针对马里亚纳海沟、玛索海沟、新不列颠海沟东部、新不列颠海沟中部等4个采样点的3种钩虾共120个样品,利用16S rRNA-RFLP分析方法对不同样品间的微生物组成进行研究,并比较了4个采样点的细菌群落结构多样性。结果表明:4个采样点钩虾肠道的微生物多样性有着显著差别。马里亚纳海沟Hirondellea gigas钩虾肠道细菌的优势菌群为嗜冷单胞菌属(Psychromonas sp.)和Uncultured bacterium,分别占37.05%和18.52%。玛索海沟Bathycallisoma(syn.Scopelocheirus)schellenbergi钩虾肠道细菌的优势菌群为Uncultured Mollicutes bacterium和Uncultured deep-sea bacterium,分别占62.5%和25%。新不列颠海沟东部Alicella gigantean钩虾肠道细菌的优势菌群为Uncultured Mollicutes bacterium和Uncultured Mycoplasmataceae bacterium,含量分别占到50%和44.44%。新不列颠中部的A.gigantean钩虾肠道细菌的优势菌群为Psychromonas sp.、Uncultured Mollicutes bacterium、Uncultured Mycoplasmataceae bacterium和Uncultured bacterium,含量分别为39.29%、32.14%、14.29%和10.71%。Uncultured Mollicutes bacterium在玛索海沟S.schellenbergi肠道内占了62.5%,在新不列颠海沟东部A.gigantean肠道内的含量为50%,在新不列颠海沟中部A.gigantean肠道内含量为32.14%,而在马里亚纳海沟H.gigas肠道中仅占3.7%。由此可见,4个采样点3种钩虾肠道内微生物多样性丰富、且存在较大的差异,马里亚纳海沟H.gigas肠道内微生物物种最丰富、且种群结构最复杂,玛索海沟S.schellenbergi钩虾和新不列颠海沟A.gigantean钩虾次之。

为了研究长毛对虾养殖环境以及对虾肠道微生物种群结构的特征,实验分别采集养殖区进水口水体、养殖池底泥、养殖池水体以及长毛对虾肠道样品,采用构建16S rRNA基因克隆文库的方法对不同样品间的微生物群落组成进行了研究。结果表明,4组样品中共获得621条序列,操作分类单元(OTU)总数达212个,表明养殖环境微生物群落结构具有高度的多样性。从遗传进化树分析发现,进水口水体中细菌优势种群为蓝细菌(53.97%)、α-变形杆菌(13.76%)和γ-变形杆菌(10.58%);养殖池水体细菌优势种群为蓝细菌(33.55%)、γ-变形杆菌(14.84%)、厚壁菌(14.19%)、拟杆菌(12.26%)和α-变...

本研究旨在探讨食性对鱼类肠道菌群组成和多样性的影响，并预测特定菌群对不同营养素的潜在功能。实验采用高通量16S rRNA基因测序技术，提取获得滇池高背鲫(Carassius auratus)、草鱼(Ctenopharyngodon idellus)、鳜鱼(Siniperca chuatsi)、昆明裂腹鱼(Shizothorax grahami) 4种不同食性鱼类的肠道内容物，12个样品的16S rRNA，构建文库并测序，分析这4种鱼类肠道微生物的菌落组成和多样性。结果显示，鱼类肠道菌群多样性受到食性的显著影响(P<0.05)，综合表现为杂食性(滇池高倍鲫) > 草食性(草鱼) > 滤食性(昆明裂腹鱼) > 肉食性(鳜鱼)。4种鱼类具有一些相同的优势菌群：变形菌门(Proteobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes)。然而，优势菌群在属水平上存在一定差异，如不动杆菌属(Acinetobacter)为鳜鱼的优势菌群，拟杆菌属(Bacteroides)为草鱼的优势菌群等。功能预测发现，鳜鱼肠道中以革兰氏阴性菌为主；草鱼抗病潜力略高于其他3种鱼类；约氏不动杆菌(A.＿ johnsonii)、鲁氏不动杆菌(A. lwoffii)和施氏假单胞菌(Pseudomonas stutzeri)可能有助于宿主对蛋白质的消化，而拟杆菌属中的某些菌群可能有助于宿主消化纤维素。综上所述，食性是影响鱼类肠道菌群组成和多样性差异化的主要因素之一，分析食性与肠道优势菌群之间的关联，探讨特异菌群的功能，可为研究鱼类营养代谢的微生物效应奠定理论基础。

