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[期刊] 中国水产科学
[作者]
许巧情 谢骏 张书环 赵朝阳 袁汉文
通过磁珠富集法构建了三角帆蚌(Hyriopsis cumingii)微卫星富集文库。共获得800个阳性克隆,其中的100个阳性克隆经测序分析,共获得微卫星序列54个。利用这些微卫星序列可设计33对引物,经过PCR扩增筛选获得了25对可用引物。利用聚丙烯酰胺凝胶电泳,对洞庭湖1个种群的30只三角帆蚌进行扩增,发现13对引物呈现多态性,等位基因数在4～9。观测杂合度在0.2543～0.9827,期望杂合度在0.3629～0.8217,信息多态含量平均为0.5198。由于存在无效等位基因,两个微卫星基因座(GenBank登录号为GQ302651和GQ302658)明显地偏离哈代-温伯格平衡,但没有发...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
罗明 白志毅 李应森 李家乐
采用磁珠富集法,以生物素标记的(CA)10寡核苷酸为探针,构建了三角帆蚌(Hyriopsis cumingii)基因组微卫星富集文库。根据微卫星位点的侧翼序列设计引物,随机挑选扩增出与预期大小相符的32对引物,引物荧光标记后对24个三角帆蚌个体分别进行PCR扩增,共筛选出20对多态性较好的引物。结果表明,20个微卫星位点的等位基因数为5～20,有效等位基因数2.321 3～13.260 3。观察杂合度和期望杂合度分别为0.318 2～1.000 0和0.582 5～0.946 1;PIC值0.547 2～0.919 9;其中14个位点符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。本研究...
[期刊] 水产学报
[作者]
贾舒雯 刘萍 韩智科 李健 潘鲁青
采用人工合成的生物素标记(AG)15探针及磁珠富集法构建了脊尾白虾基因组微卫星富集文库。将脊尾白虾基因组DNA经HaeⅢ酶切后,收集400～1 200 bp片段,连接特定接头,与生物素标记(AG)15探针杂交并捕获含有微卫星的DNA片段,然后连接到pMD18-T载体中,构建脊尾白虾微卫星富集文库。随机挑取947个克隆,经菌落PCR检验,其中667个为阳性克隆。从阳性克隆中随机选取184个克隆进行测序,有150个克隆含有微卫星序列,共获得199个微卫星序列,其中完美型158个(79.4%),非完美型27个(13.6%),复合型14个(7.0%)。根据微卫星序列,设计了119对微卫星引物,64对扩...
[期刊] 水产学报
[作者]
宋春妮 李健 刘萍 陈萍 高保全
采用磁珠富集法筛选日本蟳微卫星分子标记。日本蟳基因组DNA经Sau3 AⅠ酶切后,收集400～1 200 bp大小的片段并纯化,利用生物素标记的寡核苷酸探针(AC)15从中筛选出含有微卫星序列的DNA片段,连接到pMD18-T载体中,构建富集微卫星序列的基因组文库,经PCR检测筛选出阳性克隆进行测序。从随机挑选的970个菌落中筛选出369个阳性克隆进行测序,结果86.99%(321个)含有微卫星序列,其中完美型占80.54%,非完美型占15.95%,混合型占4.28%。除使用的探针AC重复外,还得到GA、CT等重复序列。共设计出102对微卫星引物,其中65对能扩增出清晰条带,27对具有多态性。...
关键词：
日本蟳 微卫星 磁珠富集法
[期刊] 中国水产科学
[作者]
佟广香 鲁翠云 匡友谊 梁利群 尹家胜 孙效文
采用磁珠富集法构建哲罗鱼(Hucho taimenPallas)基因组微卫星文库。哲罗鱼基因组DNA经MboI限制性内切酶消化后,选取400~900 bp的片段,用生物素标记的简单重复序列(ACA)15作探针与其杂交,杂交复合物结合到包被有链霉亲和素的磁珠上,获得目的片段,连接T载体克隆,构建基因组微卫星富集文库。再用同位素标记的(ACA)15探针进行二次筛选,筛选出686个阳性克隆,阳性克隆率为35.94%。对其中140个阳性克隆进行测序,共获得149个微卫星序列,4个小卫星序列,其GenBank Accession Number为DQ110955~DQ121108。其中perfect(完美...
