法,获得了三角帆蚌HcCUBDC基因的全长cDNA序列,共5 158 bp,开放阅读框(ORF)1 920 bp,编码639个氨基酸,5'端非编码区576 bp,3'端非编码区2 662 bp,Gen Bank登录号为KP067952。生物信息学分析表明,三角帆蚌HcCUBDC蛋白含有一个由19个氨基酸组成的信号肽和4个CUB结构域,但未能比对上已知的蛋白。经荧光定量PCR检测,HcCUBDC基因在紫色和白色蚌前端缘膜、后端缘膜、...
[期刊] 水产学报
[作者]
罗红瑞 白志毅 刘晓军 李清清 董绍建 曾仕梅 李家乐
为寻找珍珠层颜色形成相关基因，以转录组文库中标注的序列为模板，利用ｃＤＮＡ末端快速扩增（ｒＡｐｉＤ ＡｍｐｌｉｆｉｃＡｔｉｏＮ ｏｆ ｃＤＮＡ ｅＮＤｓ，ｒＡｃｅ）方法，获得了三角帆蚌ＨｃｃＵＢＤｃ基因的全长ｃＤＮＡ序列，共５ １５８ Ｂｐ，开放阅读框（ｏｒｆ）１ ９２０ Ｂｐ，编码６３９个氨基酸，５＇端非编码区５７６ Ｂｐ，３＇端非编码区２ ６６２ Ｂｐ，ＧｅＮ ＢＡＮｋ登录号为ｋｐ０６７９５２。生物信息学分析表明，三角帆蚌ＨｃｃＵＢＤｃ蛋白含有一个由１９个氨基酸组成的信号肽和４个ｃＵＢ结构域，但未能比对上已知的蛋白。经荧光定量ｐｃｒ检测，ＨｃｃＵＢＤｃ基因在紫色和白色蚌前端缘膜、后端缘膜、．．．
[期刊] 水产学报
[作者]
袁一鸣 李西雷 白志毅 汪桂玲 李家乐
采用RT-PCR和cDNA末端快速扩增技术(rapid amplification of cDNA ends,RACE)首次克隆了三角帆蚌过氧化氢酶(CAT)基因的cDNA全长序列,为2 804 bp,包含112 bp的5'非翻译区(untranslated region,UTR),1 303 bp的3'UTR和1 388 bp的开放阅读框(open reading frame,ORF)。ORF区共编码462个氨基酸,推算的分子量约为52.7 ku,理论等电点为6.35。多序列比对结果显示,有一段CAT氨基酸高度保守的催化位点序列FDRERIPERVVHAKGAG。三角帆蚌CAT基因有12个与...
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
刘斐斐 崔晓羽 董赛赛 段胜华 汪桂玲 李家乐
为进一步了解WNT4在三角帆蚌性别决定过程中的作用，通过RACE（Rapid-amplification of cDNA ends）技术克隆获得了三角帆蚌WNT4基因的全长cDNA，共1560 bp，其中5’-UTR 396 bp、3’-UTR 24 bp，开放阅读框（ORF）为1140 bp，可以编码379个氨基酸，且该序列含有Wnt家族特有结构域。对WNT4的氨基酸序列进行同源性分析后，发现该基因在物种间的进化关系和结构功能具保守性。通过实时荧光定量PCR(qRT-PCR)分析发现WNT4基因在三角帆蚌雌雄多个组织中(外套膜、闭壳肌、鳃、性腺、斧足和肝)均有表达，表明其参与了多样的生物学过程，在腮、斧足、肝中表达量较高，在性腺、闭壳肌、斧足中雌雄间有显著性差异，且雌性三角帆蚌的性腺、闭壳肌表达量显著高于雄性。原位杂交结果显示，WNT4在雌性三角帆蚌的卵母细胞上有明显的杂交信号，推测WNT4基因与性别决定相关。
[期刊] 华北农学报
[作者]
王莹 王晓宇 孙德慧 霍红雁 刘海臣 徐惠 张继星
