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[期刊] 华北农学报
[作者]
冉策 陈柳 陆家兰 刘正坪 魏艳敏 赵晓燕 尚巧霞
草莓成熟叶片中含有大量的多糖、蛋白质、多酚和色素等物质,影响高质量DNA的提取和下游PCR反应的进行。为确定适用于PCR技术检测草莓镶脉病毒(Strawberry vein banding virus,SVBV)的DNA提取方法,从草莓叶片中提取DNA后,对样品中的SVBV进行特异性的PCR检测,比较确定不同DNA提取方法对PCR检测SVBV稳定性的影响。以感染SVBV的草莓叶片为材料,分别采用CTAB试剂盒法、高盐低pH法、改良SDS法提取草莓叶片的总DNA,将不同方法提取的DNA通过紫外分光光度法和琼脂糖凝胶电泳法进行测定,对DNA产量和质量进行分析。结果表明,3种方法均能获得较为完整的D...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
陈柳 尚巧霞 陈笑瑜 邢冬梅 冉策 魏艳敏 赵晓燕 刘正坪
【目的】草莓轻型黄边病毒(Strawberry mild yellow edge virus,SMYEV)是侵染草莓的重要病毒,严重影响草莓果实的产量和品质。研究旨在建立利用反转录等温扩增技术(reverse transcription loop-mediated isothermal amplification,RT-LAMP)检测SMYEV的方法。【方法】根据SMYEV外壳蛋白基因3′端保守序列设计4个特异性引物SMYEV-FIP(5′-CAGATCAGCGACAATTTGGACTCCTGAGGAACTTGCTGCT-3′)、SMYEV-BIP(5′-GCTTTGTC GGGGATCCTG...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
王建辉 刘建军 陈克玲 李洪雯 何建 关斌 何礼
本文对草莓轻型黄边病毒(Strawberry mild yellow edge virus,SMYEV)的2种分子检测技术进行了比较研究。结果表明,多重PCR技术以草莓actin为内参基因,完全排除在实验中杂质与操作的影响。Real time PCR技术具有更高的灵敏度和可靠性,可以定量检测出样本中病毒粒子的含量。结果表明,Real time PCR的灵敏度是普通PCR的100倍以上,而多重PCR的检测成本更经济。所以Real time PCR技术将用于引进品种的检疫,而多重PCR技术将用于大规模的脱毒苗
[期刊] 淡水渔业
[作者]
曾伟伟 王英英 尹纪元 汤亚方 李莹莹 王庆 高彩霞 任燕 刘春 石存斌
为了解决Ⅱ型草鱼呼肠孤病毒(grass carp reovirus genotypeⅡ,GCRV-Ⅱ)含量和滴度测定方法的选择问题,本研究利用荧光定量PCR(quantitative PCR,qPCR)、免疫过氧化物酶单层细胞试验(immunoperoxidase monolayer assay,IPMA)和间接免疫荧光试验(indirect fluorescent assay,IFA)三种方法来对GCRV-Ⅱ进行检测和含量测定,从特异性、敏感性、可靠性和检测结果的相关性来比较这三种方法对于GCRV-Ⅱ定量检测的差异。结果显示:qPCR、IPMA和IFA三种方法检测GCRV-Ⅱ的最低限分别为8.6、86和86拷贝/μL,qPCR的检测灵敏度比IPMA和IFA高一个数量级;特异性分析表明,qPCR、IPMA和IFA三种方法均只能检测出GCRV-Ⅱ型分离株,而其它病毒和未感染病毒的阴性对照细胞均为检测阴性,表明这三种方法均具有较高的特异性;3种方法分别检测60份已知临床样品,qPCR、IPMA和IFA的诊断敏感性和特异性分别为96.7%(29/30)和100%(30/30)、100%(30/30)和93.3%(28/30)及100%(30/30)和100%(30/30);三种方法对于GCRV-Ⅱ的定量检测结果中病毒拷贝数和病毒滴度之间具有较好的相关性,其拟合曲线分别为:Y(IPMA,TCID_(50)/mL)=23.629X-536 174(qPCR,拷贝/mL)(R~2=0.996)、Y(IFA,TCID_(50)/mL)=20.318X-575 062(qPCR,拷贝/mL)(R~2=0.995)和Y(IPMA,TCID_(50)/mL)=1.161X-1 176(IFA,TCID_(50)/mL)(R~2=0.999)。结果表明,GCRV-Ⅱ病毒滴度的测定,除了用IPMA和IFA外,也可以采用qPCR方法通过测定病毒的核酸拷贝数来测算其病毒滴度。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
李丽丽 杨洪一