关键词：
哲罗鱼 微卫星 磁珠富集
[期刊] 中国水产科学
[作者]
李晓萍 刘萍 宋协法
采用富集文库–菌落原位杂交法分离了30个三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)的微卫星标记。三疣梭子蟹基因组DNA经HaeⅢ酶切连接后,用固定了(AC)15和(AG)15探针的尼龙膜(Hybond N+)捕捉含有微卫星的片段,转化至大肠杆菌DH5α中,构建三疣梭子蟹微卫星富集文库。菌落原位杂交后,任意选取150个克隆进行测序,阳性克隆率为85.48%。利用软件设计了105对微卫星引物,筛选到稳定扩增标记56对,采用30个三疣梭子蟹个体进行多样性评价,30个位点均表现出多态性。观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)及多态性信息含量(PIC)的范围分别为0.222 2~1....
[期刊] 水产学报
[作者]
汪桂玲 王建军 李家乐
三角帆蚌(Hyriopsiscumingii)是我国特有种,它形成的珍珠具有珠质光滑细腻、色泽鲜艳等方面的优点,是淡水蚌中育珠质量最佳者,已成为最主要的淡水养殖珍珠蚌。本研究选取已发表的32对太平洋牡蛎的微卫星引物在三角帆蚌基因组DNA中进行PCR扩增,探讨太平洋牡蛎的引物用于三角帆蚌基因组微卫星分析的可能性。通过优化PCR反应条件,筛选13对引物可在三角帆蚌基因组中扩增出特异性条带(占总数的41%);其中10对引物(占总数的31%)在洞庭湖三角帆蚌小群体中即检测到了个体间等位基因的多态性,共出现40条多态性条带。10个位点杂合度大小在0.125到0.693之间,其中7个微卫星位点(Cgi10...
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
邢巨斌 谢彩霞 张逸飞 鲍宝龙
牙鲆(Paralichthys olivaceus)不仅是研究鱼类变态的模式生物,也是我国的重要水产养殖对象。从变态前牙鲆cDNA文库中的42个单一序列表达标签(ESTs)中筛选到46个微卫星分子标记,从中选择21个微卫星并在一个养殖牙鲆群体共30个样本中测试,结果表明其中有20个微卫星标记具有多态性,其等位基因数为2到6个,观察杂合度从0.06到1.00,期望杂合度从0.059 7到0.825 2变化不等,平均多态信息含量是0.457 5,可用于牙鲆连锁图的构建和分子标记辅助选育。其中,有3个微卫星位点的三核苷酸重复序列在基因编码区内,可能和基因功能有关。
[期刊] 水产学报
[作者]
肖调义 葛熹凯 许宝红 苏建明 章怀云
采用抑制性消减杂交技术构建了三角帆蚌肝脏瘟病感染期抑制性消减cDNA文库。经检验,差异表达基因均被富集了210倍左右,证明构建的cDNA消减文库具有很强的消减效率。PCR鉴定发现,在随机挑取的阳性克隆中,95%的克隆均含有0.2~1.0 kb的插入片段,这些片段可能是三角帆蚌瘟病病毒感染后差异表达基因的cDNA片段。测序共获得214个有效cDNA序列,分别属于8大类,共98个基因。其中细胞分裂基因2个、细胞结构与运动基因9个、代谢基因10个、信号传导基因7个、细胞防疫基因10个、基因与蛋白表达基因20个、未知功能蛋白基因26个,GenBank中找不到任何同源序列的基因14个。结果说明,构建的差...