中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)繁育亲蟹规格及其子代的生产性能是其产业上的热点问题。本研究应用个体生长测定法和代谢组学技术，研究了当前生产上3种主要育苗亲蟹规格（母本200～250g，父本300～350g；母本250～300g，父本350～400g；母本300g以上，父本400g以上）繁殖子代（规格A、规格B和规格C）的蜕壳与生长特性、肠道微生物菌群和肝胰腺代谢物的组成差异。结果发现：在2次个体蜕壳与生长测定中，规格C的生长性能优于其他两种规格，但3种规格子代相互间的蜕壳增重率、蜕壳间隔、肥满度、肝胰腺指数和肌肉指数均不存在显著差异。肠道菌群结果表明：α多样性指数均显示规格A低于其他两种规格，但3规格相互间无显著差异，而主坐标分析（PCoA）显示3种规格肠道菌群在属水平上存在显著差异。肝胰腺的代谢组学分析显示，规格A与B间共有100种差异代谢物，规格B与C间共有77种差异代谢物，规格A与C间共有79种差异代谢物。对差异肠道菌群和差异代谢物进行Pearson相关性分析发现：规格A的代谢物生物喋呤与副梭菌属呈显著正相关；规格B的代谢物N-乙酰-D-甘露糖胺分别与硝基螺菌门、硝化螺菌属呈显著负相关；规格C的代谢物四氢二吡啶甲酸盐与乳酸菌属呈显著负相关。本研究结果初步表明：不同亲蟹规格子代在生长性能、肠道微生物菌群和肝胰腺代谢物组成方面表现出一定差异。

为研究饲料维生素A(VA)水平对黄鳝生长性能、肠道微生物组成和肠道结构发育的影响，实验以VA醋酸酯(50万IU/kg)作为添加源，制作添加水平分别为0(3 201)、500(3 620)、1 000(4 010)、2 000(4 730)、4 000(6510)、8 000(9720)、16 000(16 890)IU/kg(括号内为VA在饲料中的实测值)7种不同水平饲料，编号为A～G组，用7种不同水平饲料分别投喂(7.32±0.02)g的黄鳝，每组4个重复，每重复45尾，养殖70 d。实验结束后比较七组黄鳝生长性能、肠道组织结构，并基于生长性能比较A组、D组、G组肠道微生物变化。结果显示：与A组相比，B～D组黄鳝增重率、特定生长率显著提高；B～G组绒毛高度和C组微绒毛高度显著升高，C～D组肌层厚度和C～E组粘液细胞数量显著升高。以黄鳝特定生长率为评价指标，得出黄鳝VA适宜需求量为3 849.96 IU/kg。A、D、G三组的优势菌门均为变形菌门、厚壁菌门、拟杆菌门。其中D组黄鳝肠道菌群的物种多样性和丰富度最高，提高了黄鳝肠道厚壁菌门、放线菌门等有益菌的丰度，降低了变形菌门、邻单胞菌属等有害菌的丰度。菌群功能预测发现D组显著提高与碳水化合物代谢、内分泌系统和其他氨基酸的代谢相关功能基因表达量以及糖酵解/糖异生代谢相关功能基因表达量；G组显著降低与甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸代谢相关功能基因表达量。综上，饲料中添加适宜VA水平可改善黄鳝肠道结构和肠道微生物环境，提高黄鳝生长性能。综合考虑黄鳝生长性能和肠道健康，本实验饲料中适宜VA水平为3 620～4 730 IU/kg。

用致泻剂番泻叶建立小鼠腹泻模型,研究茯砖茶水提物高、中、低剂量(分别为210、105、52.5 mg/mL对肠道大肠杆菌、肠球菌、双歧杆菌、乳杆菌数量及肠道状况的影响。结果显示:高、中剂量茯砖茶能促进肠道有益微生物的生长,抑制有害微生物增殖,对抗番泻叶所致的肠道微生物紊乱,其中对乳杆菌增殖的影响最为显著,预防组高、中、低剂量可促进乳杆菌繁殖,试验第7天比试验开始前的数量对数值分别增加3.309 0、3.237 3、2.690 5,且呈剂量依懒关系;治疗组高剂量可促进乳杆菌的增殖,试验第11天的数量对数值比试验第7天的增加3.541 9,比阳性药小檗碱促进乳杆菌增殖的效果(对数值增加1.466 ...