为探索分子杂交技术在草莓斑驳病毒(Strawberry mottle virus,SMoV)检测中的运用,利用CTAB法从草莓叶片中提取总核酸,并以此为模板,利用特异引物扩增SMoV非编码区序列,经克隆、测序获得SMoV非编码区序列。系统进化分析结果显示:本研究中的分离物与GenBank中已报道的分离物的亲缘关系较远,独立形成1个小的进化支。以带有病毒特异片段的质粒为模板,运用PCR技术制备了地高辛标记的cDNA探针。以草莓感染SMoV叶片为试材,利用地高辛标记探针可有效检测草莓叶片中的SMoV,草莓总核酸样品稀释10倍后仍可有效检测。
关键词：
草莓斑驳病毒 分子杂交技术 cDNA探针
[期刊] 中国农业科学
[作者]
杨洪一 李丽丽 代红艳 张志宏
【目的】明确草莓斑驳病毒(Strawberry mottle virus,SMoV)的分子变异特点;探索利用嵌套PCR和转录增强技术检测SMoV的方法。【方法】利用RT-PCR扩增SMoV3′非编码区(non-coding region,NCR)和大外壳蛋白(large coat protein,LCP)基因特异片段,并对扩增产物进行克隆测序。利用生物信息学软件分析不同地区分离物变异特点及系统发育关系。参考测序结果,在SMoV基因组保守区设计引物,利用嵌套PCR和转录增强技术检测SMoV。【结果】获得了SMoV中国分离物的NCR区和部分LCP基因核酸序列,不同分离物部分LCP基因核酸序列同源性...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
王廿 贾蒙骜 黄刚 卯婷婷 赵玳琳 陶刚
【目的】为了解贵州地区草莓(Fragaria×ananassa)栽培品种中4种主要病毒的发病率和草莓褪绿斑驳病毒(Strawberry vein banding virus,SVBV)贵州分离物与其他分离物的遗传进化关系,对贵州省贵阳市和黔东南州凯里市大棚草莓植株和草莓组培苗进行4种主要草莓病毒检测。【方法】克隆SVBV的全长基因组序列及CP编码的核酸序列后测序并分析。【结果】采集的77份草莓样品检测出SVBV和草莓轻型黄边病毒(Strawberry mild yellow edge virus,SMYEV)2种病毒,未检测到草莓斑驳病毒(Strawberry mottle virus,SMoV)和草莓蚀刻病毒(Strawberry crinkle virus,SCV),其中SVBV的检出率为19.5%,SMYEV为2.6%;SVBV-GZ(GenBank登录号:MH894295)全基因组序列为7859 bp,基因组结构推测有7个开放读框构成,基于SVBV基因组核酸序列的系统发育分析表明SVBV-GZ与SVBV-BJ(GenBank登录号:KR080547)亲缘性较近。【结论】基于SVBV CP氨基酸序列的系统发育分析发现,贵州不同地区草莓SVBV不同分离物与其他中国不同地区分离物同源性较高,可能是由于贵州从全国范围调运草莓种苗造成。
关键词：
草莓 病毒发生率 核酸序列分析
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
郭大勇 杨晓萍 田广宇 陶健君 李小卫
以草莓为原材料 ,对影响草莓红色素稳定性的因素进行研究。结果表明 :该色素不耐高温 ,光照稳定性差 ;pH值对草莓红色素的影响显著 ,色素溶液在pH为 3 0～ 7 0之间相对稳定 ;除金属离子A13 + 、Sn2 + 、Fe3 + 易导致溶液变色外 ,大多数金属离子对草莓红色素无影响 ;低浓度糖、高浓度抗坏血酸对草莓红色素有一定保护作用 ,而亚硫酸钠、双氧水、苯甲酸钠对色素有明显的破坏作用。
关键词：
草莓 红色素 稳定性
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
宁晓峰 刘娜 陈永亮 田素博 宫元娟
为快速、无损检测草莓色度及糖度,采用近红外光谱和高光谱成像技术对草莓的色度和糖度进行光谱分析,采用偏最小二乘法构建预测模型,并对这两种光谱检测方式进行简单的对比分析。近红外光谱试验采用近红外光谱仪结合SpectraSuite光谱采集软件对草莓进行近红外光谱信息提取,高光谱成型技术采用高光谱成像系统结合高光谱图像采集软件Hyper Spectral Image以及图像处理软件HSI Analyzer采集草莓图像,并利用ENVI软件从图像中提取高光谱信息,最后利用The Unscrambler9.7软件对草莓的色度和糖度进行这两种光谱的建模和预测。结果表明:对于红色度值,通过近红外光谱建模得到的判定系数R~2=0.9913,校正均方根误差RMSEC=0.1313,预测均方根误差RMSEP=0.1307,通过高光谱建模得到的R~2=0.9894,RMSEC=0.1559,RMSEP=0.1528;对于可溶性固形物含量,通过近红外光谱建模得到的R~2=0.9917,RMSEC=0.1092,RMSEP=0.1028,通过高光谱建模得到的R~2=0.9849,RMSEC=0.1489,RMSEP=0.1397。通过分析发现绝大多数样本的残差值都在±1.0之间,检验集样本真实值和预测值之间的有很强的相关性,通过两种光谱建立模型的各指标数据均能达到要求。近红外光谱技术相比于高光谱成像技术更加稳定和准确。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