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
王泽 杜文俊 陈氏娥 董志国 牛东红 沈和定 李家乐
利用磁珠富集法，构建了缢蛏（Ｓｉｎｏｎｏｖａｃｕｌａ ｃｏｎＳｔｒｉｃｔａ）微卫星富集文库。开发并筛选出１８对微卫星引物，其中８对微卫星引物亲缘排除率较高，选取这８对引物对家系进行了亲子鉴定。结果表明，１８对微卫星引物在１２个个体中等位基因为２～６，平均等位基因为３．００；观测杂合度在０～１．０００之间，平均值为０．５８１ ３；期望杂合度０．２９０～０．７７９，平均值为０．５２８ ４；多态信息含量为０．２３９～０．７０３，平均值为０．４３２ ２。当两个亲本基因型未知时，８对微卫星引物在整个家系中单个亲本排除率（Ｅ－１Ｐ）为０．５８３～０．９１６，平均值为０．７９０ ０；当一个亲本基因型已知时，．．．
关键词：
缢蛏 微卫星标记 亲子鉴定
[期刊] 水产学报
[作者]
张潇峮 徐亘博 廖小林 张家波 陈松林
将牙鲆基因组DNA经限制性内切酶RsaⅠ和Bst UI双酶切后采用FIASCO法构建酶切片段基因组文库。共挑取269个克隆,177个为阳性克隆,阳性克隆率为65.79%。经测序后获得191条微卫星序列,其中完美型占74.35%;非完美型占14.66%;混合型占10.99%。用引物设计软件Primer Premier 5.0设计引物153对,挑选其中的50对合成并在32个野生牙鲆个体中进行扩增,共31个位点具有多态性,统计结果后使用POPGENE软件进行分析,平均等位基因个数为3.939 4,平均有效等位基因数为3.052 2,平均观测杂合度为0.650 1,平均期望杂合度为0.586 6,各引...
关键词：
牙鲆 微卫星 FIASCO 多态性
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
郝君 孙效文 孟雪松
用红鳍东方(Takifugu rubripes)微卫星标记对两个不同群体红鳍东方的DNA多态性进行分析。经20对引物的扩增,得到每个个体的微卫星片段,其中16对引物能扩增出较好的谱带。用2%的琼脂糖凝胶电泳检测微卫星标记的PCR扩增产物,并对扩增结果进行了统计分析。计算得到两个群体的平均等位基因数分别为1.875 0和2.437 5;多态信息含量(PIC)平均值分别为0.275 1和0.379 4;平均杂合度观测值分别为0.025和0.200。统计结果初步表明两个不同群体平均杂合度较低,遗传多态性不高。
关键词：
红鳍东方鲀 微卫星 多态性 DNA
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
刘汝 许强华
采用磁珠富集法筛选三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)的微卫星序列。经Sau3AI酶切后的200～1000bp DNA纯化片段,与两端已知序列的人工接头连接,用含有生物素标记的(CA)12和(GA)12探针杂交,根据磁珠的链酶亲和素与生物素特异结合的特性,捕获含微卫星序列的单链DNA,以此为模板用人工接头序列为引物进行PCR扩增,随后将获得的片段连接到PMD18-T载体上,转化至DH5α感受态细胞中,成功构建了微卫星富集文库。测序其中的60个阳性克隆,得到42条微卫星序列(基因登录号为:HQ283153-HQ283194),除探针使用的CA/GT、GA/CT重复外,还...
[期刊] 水产学报
[作者]
战爱斌 胡景杰 胡晓丽 王明玲 彭薇 李艳 李纪勤 包振民
应用微卫星富集文库—菌落原位杂交法,筛选得到了40个栉孔扇贝的微卫星标记。用固定了(AG)15和(AC)15探针的尼龙膜(Hybond N+)捕捉含有微卫星DNA的片段,经洗脱、PCR扩增和TA克隆,构建栉孔扇贝的微卫星富集文库。利用ECL试剂盒(Amersham公司)标记的(AG)15和(AC)15探针进行菌落原位杂交筛选微卫星富集文库,阳性克隆经测序获得微卫星DNA。富集文库中1200个重组克隆经过菌落原位杂交后,532个(44.3%)为阳性克隆。任意挑选100个克隆测序,结果显示所有的克隆都至少含有一个微卫星位点。利用软件设计了65对特异性PCR引物,40对能扩增出清晰的带谱;利用48个...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
陈微 张全启 于海洋 胡景杰 齐洁 包振民
以牙鲆(Paralichthys olivaceusTemminck et Schlegel)为材料,基因组DNA经Sau3AⅠ进行部分酶切后,选取400~1 200 bp大小的片段连接到经BamHⅠ酶切的pUC19质粒中,连接产物转化大肠杆菌DH5α,构建牙鲆酶切片段基因组文库。采用菌落杂交的方法,以(AC)10(、AG)10为探针从文库中筛选阳性克隆16个,共得到20个微卫星序列,其中完全型13个,不完全型5个,复合型2个。对其中18个进行引物设计,有11对引物扩增出目的片段,其中8对引物在群体中具有扩增多态性。在威海野生牙鲆30个个体中,各座位上得到的等位基因数为4~19个,观测杂合度(...
关键词：
牙鲆 菌落杂交 微卫星 多态性
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