为探究凡纳滨对虾养殖过程中其肠道和养殖环境微生物群落的结构及变化，本实验采用Illumina测序平台，基于16S rRNA基因的测序结果，对46 d和86 d虾龄的凡纳滨对虾肠道以及养殖水体、底泥中的微生物群落进行分析。结果显示，86 d时微生物Shannon-Wiener多样性指数显著高于46 d，水样中的Shannon-Wiener指数显著低于底泥和凡纳滨对虾肠道；有35个门、71个纲、155个目、274个科以及277个属在水样、底泥和虾肠道中均能检测到，其中虾肠道和底泥间共有菌类较水样中更多。微生物群落随养殖时间发生变化，46 d与86 d的差异性门类为放线菌门、绿菌门、丝状杆菌门、浮霉状菌门和TM6，相对丰度随时间增高。水样、底泥和虾肠道中有相对固定的优势菌群，在水样、底泥和虾肠道中主要的门类均为变形菌门、拟杆菌门和放线菌门，优势纲类为α变形菌纲、β变形菌纲以及放线菌纲，除此以外，虾肠道与底泥共有的优势纲为δ变形菌纲、γ变形菌纲以及芽单胞菌纲，从目、科、属的分类水平上看，水样、底泥和虾肠道中菌类相对丰度各异，鲜有明显重叠的优势菌类，在水样、底泥和虾肠道中均为一种未分类的属占优势地位，水样中优势属为hgcI＿clade，底泥和虾肠道中优势属为ambiguous＿taxa。研究结果进一步解释了虾肠道和环境微生物群落结构之间的相关性以及随虾龄增长呈现的差异性。

为了解锌对长江鲟(Acipenser dabryanus)类肠道菌群的多样性及群落结构组成的影响,本研究配制了14.77,57.71和364.5 mg/kg的3种不同锌水平的饲料,养殖长江鲟幼鱼8周,采集了后肠粪便,测定了后肠粪便的肠道α-多样性、群落结构组成与OTU数量。结果显示:随饲料锌水平的升高,基于丰度的覆盖估计值(ACE指数)、Observed species指数、Chao1丰富度估计指数(Chao1指数)出现了下降的趋势,364.5 mg/kg组最低,364.5 mg/kg组与14.77 mg/kg组之间差异显著,与57.71mg/kg组之间无显著差异。香浓多样性指数、辛普森多样性指数与普系α-多样性(Phylogenetic diversity, PD-whole tree)值也表现出随饲料锌水平的升高而下降的趋势,且三种指数均在364.5 mg/kg时最低,但各组之间无显著性差异。在科水平上,梭杆菌科、肠杆菌科与梭菌科类的总和分别占前10种科的80.82%、92.89%、93.37%,表明在不同锌饲料处理水平下,上述3个菌科在鱼类肠道菌群的组成中占据优势。在属水平上,鲸杆菌属(Cetobacterium)、梭菌属类(unidentified_Clostridiales)、邻单胞菌属(Plesiomonas)与柠檬酸杆菌属(Citrobacter)总和分别占前10种属的总和百分比分别达78.32%、81.56%、89.28%,表明这4种细菌属是优势属。三个处理组的总OTU数随饲料锌水平的升高而出现了下降的趋势,三个处理组的OTU数分别为1 160、790、654。上述结果表明,饲料锌含量对长江鲟幼鱼肠道的α-多样性、群落结构组成及OTU数量产生了影响,且饲料锌含量过高时会影响长江鲟幼鱼肠道的α-多样性、群落结构丰度及OTU数。

为探究不同养殖模式下黄鳝(Monopterus albus)胃肠道微生物的群落结构，本实验采用16S rRNA高通量测序技术研究虾塘散养、蟹塘散养、网箱投喂鱼浆和网箱投喂水蚯蚓4种养殖模式下黄鳝胃肠道微生物的组成和群落结构。Alpha多样性分析和Venn图结果显示，网箱投喂水蚯蚓组黄鳝胃肠道微生物多样性和丰度均较高，而蟹塘散养组最低。除蟹塘散养组黄鳝肠道的优势菌为变形菌门，其余3种养殖模式黄鳝胃肠道优势菌群均为厚壁菌门，推测黄鳝胃肠道微生物的核心菌群为厚壁菌门。在属水平上，网箱投喂水蚯蚓养殖模式中黄鳝胃的优势菌群为粪杆菌属(Faecalibacterium)与嗜黏蛋白阿克曼菌属(Akkermansia),其余3种养殖模式中黄鳝胃的优势菌群都为韦荣球菌属(Veillonella);而虾塘散养组黄鳝肠道的优势菌群为瘤胃球菌属(Ruminococcus),其余3种养殖模式的优势菌群中都有双歧杆菌属(Bifidobacterium)。结果表明：网箱投喂水蚯蚓组黄鳝胃肠道微生物多样性和丰度均较高，且益生菌群占比高，潜在致病菌较少，是比较健康的养殖模式。