江彤 杨友志 丁菲 蒋磊 李祥宇 邓竹根 谢朝阳 宋培培
PCR扩增得到了草莓镶脉病毒(Strawberry vein banding virus,SVBV)的外壳蛋白(coat protein,cp)基因,将SVBV cp基因克隆到原核表达载体pET-32a上,重组质粒转化大肠杆菌BL21(DE3),用终浓度为0.05 mmol·L-1的IPTG诱导表达。SDS-PAGE电泳及Western-blot分析表明,SVBV cp基因在大肠杆菌中得到了融合表达。利用Ni2+-NTA亲和树脂纯化重组融合蛋白,免疫家兔获得了重组蛋白的多抗血清。以此多抗血清建立了Dot-ELISA检测方法,结果表明,制备的特异性多抗血清可以快速检测出感病草莓样品中的SVBV。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
倪方锐 李瑞 李爽 贾琳 蒋磊 宋培培 江彤
【目的】对草莓镶脉病毒(SVBV)启动子进行序列测定和分析,为进一步研究该启动子稳定表达活性、表达类型及驱动外源基因稳定表达提供理论依据。【方法】用CTAB法从感染SVBV的草莓叶片中提取总DNA,设计特异性引物扩增SVBV启动子,克隆并测序。将SVBV启动子与花椰菜花叶病毒属其他成员的启动子核苷酸序列进行比较,并构建其系统关系树,再用PlantCARE软件分析SVBV启动子序列中的各个作用元件。【结果】获得全长为1017 bp的SVBV启动子。序列比列表明,本研究构建的中国SVBV启动子与美国SVBV启动子序列相似性最高,达77.29%。从构建的系统关系树可以看出,中国SVBV启动子与美国S...
关键词：
草莓镶脉病毒 启动子 克隆 序列分析
[期刊] 中国农业科学
[作者]
李帅 蒋西子 梁伟芳 陈思涵 张享享 左登攀 胡亚会 江彤
【目的】草莓镶脉病毒(Strawberry vein banding virus,SVBV)是侵染草莓的主要病毒,但其侵染草莓的机制尚不清楚。论文以SVBV的P6蛋白为诱饵筛选森林草莓(Fragaria vesca)c DNA文库的寄主因子,为解析SVBV侵染草莓的分子机制提供理论依据。【方法】SVBV接种森林草莓,提取出现明显症状叶片的总RNA,Dnase I处理后,用SMART法反转录合成ds c DNA,均一化处理c DNA并酶切纯化,将1 kb,表明森林草莓c DNA文库符合试验标准。最终利用SD
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
范安琪 左常洲 彭菁 孙柯 赵保民 朱太海 陈飞 屠康 潘磊庆
[目的]本文旨在建立基于双目立体视觉检测冻干草莓外部品质的方法，实现冻干草莓外部品质等级的无损识别。[方法]应用双目立体视觉技术及像素点匹配算法获取冻干草莓图像中各像素点的视差数据，建立其三维立体模型；以模型体积、图像颜色、形状和纹理品质指标作为特征参数，采用连续投影算法(SPA)筛选出最优特征参数，分别以未筛选的特征参数和筛选后的特征参数建立冻干草莓外部品质等级识别模型，比较各模型的判别分级效果；最后选取最优的识别模型开发冻干草莓外部品质分级软件并进行验证。[结果]使用未经筛选的特征参数对冻干草莓进行品质等级判别时，支持向量机(SVM)模型预测集分级总体准确率为91.7%,偏最小二乘法判别分析(PLS-DA)预测集分级总体准确率为86.7%。使用SPA算法筛选后的特征参数(体积和红色分量均值)所建立的SVM模型和PLS-DA模型分级总体准确率分别为95.0%和81.7%。采用经SPA算法筛选后特征参数构建的SVM模型开发了冻干草莓外部品质识别软件，软件总体准确率可达到90.8%。[结论]基于SPA筛选的特征参数构建的SVM分级预测模型具有较好的判别效果，其建模集和预测集的准确率分别可达97.8%和95.0%。以该模型为基础开发的软件能够实现冻干草莓外部品质的检测。
[期刊] 华北农学报
[作者]
牛素清 白晨 张惠忠 李晓东 付增娟 赵尚敏 斯琴巴特尔 轩继雨 李树生
为选择较为适合甜菜总RNA的提取方法,构建和优化RT有效体系。以田间甜菜叶片、根毛及根表皮为材料,研究了提取甜菜总RNA的方法以及利用RT-PCR技术进行甜菜坏死黄脉病毒(BNYVV)的检测。研究表明,获得良好的RT-PCR扩增效果,RT体系中dNTPs浓度、引物、AMV、模板RNA的浓度要分别达到1 mmol/L,1μmol/L,0.1 U/μL,0.01μg/μL较好。PCR体系中dNTPs浓度、引物、TaqDNA聚合酶、Mg2+的浓度要分别达到0.1 mmol/L,0.1μmol/L,0.01U/μL,1.48 mmol/L效果较好。RT-PCR法对BNYVV检测,可作为甜菜品种(育种材...
关键词：
甜菜 甜菜坏死黄脉病毒 RT-PCR
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