为探讨蓖麻钙依赖蛋白激酶29基因(RcCDPK29)在蓖麻耐盐中的作用，以蓖麻叶片为材料，设计特异性引物，克隆蓖麻钙依赖蛋白激酶29基因(RcCDPK29),并对所得序列进行生物信息学分析。结果表明，蓖麻钙依赖蛋白激酶29基因(RcCDPK29)序列全长1 590 bp;编码528个氨基酸；蛋白分子量为59.74 ku;等电点(pI)值6.21;是典型的非跨膜蛋白；亲水性数值为负值，属于亲水性蛋白；RcCDPK29蛋白α-螺旋占比最高有228个；RcCDPK29与拟南芥CDPK(SMTL ID:3q5i.1)相似度为40.41%,具有较高可信度(>30%)。将木薯、麻枫树、巴西橡胶树、柑橘、石榴、毛果杨与蓖麻RcCDPK29氨基酸序列进行同源性比对。其中，与麻枫树的同源性最高，为82.29%。RcCDPK29蛋白包含1个Ser/Thr蛋白激酶催化结构域和4个与Ca~(2+)结合的EF-hand型结构域。通过qRT-PCR技术，分析RcCDPK29在不同水平盐胁迫下蓖麻不同组织中的表达，结果表明，RcCDPK29基因主要在茎中表达，盐处理12 h表达量最高。随着盐处理时间的延长，RcCDPK29基因根的表达量逐渐下降，分别在2,8,24 h达到最低，与0 h差异显著；叶的表达量在2 h的表达量最低且与0 h相比差异显著。根据RcCDPK29全长设计带有SmaⅠ和XbaⅠ酶切位点的引物扩增出序列全长，用SmaⅠ和XbaⅠ进行双酶切后与表达载体pCG-3300连接。成功构建了CRcCDPK29的表达载体。因此，RcCDPK29在蓖麻受到盐胁迫时起重要作用。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
郭鹏 邢鑫 张万筠 姜健
【目的】对紫花苜蓿(Medicago sativa L.cv.Zhongmu-1)stress-induced protein kinase gene 1(Ms SIK1)进行克隆与表达研究,了解该基因的分子机制及其应用。【方法】以紫花苜蓿叶片总RNA为模板,根据同源克隆设计简并引物,利用RT-PCR结合RACE技术,获得Ms SIK1的编码序列。利用同源性比对进行序列分析。通过SMART网站(http://smart.embl-heidelberg.de/)模拟该基因的蛋白结构。构建Ms SIK1的亚细胞定位瞬时表达载体,使用基因枪转化法将Ms SIK1与GFP在洋葱表皮细胞中融合瞬时表达并...
[期刊] 水产学报
[作者]
施志仪 杨显祥 陈晓武 李勇
alpha-2巨球蛋白是河蚌体内重要的天然免疫因子,参与广泛的免疫防御和调节。通过RACE法克隆了三角帆蚌α2M全长cDNA序列,提交Genbank,获得核苷酸序列登陆号:DQ993157.1。同时,采用生物信息学方法对alpha-2巨球蛋白进行了系统分析。该基因cDNA全长5124bp,其中编码区4836bp,5′端非编码区35bp,3′端非编码区为253bp(含polyA尾31bp),该基因能编码1611个氨基酸,其中前23个氨基酸残基为信号肽序列,成熟蛋白分子量为177571.8u,等电点为5.49。蛋白的不稳定系数为39.53,表明该蛋白是稳定的。在此基础上,以18S作为内标,利用半定...
[期刊] 水产学报
[作者]
祁晓翔 李文娟 尚朝 周子睿 尚攀 施志仪
为了发掘更多三角帆蚌具有ＥＦ－ｈａｎｄ结构域的功能基因及其蛋白质，本研究运用ＲａＣＥ－ＰＣＲ技术，克隆得到了三角帆蚌包含ＥＦ－ｈａｎｄ结构域钙结合蛋白１基因（ＥＦ－ｈａｎｄ ＣａｌＣｉｕｍ－ｂｉｎｄｉｎｇ ｄｏｍａｉｎ－Ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ ＰＲｏｔＥｉｎ １，ＥＦＣｂ１）的Ｃ ｄｎａ全长并进行了生物信息学分析；通过ＲＥａｌ－ｔｉｍＥ Ｑ－ＰＣＲ技术，分析了ＥＦＣｂ１基因在三角帆蚌１０个组织，以及内脏团、外套膜插核后不同时间点的时空表达特点。结果表明三角帆蚌ＥＦＣｂ１基因Ｃ ｄｎａ序列全长９８１ ｂＰ，ｏＲＦ为５３１ ｂＰ，编码１７６个氨基酸残基，５＇－ｕｔＲ ２３９ ｂＰ和３＇－ｕｔＲ ２１．．．
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