采用基于Illumina测序平台的高通量测序技术,对大菱鲆(Scophthalmus maximus)幼鱼肠道及其养殖水体、生物饵料中细菌种类及丰度进行研究。测序结果显示,养殖水体、生物饵料和大菱鲆幼鱼肠道等19个样品共获得有效序列547621条,可聚类于3771个可分类操作单元(OTUs),归属于养殖水体、生物饵料、健康幼鱼和发病幼鱼的操作分类单元(OTU)个数分别为3038、1090、87和777,其中,健康幼鱼与生物饵料、健康幼鱼与养殖水体特有的OTU个数分别为57和0,发病幼鱼与生物饵料、发病幼鱼与养殖水体特有的OTU个数分别为481和31。表明幼鱼肠道微生物多样性与生物饵料密切相关。根据细菌注释结果,拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria)在大菱鲆幼鱼肠道中占优势地位,其中,健康幼鱼肠道微生物共聚类为8个门,发病幼鱼的肠道微生物可聚类为19个门。与健康幼鱼相比,发病幼鱼肠道门水平上的3种主要优势菌群落结构出现失衡。此外,对各样品中丰度最高的100位OTU分析显示,幼鱼肠道优势菌种类与生物饵料中的优势菌种类密切相关,而每个发病幼鱼肠道优势菌种类具有一定的独立性。本研究旨在为大菱鲆健康养殖和微生态调控提供实验依据。

为研究重金属污染土壤经不同生态类型蚯蚓消化后蚓粪和消化前土壤的微生物群落结构差异,选取2种不同污染特征的重金属污染水稻土,分别接种表栖型赤子爱胜蚓Eisenia fetida和内栖型壮伟环毛蚓Amynthas robustus进行10d室内盆钵培养后采集新鲜蚓粪,通过变性梯度凝胶电泳技术和序列分析研究蚓粪和对照土壤的微生物种群特征。蚓粪微生物丰富度和Shannon指数均明显高于对照土壤(P

为分析水解单宁对凡纳滨对虾生长及其肠道微生物菌群结构的影响,以基础饲料为空白组,在基础饲料中分别添加0.1%、0.2%和0.3%的水解单宁作为实验组,进行为期60 d的养殖实验后,统计生长性能,并取其肠道内容物提取DNA,用Illumina MiSeq测序平台进行16S rDNA基因V3～V4区高通量测序,检测对虾肠道内菌群结构及变化情况。结果表明:(1) 3个水解单宁添加组的增重率、特定生长率和肥满度与对照组相比均显著升高(P<0.05),肝体比均显著降低(P

为了研究外源补充蜡样芽孢杆菌(Bacillus cereus)生物膜对凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)生长、抗病力及对其肠道微生物组成的影响,以基础饲料为空白组,在基础饲料中添加蜡样芽孢杆菌游离态活菌作为游离态组(活菌含量为108 CFU/g);在基础饲料中添加蜡样芽孢杆菌活菌生物膜作为生物膜组(活菌含量为108 CFU/g);每组8个平行。在养殖大棚暂养7 d后,对凡纳滨对虾进行40 d的养殖实验。在第17天进行白斑综合征(White Spot Syndrome Virus,WSS

为了研究外源补充蜡样芽孢杆菌对凡纳滨对虾生长及对其肠道微生物组成的影响,以基础饲料为空白组,在基础饲料中添加蜡样芽孢杆菌活菌作为实验组(活菌含量为108 CFU/g),每组4个平行,在养殖场对凡纳滨对虾自幼苗至成虾进行一个完整养殖周期的养殖实验。选取养殖场中8个光照、位置等条件基本相同的养殖池分为2组,空白组投喂基础饲料,实验组投喂免疫饲料,养殖周期95 d。期间在第45、52、59、66、73天采样,称重并计算生长速率,并取其肠道内容物提取DNA,用16S r DNA序列V4区高通量测序方法检测对虾肠道

本研究应用PCR-RFLP(Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism)和PCR-DGGE(Polymerase Chain Reaction-Denaturing Gradient Gel Electrophoresis)技术,对工厂化养殖的凡纳滨对虾肠道菌群进行多样性分析。RFLP结果显示,8月样品中不同的克隆子为5个,其中以不可培养细菌(Unculturable bacteria)为主要优势菌,其次为鲁杰氏菌属菌种Ruegeria spp.和Rhodobacterales spp.。依据微生物多样性...